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小分子与蛋白质相互作用研究的新方法-PELSA
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作者 唐致恒 刘小云 《质谱学报》 北大核心 2025年第1期1-2,共2页
小分子-蛋白质相互作用在生命活动中发挥着重要作用,广泛参与几乎所有的生物学过程。蛋白质与小分子配体(如药物、代谢物、金属离子和核酸等)的结合能够调控蛋白质的结构、功能及其生物学活性。因此,研究蛋白质-小分子相互作用对于药物... 小分子-蛋白质相互作用在生命活动中发挥着重要作用,广泛参与几乎所有的生物学过程。蛋白质与小分子配体(如药物、代谢物、金属离子和核酸等)的结合能够调控蛋白质的结构、功能及其生物学活性。因此,研究蛋白质-小分子相互作用对于药物开发、生物分子功能解析及疾病机制研究都具有重要意义。然而,与蛋白质-蛋白质互作相比,研究小分子-蛋白质互作的有效工具则明显不足。例如,如何规模化筛选小分子的蛋白靶标并实现其精准鉴定至今仍是一项非常有挑战性的任务。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 蛋白质互作 广泛参与 生物分子 功能解析 分子相互作用 药物开发 有效工具
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用于解析蛋白质-代谢物相互作用的蛋白质组学技术
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作者 刘畅 秦洪强 叶明亮 《质谱学报》 北大核心 2025年第5期532-541,I0001,共11页
代谢物可通过共价或非共价方式与多种蛋白质相互作用,进而调控蛋白质功能。然而,许多此类相互作用非常短暂且亲和力低,并且存在高度动态性,其相互作用网络的复杂性导致蛋白质-代谢物相互作用的系统性鉴定面临极大挑战。近年来,基于质谱... 代谢物可通过共价或非共价方式与多种蛋白质相互作用,进而调控蛋白质功能。然而,许多此类相互作用非常短暂且亲和力低,并且存在高度动态性,其相互作用网络的复杂性导致蛋白质-代谢物相互作用的系统性鉴定面临极大挑战。近年来,基于质谱的蛋白质组学技术发展迅速,可无偏倚地系统描绘蛋白质-代谢物相互作用。本文综述了近5年用于解析蛋白质-代谢物相互作用的蛋白质组学技术进展,包括与目标代谢物“匹配”的竞争性活性探针、基于化学反应的直接捕获方法等,并深入讨论这些方法的优势、局限性及应用场景,以期为蛋白质-代谢物相互作用的研究提供参考。 展开更多
关键词 蛋白质-代谢物相互作用 翻译后修饰 非共价结合 蛋白质组学
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分析超速离心-沉降速率法研究蛋白质-蛋白质相互作用
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作者 常卿 褚文丹 +3 位作者 芦亚菲 杨姊 曲娜 李文奇 《生物学杂志》 北大核心 2025年第5期111-116,共6页
分析超速离心-沉降速率法(AUC-SV)是一种用于确定溶液中分子大小和形状的经典生物物理技术,可以根据分子之间在相互作用过程中形成的复合物的数量、大小、化学计量学和亲和力来描述它们之间的相互作用。通过AUC-SV建立免疫相关的重要标... 分析超速离心-沉降速率法(AUC-SV)是一种用于确定溶液中分子大小和形状的经典生物物理技术,可以根据分子之间在相互作用过程中形成的复合物的数量、大小、化学计量学和亲和力来描述它们之间的相互作用。通过AUC-SV建立免疫相关的重要标记分子免疫球蛋白Fc区受体IIb(CD32b)和人IgG1抗体的Fc之间的受体和配体相互作用分析的方法,并与表面等离子共振(SPR)技术和微量热泳动(MST)技术等体外相互作用分析方法进行平行比较,进一步验证了SV-AUC研究蛋白质-蛋白质相互作用的方法可靠性。 展开更多
关键词 分析超速离心-沉降速率法 蛋白质-蛋白质相互作用 免疫球蛋白Fc区受体IIb 抗体Fc片段
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基于药物子结构与蛋白质三维图信息的化合物-蛋白质相互作用预测
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作者 李亚茹 王倩倩 +1 位作者 车超 朱德恒 《计算机科学》 北大核心 2025年第9期71-79,共9页
