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蛋白质表面模块划分及其在结合位点预测中的应用
被引量：
2
1
作者
王攀文
龚新奇
+2 位作者
李春华
陈慰祖
王存新
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012年第11期2729-2734,共6页
蛋白质-蛋白质复合物的结合位点预测是计算分子生物学的一个难题.本文对蛋白质-蛋白质复合物数据集Benchmark3.0中的双链蛋白质复合物进行了研究,计算了单体的残基溶剂可接近表面积和残基间的接触面积,并据此提出了蛋白质表面模块划分方...
蛋白质-蛋白质复合物的结合位点预测是计算分子生物学的一个难题.本文对蛋白质-蛋白质复合物数据集Benchmark3.0中的双链蛋白质复合物进行了研究,计算了单体的残基溶剂可接近表面积和残基间的接触面积,并据此提出了蛋白质表面模块划分方法.发现模块的溶剂可接近表面积与其内部接触面积的乘积(PSAIA)值能够提供结合位点的信息.在78个双链蛋白质复合物中,有74个体系其受体或配体上具有最大或次大PSAIA值的模块是界面模块.将该方法获得的结合位点信息应用在CAPRI竞赛Target39的复合物结构预测中取得了较好的结果.本文提出的基于模块的蛋白质结合位点预测方法不同于以残基为基础且仅考虑表面残基的传统预测方法,为蛋白质-蛋白质复合物结合位点预测提供了新思路.
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关键词
蛋白质结合位点预测
模块划分
溶剂可接近表面积
内部接触面积
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职称材料
基于结构模型的DBP-DNA识别及预测研究综述
被引量：
2
2
作者
陈凌
王飞
《计算机应用与软件》
CSCD
2011年第5期142-146,151,共6页
DNA结合蛋白DBP(DNA Binding Protein)对细胞内遗传物质的生命活动中起着至关重要的作用,包括染色体的复制、剪切及基因表达调控。DBP通过与DNA发生结合反应,行使各种不同的生物功能。因此研究DBP-DNA之间的识别规律,对基因调控分析、...
DNA结合蛋白DBP(DNA Binding Protein)对细胞内遗传物质的生命活动中起着至关重要的作用,包括染色体的复制、剪切及基因表达调控。DBP通过与DNA发生结合反应,行使各种不同的生物功能。因此研究DBP-DNA之间的识别规律,对基因调控分析、蛋白功能预测和转录因子结合位点预测有着十分重要的意义。随着DBP-DNA复合物结构数据库的出现,基于结构信息的计算机分析方法为DBP与DNA之间的相互作用研究提供了新的发展契机。介绍了若干经典的DBP-DNA结构模型,简要评述了DBP-DNA结构分析方法目前的研究现状。
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关键词
蛋白质
-DNA识别与
结合
位点
预测
结构模型
生物信息学
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职称材料
题名
蛋白质表面模块划分及其在结合位点预测中的应用
被引量：
2
1
作者
王攀文
龚新奇
李春华
陈慰祖
王存新
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
清华大学生命科学学院
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012年第11期2729-2734,共6页
基金
国家自然科学基金(31171267
10974008)
+2 种基金
北京市自然科学基金(4102006)
科技部国际合作项目(2010DFA31710)
北京市教委科技创新平台-自然基础研究项目资助~~
文摘
蛋白质-蛋白质复合物的结合位点预测是计算分子生物学的一个难题.本文对蛋白质-蛋白质复合物数据集Benchmark3.0中的双链蛋白质复合物进行了研究,计算了单体的残基溶剂可接近表面积和残基间的接触面积,并据此提出了蛋白质表面模块划分方法.发现模块的溶剂可接近表面积与其内部接触面积的乘积(PSAIA)值能够提供结合位点的信息.在78个双链蛋白质复合物中,有74个体系其受体或配体上具有最大或次大PSAIA值的模块是界面模块.将该方法获得的结合位点信息应用在CAPRI竞赛Target39的复合物结构预测中取得了较好的结果.本文提出的基于模块的蛋白质结合位点预测方法不同于以残基为基础且仅考虑表面残基的传统预测方法,为蛋白质-蛋白质复合物结合位点预测提供了新思路.
关键词
蛋白质结合位点预测
模块划分
溶剂可接近表面积
内部接触面积
Keywords
Protein binding site prediction
Patch division
Solvent accessible surface area
Interior contact area
分类号
O629.73 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
基于结构模型的DBP-DNA识别及预测研究综述
被引量：
2
2
作者
陈凌
王飞
机构
复旦大学计算机科学与技术学院
上海市智能信息处理重点实验室
出处
《计算机应用与软件》
CSCD
2011年第5期142-146,151,共6页
基金
国家自然科学基金(60673016
10704068)
符号计算与知识工程教育部重点实验室项目(421060071421)
文摘
DNA结合蛋白DBP(DNA Binding Protein)对细胞内遗传物质的生命活动中起着至关重要的作用,包括染色体的复制、剪切及基因表达调控。DBP通过与DNA发生结合反应,行使各种不同的生物功能。因此研究DBP-DNA之间的识别规律,对基因调控分析、蛋白功能预测和转录因子结合位点预测有着十分重要的意义。随着DBP-DNA复合物结构数据库的出现,基于结构信息的计算机分析方法为DBP与DNA之间的相互作用研究提供了新的发展契机。介绍了若干经典的DBP-DNA结构模型,简要评述了DBP-DNA结构分析方法目前的研究现状。
关键词
蛋白质
-DNA识别与
结合
位点
预测
结构模型
生物信息学
Keywords
Protein-DNA recognition and binding sites prediction Structural model Bioinformatics
分类号
TP391.4 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
蛋白质表面模块划分及其在结合位点预测中的应用
王攀文
龚新奇
李春华
陈慰祖
王存新
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于结构模型的DBP-DNA识别及预测研究综述
陈凌
王飞
《计算机应用与软件》
CSCD
2011
2
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职称材料
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