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蛋白质相互作用：界面分析,结合自由能计算与相互作用设计
被引量：
11
1
作者
白红军
来鲁华
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010年第7期1988-1997,共10页
蛋白质相互作用在生命活动中起着重要作用.研究蛋白质间相互作用的本质有助于了解生命活动中这些基本单元的作用.本文主要综述了近期蛋白质相互作用研究的进展,包括蛋白质相互作用界面的基本性质,蛋白质结合自由能的计算方法,不同相互...
蛋白质相互作用在生命活动中起着重要作用.研究蛋白质间相互作用的本质有助于了解生命活动中这些基本单元的作用.本文主要综述了近期蛋白质相互作用研究的进展,包括蛋白质相互作用界面的基本性质,蛋白质结合自由能的计算方法,不同相互作用在蛋白质结合/解离中的角色和差异,以及上述知识在蛋白质相互作用设计中的应用.蛋白质相互作用界面的特性,例如界面大小、保守性以及结构的动态性质,使得具有生物功能的蛋白质相互作用界面区别于非特异性的晶体堆积界面.生物功能界面的一个重要结构特征是界面上存在着关键残基以及相对独立的相互作用模块.利用多种方法,如MM-PBSA、统计平均势以及不同的相互作用自由能模型,可以在不同的精度上计算蛋白质相互作用自由能.利用蛋白质相互作用界面的特点,从不同的角度进行蛋白质相互作用对的设计与改造,近年来已经有了不少成功的例子,但还存在着很大的挑战.我们认为在今后的蛋白质相互作用设计中,考虑各种因素对蛋白质结合与解离的动力学过程的影响将有助于提高人类控制蛋白质相互作用的能力.
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关键词
蛋白质
相互作用
界面性质
界面结构特征
结合自由能计算
蛋白质相互作用设计
蛋白质
结合/解离
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职称材料
蛋白质相互作用预测、设计与调控
被引量：
7
2
作者
张长胜
来鲁华
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012年第10期2363-2380,共18页
蛋白质相互作用是生命活动在分子水平上的基本事件.蛋白质相互作用的三维图像可以给出关键生命活动过程的分子细节.了解蛋白质相互作用的原理有助于揭示生命活动的机制,并在此基础上开展有重要价值的蛋白质设计.本文对于蛋白质相互作用...
蛋白质相互作用是生命活动在分子水平上的基本事件.蛋白质相互作用的三维图像可以给出关键生命活动过程的分子细节.了解蛋白质相互作用的原理有助于揭示生命活动的机制,并在此基础上开展有重要价值的蛋白质设计.本文对于蛋白质相互作用预测、设计和调控研究的近期进展进行了总结归纳,介绍了作者实验室在相关领域的研究进展,并对今后的研究方向进行了展望.主要包括:(1)蛋白质相互作用网络、蛋白质相互作用机制和蛋白质复合物结构计算分析;(2)基于序列、结合位点以及复合物结构的蛋白质相互作用预测;(3)蛋白质相互作用设计方法;(4)利用化学分子调控蛋白质相互作用的方法;(5)针对蛋白质相互作用的蛋白质药物设计方法.
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关键词
蛋白质
相互作用
相互作用
预测
蛋白质
-
蛋白质
对接
蛋白质相互作用设计
蛋白质
药物
药物
设计
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职称材料
题名
蛋白质相互作用：界面分析,结合自由能计算与相互作用设计
被引量：
11
1
作者
白红军
来鲁华
机构
北京大学化学与分子工程学院
北京大学理论生物学中心
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010年第7期1988-1997,共10页
基金
国家自然科学基金(10721403)
国家科技部重大研究计划(973)(2009CB918500)资助项目~~
文摘
蛋白质相互作用在生命活动中起着重要作用.研究蛋白质间相互作用的本质有助于了解生命活动中这些基本单元的作用.本文主要综述了近期蛋白质相互作用研究的进展,包括蛋白质相互作用界面的基本性质,蛋白质结合自由能的计算方法,不同相互作用在蛋白质结合/解离中的角色和差异,以及上述知识在蛋白质相互作用设计中的应用.蛋白质相互作用界面的特性,例如界面大小、保守性以及结构的动态性质,使得具有生物功能的蛋白质相互作用界面区别于非特异性的晶体堆积界面.生物功能界面的一个重要结构特征是界面上存在着关键残基以及相对独立的相互作用模块.利用多种方法,如MM-PBSA、统计平均势以及不同的相互作用自由能模型,可以在不同的精度上计算蛋白质相互作用自由能.利用蛋白质相互作用界面的特点,从不同的角度进行蛋白质相互作用对的设计与改造,近年来已经有了不少成功的例子,但还存在着很大的挑战.我们认为在今后的蛋白质相互作用设计中,考虑各种因素对蛋白质结合与解离的动力学过程的影响将有助于提高人类控制蛋白质相互作用的能力.
关键词
蛋白质
相互作用
界面性质
界面结构特征
结合自由能计算
蛋白质相互作用设计
蛋白质
结合/解离
Keywords
Protein-protein interactions
Basic property of protein-protein interfaces
Structural feature of protein-protein interfaces
Binding free energy calculation
Protein-protein interaction design
Protein-protein association/dissociation
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
蛋白质相互作用预测、设计与调控
被引量：
7
2
作者
张长胜
来鲁华
机构
北京大学化学与分子工程学院
北京大学定量生物学中心
北京大学-清华大学生命科学联合中心
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012年第10期2363-2380,共18页
基金
国家自然科学基金(11021463
90913021)
+1 种基金
国家科技部(2009CB9185000)资助项目
北京大学-清华大学生命科学联合中心优秀博士后项目资助~~
文摘
蛋白质相互作用是生命活动在分子水平上的基本事件.蛋白质相互作用的三维图像可以给出关键生命活动过程的分子细节.了解蛋白质相互作用的原理有助于揭示生命活动的机制,并在此基础上开展有重要价值的蛋白质设计.本文对于蛋白质相互作用预测、设计和调控研究的近期进展进行了总结归纳,介绍了作者实验室在相关领域的研究进展,并对今后的研究方向进行了展望.主要包括:(1)蛋白质相互作用网络、蛋白质相互作用机制和蛋白质复合物结构计算分析;(2)基于序列、结合位点以及复合物结构的蛋白质相互作用预测;(3)蛋白质相互作用设计方法;(4)利用化学分子调控蛋白质相互作用的方法;(5)针对蛋白质相互作用的蛋白质药物设计方法.
关键词
蛋白质
相互作用
相互作用
预测
蛋白质
-
蛋白质
对接
蛋白质相互作用设计
蛋白质
药物
药物
设计
Keywords
Protein-protein interaction
Interaction prediction
Protein-protein docking
Protein-protein interaction design
Protein drug
Drug design
分类号
O629.73 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蛋白质相互作用：界面分析,结合自由能计算与相互作用设计
白红军
来鲁华
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2010
11
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
蛋白质相互作用预测、设计与调控
张长胜
来鲁华
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012
7
在线阅读
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职称材料
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
统计分析
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