药物通过与蛋白质相互作用来抑制或激活特定蛋白质的功能,从而发挥治疗作用。近年来,深度学习方法在化合物蛋白质相互作用预测中取得显著进展。然而,现有的大多数研究仍然侧重于从药物和蛋白质的整体特征进行提取,对于药物和靶点的信息... 药物通过与蛋白质相互作用来抑制或激活特定蛋白质的功能,从而发挥治疗作用。近年来,深度学习方法在化合物蛋白质相互作用预测中取得显著进展。然而,现有的大多数研究仍然侧重于从药物和蛋白质的整体特征进行提取,对于药物和靶点的信息探索不足,忽视了蛋白质结构的三维空间信息以及药物关键子结构在化合物蛋白质相互作用预测中的作用。针对这一问题,提出了一种新的模型,其结合药物的官能团、整体结构图以及蛋白质的序列和三维空间图信息,将图神经网络和注意力机制融合,进行高效的特征学习与预测。在Human和C.elegans公开数据集上的实验结果表明,所提模型在CPI预测中表现出色,在ACC,AUROC和AUPR指标上有1%以上的提升,在非平衡数据集上表现出稳定的性能优势。 展开更多
关键词 化合物-蛋白质相互作用预测 药物子结构 蛋白质结构预测 图神经网络 深度学习
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啤酒花来源的α-酸/黄腐酚与蛋白质Z相互作用及构效关系表征
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作者 王立敏 彭孟妍 +1 位作者 马长伟 吴子健 《食品与机械》 北大核心 2025年第6期9-16,共8页
[目的]探究两种结构不同的酒花小分子(α-酸和黄腐酚)与大麦蛋白质Z之间的相互作用机理及两者的构效关系。[方法]利用溶剂浸提和阴离子交换柱分别制备了纯度较高的α-酸和蛋白质Z;采用多重光谱表征了α-酸/黄腐酚与蛋白质Z之间的相互作... [目的]探究两种结构不同的酒花小分子(α-酸和黄腐酚)与大麦蛋白质Z之间的相互作用机理及两者的构效关系。[方法]利用溶剂浸提和阴离子交换柱分别制备了纯度较高的α-酸和蛋白质Z;采用多重光谱表征了α-酸/黄腐酚与蛋白质Z之间的相互作用及蛋白质的构象变化;通过分子动力学模拟对α-酸/黄腐酚与蛋白质Z的交互模式和分子结合机制进一步探究。[结果]α-酸和黄腐酚均可猝灭蛋白质Z的内源性荧光,且α-酸表现为红移,黄腐酚表现为蓝移,两种分子的结合化学计量均接近1∶1;分子动力学结果显示,两种酒花小分子与蛋白质Z之间的作用力以氢键和疏水相互作用为主。[结论]黄腐酚对蛋白质Z的结合亲和力强于α-酸。 展开更多
关键词 啤酒花 黄腐酚 Α- 蛋白质Z 互作机制 分子动力学模拟 构效关系
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PPIS-MFH:集成ViT的多特征混合网络预测蛋白质相互作用位点
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作者 胡昭龙 胡春玲 +1 位作者 胡瑞捷 郭龙菊 《计算机科学》 北大核心 2025年第S2期185-193,共9页
通过深入研究蛋白质-蛋白质相互作用位点(PPIS),能够揭示生命在分子层面运作的深层原理。然而现有方法鉴定PPIS复杂且耗时,需要更精确的模型进行PPIS预测。尽管基于注意力机制和卷积神经网络(CNN)的深度学习方法在PPIS预测方面取得了进... 通过深入研究蛋白质-蛋白质相互作用位点(PPIS),能够揭示生命在分子层面运作的深层原理。然而现有方法鉴定PPIS复杂且耗时,需要更精确的模型进行PPIS预测。尽管基于注意力机制和卷积神经网络(CNN)的深度学习方法在PPIS预测方面取得了进展,但在氨基酸特性表征上仍存在局限。为了有效捕捉蛋白质序列中远距离的依赖关系,并准确地表征氨基酸的特性,提出了一种用于预测蛋白质-蛋白质相互作用位点的多特征混合网络(Multi-feature hybrid networks)——PPIS-MFH,通过结合全局序列特征与局部序列特征对PPIS进行预测。对于局部序列特征,PPIS-MFH模型融合了Vision Transformer(ViT)模块,该模块能够捕获蛋白质序列中的远距离依赖性,并提取局部特征。对于全局序列特征,模型PPIS-MFH通过由文本卷积神经网络(TextCNN)并引入注意力机制的文本循环神经网络(TextRNN-Attention)构成的特征交叉网络,利用双向门控循环单元网络来识别蛋白质序列中氨基酸间的内在联系。在4个数据集上对PPIS-MFH模型进行了评估,将其与8种同类方法进行了比较。实验结果显示在大多数指标上,所提方法优于其他的同类方法。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用位点 注意力机制 文本卷积神经网络 双向门控循环单元网络 特征交叉网络
