转录组测序数据中cSNP和表达差异基因的分析方法 被引量：1

1

作者 李少波 傅国辉 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期129-133,共5页

目的确立本次转录组测序数据中编码区单核苷酸多态性(cSNP)和表达差异基因的分析方法,筛选出可能导致蛋白质功能改变的单核苷酸多态性(SNP)位点和不同表型细胞中存在的表达差异基因。方法对正常培养的胃癌细胞系MKN28和SGC7901进行RNA测... 目的确立本次转录组测序数据中编码区单核苷酸多态性(cSNP)和表达差异基因的分析方法,筛选出可能导致蛋白质功能改变的单核苷酸多态性(SNP)位点和不同表型细胞中存在的表达差异基因。方法对正常培养的胃癌细胞系MKN28和SGC7901进行RNA测序(RNA-Seq),将测序数据与参考基因组进行比对,对测序的reads数、测得的基因数、MKN28和SGC7901中各自表达上调的基因数、SNP数及可变剪接形式进行统计学分析。运用在线的软件和数据库并结合计算机编程,对2株胃癌细胞系转录组测序数据中的SNP进行筛选和功能预测;对2株细胞中表达差异基因GO聚类结果进行分析比较。结果筛选并预测了8种类别709种基因的SNP,分析出了6个经预测能够导致蛋白功能改变的SNP位点。对表达差异基因的分析得到了丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶在2株细胞中的表达情况;经Western blotting和PCR验证了部分分析结果。结论确立了1种转录组测序后cSNP数据的分析方法,该方法能够对大量SNP数据进行高效筛选和分析;通过聚类分析后再比较得到了一组在MKN28中高表达而在SGC7901中低表达的蛋白激酶基因;这些结果为后续实验提供了依据。 展开更多

关键词 编码区单核苷酸多态性 转录组 RNA测序 表达差异基因 胃癌

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NaCl胁迫下宁夏枸杞ABA代谢相关基因差异表达分析 被引量：2

2

作者 梁旺利 于雯静 +3 位作者 胡进红 宋繁 王玲霞 梁文裕 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期664-672,共9页

为解析宁夏枸杞响应NaCl胁迫的ABA代谢分子调控机制,检测NaCl胁迫下宁夏枸杞叶片脱落酸(ABA)含量变化,并利用RNA-seq和qRT-PCR技术研究NaCl胁迫下ABA代谢相关基因的差异表达规律。结果表明,不同浓度NaCl胁迫下,宁夏枸杞叶片中ABA含量随N... 为解析宁夏枸杞响应NaCl胁迫的ABA代谢分子调控机制,检测NaCl胁迫下宁夏枸杞叶片脱落酸(ABA)含量变化,并利用RNA-seq和qRT-PCR技术研究NaCl胁迫下ABA代谢相关基因的差异表达规律。结果表明,不同浓度NaCl胁迫下,宁夏枸杞叶片中ABA含量随NaCl浓度的增加呈现增加趋势;通过转录组测序筛选得到21个ABA代谢相关的差异表达基因,从100 mmol/L、200 mmol/L、300 mmol/L NaCl处理下的宁夏枸杞叶片中检测到ABA代谢相关的差异表达基因分别有17、11、9个,qRT-PCR检测结果与转录组测序结果基本一致。宁夏枸杞通过相关基因的差异表达调控ABA代谢和信号通路,从而参与调控其响应NaCl胁迫。 展开更多

