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基于罗汉果治疗糖尿病肾病机制的网络药理学和分子对接分析
1
作者
于洋
田丹
+1 位作者
倪东贺
张铎
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期161-167,共7页
目的:利用网络药理学分析罗汉果对糖尿病肾病(DN)的改善作用,阐明其可能的相关机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)确定罗汉果中的有效成分及其作用靶点。通过DisGeNET数据库和GeneCards数据库筛选DN靶基因。将罗汉果...
目的:利用网络药理学分析罗汉果对糖尿病肾病(DN)的改善作用,阐明其可能的相关机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)确定罗汉果中的有效成分及其作用靶点。通过DisGeNET数据库和GeneCards数据库筛选DN靶基因。将罗汉果与DN靶点进行对比,获取罗汉果对DN的关键靶点。通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,通过Cytoscape软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。采用分子对接技术预测DN核心靶点与罗汉果主要活性成分的结合能力。结果:采用TCMSP数据库结合选入标准共筛选出罗汉果5种活性成分(ZINC03860434、Perlolyrine、beta-sitosterol、Kaempferol和Flazin)及丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (AKT1)、转录因子RELA、c-Jun氨基末端激酶(JUN)和肿瘤坏死因子(TNF)为代表的85个靶点,其中kaempferol所含靶点最多。筛选出的85个靶点中与DN相关的靶点有34个。GO功能富集分析主要涉及氧化应激、炎症及凋亡调控和细胞信号传导等生物学过程(BP)。KEGG信号通路富集分析涉及晚期糖基化终产物(AGE)-AGE受体(AGE-RAGE)信号通路、 TNF信号通路和C型凝集素受体信号通路等。罗汉果主要活性成分与DN靶点蛋白分子对接分析,5种活性成分分子对接结合能均在-8.00~-5.00 kJ·mol^(-1)之间。结论:Kaempferol是罗汉果中对DN治疗最有效的活性成分,其作用机制主要与抑制炎症有关。
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关键词
罗汉果
糖尿病肾病
网络
药理学
炎症因子
蛋白-蛋白互作网络
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职称材料
基于网络药理学分析白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制
被引量：
12
2
作者
白东东
李新圃
+3 位作者
杨峰
罗金印
王旭荣
李宏胜
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2018年第10期2866-2875,共10页
试验利用网络药理学研究方法尝试揭示白头翁汤治疗猪腹泻的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。首先在中药系统药理学分析数据库中检索白头翁汤的所有化学成分、作用靶点,进而利用STRING、DAVID、NCBI数据库,Cytoscape软...
试验利用网络药理学研究方法尝试揭示白头翁汤治疗猪腹泻的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。首先在中药系统药理学分析数据库中检索白头翁汤的所有化学成分、作用靶点,进而利用STRING、DAVID、NCBI数据库,Cytoscape软件构建化合物—靶点网络、蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络、靶点—通路网络,研究白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制。通过化合物的口服利用度和类药性筛选得出白头翁汤11个活性化合物,化合物—靶点网络结果显示,11个活性化合物含有63个相应靶点;白头翁汤作用于猪腹泻的PPI网络图包含45个靶点,主要靶点是雌激素受体1(estrogen receptor,ESR1)、CREB结合蛋白(CREB binding protein,CREBBP)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、雄激素受体(androgen receptor,AR)等,与猪腹泻靶点基因直接相关的靶点是拓扑异构酶Ⅱβ(DNA topoisomeraseⅡ,TOP2B)、ESR1、ESR2、糖皮质激素受体(glucocorticoid receptor,NR3C1)、AR和细胞核受体共激活剂2(nuclear receptor coactivator 2,NCOA2);白头翁汤—猪腹泻PPI网络图关键靶点GO富集条目为5个,其中生物过程、分子功能、细胞组成相关的条目分别有3、1、1个;白头翁汤作用于猪腹泻PPI网络图KEGG信号通路有1条。白头翁汤可能主要通过金鱼草素、掌叶防己碱、8-异戊烯基二氢茆酚-7-葡糖苷、延胡索乙素、足叶草脂素、黄麻苷和8-羟基松脂醇等调控TOP2B、ESR1、ESR2、NR3C1、AR和NCOA2等靶点,基因功能富集于磷脂酶C激活G蛋白偶联受体信号通路、腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、DNA模板转录、类固醇结合、细胞膜的组成部分,以及通过KEGG信号通路中神经活性的配体—受体相互作用信号通路来治疗猪腹泻。
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关键词
白头翁汤
猪腹泻
蛋白
质
-
蛋白
质
互
作
网络
(PPI)
GO富集分析
KEGG信号通路
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职称材料
题名
基于罗汉果治疗糖尿病肾病机制的网络药理学和分子对接分析
1
作者
于洋
田丹
倪东贺
张铎
机构
北华大学附属医院医学影像中心
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期161-167,共7页
基金
