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用于解析蛋白质-代谢物相互作用的蛋白质组学技术
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作者 刘畅 秦洪强 叶明亮 《质谱学报》 北大核心 2025年第5期532-541,I0001,共11页
代谢物可通过共价或非共价方式与多种蛋白质相互作用,进而调控蛋白质功能。然而,许多此类相互作用非常短暂且亲和力低,并且存在高度动态性,其相互作用网络的复杂性导致蛋白质-代谢物相互作用的系统性鉴定面临极大挑战。近年来,基于质谱... 代谢物可通过共价或非共价方式与多种蛋白质相互作用,进而调控蛋白质功能。然而,许多此类相互作用非常短暂且亲和力低,并且存在高度动态性,其相互作用网络的复杂性导致蛋白质-代谢物相互作用的系统性鉴定面临极大挑战。近年来,基于质谱的蛋白质组学技术发展迅速,可无偏倚地系统描绘蛋白质-代谢物相互作用。本文综述了近5年用于解析蛋白质-代谢物相互作用的蛋白质组学技术进展,包括与目标代谢物“匹配”的竞争性活性探针、基于化学反应的直接捕获方法等,并深入讨论这些方法的优势、局限性及应用场景,以期为蛋白质-代谢物相互作用的研究提供参考。 展开更多
关键词 蛋白质-代谢物相互作用 翻译后修饰 非共价结合 蛋白质组学
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蛋白质互作组学技术及其在植物研究中的应用进展 被引量:2
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作者 张文洋 张胜 +1 位作者 易干军 晏石娟 《广东农业科学》 CAS 2022年第11期86-95,共10页
蛋白质互作组学技术是一门鉴定和量化蛋白质与其他代谢物或蛋白质等分子相互作用的前沿技术,已成为研究植物系统生物学和多组学研究的重要组成部分。近年来,基于质谱的组学技术迅速发展,也促进蛋白质-代谢物相互作用(Protein-metabolite... 蛋白质互作组学技术是一门鉴定和量化蛋白质与其他代谢物或蛋白质等分子相互作用的前沿技术,已成为研究植物系统生物学和多组学研究的重要组成部分。近年来,基于质谱的组学技术迅速发展,也促进蛋白质-代谢物相互作用(Protein-metabolite interaction,PMI)、蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)的发现和验证方法取得巨大进步,这些蛋白质互作组学技术在功能基因组和功能代谢组研究中逐渐展示出巨大的应用潜力。系统总结了过去10年不同蛋白质互作组学技术(主要包括PMI和PPI)的分析策略,并详细分析了它们各自的优缺点和适用的相互作用类型,综述了蛋白质互作组学技术在植物研究领域的应用进展,对植物蛋白质互作组学技术的应用策略和需要攻克的关键技术瓶颈进行了总结。蛋白质互作组学技术的不断发展将进一步推动植物胞内信号转导及代谢调控通路的解析,而精准解析信号网络中关键相互作用将为植物自身生长发育以及适应外界环境等机制研究提供重要的信息。 展开更多
关键词 蛋白质互作组学技术 蛋白质-代谢互作 蛋白质-蛋白质互作 蛋白质组学 功能代谢组学
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A1/A2型β-酪蛋白检测方法研究进展 被引量:2
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作者 秦凯雯 鲁杏茹 +5 位作者 郭金凤 沈玉 李誉 杨鑫焱 姜毓君 满朝新 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2023年第3期46-50,共5页
乳中最常见的β-酪蛋白主要分为A1型和A2型。A2型为原始β-酪蛋白,而A1型等变异体是源于DNA突变所导致的氨基酸序列发生变化。由于A1β-酪蛋白基因型的个体牛具有较高的产奶量,因此在不断选育后产生了大量的A1型等变异体。但研究表明,A2... 乳中最常见的β-酪蛋白主要分为A1型和A2型。A2型为原始β-酪蛋白,而A1型等变异体是源于DNA突变所导致的氨基酸序列发生变化。由于A1β-酪蛋白基因型的个体牛具有较高的产奶量,因此在不断选育后产生了大量的A1型等变异体。但研究表明,A2β-酪蛋白比A1β-酪蛋白表现出更好的生物活性。目前已开发出了各种A2奶类产品,但其中的A1/A2型β-酪蛋白的检测方法还未标准化。就目前常见的A2β-酪蛋白的检测方法进行了分类阐述总结,分别从分子、蛋白质水平以及代谢物差异等方面检测A2β-酪蛋白或检测A2奶中是否存在A1β-酪蛋白。这对未来创新、改进检测A2β-酪蛋白的方法以及建立乳制品中A2β-酪蛋白检测及定量分析提供理论参考,以期更好的便携式现场检测方法标准化地应用于现实。 展开更多
关键词 A1/A2β-蛋白 检测方法 分子水平 蛋白质水平 代谢
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复杂网络聚类算法在生物网络中的应用 被引量:9
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作者 田野 刘大有 杨博 《计算机科学与探索》 CSCD 2010年第4期330-337,共8页
复杂网络在现实世界中普遍存在,具有小世界性和无标度性等统计特性,网络簇结构是复杂网络重要的拓扑属性之一。在复杂生物网络中使用聚类算法揭示生物网络中的簇结构对分析生物网络的拓扑结构、预测其功能都具有重要意义。对复杂网络聚... 复杂网络在现实世界中普遍存在,具有小世界性和无标度性等统计特性,网络簇结构是复杂网络重要的拓扑属性之一。在复杂生物网络中使用聚类算法揭示生物网络中的簇结构对分析生物网络的拓扑结构、预测其功能都具有重要意义。对复杂网络聚类方法在蛋白质-蛋白质相互作用网络和新陈代谢网络中的应用及其进展情况进行了综述,分析了几种聚类算法的评价函数和适用条件,并对生物网络聚类算法研究所面临的主要问题进行了讨论。 展开更多
关键词 复杂网络 聚类 蛋白质-蛋白质相互作用网络 新陈代谢网络 网络
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