关键词 宁夏枸杞 NACL胁迫 ABA 代谢 差异基因表达

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开放的差异基因表达技术研究进展 被引量：8

3

作者 池晓菲 舒庆尧 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期259-264,共6页

自 90年代早期发展以来 ,差异基因表达 (DGE)技术在许多领域得到了应用 .“开放”结构系统的DGE技术不需原始的生物学或序列信息 ,而且可应用于任何种群 .主要介绍 6项开放的DGE技术 :cDNA代表性差示分析 (cDNA RDA)、基因表达系统分析 ... 自 90年代早期发展以来 ,差异基因表达 (DGE)技术在许多领域得到了应用 .“开放”结构系统的DGE技术不需原始的生物学或序列信息 ,而且可应用于任何种群 .主要介绍 6项开放的DGE技术 :cDNA代表性差示分析 (cDNA RDA)、基因表达系统分析 (SAGE)、表达序列标签串联排列连接(TALEST) ,和早期的DGE技术差异显示 (DD)、随机引物聚合酶链反应 (AP PCR) ,以及一项受专利保护的技术———GeneCalling .通过几项重要的参数对这些技术进行了比较 ,认为DD虽然有其致命的弱点 ,但在目前仍然应用得非常广泛 .cDNA RDA能有效富增特异片段 ,扣除共有序列 ,如能和SAGE结合 ,将能进一步促进其发展 .TALEST和GeneCalling操作较简便 ,一次试验能获得大量的数据 ,但是分析这些数据比较麻烦 ,须借助另外的分析软件 .最后介绍了应用DGE技术取得的最新成果 . 展开更多

关键词 差异基因表达技术 研究进展 基因芯片 SAGE cDNA-RDA 开放DGE技术

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cDNA-AFLP分析不同发育时期蓖麻种子脂肪酸差异基因表达的关键技术 被引量：2

4

作者 陈晓凤 黄凤兰 +5 位作者 赵永 姜桐桐 李佳会 周婷婷 常旭丰 刘佳琪 《安徽农业科学》 CAS 2016年第6期177-178,187,共3页

在介绍cDNA-AFLP技术原理与操作步骤的基础上,分析了应用cDNA-AFLP分子标记技术分析蓖麻种子脂肪酸含量差异基因表达过程中的主要影响因素,以期为后续利用该标记技术分析不同发育时期蓖麻种子脂肪酸含量的差异表达提供技术支持。

关键词 CDNA-AFLP 蓖麻 差异基因表达

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花生种皮抗黄曲霉差异基因表达初步分析(英文) 被引量：4

5

作者 单世华 严海燕 +1 位作者 李春娟 万书波 《花生学报》 2005年第4期21-24,共4页

黄曲霉不同抗性花生种皮存在显著差异,本试验选择经鉴定的高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,以金花1012为对照利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078杂交探针组,结果表明,共有417个差异... 黄曲霉不同抗性花生种皮存在显著差异,本试验选择经鉴定的高抗黄曲霉花生种质J11与高感种质金花1012为研究材料,以金花1012为对照利用基因芯片技术开展了抗病差异基因表达分析研究。试验共使用61078杂交探针组,结果表明,共有417个差异基因表达量上升,650个差异基因表达量下降。另外,获得抗Phytophathora Sojae真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因49个。获得抗Heterodera Glycines Ichinohe真菌病害表达量上升差异基因4个,表达量下降差异基因25个。 展开更多

关键词 花生 差异基因表达分析 基因芯片技术

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基于高通量测序的C(rⅥ)污染地下水中微生物群落结构和基因表达

6

作者 韦雨杰 姜伟男 +1 位作者 沈晓芳 董维红 《安全与环境工程》 北大核心 2025年第3期318-326,共9页

铬(Cr)作为工业生产中的重要原料,大量Cr伴随废液排入地下水中,导致地下水遭受C(rⅥ)污染。地下水中的C(rⅥ)污染可以通过生物降解作用进行修复,但是目前生物降解修复C(rⅥ)污染地下水的过程中微生物群落结构和基因表达机制尚不清楚。... 铬(Cr)作为工业生产中的重要原料,大量Cr伴随废液排入地下水中,导致地下水遭受C(rⅥ)污染。地下水中的C(rⅥ)污染可以通过生物降解作用进行修复,但是目前生物降解修复C(rⅥ)污染地下水的过程中微生物群落结构和基因表达机制尚不清楚。从某合金厂周边C(rⅥ)污染地下水中分离培养C(rⅥ)降解菌,采用室内实验与高通量测序相结合的手段,探究C(rⅥ)对地下水中微生物群落结构和基因表达的影响,揭示生物降解修复C(rⅥ)污染地下水过程中微生物群落结构变化和基因表达的机制。结果表明:C(rⅥ)污染地下水中存在多种C(rⅥ)耐受菌,主要优势菌种为气单胞菌属(Aeromonas)、代尔夫特菌属(Delftia)和沙雷菌属(Serratia),这些微生物对C(rⅥ)的降解率随着C(rⅥ)浓度的增高而降低;微生物在C(rⅥ)的刺激下,与物质能量运输相关的基因以及与细胞膜组分相关的基因的表达存在较大的差异,甲基丙二酸半醛脱氢酶和丙二酸半醛脱氢酶的表达显著上调,促进微生物将剧毒的C(rⅥ)还原成低毒性的C(rⅢ),使微生物在高浓度的C(rⅥ)中存活。该研究结果可为微生物修复地下水中C(rⅥ)污染提供科学依据。 展开更多

