一种热蛋白质组学分析数据的归一化方法

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作者 甄雪妍 周宝津 +1 位作者 刘静雯 任艳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第12期40-46,共7页

建立了一种小分子靶标蛋白的鉴定方法,即引入索引保留时间(Indexed retention time,iRT)肽段作为非标记热蛋白质组学(Thermal proteome profiling,TPP)分析定量归一化内标,实现对小分子靶标的准确挖掘.将iRT肽段加入到表征良好的模型药... 建立了一种小分子靶标蛋白的鉴定方法,即引入索引保留时间(Indexed retention time,iRT)肽段作为非标记热蛋白质组学(Thermal proteome profiling,TPP)分析定量归一化内标,实现对小分子靶标的准确挖掘.将iRT肽段加入到表征良好的模型药物甲氨蝶呤(Methotrexate,MTX)处理的293T细胞提取液中,在不同温度加热处理时它们稳定存在,因此可作为定量归一化的标准.实验结果表明,以iRT作为定量校正,不仅对总蛋白含量有良好的校正效果,同时对MTX的靶标蛋白二氢叶酸还原酶(Dihydrofolate reductase,DHFR)热熔解拟合曲线也有一定改善.该方法简单方便、经济高效,具有较强实用性和推广性,为非标记TPP技术的实施及定量准确性提供了重要的实验依据. 展开更多

关键词 非标记定量蛋白质组学 热蛋白质组学分析 索引保留时间 数据归一化

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玉米杂交种先玉335及其亲本种子萌发过程中胚芽蛋白质组学分析 被引量：4

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作者 进茜宁 付志远 +3 位作者 丁冬 刘宗华 李卫华 汤继华 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期1689-1694,共6页

以培养84h种子的胚芽(包括胚芽鞘)为试验材料,对优良玉米杂交种先玉335与其亲本自交系的蛋白质组学差异进行了分析。结果表明,在杂交种先玉335中共检测到560个蛋白点,在亲本PH6WC和PH4CV分别检测到507个和508个蛋白点,而且先玉335胚芽... 以培养84h种子的胚芽(包括胚芽鞘)为试验材料,对优良玉米杂交种先玉335与其亲本自交系的蛋白质组学差异进行了分析。结果表明,在杂交种先玉335中共检测到560个蛋白点,在亲本PH6WC和PH4CV分别检测到507个和508个蛋白点,而且先玉335胚芽及胚芽鞘中81%的蛋白点表现非加性累积模式,其中288个蛋白点表现为超高亲的上调表达,仅15个蛋白点表现超低亲的下调表达,因此推测非加性蛋白的累积可能是杂交种先玉335胚芽萌发过程中胚芽及胚芽鞘杂种优势产生的主要原因。用于质谱分析的13个差异极显著蛋白主要涉及代谢途径、蛋白折叠、胁迫响应、细胞骨架和细胞解毒5种类型。 展开更多

关键词 玉米 胚芽(胚芽鞘) 杂种优势 蛋白质组学分析

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番鸭呼肠孤病毒人工感染雏番鸭肝的蛋白质组学分析 被引量：1

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作者 朱果真 黄梅清 +4 位作者 程晓霞 郑敏 陈仕龙 陈少莺 俞伏松 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1949-1957,共9页

应用蛋白质组学技术研究人工感染番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的番鸭肝和健康对照番鸭肝的蛋白质组差异,为深入研究MDRV的致病机制奠定理论基础。通过二维双向凝胶电泳技术和MALDI-TOF-TOF质谱仪分析获取MDRV感染组与健康对照组之间的差异表达... 应用蛋白质组学技术研究人工感染番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的番鸭肝和健康对照番鸭肝的蛋白质组差异,为深入研究MDRV的致病机制奠定理论基础。通过二维双向凝胶电泳技术和MALDI-TOF-TOF质谱仪分析获取MDRV感染组与健康对照组之间的差异表达蛋白质,并运用蛋白质搜索鉴定软件Mascot 2.3.02鉴定蛋白质。结果共鉴定出38个差异表达蛋白质。比较感染组和健康对照组结果,感染组番鸭肝中有10个表达下调的蛋白质和17个表达上调的蛋白质,7个表达蛋白质仅出现在健康对照组,4个表达蛋白质仅出现在感染组。MDRV感染组的番鸭肝有肝细胞、神经细胞和肌肉细胞受损现象,同时存在细胞修复机制。差异蛋白质组学为MDRV分子发病机制的分析提供了一个新途径。 展开更多

