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题名蛋白质序列的多重分形性质及其Rényi熵率
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作者
张立婷
徐振源
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机构
江南大学信息工程学院
江南大学理学院
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出处
《江南大学学报（自然科学版）》
CAS
2008年第4期500-504,共5页
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基金
国家自然科学基金项目(10372054
60575038)
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文摘
一系列DNA和蛋白质序列的可视化研究通过几何图像形式展现了序列结构,从CGR到k串理论,只是通过迭代法把相应的碱基或氨基酸转化成数值,进而绘制成图形,没有对应的严格数学理论支持.文中将分形理论与信息论方法相结合,把蛋白质混沌游走表示法的多重分形维数和符号序列的Rényi熵率之间通过概率测度μ建立对应关系,从而使蛋白质序列的研究转为符号序列的可视化分析,在生物信息学上具有一定的应用前景.
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关键词
蛋白质混沌游走表示法
多重分形维数
Renyi熵率
迭代函数系统
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Keywords
chaos game representation of protein
multifractal dimensions
Renyi entropy rate
iterative function system
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分类号
O415
[理学—理论物理]
Q811.4
[生物学—生物工程]
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题名甲型流感病毒蛋白质序列的长记忆模型
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作者
张玲
高洁
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机构
江南大学理学院
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出处
《江南大学学报（自然科学版）》
CAS
2012年第6期727-730,共4页
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基金
国家自然科学基金项目(11271163)
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文摘
基于CGR-游走模型和分数阶差分,运用时间序列模型分析甲型流感病毒。基于详细HP模型,先将甲流病毒H5N1的蛋白质序列转化成CGR时间序列,再引入长记忆ARFIMA(p,d,q)模型拟合此类序列。发现随机得到的9条H5N1的蛋白质序列都具有长相关性且拟合良好,还发现这类序列都可以用ARFIMA(1,d,1)模型加以识别。
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关键词
甲型流感
蛋白质
时间序列模型
混沌游走
长记忆模型
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Keywords
influenza a virus, protein, time series model, CGR, ARFIMA （p,d,q） model
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分类号
O211.61
[理学—概率论与数理统计]
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