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注意力特征融合的蛋白质药物相互作用预测
被引量：
1
1
作者
华阳
李金星
+3 位作者
冯振华
宋晓宁
孙俊
於东军
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2022年第9期2051-2065,共15页
药物一般通过抑制或激活人体中某些蛋白活性反应进而发挥效能,因此预测蛋白和药物的相互作用对新药开发的筛选工作极为关键.然而,基于传统方法在湿实验中进行该类实验需要耗费巨大的人力和物力.为解决这一问题,提出了一种基于自注意力...
药物一般通过抑制或激活人体中某些蛋白活性反应进而发挥效能,因此预测蛋白和药物的相互作用对新药开发的筛选工作极为关键.然而,基于传统方法在湿实验中进行该类实验需要耗费巨大的人力和物力.为解决这一问题,提出了一种基于自注意力机制和多药物特征融合的蛋白质药物相互作用预测算法.首先,合理融合基于药物分子结构特征的Morgan指纹、Mol2Vec表示向量以及消息传递网络所提特征;随后,将融合结果对由密集型卷积所提取的蛋白特征做注意力加权;接着综合两者特征,利用自注意力机制和双向门控循环单元预测蛋白质药物相互作用;最后,根据训练模型设计了可应用的预测系统,并展示了其在筛选治愈阿尔兹海默症药物的具体使用方法和效果.实验结果表明,较现有的预测方法,新方法在BindingDB,Kinase,Human,C.elegans数据集上均达到了更好的预测效果.最优的AUC分别达到了0.963,0.937,0.983,0.990,较同类方法具有十分明显的优势.
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关键词
蛋白质药物相互作用
药物
筛选
特征融合
密集型卷积网络
自注意力机制
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职称材料
时间分辨荧光光谱在反应机理研究中的应用
2
作者
祖莉莉
《光谱学与光谱分析》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2020年第S01期197-197,共1页
分子的荧光强度与激发态的分子数目成正比,荧光强度的衰减速率反映了分子在激发态的停留时间。当激发态的分子发生了化学反应或分子间的能量转移等过程时,分子荧光强度的衰减速率将发生变化。因此,研究荧光强度随时间的变化能够获得反...
分子的荧光强度与激发态的分子数目成正比,荧光强度的衰减速率反映了分子在激发态的停留时间。当激发态的分子发生了化学反应或分子间的能量转移等过程时,分子荧光强度的衰减速率将发生变化。因此,研究荧光强度随时间的变化能够获得反应物分子在激发态发生化学反应的速率、反应物分子与猝灭剂分子的相互作用、溶剂对反应的影响等反应动力学信息。自时间相关单光子技术出现以来,时间分辨荧光光谱被广泛应用于溶液中生物化学反应的机理研究。将以凝血酶与其抑制剂达比加群的作用机理研究为例,讨论时间分辨荧光光谱在研究蛋白质与药物分子、多肽与DNA等生物化学反应动力学过程中的应用。
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关键词
时间分辨荧光光谱
反应动力学
蛋白质
与
药物
分子的
相互作用
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职称材料
题名
注意力特征融合的蛋白质药物相互作用预测
被引量：
1
1
作者
华阳
李金星
冯振华
宋晓宁
孙俊
於东军
机构
江南大学人工智能与计算机学院
萨里大学计算机系
南京理工大学计算机科学与工程学院
出处
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2022年第9期2051-2065,共15页
基金
国家重点研发计划项目(2017YFC1601800)
国家自然科学基金项目(61876072,61902153,62072243,61772273)
+1 种基金
中国博士后科学基金项目(2018T110441)
江苏省六大人才高峰项目(XYDXX-012)。
文摘
药物一般通过抑制或激活人体中某些蛋白活性反应进而发挥效能,因此预测蛋白和药物的相互作用对新药开发的筛选工作极为关键.然而,基于传统方法在湿实验中进行该类实验需要耗费巨大的人力和物力.为解决这一问题,提出了一种基于自注意力机制和多药物特征融合的蛋白质药物相互作用预测算法.首先,合理融合基于药物分子结构特征的Morgan指纹、Mol2Vec表示向量以及消息传递网络所提特征;随后,将融合结果对由密集型卷积所提取的蛋白特征做注意力加权;接着综合两者特征,利用自注意力机制和双向门控循环单元预测蛋白质药物相互作用;最后,根据训练模型设计了可应用的预测系统,并展示了其在筛选治愈阿尔兹海默症药物的具体使用方法和效果.实验结果表明,较现有的预测方法,新方法在BindingDB,Kinase,Human,C.elegans数据集上均达到了更好的预测效果.最优的AUC分别达到了0.963,0.937,0.983,0.990,较同类方法具有十分明显的优势.
关键词
蛋白质药物相互作用
药物
筛选
特征融合
密集型卷积网络
自注意力机制
Keywords
protein-drug interaction
drug screening
feature fusion
DenseNet
self-attention mechanism
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
时间分辨荧光光谱在反应机理研究中的应用
2
作者
祖莉莉
机构
北京师范大学化学学院
出处
《光谱学与光谱分析》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2020年第S01期197-197,共1页
基金
国家自然科学基金项目(21173024,21373033)资助
文摘
分子的荧光强度与激发态的分子数目成正比,荧光强度的衰减速率反映了分子在激发态的停留时间。当激发态的分子发生了化学反应或分子间的能量转移等过程时,分子荧光强度的衰减速率将发生变化。因此,研究荧光强度随时间的变化能够获得反应物分子在激发态发生化学反应的速率、反应物分子与猝灭剂分子的相互作用、溶剂对反应的影响等反应动力学信息。自时间相关单光子技术出现以来,时间分辨荧光光谱被广泛应用于溶液中生物化学反应的机理研究。将以凝血酶与其抑制剂达比加群的作用机理研究为例,讨论时间分辨荧光光谱在研究蛋白质与药物分子、多肽与DNA等生物化学反应动力学过程中的应用。
关键词
时间分辨荧光光谱
反应动力学
蛋白质
与
药物
分子的
相互作用
Keywords
Alkyl nitrites
Photodissociation dynamics
Laser-induced fluorescence spectroscopy
分类号
O657.3 [理学—分析化学]
Q503 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
注意力特征融合的蛋白质药物相互作用预测
华阳
李金星
冯振华
宋晓宁
孙俊
於东军
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2022
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
时间分辨荧光光谱在反应机理研究中的应用
祖莉莉
《光谱学与光谱分析》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2020
0
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职称材料
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