期刊文献+
共找到13篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
红斑丹毒丝菌蛋白间相互作用网络的构建与分析
1
作者 吴雪军 董琦 +2 位作者 周彩琴 章晓炜 刘威 《湖北农业科学》 2025年第7期137-141,共5页
病原菌编码蛋白间的相互作用研究是理解其各项生命活动、揭示信号转导机制、预测潜在药物靶标的重要途径。旨在利用DIP蛋白互作数据库和同源蛋白映射方法,构建红斑丹毒丝菌(Erysipelothrix rhusiopathiae)编码蛋白间的相互作用网络。结... 病原菌编码蛋白间的相互作用研究是理解其各项生命活动、揭示信号转导机制、预测潜在药物靶标的重要途径。旨在利用DIP蛋白互作数据库和同源蛋白映射方法,构建红斑丹毒丝菌(Erysipelothrix rhusiopathiae)编码蛋白间的相互作用网络。结果表明,所构建的互作网络共包含2113对非冗余的相互作用关系,涉及330个蛋白,并绘制了互作网络的拓扑结构图。通过全基因组内蛋白之间的互作频率分析,确定了在红斑丹毒丝菌中互作频率最高的40个蛋白,这些蛋白主要与翻译、转录、分子伴侣等功能相关。伴侣蛋白DnaK、DnaJ、GroEL以及DEAD/DEAH解旋酶的互作频率较高,能与核糖体蛋白、代谢相关、伴侣蛋白、细胞分裂蛋白等多种功能蛋白发生相互作用。若DnaK、DnaJ、GroEL、DEAD/DEAH解旋酶的功能受到抑制,则会对红斑丹毒丝菌的正常生命活动造成较大的影响。 展开更多
关键词 红斑丹毒丝菌(Erysipelothrix rhusiopathiae) 蛋白间相互作用 互作网络
在线阅读 下载PDF
用于蛋白质间相互作用研究的新型双杂交系统 被引量:1
2
作者 薛沿宁 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期229-232,共4页
近年来 ,一些不依赖于转录因子活性的新型双杂交系统相继建立 ,如分离的泛素系统、蛋白质片段互补分析、阻遏物重构分析和SOS恢复系统等。同利用转录因子活性的酵母双杂交系统相似 ,这些方法也利用了一些活性蛋白的结构与功能特点来研... 近年来 ,一些不依赖于转录因子活性的新型双杂交系统相继建立 ,如分离的泛素系统、蛋白质片段互补分析、阻遏物重构分析和SOS恢复系统等。同利用转录因子活性的酵母双杂交系统相似 ,这些方法也利用了一些活性蛋白的结构与功能特点来研究蛋白质间相互作用 ,这些活性蛋白不是转录因子 ,但也可在结构上进行分离并可通过重构使其生物活性得以恢复。由于这些新型双杂交系统的各自特点 ,使得它们成为酵母双杂交系统的有益补充和研究蛋白质间相互作用的有力工具。 展开更多
关键词 双杂交 蛋白相互作用 融合蛋白
在线阅读 下载PDF
基于雷帕霉素与FRB结合的蛋白质间相互作用的相关技术
3
作者 李芹芹 史道华 杨牛牛 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期44-47,共4页
FKBP12-rapamycin复合物的结合位点(FKBP12-rapamycin binding,FRB)为雷帕霉素(rapamycin,RAP)与哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)结合的结构域,基于RAP介导FK506结合蛋白12(12 kD FK506-bin-ging protein,F... FKBP12-rapamycin复合物的结合位点(FKBP12-rapamycin binding,FRB)为雷帕霉素(rapamycin,RAP)与哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)结合的结构域,基于RAP介导FK506结合蛋白12(12 kD FK506-bin-ging protein,FKBP12)与FRB蛋白质相互作用相关研究技术的发展与应用,使人们对小分子介导的蛋白质相互作用有了更多的认识。就研究RAP作用于FRB域及研究FKBP12-RAP-FRB三元复合物形成的相关技术作一综述,为确认新的mTOR抑制剂的作用机制及认识其他蛋白质间相互作用提供参考。 展开更多