关键词 番鸭呼肠孤病毒 人工感染 番鸭 肝 蛋白质组学分析

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碰撞诱导解离和高能碰撞解离方式进行蛋白质组学分析的比较 被引量：3

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作者 王曌 孙伟 《质谱学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第2期140-146,共7页

为了比较碰撞诱导解离(collision induced dissociation,CID)和高能碰撞解离(high energy collision dissociation,HCD)两种离子裂解模式在蛋白质组学分析方面的差异,分别应用这两种模式对牛血清白蛋白和细胞裂解物进行分析。通过比较... 为了比较碰撞诱导解离(collision induced dissociation,CID)和高能碰撞解离(high energy collision dissociation,HCD)两种离子裂解模式在蛋白质组学分析方面的差异,分别应用这两种模式对牛血清白蛋白和细胞裂解物进行分析。通过比较所鉴定到的多肽和蛋白数目,发现在牛血清白蛋白中,HCD碎裂方法所得的谱图匹配率和多肽Mascot得分均较高,表明其质谱图质量较好。在复杂样品细胞裂解物分析中,CID碎裂方法鉴定到的谱图数、多肽数和蛋白数目均较多,表明该模式的灵敏度较高;HCD碎裂方法所得的谱图匹配率和Mascot得分均较高,表明其质谱图质量较好。因此,这两种模式均可用于大规模蛋白质组学分析,CID模式可提供更高的灵敏度,而HCD模式则可获得更高质量的质谱谱图。 展开更多

关键词 质谱 碰撞诱导解离(CID) 高能碰撞解离(HCD) 蛋白质组学分析

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热蛋白质组学分析鉴定TH588的靶标蛋白 被引量：2

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作者 刘宗元 朱松标 +1 位作者 邓海腾 陈宇凌 《质谱学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第5期951-961,I0011,共12页

通过对活性小分子靶标蛋白的鉴定,可以建立活性小分子与细胞表型之间的联系,阐明活性小分子的功能和作用机理,对小分子药物的研发具有重要意义。热蛋白组学分析(thermal proteome profiling,TPP)是基于蛋白-配体结合可以增加蛋白热稳定... 通过对活性小分子靶标蛋白的鉴定,可以建立活性小分子与细胞表型之间的联系,阐明活性小分子的功能和作用机理,对小分子药物的研发具有重要意义。热蛋白组学分析(thermal proteome profiling,TPP)是基于蛋白-配体结合可以增加蛋白热稳定性这一原理发展的鉴定活性小分子靶标蛋白的新技术,相较于其他小分子靶点鉴定方法,其最大的优点是不需要对活性小分子进行化学修饰,极大地拓宽了该方法的应用范围。TH588是7,8-二氢-8-氧鸟嘌呤三磷酸酶(MTH1)的抑制剂,通过抑制MTH1活性,增加肿瘤细胞DNA的氧化损伤,抑制肿瘤细胞的增殖。前期研究表明,TH588可发挥MTH1非依赖的抗肿瘤功能,因此鉴定TH588的脱靶靶标对理解TH588的作用机制并进行相关的分子结构改造至关重要。本研究通过鉴定TH588在细胞中的蛋白靶标,系统地介绍TPP技术的实施和优化;并对鉴定的28个TH588直接靶标和53个间接靶标进行生物信息学分析,为探究TH588抗肿瘤的作用机制提供实验依据。 展开更多

关键词 热蛋白质组学分析 TH588 MTH1 脱靶效应

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慢性高眼压大鼠小梁细胞的蛋白质组学分析

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作者 黄山 刘志成 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第S01期281-281,共1页

目的病理性眼压升高是青光眼致盲的主要原因,减小房水流出阻力是降低眼压的有效手段。小梁网(trabecular meshwork,TM)是眼内房水外流的主要通道,力学环境变化会使小梁细胞的形态、成分和功能等发生改变。全面了解小梁细胞在高眼压作用... 目的病理性眼压升高是青光眼致盲的主要原因,减小房水流出阻力是降低眼压的有效手段。小梁网(trabecular meshwork,TM)是眼内房水外流的主要通道,力学环境变化会使小梁细胞的形态、成分和功能等发生改变。全面了解小梁细胞在高眼压作用下蛋白质的变化,发现力学敏感分子。方法建立1个月慢性高眼压大鼠模型,提取小梁细胞。 展开更多

