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条斑紫菜(Porphyra yezoensis)dbEST中筛选微卫星位点及引物种间转移扩增
被引量：
13
1
作者
刘必谦
曾庆国
+2 位作者
骆其君
王亚军
厉盛华
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第3期248-254,共7页
采用电子查询的方法,借助Blast软件从条斑紫菜表达序列标签数据库的20979条序列中筛选微卫星位点,共发现非冗余微卫星位点211个,占整个条斑紫菜EST数据库的1.01%。其中双碱基重复微卫星位点共有35个,占查找微卫星序列总数的16.6%;三碱...
采用电子查询的方法,借助Blast软件从条斑紫菜表达序列标签数据库的20979条序列中筛选微卫星位点,共发现非冗余微卫星位点211个,占整个条斑紫菜EST数据库的1.01%。其中双碱基重复微卫星位点共有35个,占查找微卫星序列总数的16.6%;三碱基微卫星有176个,占83.4%。双碱基重复微卫星中AG/CT形式最多,而三碱基中GGC/GCC最多。从筛选出的微卫星位点中选取序列设计合成引物,用在坛紫菜上进行引物种间转移扩增研究。在总共15对引物中有13对引物在两个种间都有扩增产物。结果表明,微卫星位点在这两种紫菜之间具有很高的同源性。获得的微卫星引物可用来进行种群遗传多样性研究、谱系鉴定和遗传图谱的构建。而微卫星标记的共显性可用来进行紫菜二倍体丝状体纯合性检验,为纯系紫菜品系的鉴定提供分子生物学鉴定方法。
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关键词
条斑紫菜
表达
序列
标签
微卫星
种间转移扩增
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职称材料
基于EST-SSR标记的沙棘品种鉴定及指纹图谱构建
被引量：
3
2
作者
赵雨欣
张哲文
+5 位作者
考惠霞
孙永江
辛智鸣
赵喆
董树斌
程瑾
《生态与农村环境学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期374-385,共12页
以沙棘(Hippophae rhamnoides)优良品种“实优1号”为材料,对其叶片进行转录组测序,利用微卫星识别软件(microsatellite identification tool,MISA)和Primer 3(version 2.3.4)对获得的序列进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR...
以沙棘(Hippophae rhamnoides)优良品种“实优1号”为材料,对其叶片进行转录组测序,利用微卫星识别软件(microsatellite identification tool,MISA)和Primer 3(version 2.3.4)对获得的序列进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘和引物设计,以收集的42份沙棘品种为研究材料,开展聚合酶链式反应(PCR)和毛细管电泳检测,旨在开发一套多态性高、稳定性好和通用性强的表达序列标签微卫星(express sequence tags from simple sequence repeat,EST-SSR)引物,构建沙棘指纹图谱,从而实现沙棘品种的快速准确鉴定,并对沙棘品种间亲缘关系进行分析。“实优1号”转录组测序共获得6196个SSR位点,其中,重复基元类型为182种,SSR基序长度主要分布在10~21 bp区间,占全部SSR的81.58%,主要SSR重复类型为单核苷酸重复(48.72%)、二核苷酸重复(22.68%)和三核苷酸重复(18.85%)。利用筛选出的28对引物在42份沙棘品种中共检测出193个等位基因,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和Shannon信息指数(I)等遗传多样性参数的均值分别为6.964、3.495、0.617、0.671、0.623和1.384。UPGMA聚类分析表明,42份沙棘品种间的遗传相似性系数为0.601~0.990,当遗传相似性系数为0.694时,供试品种可分为2组;当遗传相似性系数约为0.7402时,供试品种可分为3组。优选6对引物构建指纹图谱,可以实现沙棘品种的快速准确鉴定。该研究可为沙棘的良种鉴定、指纹图谱构建以及遗传多样性和亲缘关系分析等提供分子水平的理论基础和数据支撑。
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关键词
沙棘
表达序列标签微卫星
指纹图谱
遗传多样性
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职称材料
豌豆EST-SSR标记在蚕豆中的通用性与应用
被引量：
3
3
作者
龚亚明
徐盛春
+1 位作者
毛伟华
李泽昀
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第5期479-484,共6页
对豌豆表达序列标签-微卫星(EST-SSR)分子标记在蚕豆中的通用性与应用进行研究,以期为蚕豆开发出新的分子标记.结果表明:163对豌豆EST-SSR引物中有99对可在蚕豆中获得有效扩增,其中36对引物呈现明显的多态性,共检测到等位位点148个,平...