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基于相互作用蛋白质的质谱鉴定揭示高尔基体蛋白73对RNA剪接效率的调控作用
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作者 张畅 刘慕仪 +3 位作者 杨孟欣 万禄明 钟辉 魏从文 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第3期404-414,共11页
蛋白质-蛋白质相互作用在细胞的生化功能中扮演极为重要的角色,深入解析蛋白质相互作用关系是理解细胞生命活动的关键。本研究以高尔基体蛋白73(golgi protein 73,GP73)为研究对象,利用经典的免疫共沉淀联合质谱技术系统挖掘了GP73的相... 蛋白质-蛋白质相互作用在细胞的生化功能中扮演极为重要的角色,深入解析蛋白质相互作用关系是理解细胞生命活动的关键。本研究以高尔基体蛋白73(golgi protein 73,GP73)为研究对象,利用经典的免疫共沉淀联合质谱技术系统挖掘了GP73的相互作用蛋白质,力求进一步解析GP73的分子功能。选取肝癌细胞系HepG2,利用慢病毒感染技术构建过表达GP73-3Flag的稳定细胞系,免疫共沉淀联合质谱检测鉴定出78个高置信的GP73相互作用蛋白质,生物信息学分析提示,GP73与近40个细胞核蛋白质存在相互作用,并参与RNA运输、剪接和翻译等生物学过程,进一步的免疫荧光和细胞核蛋白质分离实验证实,GP73在多种肿瘤细胞中的细胞核定位,在78个相互作用蛋白质的基础上进一步筛选出与mRNA剪接相关的蛋白质相互作用网络,并通过免疫共沉淀验证了GP73与HNRNPH3、SMN1、RBM14、NCBP1等7种蛋白质存在相互作用。Minigene剪接实验提示,过表达GP73抑制细胞对pre-mRNA的剪接效率。本研究拓展了对GP73蛋白功能的认识和理解,有助于解释其在细胞生物学中的重要角色及其与疾病的潜在关联。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 高尔基体蛋白73 免疫共沉淀联合质谱检测 生物信息学分析 细胞核定位 剪接效率
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基于光谱技术的多糖与蛋白质相互作用研究 被引量:2
8
作者 牛付阁 廖华斌 +5 位作者 顾斐娜 高一 李哲 曹晏任 周娱 潘伟春 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2174-2182,共9页
为揭示大分子拥挤剂葡聚糖-70(dextran-70)对蛋白质构象和微环境的影响,利用紫外光谱、荧光光谱、同步荧光、荧光量子产率及微流变等技术手段,研究葡聚糖-70添加后溶菌酶(Lys)、牛血清白蛋白(BSA)、β-乳球蛋白(BLG)微观构象的变化。结... 为揭示大分子拥挤剂葡聚糖-70(dextran-70)对蛋白质构象和微环境的影响,利用紫外光谱、荧光光谱、同步荧光、荧光量子产率及微流变等技术手段,研究葡聚糖-70添加后溶菌酶(Lys)、牛血清白蛋白(BSA)、β-乳球蛋白(BLG)微观构象的变化。结果表明,添加葡聚糖-70会改变蛋白,尤其是BLG蛋白的三级结构;葡聚糖-70引起蛋白质氨基酸微环境的变化,使蛋白质更趋向于疏水环境;荧光光谱显示,葡聚糖-70会导致蛋白质内源性荧光的猝灭,同时色氨酸和酪氨酸残基移向更加疏水的环境;葡聚糖-70对蛋白质量子产率的影响较小,对Lys的影响更为明显;微流变结果显示,随着葡聚糖-70浓度的增加,混合体系的复数模量和复数粘度增加、蛋白质分子运动速度减慢,可能是蛋白质与葡聚糖-70之间的相互作用所致。本研究结果可为蛋白质和多糖类食品体系的结构设计提供技术支持。 展开更多
关键词 蛋白质 多糖 分子拥挤试剂 相互作用
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核酸条形码技术:扩展蛋白质-蛋白质相互作用检测通量的新方法