关键词 FRB域 雷帕霉素 蛋白相互作用 技术
在线阅读 下载PDF
应用酵母双杂交系统筛选FGFR3相互作用的蛋白质
4
作者 宋瑞华 王建民 +2 位作者 苏楠 黄留红 陈林 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1141-1144,共4页
目的通过酵母双杂交系统从小鼠17.5 d全胚胎cDNA质粒文库中筛选与成纤维细胞生长因子受体3(FG-FR3)相互作用的蛋白质,为研究FGFR3信号通路提供新的线索。方法构建FGFR3胞内区的真核表达载体R3-PI,转化酵母菌AH109。毒性实验及自激活实... 目的通过酵母双杂交系统从小鼠17.5 d全胚胎cDNA质粒文库中筛选与成纤维细胞生长因子受体3(FG-FR3)相互作用的蛋白质,为研究FGFR3信号通路提供新的线索。方法构建FGFR3胞内区的真核表达载体R3-PI,转化酵母菌AH109。毒性实验及自激活实验证实FGFR3胞内区蛋白对酵母细胞无毒性,不存在自激活现象。将小鼠17.5 d全胚胎cDNA质粒文库转入AH109/R3-PI酵母菌中,能够与FGFR3胞内区相互作用的蛋白质。结果通过初步筛选得到3种能够与FGFR3胞内区相互作用的蛋白质,经回复性实验进一步验证CLK4与FGFR3胞内区之间存在相互作用。结论通过筛选发现CLK4与FGFR3胞内区之间存在相互作用,提示FGFR3可能通过CLK4参与能量代谢调节,而CLK4可能通过对FGFR3的磷酸化或去磷酸化调节FGFR3的活性。 展开更多
关键词 FGFR3 酵母双杂交系统 蛋白间相互作用
在线阅读 下载PDF
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌PBP2a相互作用蛋白的筛选 被引量:6
5
作者 原薇薇 杨杰 +7 位作者 王冬梅 胡珍 朱军民 陈志瑾 张俊磊 王嘉丽 刘佳 饶贤才 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期749-753,共5页
目的通过建立细菌双杂交技术,筛选MRSA中与PBP2a相互作用的蛋白。方法利用PCR扩增,获得PBP2a蛋白转肽酶活性区(TPase)的编码基因,插入pRBR构建成诱饵质粒pBR-PBP2a。提取MRSA N315株基因组DNA,经Sau3AⅠ部分酶切后连接到pRAC质粒的BamH... 目的通过建立细菌双杂交技术,筛选MRSA中与PBP2a相互作用的蛋白。方法利用PCR扩增,获得PBP2a蛋白转肽酶活性区(TPase)的编码基因,插入pRBR构建成诱饵质粒pBR-PBP2a。提取MRSA N315株基因组DNA,经Sau3AⅠ部分酶切后连接到pRAC质粒的BamHⅠ位点,获得基因组DNA表达文库;将文库质粒转化入含诱饵质粒pBR-PBP2a的报告菌株KS1,利用细菌双杂交技术进行筛选,获得与诱饵质粒编码的融合蛋白相互作用的猎物,对猎物中编码序列进行DNA测序和生物信息学分析,确定与PBP2a发生相互作用的蛋白质或多肽。结果成功构建了pBR-PBP2a诱饵质粒,可表达PBP2a TPase与大肠埃希菌RNA聚合酶α亚单位N端序列的融合蛋白。所构建的MRSA N315株基因组文库覆盖率达9倍,满足文库筛选的需要。将文库转化含诱饵质粒和报告基因的KS1宿主菌,利用细菌双杂交技术经3次筛选,共获得9个猎物克隆,其报告基因的活性均升高2倍以上,对9个猎物质粒进行了测序,信息学分析表明它们均来自于MRSA N315株基因组,插入片段最长者648 bp,最短者334 bp,9个插入片段中含14个编码基因,其中10个功能未知,1个编码二氢吡啶二羧酸合酶、1个编码二氢吡啶二羧酸还原酶,2个编码染色体解离稳定(SMC)蛋白。9个克隆中介导与PBP2a相互作用的多肽由14~46个氨基酸组成。结论利用细菌双杂交技术从MRSA基因组文库中成功筛选到与PBP2a相互作用的多肽。 展开更多