关键词 地下水 铬污染 微生物群落结构 差异基因表达

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迟缓爱德华氏菌刺激对牙鲆转录组差异基因表达的影响

7

作者 周密 郑津辉 +4 位作者 李庆亚 耿绪云 潘宝平 孙金生 高虹 《天津师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2018年第2期21-28,共8页

为了研究迟缓爱德华氏菌刺激下牙鲆基因表达作出的响应,采用高通量测序平台(Illumina HiSeq)分别对迟缓爱德华氏菌刺激的牙鲆和未受刺激牙鲆的肾脏进行转录组测序,并对差异基因进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SNP(单核苷酸... 为了研究迟缓爱德华氏菌刺激下牙鲆基因表达作出的响应,采用高通量测序平台(Illumina HiSeq)分别对迟缓爱德华氏菌刺激的牙鲆和未受刺激牙鲆的肾脏进行转录组测序,并对差异基因进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SNP(单核苷酸多态性)分析、SSR(简单重复序列)分析等.结果表明,用Trinity软件对clean reads进行拼接后,聚类得到222 980条转录本,总长200 234 420 bp,平均长度898 bp,N50为1 886 bp.对组装的序列进行基因功能注释后,有99 808条序列得到了注释.筛选出2 502个差异表达比较显著的基因,表达量上调的有1 280个,下调的有1 222个.GOseq结果显示差异基因显著富集在38个GO terms上,包括6个细胞组分、12个生物学过程和20个分子功能.差异基因共获得277个KEGG通路富集,627个差异基因显著富集到20条信号通路上,其中,8个与信号通路有关,3个与发育有关,9个与相关疾病有关. 展开更多

关键词 牙鲆 转录组 迟缓爱德华氏菌 高通量 RNA测序 差异基因表达

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金针菇菌丝与原基差异表达基因分析 被引量：18

8

作者 刘芳 王威 谢宝贵 《食用菌学报》 北大核心 2014年第1期1-7,共7页

以金针菇(Flammulina velutipes)1123菌株的单孢W23基因组为参考完成其菌丝和原基转录组测序与数据分析,研究两样本间差异基因,并对差异基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果表明:两个样本中共有显著性差异表达的基因3310... 以金针菇(Flammulina velutipes)1123菌株的单孢W23基因组为参考完成其菌丝和原基转录组测序与数据分析,研究两样本间差异基因,并对差异基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果表明:两个样本中共有显著性差异表达的基因3310个,其中在原基中上调、下调的基因数分别为1686、1624个,只在原基中表达的基因有26个。GO功能分析结果表明,在原基中膜封闭腔、内膜系统、细胞器腔、核糖核蛋白复合体、翻译调节器、发育过程、免疫系统过程、多细胞生物过程这8个GO基本单元中的差异基因全部呈现上调表达。Pathway功能富集分析结果表明,核糖体与DNA复制中的差异基因全部呈现上调表达,糖酵解途径中从D-葡萄糖转化成丙酮酸过程相关的11个差异基因全部呈下调表达,磷酸戊糖途径中相关的13个差异基因中有11个基因呈下调表达。 展开更多

关键词 原基 差异基因表达 GO功能 Pathway分析

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TMV侵染烟草基因差异表达的cDNA-AFLP分析 被引量：9

9

作者 陈荣平 刘磊 +5 位作者 万秀清 邱恩建 王春军 宋宝刚 颜培强 杨铁钊 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期62-70,共9页

