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CHO细胞基因组内稳定表达位点NW_003624203.1的鉴定
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作者 谢润锋 朱梦娟 +2 位作者 石宇 陈东锋 徐庆刚 《四川动物》 北大核心 2025年第4期384-394,共11页
通过慢病毒感染CHO-K1细胞,以随机整合方法将ZsGreen1报告基因整合到CHO-K1基因组。经过连续多代的筛选,获得稳定表达ZsGreen1蛋白的重组CHO-K1细胞株。利用TAIL-PCR技术分离ZsGreen1报告基因在CHO-K1基因组内的整合位点,并利用CRISPR/C... 通过慢病毒感染CHO-K1细胞,以随机整合方法将ZsGreen1报告基因整合到CHO-K1基因组。经过连续多代的筛选,获得稳定表达ZsGreen1蛋白的重组CHO-K1细胞株。利用TAIL-PCR技术分离ZsGreen1报告基因在CHO-K1基因组内的整合位点,并利用CRISPR/Cas9技术和Bxb1整合酶系统在该位点定点整合了橙色荧光蛋白mOrange2基因和抗黄曲霉毒素B1单克隆抗体基因,以验证该位点稳定表达外源蛋白的能力。结果表明,分离的稳定表达位点在CHO-K1细胞基因组NW_003624203.1上,位于616 bp处。定点整合构建的重组细胞在连续60代无血清悬浮培养过程中,能够稳定表达橙色荧光蛋白,并能稳定分泌表达单克隆抗体,培养上清中单克隆抗体含量可达14.9~21.6 mg·L-1。证实NW_003624203.1位点是CHO细胞基因组内的稳定表达位点,为使用位点特异性整合技术构建重组CHO细胞株提供了一种可行的方法。 展开更多
关键词 中国仓鼠卵巢(CHO) 稳定表达位点 位点特异性整合 CRISPR/Cas9 Bxb1整合酶
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单细胞精度的表达数量性状位点研究进展 被引量:1
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作者 徐晓鹏 范小英 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期795-806,共12页
表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTL)表示控制基因表达量的遗传变异位点。eQTL分析是后全基因组关联研究时代鉴定疾病相关遗传位点功能的重要方法,且取得了诸多重要发现。传统的eQTL分析基于全基因组测序结合整... 表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTL)表示控制基因表达量的遗传变异位点。eQTL分析是后全基因组关联研究时代鉴定疾病相关遗传位点功能的重要方法,且取得了诸多重要发现。传统的eQTL分析基于全基因组测序结合整体RNA测序技术,细胞间差异的基因表达水平会被掩盖,从而无法鉴定细胞类型或状态依赖的eQTL,因此也难以解析特定环境下疾病相关遗传变异位点。近年来,随着单细胞转录组测序技术的发展和应用普及,基于单细胞转录组测序的eQTL (single-cell RNA sequencing-based eQTL,sc-eQTL)研究技术逐渐成为热点,其优势在于可以充分利用单细胞测序的分辨率和颗粒度挖掘细胞类型、细胞状态以及细胞动态依赖的表达变异位点,显著提升解析基因表达关联的遗传变异位点的能力,对人们探究复杂器官的形成以及疾病的发生、发展、干预和治疗具有重要意义。本文主要从sc-eQTL研究的发展、设计方案、建模策略以及面临的挑战等诸多方面综述近年来的研究进展,以期为科研工作者挖掘致病位点,解析基因调控提供全新的视角。 展开更多
关键词 表达数量性状位点 全基因组关联研究 单细胞转录组测序 调控元件 细胞类型特异性
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甘蓝型油菜BnTT3基因的表达与eQTL定位分析 被引量:2
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作者 卢坤 曲存民 +5 位作者 李莎 赵会彦 王瑞 徐新福 梁颖 李加纳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1758-1766,共9页
类黄酮途径中, TT3编码的4-二氢黄铜醇还原酶是参与原花色素和花青素合成的关键酶。为了明确该基因可能的上游调控网络,利用黄籽母本 GH06和黑籽父本 ZY821构建的遗传图谱,以 BnTT3基因在高世代重组自交系群体中随机选取的94个株系花后4... 类黄酮途径中, TT3编码的4-二氢黄铜醇还原酶是参与原花色素和花青素合成的关键酶。为了明确该基因可能的上游调控网络,利用黄籽母本 GH06和黑籽父本 ZY821构建的遗传图谱,以 BnTT3基因在高世代重组自交系群体中随机选取的94个株系花后40 d种子的表达量作为性状,采用复合区间作图法进行eQTL分析。结果共检测到5个表达量相关的eQTL,分别位于A03、A08、A09和C01染色体,单个eQTL解释表型变异的5.22%~24.05%。A09染色体上存在2个主效 eQTL,单个 eQTL 分别解释24.05%和16.55%的表型变异,分别位于标记 KS10260~KBrB019I24.15和B055B21-5~KS30880之间,微效eQTL分布于A03、A08和C01染色体上。A09染色体上的2个主效eQTL区间(包含200 kb侧翼序列)与拟南芥、白菜、甘蓝和芸薹族近缘物种基因组同源区段具有很好的共线性关系。基因注释结果表明检测到的eQTL均为trans-QTL,2个主效eQTL区段共包含78个基因,包括MYB51、MYB52和bZIP5转录因子,可能为 BnTT3基因的上游直接调控因子,对这些基因功能的深入分析将有助于阐明甘蓝型油菜黄籽性状形成的分子调控机制,为黄籽候选基因的克隆筛选奠定基础。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 种子 TT3 重组自交系 表达数量性状位点