关键词 基因组DNA文库 PBP2a蛋白 细菌双杂交系统 蛋白相互作用
在线阅读 下载PDF
新冠病毒入侵过程中spike与人体ACE2相互作用的受力分析 被引量:1
6
作者 李振海 胡炜 +1 位作者 费攀宇 陈伟 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第S01期83-83,共1页
2019年爆发的新冠病毒引起的新冠肺炎蔓延至全球。至今已造成上亿人的感染,百万人死亡。新冠病毒严重影响了人类的健康,乃至日常出行、工作、生活等方方面面。新冠病毒借助其表面的突刺蛋白(spike)与人体细胞表面的血管紧张素转换酶2(an... 2019年爆发的新冠病毒引起的新冠肺炎蔓延至全球。至今已造成上亿人的感染,百万人死亡。新冠病毒严重影响了人类的健康,乃至日常出行、工作、生活等方方面面。新冠病毒借助其表面的突刺蛋白(spike)与人体细胞表面的血管紧张素转换酶2(angiotensin-converting enzyme 2,ACE2)相互作用进入人体细胞,从而实现对人的感染。前人的研究已表明各种蛋白质间相互作用往往都受到外力影响。本文相信,spike/ACE2间相互作用亦会受到外力调控。 展开更多
关键词 ACE2 血管紧张素转换酶2 病毒入侵 蛋白相互作用 外力影响 人体细胞 ANGIOTENSIN
在线阅读 下载PDF
应用酵母双杂交系统筛选新基因Collectrin相关蛋白 被引量:1
7
作者 张宏 张艳玲 +2 位作者 梁秀彬 侯平 王海燕 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期180-184,共5页
Collectrin是在小鼠 5 6肾切除后 ,在肾小球的高滤过、高增生期分离克隆的一个新基因 .通过酵母双杂交系统从人肾脏cDNA文库中筛选与collectrin相互作用的蛋白 ,可以为该基因的功能研究提供线索 .构建collectrin的真核表达载体collectr... Collectrin是在小鼠 5 6肾切除后 ,在肾小球的高滤过、高增生期分离克隆的一个新基因 .通过酵母双杂交系统从人肾脏cDNA文库中筛选与collectrin相互作用的蛋白 ,可以为该基因的功能研究提供线索 .构建collectrin的真核表达载体collectrin pGBKT7 c myc ,转化酵母菌AH10 9.Western印迹证实 ,collectrin蛋白能够在酵母中正常表达 ,对酵母细胞无毒性 ,不存在自激活现象 .将AH10 9 collectrin pGBKT7 c myc与转化了成人肾脏cDNA文库的酵母菌Y187接合 ,共筛选到 5个与细胞代谢有关的蛋白 ,包括鞘磷脂激活蛋白、精氨琥珀酸合成酶、氨基酸转运蛋白XAT2、NADH脱氢酶 1和金属硫蛋白 2A .由此推论 ,collectrin可能通过与细胞内某些酶类相互作用而影响细胞代谢 ,为新基因collectrin的功能研究提供了重要线索 . 展开更多
关键词 collectrin 酵母双杂交系统 蛋白间相互作用
在线阅读 下载PDF
蛋白质芯片技术研究进展 被引量:1
8
作者 于洋 李敬双 《畜牧兽医科技信息》 2010年第12期4-5,共2页