以烤烟品种龙江925[高抗烟草普通花叶病(TMV)]接种TMV的叶片为材料,选用240对引物组合的扩增,获得约9500个转录基因片段,经过克隆测序最终获得了12个诱导表达片段,它们与核酸代谢、蛋白质合成与修饰、能量代谢、胁迫响应、细胞内运输、... 以烤烟品种龙江925[高抗烟草普通花叶病(TMV)]接种TMV的叶片为材料,选用240对引物组合的扩增,获得约9500个转录基因片段,经过克隆测序最终获得了12个诱导表达片段,它们与核酸代谢、蛋白质合成与修饰、能量代谢、胁迫响应、细胞内运输、糖代谢等相关。利用荧光定量PCR分析诱导表达片段TIF2在0～72h之间5个时间点(0、12、24、48和72h)的基因差异表达,证实了所获得的基因序列为真实诱导的表达序列。对此序列进行RACE,最终获得全长cDNA序列,全序列857bp,预测的编码区在101～613bp之间,共编码170个氨基酸。经Blastn、Blastp比对分析,在烟草中没有获得其同源序列,确定该基因是在烟草中发现的与抗TMV相关的新基因。 展开更多

关键词 烟草 TMV 差异基因表达 CDNA-AFLP

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长期培养后小鼠造血基质细胞差异表达基因的筛选 被引量：6

10

作者 张咏 崔春萍 +4 位作者 鱼咏涛 李玉珍 魏汉东 任爱辉 赵士富 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2002年第3期177-182,共6页

为了进一步研究长期培养体系 (long termculture ,LTC)中造血基质细胞调控造血的分子基础及其作用机制 ,并发现新型造血调控因子 ,以LTC体系培养后小鼠骨髓造血基质细胞 (LTC St)为被扣除杂交组 ,以未经培养的小鼠骨髓细胞 (BMC)为扣除... 为了进一步研究长期培养体系 (long termculture ,LTC)中造血基质细胞调控造血的分子基础及其作用机制 ,并发现新型造血调控因子 ,以LTC体系培养后小鼠骨髓造血基质细胞 (LTC St)为被扣除杂交组 ,以未经培养的小鼠骨髓细胞 (BMC)为扣除杂交组 ,采用抑制性扣除杂交法 (SSH)进行杂交 ,将杂交产物克隆并测序 ,进行生物信息学分析。结果 :获得了 131个差异表达EST克隆 ,这些克隆代表了 2 6种已知或部分已知的不同基因和 7条无任何线索的全新基因 ,5条具有完整开放阅读框架 ,无功能线索的新基因中 3条有信号肽。结论 :通过本实验得到了LTC体系中特异性表达的一个消减文库 ,获得了几条可能与造血调控相关的新型基因或EST 。 展开更多

关键词 骨髓造血基质细胞 长期培养 差异基因表达 抑制性差异杂交 造血功能

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双龙方有效成分诱导干细胞分化过程中差异表达基因的筛选和聚类分析 被引量：14

11

作者 王金津 钱夕元 +4 位作者 李雪 杨辉华 梁琼麟 王义明 罗国安 《世界科学技术-中医药现代化》 2007年第3期39-42,66,共5页

目的:利用基因芯片筛选双龙方主要成分(人参皂苷Rb1,丹参酚酸B)诱导大鼠骨髓间充质干细胞(MSCs)分化过程中的差异表达基因,并对差异表达基因进行聚类分析,研究双龙方主要有效成分对大鼠MSCs增殖及分化的影响。方法:用含5705条大鼠基因... 目的:利用基因芯片筛选双龙方主要成分(人参皂苷Rb1,丹参酚酸B)诱导大鼠骨髓间充质干细胞(MSCs)分化过程中的差异表达基因,并对差异表达基因进行聚类分析,研究双龙方主要有效成分对大鼠MSCs增殖及分化的影响。方法:用含5705条大鼠基因的博奥大鼠全基因组Oligo芯片,以不同给药情况、不同时间点的细胞总RNA制备的探针杂交芯片,用LuxScan10KA双通道激光扫描仪(CapitalBio公司)进行扫描,筛选MSCs变化过程中的差异表达基因并进行生物信息分析,hierarchical聚类提取差异表达的特征基因。结果:在MSCs的分化过程中,筛选出128条(2.24%)差异表达基因,经分析发现它们与能量代谢,信号传导等多类基因密切相关,对样本进行聚类发现MSCs在20-30天之间发生了显著的改变。结论:基因芯片是研究中药作用机理的有效平台,双龙方主要成分可诱导MSCs向心肌样细胞分化。 展开更多