国家自然科学基金项目(81771803)。
文摘
目的:利用网络药理学分析罗汉果对糖尿病肾病(DN)的改善作用,阐明其可能的相关机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)确定罗汉果中的有效成分及其作用靶点。通过DisGeNET数据库和GeneCards数据库筛选DN靶基因。将罗汉果与DN靶点进行对比,获取罗汉果对DN的关键靶点。通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,通过Cytoscape软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。采用分子对接技术预测DN核心靶点与罗汉果主要活性成分的结合能力。结果:采用TCMSP数据库结合选入标准共筛选出罗汉果5种活性成分(ZINC03860434、Perlolyrine、beta-sitosterol、Kaempferol和Flazin)及丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (AKT1)、转录因子RELA、c-Jun氨基末端激酶(JUN)和肿瘤坏死因子(TNF)为代表的85个靶点,其中kaempferol所含靶点最多。筛选出的85个靶点中与DN相关的靶点有34个。GO功能富集分析主要涉及氧化应激、炎症及凋亡调控和细胞信号传导等生物学过程(BP)。KEGG信号通路富集分析涉及晚期糖基化终产物(AGE)-AGE受体(AGE-RAGE)信号通路、 TNF信号通路和C型凝集素受体信号通路等。罗汉果主要活性成分与DN靶点蛋白分子对接分析,5种活性成分分子对接结合能均在-8.00~-5.00 kJ·mol^(-1)之间。结论:Kaempferol是罗汉果中对DN治疗最有效的活性成分,其作用机制主要与抑制炎症有关。
关键词
罗汉果
糖尿病肾病
网络
药理学
炎症因子
蛋白-蛋白互作网络
Keywords
Monk fruit
Diabetic nephropathy
Network pharmacology
Inflammation factor
Protein
-
protein interaction
分类号
R285.5 [医药卫生—中药学]
R587.1 [医药卫生—内分泌]
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职称材料
题名
基于网络药理学分析白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制
被引量：
12
2
作者
白东东
李新圃
杨峰
罗金印
王旭荣
李宏胜
机构
中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2018年第10期2866-2875,共10页
基金
国家重点研发项目“畜禽群发普通病防控技术研究”(2017YFD0502200)
甘肃省国际科技合作项目(17YF1WA169)
中国农业科学院奶牛疾病研究创新工程项目(CAAS-ASTIP-2014-LIHPS-03)
文摘
试验利用网络药理学研究方法尝试揭示白头翁汤治疗猪腹泻的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。首先在中药系统药理学分析数据库中检索白头翁汤的所有化学成分、作用靶点,进而利用STRING、DAVID、NCBI数据库,Cytoscape软件构建化合物—靶点网络、蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络、靶点—通路网络,研究白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制。通过化合物的口服利用度和类药性筛选得出白头翁汤11个活性化合物,化合物—靶点网络结果显示,11个活性化合物含有63个相应靶点;白头翁汤作用于猪腹泻的PPI网络图包含45个靶点,主要靶点是雌激素受体1(estrogen receptor,ESR1)、CREB结合蛋白(CREB binding protein,CREBBP)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、雄激素受体(androgen receptor,AR)等,与猪腹泻靶点基因直接相关的靶点是拓扑异构酶Ⅱβ(DNA topoisomeraseⅡ,TOP2B)、ESR1、ESR2、糖皮质激素受体(glucocorticoid receptor,NR3C1)、AR和细胞核受体共激活剂2(nuclear receptor coactivator 2,NCOA2);白头翁汤—猪腹泻PPI网络图关键靶点GO富集条目为5个,其中生物过程、分子功能、细胞组成相关的条目分别有3、1、1个;白头翁汤作用于猪腹泻PPI网络图KEGG信号通路有1条。白头翁汤可能主要通过金鱼草素、掌叶防己碱、8-异戊烯基二氢茆酚-7-葡糖苷、延胡索乙素、足叶草脂素、黄麻苷和8-羟基松脂醇等调控TOP2B、ESR1、ESR2、NR3C1、AR和NCOA2等靶点,基因功能富集于磷脂酶C激活G蛋白偶联受体信号通路、腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、DNA模板转录、类固醇结合、细胞膜的组成部分,以及通过KEGG信号通路中神经活性的配体—受体相互作用信号通路来治疗猪腹泻。
关键词
白头翁汤
猪腹泻
蛋白
质
-
蛋白
质
互
作
网络
(PPI)
GO富集分析
KEGG信号通路
Keywords
Baitouweng decoction
swine diarrhea
protein
-
protein interaction network(PPI)
gene ontology(GO)analysis
KEGG signaling pathway
分类号
R285.5 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于罗汉果治疗糖尿病肾病机制的网络药理学和分子对接分析
于洋
田丹
倪东贺
张铎
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于网络药理学分析白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制
白东东
李新圃
杨峰
罗金印
王旭荣
李宏胜
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2018
12
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