蛋白质芯片亦被称为蛋白质微阵列。除了在蛋白质间相互作用,前导药物发现等基础研究领域得到重要的应用之外,蛋白芯片技术业已被应用到疾病过程的生物标志分子发现,传染性疾病的分子诊断等应用研究领域。蛋白质芯片所具有的高通量,微... 蛋白质芯片亦被称为蛋白质微阵列。除了在蛋白质间相互作用,前导药物发现等基础研究领域得到重要的应用之外,蛋白芯片技术业已被应用到疾病过程的生物标志分子发现,传染性疾病的分子诊断等应用研究领域。蛋白质芯片所具有的高通量,微型化,高自动化特征弥补和扩增了常规的分子诊断技术。 展开更多
关键词 蛋白质微阵列 芯片技术 分子诊断技术 蛋白相互作用 蛋白质芯片 传染性疾病 基础研究 药物发现
在线阅读 下载PDF
基于EPSTI1表达的临床病理特征列线图预测肾透明细胞癌预后
9
作者 曾澄龙 吴筱辉 +5 位作者 林博涵 邱钱仁顺 郑清水 许宁 薛学义 陈少豪 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期595-601,共7页
目的:构建基于上皮间质相互作用蛋白1(epithelial-stromal interaction protein 1,EPSTI1)预后列线图预测肾透明细胞癌的预后。方法:回顾性分析2012年1月至2015年12月于福建医科大学附属第一医院221例接受手术治疗的肾透明细胞癌患者和T... 目的:构建基于上皮间质相互作用蛋白1(epithelial-stromal interaction protein 1,EPSTI1)预后列线图预测肾透明细胞癌的预后。方法:回顾性分析2012年1月至2015年12月于福建医科大学附属第一医院221例接受手术治疗的肾透明细胞癌患者和TCGA数据库中533例肾透明细胞癌患者数据,对癌旁正常组织和癌组织标本进行免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)染色,分析EPSTI1的表达差异及与临床病理特征的相关性。对EPSTI1高表达与低表达患者的总生存期(overall survival,OS)和无病生存期(disease-free survival,DFS)进行Kaplan-Meier生存分析,采用单因素和多因素Cox比例风险模型分析OS的预后因素,进一步构建列线图模型并验证。结果:与癌旁正常肾组织比较,肾透明细胞癌组织中EPSTI1的IHC评分和m RNA表达水平均显著高于正常组织(均P<0.001),且在高T分期的癌组织中表达更高(P=0.036,P=0.006);EPSTI1蛋白表达与肿瘤最大径、TNM分期相关(P=0.002,P=0.032);EPSTI1低表达组OS、DFS均优于高表达组(P=0.046,P=0.003,P=0.001);单因素和多因素Cox回归分析结果显示,EPSTI1蛋白高表达、WHO/ISUP分级、AJCC/TNM分期是影响肾透明细胞癌患者预后不良的独立危险因素(P=0.009,P=0.039,P<0.001);基于上述变量构建的预后列线图模型对患者5年OS预测能力优于AJCC/TNM分期,校准曲线显示模型预测值与实际值间具有良好的一致性。结论:基于EPSTI1、AJCC/TNM分期和WHO/ISUP分级建立的列线图模型对肾透明细胞癌预后具有较强的预测能力。 展开更多
关键词 肾透明细胞癌 上皮相互作用蛋白1 列线图
在线阅读 下载PDF
加载历史对低刚度下P-选择素-PSGL-1键寿命的影响
10
作者 章燕 孙淦云 +2 位作者 吕守芹 李宁 龙勉 《医用生物力学》 EI CAS CSCD 2009年第S1期26-27,共2页
关键词 加载历史 选择素 低刚度 寿命 加载率 配体分子 蛋白相互作用 受体 调控因素 炎症反应
在线阅读 下载PDF
面向多肽的分子对接算法性能对比研究 被引量:1
11
作者 罗浩 刘宇 吴思晋 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2017年第14期111-116,154,共7页