关键词 双龙方 基因芯片 差异基因表达 hierarchical聚类分析

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基因芯片筛选急性肺损伤小鼠模型肺组织中活化转录因子3相关差异基因 被引量：1

12

作者 钱斓兰 郭亮 吴学玲 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第24期2571-2575,共5页

目的利用基因芯片技术筛选LPS诱导的急性肺损伤小鼠肺组织中与活化转录因子3(acting transcription factor 3,ATF3)相关的差异基因表达,以发现与ATF3可能相互作用的基因。方法采用基因芯片技术筛选野生型C57小鼠和ATF3敲基因小鼠经LPS... 目的利用基因芯片技术筛选LPS诱导的急性肺损伤小鼠肺组织中与活化转录因子3(acting transcription factor 3,ATF3)相关的差异基因表达,以发现与ATF3可能相互作用的基因。方法采用基因芯片技术筛选野生型C57小鼠和ATF3敲基因小鼠经LPS处理后肺组织中的差异表达基因。进一步采用RT-PCR技术对重点基因的表达进行验证。结果与野生型C57小鼠比较,ATF3敲基因小鼠共筛选出1 692个差异基因,有21个与炎症调控相关的基因表达差异明显,其中,Myo18a、Mest、Gpr124、Rcan2、Tnfsf15、Ltbp3、Cdh2、Ppm1f、Spns2、Rarres2、Cgn、Mmrn2、Crb3、Adamts2、Mrc2、Sh3tc2、Cdk5rap1、Cenpf共18个基因在ATF3敲基因小鼠肺组织中表达明显上调;Padi4、Wfdc82个基因表达明显下调。对重点基因Tnfsf15(又称为TL1A)进一步验证,RT-PCR检测结果显示,表达趋势与基因芯片一致。结论 TL1A可能参与了ATF3对LPS诱导的急性肺损伤的炎症保护作用。 展开更多

关键词 急性肺损伤 活化转录因子3 基因芯片 差异基因表达

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HSF1对LPS诱导的急性肺损伤小鼠的保护作用及其相关差异表达基因的筛选 被引量：8

13

作者 肖归 王桂良 +6 位作者 陈广文 王小莉 张华莉 王慷慨 刘梅冬 刘可 肖献忠 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2073-2077,2083,共6页

目的:探讨热休克因子1(heat shock factor 1,HSF1)减轻脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导的小鼠急性肺损伤的作用及其分子机制。方法:采用气管滴注LPS的方法制备小鼠急性肺损伤模型,观察HSF1野生型小鼠(HSF1^(+/+))和HSF1敲除小鼠(HSF... 目的:探讨热休克因子1(heat shock factor 1,HSF1)减轻脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导的小鼠急性肺损伤的作用及其分子机制。方法:采用气管滴注LPS的方法制备小鼠急性肺损伤模型,观察HSF1野生型小鼠(HSF1^(+/+))和HSF1敲除小鼠(HSF1^(-/-))肺大体改变和肺组织病理改变,检测支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)中总蛋白、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)、肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素(interleukin,IL)-1β和IL-6的蛋白表达。采用基因芯片技术筛选经LPS处理后的HSF1^(+/+)和HSF1^(-/-)小鼠肺组织中的差异表达基因,并进一步采用real-time PCR对CXC趋化因子受体2(CXC chemokine receptor 2,CXCR2)的表达进行验证。结果:与经LPS刺激后的HSF1^(+/+)小鼠相比,经LPS刺激的HSF1^(-/-)小鼠肺大体和病理损伤加重,BALF中总蛋白、VEGF、TNF-α、IL-1β和IL-6的含量升高,差异具有统计学意义(P<0.05)。基因芯片分析发现,与经LPS处理的HSF1^(+/+)小鼠相比,HSF1^(-/-)小鼠共筛选出918个差异基因,有65个基因表达差异明显,其中Atg7、ccr1、cxcr2、Tbl1xr1、Mmp9、Pparg、Plcb2、Arrb2、Cntn1、Col4a6等共28个基因在HSF1^(-/-)小鼠的肺组织中表达明显上调;Fgfr1、Fgfr2、Map4k4、Ddx58、Tfg、Stat3、Smad4、Lamc1、Sdc3等共37个基因表达明显下调。Real-time PCR结果显示,CXCR2的mRNA水平在LPS刺激的HSF1^(-/-)小鼠肺组织较HSF1^(+/+)小鼠表达明显上调,表达趋势与基因芯片结果一致。结论:HSF1能减轻LPS诱导的小鼠急性肺损伤,CX-CR2可能参与了对肺组织的保护作用。 展开更多