关键词 慢性高眼压 小梁细胞 小梁网 房水外流 力学环境 眼压升高 眼内 蛋白质组学分析

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耐辐射Belnapia菌株的分离和辐射后蛋白质组学分析

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作者 白明艳 宣慧娟 +3 位作者 李利 孙云峰 万平 杨志伟 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期169-176,共8页

从西藏土样中分离得到一株具有较强辐射抗性的革兰氏阴性菌株F-4,其16S rDNA序列与Belnapia属菌株具有很高的相似性。结合表型特点,初步将其鉴定为别尔纳普氏属(Belnapia)菌株。在UV和γ-射线辐照后,菌株F-4的D10分别为300J·m-2和4... 从西藏土样中分离得到一株具有较强辐射抗性的革兰氏阴性菌株F-4,其16S rDNA序列与Belnapia属菌株具有很高的相似性。结合表型特点,初步将其鉴定为别尔纳普氏属(Belnapia)菌株。在UV和γ-射线辐照后,菌株F-4的D10分别为300J·m-2和4000Gy,远高于辐射敏感的E.coli K12。为研究菌株F-4在蛋白质组水平对辐射的响应机制,将对数早期的F-4细胞置于1000Gyγ-射线辐照下,并在5h复苏培养后,对其可溶性蛋白进行了提取、双向电泳分析和MALDI-TOF/TOF质谱鉴定。结果表明,辐射后32个蛋白质的表达出现3倍以上的变化,其中24个蛋白质上调,8个蛋白质下调,涉及蛋白质折叠加工、能量代谢、氨基酸代谢、辅酶代谢和一些功能未知途径。本试验为研究细菌辐射抗性机制提供了一些启示。 展开更多

关键词 辐射抗性 别尔纳普氏菌 耐辐射奇异球菌 蛋白质组学分析

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基于蛋白质组学和代谢组学分析初步探讨苯并(k)荧蒽致小鼠生殖损伤的作用机制 被引量：2

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作者 李雅文 王丹丹 +3 位作者 王芙蓉 周妮娅 王大朋 曹佳 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第13期1523-1534,共12页

目的通过蛋白质组学和代谢组学探究苯并(k)荧蒽[Benzo(k)fluoranthene,BkF]对雄性小鼠生殖损伤潜在的作用机制。方法选取20只健康清洁级6周龄雄性昆明小鼠[体质量(18±2)g],按完全随机分组分为对照组、低剂量BkF组(7.5 mg/kg)、中剂... 目的通过蛋白质组学和代谢组学探究苯并(k)荧蒽[Benzo(k)fluoranthene,BkF]对雄性小鼠生殖损伤潜在的作用机制。方法选取20只健康清洁级6周龄雄性昆明小鼠[体质量(18±2)g],按完全随机分组分为对照组、低剂量BkF组(7.5 mg/kg)、中剂量BkF组(15 mg/kg)、高剂量BkF组(30 mg/kg),每组5只。对照组灌胃给予玉米油,低、中、高剂量BkF组分别给予7.5、15.0、30.0 mg/(kg/d)剂量的BkF,按照10 mL/kg的体积,经口连续灌胃35 d生精周期。每周5 d进行灌胃,连续5周。建模完成后,轻断食10 h进行取材。采用计算机辅助精子分析(computer-assisted sperm analysis,CASA)软件检测分析精液参数;HE染色分析睾丸组织病理结构;采用生物信息学技术分析差异蛋白通路;采用火山图分析高剂量BkF组和对照组差异表达前10的蛋白质;液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS)非靶向代谢组学技术,筛选出差异代谢物;通过KEGG及KEGG信号通路注释分析和GO富集分析差异代谢物。结果与对照组比较,BkF处理的小鼠精子数量和活力有下降趋势,差异具有统计学意义(P<0.05)。病理切片结果显示,与对照组比较,BkF处理的小鼠生精小管管腔扩张,生精细胞排列紊乱。蛋白质组学检测睾丸组织蛋白水平,发现Spata46、Rab5b等蛋白水平降低,Zscan21、Aifm2等蛋白水平升高(P<0.01)。蛋白质组学京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopeclia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析显示,其主要涉及吞噬体、蛋白质输出、核糖体等通路。基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析显示其主要涉及雄性减数分裂Ⅰ、组蛋白乙酰化、p53信号通路的调控、细胞周期的正向调节、细胞死亡的正向调节等信号通路。代谢组学KEGG显示发现氨基糖和核苷酸糖代谢与其他代谢途径联系最为密切。结论蛋白质组学和代谢组学分析结果表明BkF暴露与精子生成、细胞凋亡和周期、DNA损伤、氨基糖和核苷酸糖代谢等相关。 展开更多