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作者 李林鑫 秦晓红 米立志 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期281-294,共14页
蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation ... 蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation sequencing,NGS)发展快速,能在几天内测定超过10亿个模板的DNA序列。由于并行DNA测序技术所特有的敏感性、特异性、高通量和多路复用优势,其已被用作广谱分子计数器,应用于基因组测序和转录物组测序等领域。核酸条形码技术通过将寡核苷酸标签与目标蛋白质连接起来,从而标记编码蛋白质。之后,利用高通量的测序方法检测相互作用的蛋白质,实现了PPI的高通量检测。这一技术推动了PPI检测方法的飞速发展,提升了单次实验检测的通量,为构建PPI网络提供了强有力的技术支持。本文详细阐述了核酸条形码在PPI检测方法中的设计、生成和读取;通过分析核酸条形码技术在PPI研究中的应用范例,探讨了各自的优势和不足,并评估了数据的可靠性,讨论了基于核酸条形码技术的PPI检测方法未来的发展趋势。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 核酸条形码检测技术 下一代测序技术
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基于分子光谱法、热动力学分析法和分子对接技术的丁香酸甲酯和人血清白蛋白相互作用机制的研究
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作者 朱鑫麗 张晶晶 +2 位作者 胡童霞 吴帆 李红亮 《理化检验(化学分册)》 北大核心 2025年第8期885-891,共7页
丁香酸甲酯作为特定蜂蜜的特征性标志物,在进入人体后可与人血清白蛋白(HSA)结合并通过血液循环实现全身运输,但目前对二者的相互作用机制尚缺乏系统研究。为此,采用题示方法系统考察了丁香酸甲酯与HSA相互作用的荧光猝灭特性、分子间... 丁香酸甲酯作为特定蜂蜜的特征性标志物,在进入人体后可与人血清白蛋白(HSA)结合并通过血液循环实现全身运输,但目前对二者的相互作用机制尚缺乏系统研究。为此,采用题示方法系统考察了丁香酸甲酯与HSA相互作用的荧光猝灭特性、分子间作用力类型、能量转移机制及特异性结合模式。采用荧光光谱法、紫外-可见吸收光谱法和热动力学分析法分析,结果显示,丁香酸甲酯与HSA以5.82 nm的结合距离通过氢键、范德华力和疏水相互作用力相结合,引发非辐射能量转移,导致HSA发生动态荧光猝灭并伴随最大发射波长红移;同步荧光光谱法分析结果表明,随着丁香酸甲酯浓度的增大,色氨酸(Trp)残基和酪氨酸(Tyr)残基的特征荧光强度逐渐降低,提示HSA微环境疏水性下降,肽链伸展程度增加,蛋白质构象发生改变;分子对接模型显示,丁香酸甲酯可进入HSA结合口袋,与氨基酸残基,如Tyr残基Tyr-138和组氨酸(His)残基His-146等形成氢键,这一特异性结合模式可能是产生上述现象的结构基础。研究阐明了丁香酸甲酯与HSA的动态相互作用机制,可为深入理解蜂蜜特征成分的体内运输过程及其潜在生理功能提供重要的理论基础。 展开更多
关键词 荧光光谱法 热动力学分析法 分子对接技术 紫外-可见吸收光谱法 丁香酸甲酯 人血清白蛋白 相互作用机制
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干法工艺中废胶粉与沥青-集料界面的相互作用行为
11
作者 田小革 李光耀 +3 位作者 高凯 吴清浩 黄思丹 谢振 《化工进展》 北大核心 2025年第9期5174-5183,共10页