关键词 急性肺损伤 热休克因子1 基因芯片 差异基因表达

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哮喘患儿外周血单个核细胞全基因组表达谱的差异研究 被引量：2

14

作者 孔倩 黄花荣 +2 位作者 吴葆菁 李雯静 陈纯 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期1294-1301,共8页

目的:筛选哮喘患儿与对照组儿童外周血的基因表达谱差异,寻找与哮喘防治相关的靶基因。方法:从5名哮喘患儿和5名对照组儿童外周血单个核细胞中提取总RNA,利用全基因组表达谱芯片进行检测,选取经非配对t检验计算所得P≤0.05、同时基因表... 目的:筛选哮喘患儿与对照组儿童外周血的基因表达谱差异,寻找与哮喘防治相关的靶基因。方法:从5名哮喘患儿和5名对照组儿童外周血单个核细胞中提取总RNA,利用全基因组表达谱芯片进行检测,选取经非配对t检验计算所得P≤0.05、同时基因表达变化≥2倍的差异表达基因,以荧光定量PCR(qRT-PCR)验证芯片结果。通过生物信息学软件对初步筛选的差异基因进行层次聚类分析和Gene Ontology(GO)功能分类分析。结果:从45 033条表达基因谱中筛选出哮喘患儿与对照组儿童差异表达2倍以上且P≤0.05的已命名基因758个(含上调基因345个,下调基因413个),其GO生物学过程功能分类主要涉及免疫反应、对外部刺激的反应、信号转导及分子功能的负性调节、细胞死亡、凋亡及其调节等。其中有29个基因与哮喘、气道炎症或气道重构有关,且变化趋势与文献报道一致(含上调基因14个,下调基因15个),并可被层次聚类分析划分为9类。qRT-PCR验证结果与芯片结果一致。结论:用全基因组表达谱芯片可以筛选出哮喘患儿与对照组儿童外周血单个核细胞中的差异表达基因,进一步的数据挖掘很可能寻找到与哮喘防治相关的靶基因或靶通路。 展开更多

关键词 哮喘 全基因组表达谱芯片 差异基因表达 儿童

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高通量实时荧光定量RT-PCR方法验证FL细胞对苯并(a)芘7,8-二氢二醇9,10-环氧化物处理的差异表达基因 被引量：1

15

作者 卢翔云 李红娟 余应年 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期64-71,共8页

目的验证由寡核苷酸微阵列检出的FL细胞对苯并(a)芘7,8-二氢二醇9,10-环氧化物(BPDE)处理的差异表达基因。方法FL细胞分别经0.1%二甲亚砜(DMSO)和0.5μmol.L-1BPDE处理,以高通量实时荧光定量RT-PCR方法(TaqMan(低密度芯片)平行检测185... 目的验证由寡核苷酸微阵列检出的FL细胞对苯并(a)芘7,8-二氢二醇9,10-环氧化物(BPDE)处理的差异表达基因。方法FL细胞分别经0.1%二甲亚砜(DMSO)和0.5μmol.L-1BPDE处理,以高通量实时荧光定量RT-PCR方法(TaqMan(低密度芯片)平行检测185个目标基因的相对表达水平。结果BPDE处理组相对DMSO对照组,51个基因表达有差异,12个基因表达上调,39个基因表达下调,(n=3,P<0.05),涉及细胞增殖,分化,凋亡调控基因,转录调节基因和代谢酶基因等。结论高通量实时荧光定量RT-PCR可迅速对微阵列数据进行验证,差异表达谱有助于研究BPDE的毒理机制和细胞的应答反应。 展开更多

关键词 RT—PCR 低密度芯片 苯并(a)芘7 8-二氢二醇9 10-环氧化物 差异基因表达

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基于转录组测序分析芍药苷诱导下口腔黏膜上皮细胞差异表达基因 被引量：1

16

作者 肖丽君 陈谦明 +1 位作者 吴玉琪 杨建堂 《口腔医学研究》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期527-533,共7页