关键词 苯并(k)荧蒽 雄性生殖损伤 精子生成 蛋白质组学分析 代谢组学分析

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肿瘤坏死因子诱导B16细胞凋亡的核蛋白质组分析(英文) 被引量：2

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作者 乔海晅 王清明 +2 位作者 陈吉中 范国才 陈惠鹏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期454-458,共5页

为深入了解细胞凋亡的机制,研究了细胞凋亡过程中细胞核蛋白的变化.通过分离肿瘤坏死因子TNFα诱导的小鼠黑色素瘤B16细胞的细胞核并进行二维电泳分析,获得了分辨率和重复性较好的双向电泳图谱.图像分析比较对照细胞和凋亡细胞的核蛋白... 为深入了解细胞凋亡的机制,研究了细胞凋亡过程中细胞核蛋白的变化.通过分离肿瘤坏死因子TNFα诱导的小鼠黑色素瘤B16细胞的细胞核并进行二维电泳分析,获得了分辨率和重复性较好的双向电泳图谱.图像分析比较对照细胞和凋亡细胞的核蛋白发现,在凋亡细胞中有11个蛋白发生了明显的变化,6个蛋白下调,5个蛋白上调,对这11个差异蛋白质点分别进行肽质指纹分析.经数据库查询,初步鉴定出这些蛋白.其中4个含量增加的蛋白(HSP84,calreticulin,vimentin,GAPDH)均直接或间接地参与诱导细胞凋亡,另外1个含量增加的蛋白(plasminogen)尚未见其与细胞凋亡有关的报道.而6个含量降低的蛋白分别属于信号转导相关蛋白(guaninenucleotidebindingprotein,lamininreceptor1)、转录调控蛋白、mRNA转运蛋白(heterochromatinprotein1alpha,heterogeneousnuclearribonucleoproteinA3,heterogeneousnuclearribonucleoproteinA2B1)和未知功能蛋白(nucleolarproteinNO38).细胞凋亡过程中这些变化的核蛋白质的发现将有助于深入认识细胞凋亡的分子机制. 展开更多

关键词 凋亡 肿瘤坏死因子(TNF-α) 促凋亡蛋白 蛋白质组学分析

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先天性白内障患者和正常人晶状体蛋白质组的差异分析 被引量：2

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作者 邵珺 朱靖 +4 位作者 储兆东 禹倩倩 陶永辉 黄玉政 姚勇 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2013年第4期327-330,共4页

目的鉴定并分析先天性白内障患者和正常人晶状体之间蛋白质表达的差异。方法取10例(20眼)先天性白内障晶状体及8例(8眼)正常透明晶状体,提取晶状体核中的水溶性蛋白行二维电泳及考马斯亮蓝凝胶染色后,用ImageMaster2D Platinum5.0软件... 目的鉴定并分析先天性白内障患者和正常人晶状体之间蛋白质表达的差异。方法取10例(20眼)先天性白内障晶状体及8例(8眼)正常透明晶状体,提取晶状体核中的水溶性蛋白行二维电泳及考马斯亮蓝凝胶染色后,用ImageMaster2D Platinum5.0软件对获得的蛋白图谱进行分析,再利用MALDI-TOF-MS分析及数据库搜索对差异表达的蛋白质点进行鉴定。ELISA法检测差异蛋白的含量。结果二维电泳结果显示,先天性白内障和正常晶状体蛋白均分布在相对分子质量为14400～97400、pI5～9区域内;高丰度蛋白质斑点分布在相对分子质量20000～31000、pI6～8区域内。正常透明晶状体核水溶性蛋白二维电泳图识别出34个蛋白质斑点,先天性白内障蛋白二维电泳图识别出31个蛋白质斑点,而表达相差3倍以上的点有4个。对选取的蛋白质差异斑点进行MALDI-TOF-MS分析,经数据库检索后鉴定出4种蛋白质,分别为βA3晶状体蛋白、βB1晶状体蛋白、截断的βB1晶状体蛋白和αB晶状体蛋白。ELISA结果显示,正常晶状体βA3、αB和βB1晶状体蛋白质量浓度分别为(2.20±0.15)g·L-1、(0.85±0.08)g·L-1、(0.72±0.05)g·L-1,而先天性白内障βA3、αB和βB1晶状体蛋白质量浓度为(1.60±0.09)g·L-1、(1.02±0.09)g·L-1、(0.59±0.07)g·L-1。先天性白内障αB晶状体蛋白较正常对照含量上调,βA3和βB1晶状体蛋白含量下调。结论αB晶状体蛋白上调、βA3和βB1晶状体蛋白含量下调可能与先天性白内障的发病相关。 展开更多