对豌豆表达序列标签-微卫星(EST-SSR)分子标记在蚕豆中的通用性与应用进行研究,以期为蚕豆开发出新的分子标记.结果表明:163对豌豆EST-SSR引物中有99对可在蚕豆中获得有效扩增,其中36对引物呈现明显的多态性,共检测到等位位点148个,平均每个位点的等位基因变异数为4.1个;各多态性引物的多态信息量(PIC)值变化范围为0.035到0.810,平均PIC值为0.483 4;实际观察杂合度(HO)变化范围为0.000 1到0.700 0,平均值为0.210 3;期望杂合度(HE)变化范围为0.035 7到0.845 2,平均值为0.538 8;主成分分析与非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类分析表明,30份蚕豆种质资源可明显分成2大类群.以上结果表明,本研究所开发的豌豆EST-SSR标记在蚕豆上具有通用性和多态性,可为今后蚕豆遗传多样性、种质资源保存、比较作图和分子标记辅助育种提供新的研究依据.
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关键词
豌豆
表达
序列
标签
-
微卫星
标记
蚕豆
遗传多样性
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职称材料
题名
条斑紫菜(Porphyra yezoensis)dbEST中筛选微卫星位点及引物种间转移扩增
被引量：
13
1
作者
刘必谦
曾庆国
骆其君
王亚军
厉盛华
机构
宁波大学海洋生物工程重点实验室
宁波海洋与渔业研究院
出处
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第3期248-254,共7页
基金
国家自然科学基金(49976030)资助
宁波市重点基金(02J2010115)资助
文摘
采用电子查询的方法,借助Blast软件从条斑紫菜表达序列标签数据库的20979条序列中筛选微卫星位点,共发现非冗余微卫星位点211个,占整个条斑紫菜EST数据库的1.01%。其中双碱基重复微卫星位点共有35个,占查找微卫星序列总数的16.6%;三碱基微卫星有176个,占83.4%。双碱基重复微卫星中AG/CT形式最多,而三碱基中GGC/GCC最多。从筛选出的微卫星位点中选取序列设计合成引物,用在坛紫菜上进行引物种间转移扩增研究。在总共15对引物中有13对引物在两个种间都有扩增产物。结果表明,微卫星位点在这两种紫菜之间具有很高的同源性。获得的微卫星引物可用来进行种群遗传多样性研究、谱系鉴定和遗传图谱的构建。而微卫星标记的共显性可用来进行紫菜二倍体丝状体纯合性检验,为纯系紫菜品系的鉴定提供分子生物学鉴定方法。
关键词
条斑紫菜
表达
序列
标签
微卫星
种间转移扩增
Keywords
Porphyra yezoensis,EST, Microsatellite, Transferring amplification of interspecies
分类号
Q789 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
基于EST-SSR标记的沙棘品种鉴定及指纹图谱构建
被引量：
3
2
作者
赵雨欣
张哲文
考惠霞
孙永江
辛智鸣
赵喆
董树斌
程瑾
机构
北京林业大学生物科学与技术学院/林木育种与生态修复国家工程中心/花卉种质创新与分子育种北京市重点实验室
北京林业大学林学院/森林培育与保护教育部重点实验室
中国林业科学研究院沙漠林业实验中心
出处
《生态与农村环境学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期374-385,共12页
基金
国家重点研发计划政府间国际科技创新合作专项(2019YFE0116500)
国家林业和草原局林业行业标准制修订项目(2020-LY-062)
高等学校学科创新引智计划111项目(B13007)。
文摘
以沙棘(Hippophae rhamnoides)优良品种“实优1号”为材料,对其叶片进行转录组测序,利用微卫星识别软件(microsatellite identification tool,MISA)和Primer 3(version 2.3.4)对获得的序列进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘和引物设计,以收集的42份沙棘品种为研究材料,开展聚合酶链式反应(PCR)和毛细管电泳检测,旨在开发一套多态性高、稳定性好和通用性强的表达序列标签微卫星(express sequence tags from simple sequence repeat,EST-SSR)引物,构建沙棘指纹图谱,从而实现沙棘品种的快速准确鉴定,并对沙棘品种间亲缘关系进行分析。