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三叶因子家族 被引量:7
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作者 口如琴 王蔚 +1 位作者 李令媛 茹炳根 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第4期367-372,共6页
三叶因子家族是一类具有特殊结构———P结构域的蛋白质家族 ,P结构域包含 6个高度保守的半胱氨酸残基及精氨酸、甘氨酸、色氨酸和苯丙氨酸残基 .半胱氨酸残基以Cys1 Cys5 ,Cys2 Cys4,Cys3 Cys6连接形成三个链内二硫桥 .已发现多种含有... 三叶因子家族是一类具有特殊结构———P结构域的蛋白质家族 ,P结构域包含 6个高度保守的半胱氨酸残基及精氨酸、甘氨酸、色氨酸和苯丙氨酸残基 .半胱氨酸残基以Cys1 Cys5 ,Cys2 Cys4,Cys3 Cys6连接形成三个链内二硫桥 .已发现多种含有P结构域的多肽 ,其中最引人注目的是TFF1/pS2、TFF2 /SP及TFF3/ITF ,在正常组织中其主要表达位点分别为胃基底和胃体 (TFF1/pS2 )、胃窦深部的小凹 (TFF2 /SP)及小肠和大肠杯状细胞 (TFF3/ITF) .TFF可能具有维持粘膜屏障和促进溃疡治愈的功能 .TFF含有α折叠 (α helix) ,β片层 (β sheet) .三叶因子家族多肽的作用机理仍处于猜测阶段 ,现有与粘蛋白共同作用和与受体作用两种假说 . 展开更多
关键词 三叶因子家族 三叶肽 表达位点 结构
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白色杜洛克×二花脸资源家系猪血液性状的系统遗传学研究 被引量:3
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作者 徐盼 张震 +2 位作者 崔磊磊 杨斌 段艳宇 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期232-240,共9页
为揭示家猪血细胞性状的遗传基础,本研究整合白色杜洛克×二花脸猪F2资源家系肌肉血细胞性状eQTL和全基因关联分析结果,鉴别影响血细胞性状的候选基因。研究测定了1 149个个体的18种血常规和593个个体肌肉转录本表达水平,对1 020个... 为揭示家猪血细胞性状的遗传基础,本研究整合白色杜洛克×二花脸猪F2资源家系肌肉血细胞性状eQTL和全基因关联分析结果,鉴别影响血细胞性状的候选基因。研究测定了1 149个个体的18种血常规和593个个体肌肉转录本表达水平,对1 020个个体进行基因分型。转录组表达水平与血常规数据的关联性使用斯皮尔曼系数进行评估,将血细胞性状相关联的转录本进行eQTL定位并进行基因富集分析,结合前期本试验的GWAS结果进行综合分析。结果,当P<5×10-4时检测到血细胞相关的eQTLs有122个,其中有9个顺式eQTLs和63个反式eQTLs。通过eQTL定位确定SERPINB6为影响红细胞性状的候选基因,基因富集分析鉴别到影响红细胞性状的候选基因为PTPRC和ITGA8,GWAS和eQTL的综合分析发现影响红细胞性状相关的基因为TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1。本研究通过结合前期GWAS结果和肌肉转录本表达数据进行综合分析鉴别到7个与红细胞性状相关的基因,其中TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1是GWAS和eQTL共有的候选基因。 展开更多
关键词 血液性状 肌肉 表达数量性状位点 全基因组关联分析 候选基因
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^(131)I治疗前后甲亢患者外周血淋巴细胞CAR、MNR、FS及血清Tg含量变化的研究
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作者 郭玉萍 唐吟宇 张静 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 2003年第4期432-435,共4页
目的 :研究甲亢患者13 1I治疗前后外周血淋巴细胞染色体畸变率 (CAR)、微核率 (MNR)、脆性表达率 (FS)的变化及其血清甲状腺球蛋白含量与FS的关系。方法 :本文对 10 0名甲亢患者在13 1I治疗前 1周 ,治疗后 7天、3个月、6个月分别进行外... 目的 :研究甲亢患者13 1I治疗前后外周血淋巴细胞染色体畸变率 (CAR)、微核率 (MNR)、脆性表达率 (FS)的变化及其血清甲状腺球蛋白含量与FS的关系。方法 :本文对 10 0名甲亢患者在13 1I治疗前 1周 ,治疗后 7天、3个月、6个月分别进行外周血淋巴细胞培养 (Tc199) ,观察CAR(CNAR、CSAR)、MNR、FS的变化 ;同时应用RIA法测定血清Tg含量。 结果 :13 1I治疗后 7天 ,CNAR、CSAR、MNR及FS明显增高 (P <0 .0 0 5~ 0 .0 5 ) ,其后逐渐下降 ,CNAR在13 1I治疗后 3个月、CSAR和FS在13 1I治疗后 6个月降至治疗前水平 (P >0 .0 5 )。血清Tg水平在治疗后 7天明显升高 (P <0 .0 1) ;治疗后 3个月降至治疗前水平 (P >0 .0 5 )。结论 :13 1I治疗甲亢患者可诱发人体细胞遗传物质即染色体一定程度的损伤 ,但这种损伤是暂时的、可恢复的。血清Tg含量的变化与Fra8q2 2表达频率可能存在一定的关系。 展开更多
关键词 ^131I 染色体畸变率 微核率 脆性位点表达频率 甲状腺球蛋白
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