为了揭示干法工艺中废胶粉与沥青-集料界面在相互作用过程中的微观黏附特性及扩散迁移行为,基于分子动力学模拟技术建立了干法工艺中废胶粉与沥青-集料体系的共混模型,研究了其在不同温度、不同作用时间下的均方位移(MSD)、扩散系数(MDC... 为了揭示干法工艺中废胶粉与沥青-集料界面在相互作用过程中的微观黏附特性及扩散迁移行为,基于分子动力学模拟技术建立了干法工艺中废胶粉与沥青-集料体系的共混模型,研究了其在不同温度、不同作用时间下的均方位移(MSD)、扩散系数(MDC)、相对浓度分布及界面能演变规律。通过黏附性试验分析了干法工艺中废胶粉与沥青膜的界面分离形式。结果表明,干法工艺中废胶粉与沥青的扩散行为体现为双向迁移的过程,废胶粉逐渐向沥青层扩散,沥青亦逐渐融合废胶粉并扩散至集料表面,从而形成稳定体系。扩散过程中的MSD与MDC随温度升高而增大。干法工艺中废胶粉在集料表面的初始浓度分布极高,随时间推移,浓度逐渐下降。废胶粉的引入改变了沥青组分在集料表面的分布,有效提升了沥青与集料之间的界面能。此外,室内黏附性试验结果与分子模拟结果相一致,进一步为探讨干法工艺中废胶粉与沥青-集料界面的相互作用行为提供了有价值的参考。 展开更多
关键词 废胶粉 干法工艺 沥青-集料界面 相互作用 分子动力学
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纳米材料-蛋白质界面相互作用的分子机制 被引量:5
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作者 侯静菲 杨延莲 王琛 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第1期63-79,共17页
纳米材料由于其优异的性能在化工、电子、机械、环境、能源、航天等各个领域已经得到了广泛的应用,并且在生物医学方面的应用越来越受到重视。纳米材料-蛋白质界面相互作用是纳米生物医学领域重要的科学问题,对于纳米材料的生物医学应... 纳米材料由于其优异的性能在化工、电子、机械、环境、能源、航天等各个领域已经得到了广泛的应用,并且在生物医学方面的应用越来越受到重视。纳米材料-蛋白质界面相互作用是纳米生物医学领域重要的科学问题,对于纳米材料的生物医学应用以及生物安全性评价至关重要。蛋白质分子与纳米材料在界面的相互作用,一方面可以诱导蛋白质的构象、组装结构甚至功能的改变,另一方面可以引起纳米材料的表面亲疏水性、电荷性质等表面物理化学性质的改变。基于蛋白质与纳米材料相互作用检测技术及结果,本文从分子水平阐述了纳米材料与蛋白质分子在界面之间的相互作用机理及相应的结构与性质的变化,从而可以深化对两者之间复杂的相互作用机制的理解,对于推进纳米材料在生物医学的应用及健康、安全、持续发展具有重要意义。 展开更多
关键词 纳米材料 蛋白质 界面 相互作用 生物医学应用 分子机制
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应用平衡透析法分析药物小分子与蛋白质相互作用 被引量:9
13
作者 李瑞光 陈历俊 +1 位作者 姜铁民 徐晨 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期80-84,共5页
蛋白质的相关信息一直是生命科学研究的重点,其中药物小分子与蛋白质的相互作用成为近年来的研究热点。平衡透析法是研究药物小分子与蛋白质相互作用的经典方法,通过该方法可以定量的讨论药物小分子与蛋白质结合的结合数量、结合常数。... 蛋白质的相关信息一直是生命科学研究的重点,其中药物小分子与蛋白质的相互作用成为近年来的研究热点。平衡透析法是研究药物小分子与蛋白质相互作用的经典方法,通过该方法可以定量的讨论药物小分子与蛋白质结合的结合数量、结合常数。就平衡透析法用于分析药物小分子与蛋白质的作用方式、作用模型及国内外研究进展进行综述。 展开更多
关键词 平衡透析 药物小分子 蛋白质 相互作用
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平衡透析法用于有机小分子和蛋白质相互作用研究进展 被引量:4
14
作者 杨海艳 王公轲 +2 位作者 陈得军 卢秀敏 卢雁 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期93-97,共5页
生物大分子是近年来生命科学研究的热点和难点之一,有关蛋白质的各类研究也是人们比较感兴趣的课题.平衡透析法是定量研究蛋白质与有机小分子相互作用的经典方法.通过平衡透析法的研究我们可以讨论蛋白质与有机小分子的结合数目、结合... 生物大分子是近年来生命科学研究的热点和难点之一,有关蛋白质的各类研究也是人们比较感兴趣的课题.平衡透析法是定量研究蛋白质与有机小分子相互作用的经典方法.通过平衡透析法的研究我们可以讨论蛋白质与有机小分子的结合数目、结合平衡常数及作用力情况等.近年来,国内外学者在此方面做了大量的工作,提出了各种各样的结合模型.本文就此方面的研究进行综述. 展开更多