关键词 晶状体 先天性白内障 蛋白质组学分析

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蛙病毒的转录组和蛋白质组分析研究进展

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作者 李蔚 董传甫 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期127-131,136,共6页

蛙病毒属是一群大型的胞浆型DNA病毒,属虹彩病毒科,能导致包括鱼类、两栖类和爬行类等冷血动物产生严重疾病。蛙病毒分子生物学研究是阐明病毒复制、疾病产生各种相关因子作用机制的基础。微阵列分析技术、蛋白和DNA复制抑制下的转录产... 蛙病毒属是一群大型的胞浆型DNA病毒,属虹彩病毒科,能导致包括鱼类、两栖类和爬行类等冷血动物产生严重疾病。蛙病毒分子生物学研究是阐明病毒复制、疾病产生各种相关因子作用机制的基础。微阵列分析技术、蛋白和DNA复制抑制下的转录产物分析、质谱蛋白质组学等分子生物学技术已被广泛应用于分析蛙病毒的基因转录和蛋白表达。多种蛙病毒转录组和蛋白质组分析使人们能够了解这一类病毒基因的转录产物、转录时相、病毒蛋白表达的整体状态、功能、结构和可能的调控方式。 展开更多

关键词 蛙病毒 转录组学分析 蛋白质组学分析

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适于双向电泳分析的苹果叶片蛋白质提取方法 被引量：14

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作者 曾广娟 李春敏 +2 位作者 张新忠 滕云龙 董文轩 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期484-488,共5页

为了探索适用于双向电泳（2-DE）分析的苹果叶片蛋白质提取方法,比较了三氯乙酸（TCA）/丙酮沉淀法、二硫苏糖醇（DTT）/丙酮法、Tris-HCl提取法和改良的Tris-HCl提取法等4种蛋白质提取方法。以7cm、pH3-10的线性固相pH梯度（immobilize... 为了探索适用于双向电泳（2-DE）分析的苹果叶片蛋白质提取方法,比较了三氯乙酸（TCA）/丙酮沉淀法、二硫苏糖醇（DTT）/丙酮法、Tris-HCl提取法和改良的Tris-HCl提取法等4种蛋白质提取方法。以7cm、pH3-10的线性固相pH梯度（immobilized pH gradient,IPG）胶条作为第一向电泳,以十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）（12.5%的分离胶）作为第二向电泳,对提取物进行2-DE分离,采用银染显色。结果表明,上述4种方法在2-DE图谱上分别得到140,215,181和616个蛋白质点。其中以改良的Tris-HCl提取法得到的蛋白质点数最多,且背景清晰、图谱上没有明显的横纵条纹。为了进一步验证改良的Tris-HCl提取法的有效性,用18cm、pH3-10的线性IPG胶条和12.5%的分离胶对提取的苹果叶片蛋白质进行2-DE分离,考马斯亮蓝R-250染色,共检测到455个蛋白质点,其相对分子质量主要分布在14000-66000范围内,图谱背景清晰,再次证明应用该方法制备的样品适用于双向电泳分析,可用于苹果叶片的蛋白质组学分析。 展开更多

关键词 双向电泳 蛋白质提取方法 苹果叶片 蛋白质组学分析

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柞蚕感染微孢子虫后血淋巴免疫应答蛋白质的分离与鉴定 被引量：7

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作者 姜义仁 宋佳 +7 位作者 秦玉璘 王勇 臧敏 钟亮 杨瑞生 石生林 段玉玺 秦利 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1119-1131,共13页

