期刊导航
期刊开放获取
上海教育软件发展有限公..
期刊文献
+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
检索
高级检索
期刊导航
共找到
1
篇文章
<
1
>
每页显示
20
50
100
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
文摘
详细
列表
相关度排序
被引量排序
时效性排序
基于自适应局部特征的蛋白质三维结构分类
1
作者
张汝昌
邱杰
+1 位作者
王明堂
陈庆锋
《广西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2020年第6期40-50,共11页
蛋白质的三维空间结构决定该蛋白质的生物功能,研究蛋白质结构的相似性在计算分子生物学中具有重要意义。本文将蛋白质Cα原子距离矩阵分解成许多小的子矩阵表示蛋白质的局部结构,通过对这些局部结构的统计分析得到局部特征频率向量计...
蛋白质的三维空间结构决定该蛋白质的生物功能,研究蛋白质结构的相似性在计算分子生物学中具有重要意义。本文将蛋白质Cα原子距离矩阵分解成许多小的子矩阵表示蛋白质的局部结构,通过对这些局部结构的统计分析得到局部特征频率向量计算蛋白质的相似性,在此基础上提出一种新的基于自适应局部特征频率向量的方法(ALFF)计算蛋白质三维结构相似性。ALFF在选取蛋白质局部特征的方式上,使用OTSU算法确定局部特征最合适的大小m,并通过MeanShift聚类计算出具有代表性的局部特征数量k。实验结果表明,ALFF可以更好更快地划分蛋白质的局部子结构,相对于人工选择参数的方法,ALFF在SCOP蛋白质结构分类中有更高的一致性,与TM-score比较有更好的准确性。
展开更多
关键词
蛋白质结构相似性
局部特征
距离矩阵
聚类
频率向量
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
基于自适应局部特征的蛋白质三维结构分类
1
作者
张汝昌
邱杰
王明堂
陈庆锋
机构
广西大学计算机与电子信息学院
玉林师范学院计算机科学与工程学院
出处
《广西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2020年第6期40-50,共11页
基金
国家自然科学基金(61963004)
广西自然科学基金重点项目(2017GXNSFDA19803)
广西重点研发计划(桂科AB17195055)。
文摘
蛋白质的三维空间结构决定该蛋白质的生物功能,研究蛋白质结构的相似性在计算分子生物学中具有重要意义。本文将蛋白质Cα原子距离矩阵分解成许多小的子矩阵表示蛋白质的局部结构,通过对这些局部结构的统计分析得到局部特征频率向量计算蛋白质的相似性,在此基础上提出一种新的基于自适应局部特征频率向量的方法(ALFF)计算蛋白质三维结构相似性。ALFF在选取蛋白质局部特征的方式上,使用OTSU算法确定局部特征最合适的大小m,并通过MeanShift聚类计算出具有代表性的局部特征数量k。实验结果表明,ALFF可以更好更快地划分蛋白质的局部子结构,相对于人工选择参数的方法,ALFF在SCOP蛋白质结构分类中有更高的一致性,与TM-score比较有更好的准确性。
关键词
蛋白质结构相似性
局部特征
距离矩阵
聚类
频率向量
Keywords
protein structural similarity
local feature
distance matrix
clustering
frequency vector
分类号
TP39 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于自适应局部特征的蛋白质三维结构分类
张汝昌
邱杰
王明堂
陈庆锋
《广西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2020
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
上一页
1
下一页
到第
页
确定
用户登录
登录
IP登录
使用帮助
返回顶部