“实优1号”转录组测序共获得6196个SSR位点,其中,重复基元类型为182种,SSR基序长度主要分布在10~21 bp区间,占全部SSR的81.58%,主要SSR重复类型为单核苷酸重复(48.72%)、二核苷酸重复(22.68%)和三核苷酸重复(18.85%)。利用筛选出的28对引物在42份沙棘品种中共检测出193个等位基因,等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和Shannon信息指数(I)等遗传多样性参数的均值分别为6.964、3.495、0.617、0.671、0.623和1.384。UPGMA聚类分析表明,42份沙棘品种间的遗传相似性系数为0.601~0.990,当遗传相似性系数为0.694时,供试品种可分为2组;当遗传相似性系数约为0.7402时,供试品种可分为3组。优选6对引物构建指纹图谱,可以实现沙棘品种的快速准确鉴定。该研究可为沙棘的良种鉴定、指纹图谱构建以及遗传多样性和亲缘关系分析等提供分子水平的理论基础和数据支撑。
关键词
沙棘
表达序列标签微卫星
指纹图谱
遗传多样性
Keywords
Hippophae rhamnoides
EST-SSR(express sequence tags from simple sequence repeat)
fingerprint
genetic diversity
分类号
X176 [环境科学与工程—环境科学]
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职称材料
题名
豌豆EST-SSR标记在蚕豆中的通用性与应用
被引量：
3
3
作者
龚亚明
徐盛春
毛伟华
李泽昀
机构
浙江省农业科学院蔬菜研究所
浙江大学分析测试中心
出处
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第5期479-484,共6页
基金
浙江省公益性技术应用研究计划资助项目(2010C32006)
国家青年基金资助项目(31000676)
+2 种基金
浙江省重大科技专项重大农业资助项目(2010C02006)
浙江省自然科学基金资助项目(Y3090660)
浙江省农业科学院科技创新能力提升工程资助项目
文摘
对豌豆表达序列标签-微卫星(EST-SSR)分子标记在蚕豆中的通用性与应用进行研究,以期为蚕豆开发出新的分子标记.结果表明:163对豌豆EST-SSR引物中有99对可在蚕豆中获得有效扩增,其中36对引物呈现明显的多态性,共检测到等位位点148个,平均每个位点的等位基因变异数为4.1个;各多态性引物的多态信息量(PIC)值变化范围为0.035到0.810,平均PIC值为0.483 4;实际观察杂合度(HO)变化范围为0.000 1到0.700 0,平均值为0.210 3;期望杂合度(HE)变化范围为0.035 7到0.845 2,平均值为0.538 8;主成分分析与非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类分析表明,30份蚕豆种质资源可明显分成2大类群.以上结果表明,本研究所开发的豌豆EST-SSR标记在蚕豆上具有通用性和多态性,可为今后蚕豆遗传多样性、种质资源保存、比较作图和分子标记辅助育种提供新的研究依据.
关键词
豌豆
表达
序列
标签
-
微卫星
标记
蚕豆
遗传多样性
Keywords
pea
expressed sequence tag-simple sequence repeats
faba bean
genetic diversity
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
条斑紫菜(Porphyra yezoensis)dbEST中筛选微卫星位点及引物种间转移扩增
刘必谦
曾庆国
骆其君
王亚军
厉盛华
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2005
13
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职称材料
2
基于EST-SSR标记的沙棘品种鉴定及指纹图谱构建
赵雨欣
张哲文
考惠霞
孙永江
辛智鸣
赵喆
董树斌
程瑾
《生态与农村环境学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
豌豆EST-SSR标记在蚕豆中的通用性与应用
龚亚明
徐盛春
毛伟华
李泽昀
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2011
3
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职称材料
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