为了解柞蚕Antheraea pernyi感染微孢子虫初期血淋巴内免疫系统及刺激应答相关蛋白质种类,本研究以柞蚕5龄雌幼虫的起蚕(结束4眠,刚完成蜕皮的幼虫)添食柞蚕微孢子虫Nosema pernyi为材料,对感染后血淋巴利用SDS-PAGE进行分离后,利用LC-M... 为了解柞蚕Antheraea pernyi感染微孢子虫初期血淋巴内免疫系统及刺激应答相关蛋白质种类,本研究以柞蚕5龄雌幼虫的起蚕(结束4眠,刚完成蜕皮的幼虫)添食柞蚕微孢子虫Nosema pernyi为材料,对感染后血淋巴利用SDS-PAGE进行分离后,利用LC-MS/MS质谱技术和蛋白质组学分析对差异蛋白质条带进行鉴定。结果显示:感染微孢子虫144h后,血淋巴中分子量约为44kD(AP44)和28kD(AP28)的蛋白质条带表达量增高。质谱分析AP28和AP44蛋白质条带样品,共鉴定117个不重复蛋白质,其中2个样品共有蛋白质12个,AP28独有蛋白质52个,AP44独有蛋白质53个。对质谱数据利用COG数据库进行搜寻鉴定,显示AP28和AP44的鉴定蛋白质中涉及柞蚕免疫系统及刺激应答生物过程的蛋白质共有29个,其中AP28中包括热激蛋白、泛素样蛋白、泛素结合酶E2、保幼激素环氧水解酶、微管结合蛋白、溶菌酶、ADP-核糖基化因子、防御蛋白、肽聚糖识别蛋白等15个,AP44中包括DRK、酚氧化酶原、类免疫球蛋白等10个;二者共有热激蛋白hsp21.4、酚氧化酶原、抗菌肽等4个。本研究结果可以为今后研究柞蚕对微孢子虫的免疫应答及防御机制提供参考。 展开更多

关键词 柞蚕 柞蚕微孢子虫 血淋巴 免疫应答 蛋白质 蛋白质组学分析

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红莲型细胞质雄性不育水稻单核期花粉蛋白差异表达分析 被引量：1

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作者 文李 刘盖 +2 位作者 王坤 谭碧君 陶钧 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期529-536,共8页

为在孢子发育时期从蛋白质水平更好地理解细胞质雄性不育的分子机理,对红莲型细胞质雄性不育水稻的不育系粤泰A、保持系粤泰B及其F1(红莲优6号)单核期花粉总蛋白质采用固相pH梯度等电聚焦/SDS-PAGE(3～10非线性胶条)进行双向电泳分离,... 为在孢子发育时期从蛋白质水平更好地理解细胞质雄性不育的分子机理,对红莲型细胞质雄性不育水稻的不育系粤泰A、保持系粤泰B及其F1(红莲优6号)单核期花粉总蛋白质采用固相pH梯度等电聚焦/SDS-PAGE(3～10非线性胶条)进行双向电泳分离,利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF/MS)或者LC-MS/MS分析对其中15个差异点进行鉴定,并对已鉴定的蛋白质点进行亚细胞定位和功能分析。发现与可育系相比,不育系有部分参与物质和能量代谢、细胞周期、转录、物质转运等的蛋白质缺失或表达量降低。这些蛋白质包括K+/H+协同运输蛋白、锌指蛋白和WD重复蛋白等。这些蛋白质的表达下调或缺失可能与线粒体供能不足而导致的花粉不能正常发育有关。 展开更多

关键词 水稻 双向凝胶电泳 蛋白质组学分析

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基于碘乙酸功能化树枝状聚合物的硫巯化肽段选择性富集新方法

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作者 吴琼 袁辉明 +6 位作者 翁叶靖 随志刚 张晓丹 胡晔晨 梁振 张丽华 张玉奎 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期836-844,共9页

蛋白质的硫巯化是一种重要的氧化翻译后修饰,在细胞衰老、内质网应激、血管舒张、细胞凋亡等过程中扮演重要角色。利用蛋白质组学技术表征硫巯化修饰具有十分重要的意义。该文发展了一种基于碘乙酸功能化的聚酰胺-胺树枝状聚合物(PAMAM-... 蛋白质的硫巯化是一种重要的氧化翻译后修饰,在细胞衰老、内质网应激、血管舒张、细胞凋亡等过程中扮演重要角色。利用蛋白质组学技术表征硫巯化修饰具有十分重要的意义。该文发展了一种基于碘乙酸功能化的聚酰胺-胺树枝状聚合物(PAMAM-INS),并结合滤膜辅助的样品预处理技术用于硫巯化肽段的富集(简称FADE策略),利用FADE策略能从100倍质量干扰的牛血清白蛋白酶解产物中选择性地富集出硫巯化标准肽段。将细胞培养稳定同位素标记技术引入到FADE策略中,并将其应用于不同浓度梯度硫氢化钠刺激的SHSY5Y细胞硫巯化蛋白质组分析,共鉴定到163条硫巯化肽段。生物信息学的结果表明,硫巯化修饰可能在中枢神经系统中扮演着重要角色。 展开更多

关键词 选择性富集 滤膜辅助 蛋白质组学分析 硫巯化修饰 聚酰胺-胺

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