关键词 蛋白质 有机小分子 相互作用 平衡透析
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表面等离子体共振技术在蛋白质-蛋白质相互作用研究中的应用 被引量:12
15
作者 杨彦 戴宗 邹小勇 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第11期1344-1350,共7页
表面等离子共振(SPR)近年来迅速发展为用于分析生物分子相互作用的一项技术。该技术无需标记、特异性强、灵敏度高、样品用量小,可实现在线连续实时检测。目前SPR已被广泛应用于免疫学、蛋白质组学、药物筛选、细胞信号转导、受体/配体... 表面等离子共振(SPR)近年来迅速发展为用于分析生物分子相互作用的一项技术。该技术无需标记、特异性强、灵敏度高、样品用量小,可实现在线连续实时检测。目前SPR已被广泛应用于免疫学、蛋白质组学、药物筛选、细胞信号转导、受体/配体垂钓等领域。该文阐述了基于表面等离子体共振技术生物传感器的基本原理和技术流程,综述了SPR在蛋白质-蛋白质相互作用动力学研究、蛋白质结构及功能研究、蛋白质突变和碎片分析、信号转导中的应用以及SPR在蛋白质-蛋白质相互作用研究中的多项关键技术。指出SPR通过与光谱、电化学等多技术联用后,可以获得更加详实的信息。 展开更多
关键词 表面等离子体共振 蛋白质-蛋白质相互作用 综述
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蛋白质-蛋白质相互作用界面统计分析 被引量:3
16
作者 高莹 来鲁华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第7期676-679,共4页
以作者开发的从蛋白质结合部位推导出其界面所具有的疏水性质和氢键性质的计算程序PP_SITE为基础,利用蛋白质结构数据库(PDB),对蛋白质-蛋白质相互作用界面进行了统计分析.从PDB中挑出非冗余的链间相互作用对,计算出这个数据集中所有链... 以作者开发的从蛋白质结合部位推导出其界面所具有的疏水性质和氢键性质的计算程序PP_SITE为基础,利用蛋白质结构数据库(PDB),对蛋白质-蛋白质相互作用界面进行了统计分析.从PDB中挑出非冗余的链间相互作用对,计算出这个数据集中所有链间界面的疏水和氢键相互作用特征.对得到的界面特征进行统计分析,寻找能够明显聚类的界面特征.结果表明,界面大小、氢键和疏水相互作用在界面所占比例以及疏水相互作用的集中程度可以作为分类的依据. 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 PP_SITE程序 界面分类
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基于质谱的蛋白质激酶-小分子相互作用研究进展
17
作者 陈津 王方军 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2018年第8期1314-1321,共8页
蛋白质激酶在生命过程中起着关键的调节作用,蛋白质激酶的异常往往会导致恶性疾病如癌症的发生。靶向蛋白质激酶的小分子抑制剂为相关疾病的治疗提供了切实可行的方案,因此研究蛋白质激酶-小分子的相互作用对于靶向药物的开发具有重要... 蛋白质激酶在生命过程中起着关键的调节作用,蛋白质激酶的异常往往会导致恶性疾病如癌症的发生。靶向蛋白质激酶的小分子抑制剂为相关疾病的治疗提供了切实可行的方案,因此研究蛋白质激酶-小分子的相互作用对于靶向药物的开发具有重要作用。质谱作为一种高精度、高通量、高灵敏度的分析仪器,在蛋白质-小分子相互作用研究领域的应用得到了快速发展。本综述总结了质谱技术应用于蛋白质激酶-小分子相互作用研究的主要策略和最新进展,探讨比较各种方法的优缺点。基于质谱的分析方法将有助于从分子水平上深刻揭示蛋白质激酶-小分子的相互作用机理,为靶向药物的设计开发提供新的思路。 展开更多
关键词 蛋白质激酶 小分子抑制剂 相互作用 激酶 质谱
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磷脂酰丝氨酸分子印迹聚合物对血浆外泌体的富集与蛋白质组学分析
18
作者 程显惠 于文静 +2 位作者 王冬雪 姜丽艳 胡良海 《色谱》 北大核心 2025年第5期539-546,共8页