蛋白质-多肽间相互作用是计算生物学中的热门方向,对其结合的精确预测对于了解体内复杂的信号通路以及蛋白质功能,及进一步进行药物设计有着至关重要的作用。蛋白质-多肽对接方法能够有效地模拟蛋白质-多肽间相互作用,其对接性能直接决... 蛋白质-多肽间相互作用是计算生物学中的热门方向,对其结合的精确预测对于了解体内复杂的信号通路以及蛋白质功能,及进一步进行药物设计有着至关重要的作用。蛋白质-多肽对接方法能够有效地模拟蛋白质-多肽间相互作用,其对接性能直接决定模拟实验的准确性和成功与否。针对当前主要的蛋白质-多肽对接方法,综合测试了其算法性能;同时将本实验室开发的基于全信息粒子群算法的分子对接工具FIPSDock(Fully-Informed-ParticleSwarm-Dock)延伸到蛋白质-多肽对接领域,并评估其性能。利用标准蛋白质-多肽对接数据集(pepti DB)的21个测试例及13个定制测试例进行性能测试,主要对比分析了各算法的成功率和对接精度。结果表明FIPSDock可用于蛋白质-多肽对接,并相对于其他对接算法展示出优异的性能。 展开更多
关键词 多肽对接 蛋白质-多肽相互作用 结合位点预测 对接优化
在线阅读 下载PDF
捻转血矛线虫酵母双杂交cDNA文库的构建及鉴定
12
作者 张惠 黄艳 +6 位作者 周静茹 吴飞 童丹妮 陈学秋 杨怡 马光旭 杜爱芳 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期247-253,共7页
为构建捻转血矛线虫cDNA文库,进一步研究捻转血矛线虫蛋白互作机制以及为筛选捻转血矛线虫互作蛋白提供依据,本研究以捻转血矛线虫L3期幼虫为材料,利用TriZol法提取捻转血矛线虫总RNA;使用试剂盒构建捻转血矛线虫的cDNA文库,并对cDNA进... 为构建捻转血矛线虫cDNA文库,进一步研究捻转血矛线虫蛋白互作机制以及为筛选捻转血矛线虫互作蛋白提供依据,本研究以捻转血矛线虫L3期幼虫为材料,利用TriZol法提取捻转血矛线虫总RNA;使用试剂盒构建捻转血矛线虫的cDNA文库,并对cDNA进行均一化处理,再将纯化后的cDNA与线性化的pGADT7-Rec重组构建的文库质粒转化至Y187酵母中,构建出酵母转录激活结构域(activationdomain,AD)文库。结果表明:本研究构建了重组率为100%,插入片段平均长度为1000 bp,工作液细胞密度大于3.5×10^(7)CFU/mL的捻转血矛线虫均一化酵母AD文库;所构建的表达文库各项指标均达标,符合酵母双杂交筛选要求。本文库为捻转血矛线虫的分子机制研究以及疫苗的开发奠定了基础。 展开更多
关键词 捻转血矛线虫 CDNA文库 酵母双杂交系统 蛋白相互作用
在线阅读 下载PDF
基于深度学习的PPI关系抽取方法研究进展
13
作者 唐詹 王龙鹤 +3 位作者 郭旭超 周晗 刁磊 李林 《计算机应用与软件》 北大核心 2023年第5期1-9,共9页
蛋白质间相互作用(protein-protein interaction,PPI)在几乎全部的生命活动中发挥着极其重要的作用,如何准确、高效地自动化抽取出科学文献中的PPI关系有着十分重要的研究意义。深度学习作为机器学习的一个重要分支,由于其强大的学习能... 蛋白质间相互作用(protein-protein interaction,PPI)在几乎全部的生命活动中发挥着极其重要的作用,如何准确、高效地自动化抽取出科学文献中的PPI关系有着十分重要的研究意义。深度学习作为机器学习的一个重要分支,由于其强大的学习能力和特征提取能力,在PPI关系抽取领域得到了广大研究者的关注。对现有基于深度学习的PPI关系抽取方法进行阐述,对这些方法的实验数据及其构成组件进行对比分析,总结这些方法存在的问题,展望可以改进的研究方向。 展开更多
关键词 蛋白相互作用 关系抽取 深度学习 自然语言处理
在线阅读 下载PDF
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部