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基于遗传算法的蛋白质折叠模拟系统被引量：10: 1; 作者倪红春王翼飞《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 2001年第4期359-364,共6页; 在模拟蛋白质折叠的遗传算法基础上 ,采用晶格模型 ,设计了一个用于蛋白质折叠模拟的软件系统 ,并举例说明该系统的用法 .该蛋白质折叠模拟系统可用于蛋白质折叠预测和蛋白质进化研究。; 关键词蛋白质折叠模拟遗传算法晶格模型折叠预测分子设计进化; 在线阅读下载PDF 职称材料

蛋白质折叠的三维计算机模拟: 2; 作者解伟王翼飞《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 2000年第6期548-550,共3页; 介绍了计算机模拟蛋白质的三维模型．利用混合遗传算法对模型问题进行了模拟计算，获得了由２７个氨基酸残基组成的肽链的能量最小的折叠构象．计算结果表明，对于蛋白质折叠的三维晶格模型而言，混合遗传算法是很有效的．; 关键词蛋白质折叠模拟混合遗传算法三维晶格模型; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于氨基酸序列和模拟结构预测蛋白质稳定性的研究进展被引量：6: 3; 作者易华伟唐晓峰《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期83-89,共7页; 稳定性是蛋白质重要性质之一,工业用蛋白质需要良好的稳定性,进化过程中蛋白质新功能的衍生也依赖于蛋白质的稳定性。提高蛋白质的稳定性,尤其是提高未知结构蛋白质的稳定性是一项非常具有挑战性的工作——传统的蛋白质改造方法如定向... 展开更多; 关键词蛋白质稳定性预测工具氨基酸序列蛋白质结构模拟; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于网格计算环境的蛋白质折叠模拟应用: 4; 作者洪宇杨寿保 +2 位作者陈华平王文睿吴佳骥《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2004年第13期36-37,121,共3页; 利用当前网格计算和服务最新技术Web Service,设计并实现了基于网格计算环境的蛋白质折叠模拟的分布式计算模型,在生物计算领域有着重要的应用价值。同时,它整合了当前先进的网络计算技术,在算法上和平台建设上有着广泛的指导和示范意义。; 关键词网格计算蛋白质折叠模拟 WEB 服务; 在线阅读下载PDF 职称材料

应用GPU集群加速计算蛋白质分子场被引量：12: 5; 作者张繁王章野 +2 位作者姚建吴韬彭群生《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心 2010年第3期412-419,共8页; 针对生物化学计算中采用量子化学理论计算蛋白质分子场所带来的巨大计算量的问题,搭建起一个GPU集群系统,用来加速计算基于量子化学的蛋白质分子场.该系统采用消息传递并行编程环境(MPI)连接集群各结点,以开放多线程OpenMP编程标准作为... 展开更多; 关键词 GPU集群蛋白质分子场模拟并行加速架构设计; 在线阅读下载PDF 职称材料

