发掘龟鳖表皮分化复合体(Epidermal Differentiation Complex,EDC)基因的序列特征和进化有助于解析其甲壳表皮特征的遗传基础和演化历史。文章对28个龟鳖的EDC基因进行了比较基因组学鉴定,染色体定位、氨基酸含量、结构域、蛋白空间结...发掘龟鳖表皮分化复合体(Epidermal Differentiation Complex,EDC)基因的序列特征和进化有助于解析其甲壳表皮特征的遗传基础和演化历史。文章对28个龟鳖的EDC基因进行了比较基因组学鉴定,染色体定位、氨基酸含量、结构域、蛋白空间结构分析和演化历史的重塑。研究结果表明龟鳖EDC基因具有和其他爬行动物相同的四类基因家族,其中简单表皮复合体(Simple epidermal differentiation complex,SEDC)基因家族成员通过多次串联重复事件,实现基因扩张。龟鳖SEDC蛋白氨基酸组成高度多样化,SEDC和S100融合蛋白(S100-fused type proteins,SFTP)蛋白氨基酸含量存在类群(硬壳、软壳、棱皮)特异性,这支持了龟鳖甲壳表皮结构的多样性。龟鳖S100钙结合蛋白A(S100 calcium binding protein A,S100A)和SFTP功能域和蛋白空间结构高度保守,仅肽聚糖识别蛋白(Peptidolycan recognition protein3,PGLYRP3)的motif3存在鳖科特异性丢失。龟鳖特有的含有脯氨酸、半胱氨酸和缬氨酸的表皮分化蛋白(Epidermal Differentiation protein rich in Proline,Cysteine and Valine,EDPCV)来源于富含脯氨酸的表皮分化蛋白(Epidermal differentiation protein rich in proline 1,EDP1),富含半胱氨酸和缬氨酸,通过串联复制实现基因扩张。研究为进一步研究EDPCV在龟鳖中的作用提供了数据基础和理论依据。展开更多
文摘发掘龟鳖表皮分化复合体(Epidermal Differentiation Complex,EDC)基因的序列特征和进化有助于解析其甲壳表皮特征的遗传基础和演化历史。文章对28个龟鳖的EDC基因进行了比较基因组学鉴定,染色体定位、氨基酸含量、结构域、蛋白空间结构分析和演化历史的重塑。研究结果表明龟鳖EDC基因具有和其他爬行动物相同的四类基因家族,其中简单表皮复合体(Simple epidermal differentiation complex,SEDC)基因家族成员通过多次串联重复事件,实现基因扩张。龟鳖SEDC蛋白氨基酸组成高度多样化,SEDC和S100融合蛋白(S100-fused type proteins,SFTP)蛋白氨基酸含量存在类群(硬壳、软壳、棱皮)特异性,这支持了龟鳖甲壳表皮结构的多样性。龟鳖S100钙结合蛋白A(S100 calcium binding protein A,S100A)和SFTP功能域和蛋白空间结构高度保守,仅肽聚糖识别蛋白(Peptidolycan recognition protein3,PGLYRP3)的motif3存在鳖科特异性丢失。龟鳖特有的含有脯氨酸、半胱氨酸和缬氨酸的表皮分化蛋白(Epidermal Differentiation protein rich in Proline,Cysteine and Valine,EDPCV)来源于富含脯氨酸的表皮分化蛋白(Epidermal differentiation protein rich in proline 1,EDP1),富含半胱氨酸和缬氨酸,通过串联复制实现基因扩张。研究为进一步研究EDPCV在龟鳖中的作用提供了数据基础和理论依据。