目的:基于转录组测序分析芍药苷调控人口腔黏膜上皮细胞基因表达的情况,分析关键基因,探讨芍药苷在口腔黏膜上皮细胞中的作用机制以及其药用价值。方法:实验分为3组,空白对照组、低浓度(5μmol/L)和高浓度(10μmol/L)芍药苷组处理口腔... 目的:基于转录组测序分析芍药苷调控人口腔黏膜上皮细胞基因表达的情况,分析关键基因,探讨芍药苷在口腔黏膜上皮细胞中的作用机制以及其药用价值。方法:实验分为3组,空白对照组、低浓度(5μmol/L)和高浓度(10μmol/L)芍药苷组处理口腔黏膜上皮细胞系Leuk-1,进行转录组测序分析,从而筛选出差异表达基因(DEGs),采用GO和KEGG富集分析对DEGs进行基因功能和途径注释。结果:芍药苷诱导下,Leuk-1细胞中共有1212个显著DEGs;GO富集分析显示,DEGs显著富集在免疫反应、体液免疫应答反应、细胞因子介导的通路反应2’-5’寡腺苷酸合成酶活性、丝氨酸内酞酶活性、细胞外空间、细胞外组分和内质网等功能中;KEGG通路富集显示,DEGs显著富集在单纯疱疹病毒Ⅰ感染、癌症通路、细胞因子与细胞因子受体相互作用、人类乳头瘤病毒感染等信号通路中;采用实时荧光定量PCR技术检测了参与芍药苷诱导的Leuk-1细胞差异表达的基因,其趋势域RNA-seq一致,可以验证RNA-seq技术的准确性。结论:芍药苷在口腔黏膜上皮细胞中的作用主要体现在抗病毒感染、肿瘤抑制、保护上皮完整性以及免疫调节等方面。 展开更多

关键词 芍药苷 口腔黏膜上皮细胞 转录组测序 差异基因表达 免疫调节

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基于模糊c-均值聚类的微阵列基因表达数据分析 被引量：8

17

作者 宫改云 毛用才 +1 位作者 高新波 刘三阳 《西安电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第2期291-295,共5页

微阵列技术已成为染色体研究的主要工具,但是它所面临的挑战是如何对海量数据进行分析.利用模糊c 均值聚类对这些数据进行分析,从而发现有差异的基因表达.结果表明,模糊聚类是一种用来为微阵列基因表达数据寻找有差异的基因表达的一种... 微阵列技术已成为染色体研究的主要工具,但是它所面临的挑战是如何对海量数据进行分析.利用模糊c 均值聚类对这些数据进行分析,从而发现有差异的基因表达.结果表明,模糊聚类是一种用来为微阵列基因表达数据寻找有差异的基因表达的一种有用工具. 展开更多

关键词 模糊C-均值聚类 微阵列基因表达数据 差异基因表达 微阵列DNA芯片

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大鼠急性肾缺血再灌注损伤早期的基因表达 被引量：1

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作者 林俊毅 茅幸 +1 位作者 吴慧娟 薛爱民 《法医学杂志》 CAS CSCD 2016年第6期401-405,409,共6页

目的研究急性肾缺血再灌注损伤早期的差异基因表达,探索其潜在的分子机制。方法通过单纯夹闭大鼠肾动脉制备肾缺血再灌注模型,进行基因表达芯片检测和生物信息学分析,筛选急性肾损伤早期的差异基因表达及其所涉及的细胞活动和信号通路... 目的研究急性肾缺血再灌注损伤早期的差异基因表达,探索其潜在的分子机制。方法通过单纯夹闭大鼠肾动脉制备肾缺血再灌注模型,进行基因表达芯片检测和生物信息学分析,筛选急性肾损伤早期的差异基因表达及其所涉及的细胞活动和信号通路。同时,通过构建差异表达基因的生物网络来寻找与急性肾损伤关系密切的分子,并进行荧光定量PCR验证。结果在检测出的151个差异表达基因中,132个基因显著上调,19个基因显著下调,GO与KEGG通路富集分析结果显示主要与细胞增殖、细胞因子介导的信号通路和免疫反应等有关。荧光定量PCR结果显示,与对照组相比,挑选出的3个与急性肾损伤高度相关的基因(ANXA1、PHLDA1、KLF6)在疾病早期具有显著的表达差异,上升倍数与芯片检测出的倍数基本一致。结论本研究揭示了急性肾损伤早期的差异基因表达特征以及所涉及的生物学过程和信号通路,其中ANXA1、PHLDA1、KLF6可能在急性肾损伤的发病机制中起到一定作用。 展开更多