施氮水平对冬小麦收获品质影响的模拟研究被引量：2: 6; 作者杜衡张志新 +4 位作者李立李金敏张宇凡史良胜钟华《节水灌溉》北大核心 2022年第12期64-73,共10页; 冬小麦产量及蛋白质的准确估计具有重要意义。基于作物模型对作物生长和氮素吸收等关键生理过程的模拟,可以实现对产量、蛋白质产量及含量的评估。但现有作物模型对储存器官利用氮的能力(库过程)进行了简化,鲜有模型考虑多种因素对该过... 展开更多; 关键词作物模型 SWAP模型冬小麦产量估计蛋白质模拟; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于遗传算法的蛋白质折叠模拟系统被引量：10: 1; 作者倪红春王翼飞; 机构上海大学理学院; 出处《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 2001年第4期359-364,共6页; 文摘在模拟蛋白质折叠的遗传算法基础上 ,采用晶格模型 ,设计了一个用于蛋白质折叠模拟的软件系统 ,并举例说明该系统的用法 .该蛋白质折叠模拟系统可用于蛋白质折叠预测和蛋白质进化研究。; 关键词蛋白质折叠模拟遗传算法晶格模型折叠预测分子设计进化; Keywords protein folding simulation genetic algorithm lattice model; 分类号 Q51 [生物学—生物化学] O242.23 [理学—计算数学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名蛋白质折叠的三维计算机模拟: 2; 作者解伟王翼飞; 机构上海大学理学院; 出处《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 2000年第6期548-550,共3页; 文摘介绍了计算机模拟蛋白质的三维模型．利用混合遗传算法对模型问题进行了模拟计算，获得了由２７个氨基酸残基组成的肽链的能量最小的折叠构象．计算结果表明，对于蛋白质折叠的三维晶格模型而言，混合遗传算法是很有效的．; 关键词蛋白质折叠模拟混合遗传算法三维晶格模型; Keywords protein folding simulation j hybrid genetic algorithm three-dimensional lattice model; 分类号 Q518.2 [生物学—生物化学] TP39 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于氨基酸序列和模拟结构预测蛋白质稳定性的研究进展被引量：6: 3; 作者易华伟唐晓峰; 机构武汉大学生命科学学院; 出处《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期83-89,共7页; 基金国家自然科学基金面上项目(31570062); 文摘稳定性是蛋白质重要性质之一,工业用蛋白质需要良好的稳定性,进化过程中蛋白质新功能的衍生也依赖于蛋白质的稳定性。提高蛋白质的稳定性,尤其是提高未知结构蛋白质的稳定性是一项非常具有挑战性的工作——传统的蛋白质改造方法如定向进化费时费力,传统的理性设计则难以被其他研究者复制。虽然目前有很多蛋白质稳定性预测工具,但这些预测工具大多都需要预先测定蛋白质的三维结构,因此结构未知的蛋白质的稳定性预测受到了限制。近年来,人们开发了一些利用蛋白质的氨基酸序列和模拟结构来预测突变对结构未知蛋白质稳定性影响的预测工具。介绍该方面的研究进展,以期为蛋白质工程研究提供参考。; 关键词蛋白质稳定性预测工具氨基酸序列蛋白质结构模拟; Keywords protein stability predictors amino acid sequence protein structure simulation; 分类号 Q51 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于网格计算环境的蛋白质折叠模拟应用: 4; 作者洪宇杨寿保陈华平王文睿吴佳骥; 机构中国科学技术大学计算机科学技术系; 出处《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2004年第13期36-37,121,共3页; 基金国家"863"计划基金资助项目(2002AA104560) 国家自然科学基金资助项目(60273041); 文摘利用当前网格计算和服务最新技术Web Service,设计并实现了基于网格计算环境的蛋白质折叠模拟的分布式计算模型,在生物计算领域有着重要的应用价值。同时,它整合了当前先进的网络计算技术,在算法上和平台建设上有着广泛的指导和示范意义。; 关键词网格计算蛋白质折叠模拟 WEB 服务; Keywords Grid computation Protein pucker simulation Web Service; 分类号 TP302.1 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名应用GPU集群加速计算蛋白质分子场被引量：12: 5; 作者张繁王章野姚建吴韬彭群生; 机构浙江大学CAD＆CG国家重点实验室浙江工业大学计算机学院浙江大学理学院化学系; 出处《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心 2010年第3期412-419,共8页; 基金国家“九七三”重点基础研究发展计划项目(2009CB320802) 国家自然科学基金重点项目(60533050) +1 种基金浙江省自然科学基金杰出青年团队项目(R407042); 文摘针对生物化学计算中采用量子化学理论计算蛋白质分子场所带来的巨大计算量的问题,搭建起一个GPU集群系统,用来加速计算基于量子化学的蛋白质分子场.该系统采用消息传递并行编程环境(MPI)连接集群各结点,以开放多线程OpenMP编程标准作为多核CPU编程环境,以CUDA语言作为GPU编程环境,提出并实现了集群系统结点中GPU和多核CPU协同计算的并行加速架构优化设计.在保持较高计算精度的前提下,结合MPI,OpenMP和CUDA混合编程模式,大大提高了系统的计算性能,并对不同体系和规模的蛋白质分子场模拟进行了计算分析.与相应的CPU集群、GPU单机和CPU单机计算方法对比,该GPU集群大幅度地提高了高分辨率复杂蛋白质分子场模拟的计算效率,比CPU集群的平均计算加速比提高了7.5倍.; 关键词 GPU集群蛋白质分子场模拟并行加速架构设计; Keywords GPU cluster protein molecular field simulation parallel accelerating architecture design; 分类号 TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名施氮水平对冬小麦收获品质影响的模拟研究被引量：2: 6; 作者杜衡张志新李立李金敏张宇凡史良胜钟华; 机构武汉大学水资源与水电工程科学国家重点实验室上海清美绿色食品(集团)有限公司; 出处《节水灌溉》北大核心 2022年第12期64-73,共10页; 基金浦东新区科技发展基金(PKX2020-R07)。; 文摘冬小麦产量及蛋白质的准确估计具有重要意义。基于作物模型对作物生长和氮素吸收等关键生理过程的模拟,可以实现对产量、蛋白质产量及含量的评估。但现有作物模型对储存器官利用氮的能力(库过程)进行了简化,鲜有模型考虑多种因素对该过程的影响。研究采用单籽粒氮积累模型与SWAP相结合的方法,考虑温度、水分、氮素水平、基因型多因素对库过程的影响,构建了SWAP-pro模型。与原模型的对比结果表明,SWAP对冬小麦氮胁迫情况估计不准确,产量模拟精度不高,且明显低估冬小麦蛋白质产量;SWAP-pro能对叶面积指数、叶片氮、生物量等指标进行较好的模拟,具有一定的稳健性。模型能更准确稳定地模拟冬小麦氮胁迫情况,产量的模拟精度优于SWAP,且对蛋白质产量的模拟精度更高。该研究有助于深入理解氮循环与冬小麦收获品质形成的关系,对于产量和蛋白质估计具有一定指导意义。; 关键词作物模型 SWAP模型冬小麦产量估计蛋白质模拟; Keywords crop model SWAP winter wheat production estimation protein simulation; 分类号 S27 [农业科学—农业水土工程] S152.7 [农业科学—土壤学] S512 [农业科学—作物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于遗传算法的蛋白质折叠模拟系统	倪红春王翼飞	《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD	2001	10	在线阅读下载PDF 职称材料
2	蛋白质折叠的三维计算机模拟	解伟王翼飞	《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD	2000	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	基于氨基酸序列和模拟结构预测蛋白质稳定性的研究进展	易华伟唐晓峰	《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心	2017	6	在线阅读下载PDF 职称材料
4	基于网格计算环境的蛋白质折叠模拟应用	洪宇杨寿保陈华平王文睿吴佳骥	《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心	2004	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	应用GPU集群加速计算蛋白质分子场	张繁王章野姚建吴韬彭群生	《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心	2010	12	在线阅读下载PDF 职称材料
6	施氮水平对冬小麦收获品质影响的模拟研究	杜衡张志新李立李金敏张宇凡史良胜钟华	《节水灌溉》北大核心	2022	2	在线阅读下载PDF 职称材料