外泌体是肿瘤标志物的重要来源,血浆作为最常用的临床体液之一,其组成较为复杂且存在大量高丰度蛋白质的干扰,如何有效地从血浆中分离外泌体是临床研究的重要挑战之一。本研究将磷脂酰丝氨酸分子印迹聚合物(PS-MIP)用于血浆外泌体的富集... 外泌体是肿瘤标志物的重要来源,血浆作为最常用的临床体液之一,其组成较为复杂且存在大量高丰度蛋白质的干扰,如何有效地从血浆中分离外泌体是临床研究的重要挑战之一。本研究将磷脂酰丝氨酸分子印迹聚合物(PS-MIP)用于血浆外泌体的富集,PS-MIP能够特异性识别外泌体质膜上的磷脂酰丝氨酸,从而实现外泌体的高选择性富集。该方法被用于3例健康志愿者和3例胰腺癌患者的血浆蛋白质组学分析和潜在肿瘤标志物的筛选,在健康对照组中的血浆外泌体中鉴定到了1052种蛋白质和4545条肽段,胰腺癌患者血浆外泌体中鉴定到了972种蛋白质和4096条肽段。将蛋白质组学鉴定到的外泌体蛋白质与包含所有细胞外囊泡分子信息的Vesiclepedia数据库进行比较,结果表明84%的PS-MIP富集的血浆外泌体蛋白质存在于该数据库;与只包含外泌体分子信息的ExoCarta数据库进行比较,发现PS-MIP法鉴定出了ExoCarta数据库中Top 100外泌体蛋白质中的77种。与健康对照组相比,胰腺癌患者血浆外泌体中表达量上调的蛋白质有11个,下调的蛋白质有24个。蛋白相互作用网络(PPI)分析显示,相关性较高的前3个蛋白质是补体因子D(CFD)、补体C3(C3)和血管性血友病因子(VWF),在胰腺癌患者外泌体的蛋白质组学表达上调的蛋白质中,外泌体蛋白样糖基转移酶2(EXTL2)、α-2-巨球蛋白样1(A2ML1)和人帕金森病蛋白7(PARK7)的差异最为显著,这些蛋白质可能是胰腺癌诊断和预后评估的潜在生物标志物,为胰腺癌的早期诊断和预后提供了重要的科学依据。 展开更多
关键词 液相色谱-串联质谱 外泌体 血浆 蛋白质组学 胰腺癌 分子印迹 磷脂
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光谱法研究小分子与蛋白质间相互作用的进展 被引量:10
19
作者 顾佳丽 伊鲁东 +2 位作者 李东玲 胡雪健 赵恒 《科学技术与工程》 北大核心 2018年第14期85-90,共6页
小分子与蛋白质之间相互作用会影响蛋白质构象变化,研究小分子与蛋白质相互作用的机理,对阐明小分子在生物体内的吸收、分布、代谢等过程具有重要意义。综述了近年来紫外光谱法、荧光光谱法、傅里叶变换红外光谱法和圆二色光谱法等技术... 小分子与蛋白质之间相互作用会影响蛋白质构象变化,研究小分子与蛋白质相互作用的机理,对阐明小分子在生物体内的吸收、分布、代谢等过程具有重要意义。综述了近年来紫外光谱法、荧光光谱法、傅里叶变换红外光谱法和圆二色光谱法等技术在该领域的研究进展,分析了这些方法的特点和应用,展望了外源性小分子与蛋白质之间相互作用的发展前景。 展开更多
关键词 光谱法 小分子 蛋白质 相互作用
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基于元数据的异构蛋白质-蛋白质相互作用数据库整合 被引量:1
20
作者 张智 张正国 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期201-206,共6页
研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解生命活动的基础。在蛋白质-蛋白质相互作用的研究过程中,产生了大量来源于实验和预测的数据。这些数据存储于彼此异构的数据库中。对上述异构数据库进行数据整合是实现共享和最大限度利用已有蛋白质-蛋... 研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解生命活动的基础。在蛋白质-蛋白质相互作用的研究过程中,产生了大量来源于实验和预测的数据。这些数据存储于彼此异构的数据库中。对上述异构数据库进行数据整合是实现共享和最大限度利用已有蛋白质-蛋白质相互作用数据必须解决的关键问题。据此问题提出了基于元数据理论和查询转换方法的异构数据库整合方案,并构建了一个基于网络的蛋白质-蛋白质相互作用相关异构数据库的整合平台,成功实现了对9个蛋白质-蛋白质相互作用数据库的整合。 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质相互作用 异构数据库 数据整合 元数据
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