关键词 法医病理学 再灌注损伤 差异基因表达 生物信息学

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青蒿查尔酮合成酶(AaCHS)基因家族鉴定及光调控分析 被引量：1

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作者 薛天源 何钰晴 +5 位作者 夏忙 陈美珠 戴希刚 何思晓 朱洵 曾长立 《山西农业大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2024年第1期1-13,共13页

[目的]为了解青蒿(Artemisia annua L.)查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)基因家族的分子进化特性及其在不同组织部位的表达情况。[方法]从Pfam数据库下载CHS蛋白HMM模型,并使用HUMMER 3.0、Blastp和CD-search鉴定出青蒿基因组中的CH... [目的]为了解青蒿(Artemisia annua L.)查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)基因家族的分子进化特性及其在不同组织部位的表达情况。[方法]从Pfam数据库下载CHS蛋白HMM模型,并使用HUMMER 3.0、Blastp和CD-search鉴定出青蒿基因组中的CHS基因家族成员。采用TBtools、EXPASy、CELLO v.2.5、MEGA 7.0、MEME、SOPMA、SWISSMODEL和PlantCARE等软件对其氨基酸与碱基序列进行生物信息学分析,通过8个不同组织部位的转录组数据对AaCHS基因家族成员进行表达分析。[结果]青蒿基因组中共有16个AaCHS基因家族成员,蛋白结构分析显示AaCHS蛋白质结构并不稳定,将其分为4个组,基因结构分析显示所有AaCHS基因蛋白均具有外显子,数量为2~4,内含子数量为0~2,其中8个AaCHS基因不具有内含子。启动子顺式作用元件分析表明该基因家族成员启动子上含有大量光响应、植物激素响应元件;CD-search验证结果发现每个AaCHS蛋白均有Chal-sti-synt_N结构域。[结论]AaCHS家族成员表达分析结果表明,16个AaCHS基因在不同组织和光处理下表达不同。GO富集结果得到GO二级分类的生物过程和分子功能,生物过程共富集了80条序列;细胞组分共富集了19条序列,其中二级分类过程细胞质中富集了11条序列,数量最多,与亚细胞定位预测结果一致;推测AaCHS基因在细胞质中调控黄酮类化合物的累积。通过青蒿光调控差异表达分析,推测AaCHS7、AaCHS10在青蒿受到红光光处理中起正向调控作用。 展开更多

关键词 青蒿 CHS基因家族 光调控 基因表达 差异基因表达

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阿特拉津降解菌Enterobacter sp.的基因差异分析 被引量：3

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作者 刘丹丹 刘畅 《科学技术与工程》 北大核心 2017年第27期110-115,共6页

筛选并分析生物降解菌Enterobacter sp.在阿特拉津作用下的差异基因。以Enterobacter sp.BIDMC 29基因组为参考,利用高通量测序技术,对阿特拉津降解菌株和对照菌株进行转录组测序分析。结果表明,共有368个基因表现出显著差异,其中上调基... 筛选并分析生物降解菌Enterobacter sp.在阿特拉津作用下的差异基因。以Enterobacter sp.BIDMC 29基因组为参考,利用高通量测序技术,对阿特拉津降解菌株和对照菌株进行转录组测序分析。结果表明,共有368个基因表现出显著差异,其中上调基因231个,下调基因137个。在差异基因GO富集分析的前30个条目中,尿嘧啶分解代谢、氮利用、硝酸盐同化、硫化氢生物合成、裂解酶活性和过氧化物酶活性等相关基因表现富集。Pathway分析显示,差异基因涉及70条代谢途径,与氮代谢、氨基酸合成和代谢、ABC转运蛋白、丙酮酸代谢等过程有关。菌株通过调节基因表达来提高对阿特拉津的降解能力,为进一步解析阿特拉津的代谢机制奠定基础。 展开更多

关键词 生物降解 阿特拉津 差异基因表达 污染修复 生物代谢

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