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改进CKSAAP结合RFE算法预测蛋白质棕榈酰化位点
1
作者
汤亚东
谢鹭
陈兰明
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2019年第5期143-148,共6页
蛋白质棕榈酰化是一种可逆的蛋白质翻译后修饰,在蛋白质稳定性和亚细胞定位等方面发挥重要作用。构建了一种预测蛋白质棕榈酰化位点的新模型(PSSM-CKSAAP-RFE)。采用蕴含进化信息的k-spaced氨基酸对组分方法表征蛋白质序列,通过递归特...
蛋白质棕榈酰化是一种可逆的蛋白质翻译后修饰,在蛋白质稳定性和亚细胞定位等方面发挥重要作用。构建了一种预测蛋白质棕榈酰化位点的新模型(PSSM-CKSAAP-RFE)。采用蕴含进化信息的k-spaced氨基酸对组分方法表征蛋白质序列,通过递归特征消除法进行特征选择;基于上述特征训练支持向量机分类器,并采用夹克刀交叉验证法测试模型性能。研究结果显示,训练集和独立测试集的预测准确率、马修斯相关系数、特异性、敏感性和受试者工作特征曲线下面积分别为98.44%、0.94、98.95%、95.65%和0.990,以及98.41%、0.93、99.39%、92.31%和0.994,优于文献中报道的相关方法,为蛋白质棕榈酰化位点的预测提供了一种新模型。
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关键词
蛋白质棕榈酰化位点
k-spaced氨基酸对组分
位置特异性得分矩阵
支持向量机
递归特征消除
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职称材料
题名
改进CKSAAP结合RFE算法预测蛋白质棕榈酰化位点
1
作者
汤亚东
谢鹭
陈兰明
机构
上海海洋大学食品科学与技术学院
上海生物信息技术研究中心
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2019年第5期143-148,共6页
基金
国家自然科学基金面上项目(No.31671946)
文摘
蛋白质棕榈酰化是一种可逆的蛋白质翻译后修饰,在蛋白质稳定性和亚细胞定位等方面发挥重要作用。构建了一种预测蛋白质棕榈酰化位点的新模型(PSSM-CKSAAP-RFE)。采用蕴含进化信息的k-spaced氨基酸对组分方法表征蛋白质序列,通过递归特征消除法进行特征选择;基于上述特征训练支持向量机分类器,并采用夹克刀交叉验证法测试模型性能。研究结果显示,训练集和独立测试集的预测准确率、马修斯相关系数、特异性、敏感性和受试者工作特征曲线下面积分别为98.44%、0.94、98.95%、95.65%和0.990,以及98.41%、0.93、99.39%、92.31%和0.994,优于文献中报道的相关方法,为蛋白质棕榈酰化位点的预测提供了一种新模型。
关键词
蛋白质棕榈酰化位点
k-spaced氨基酸对组分
位置特异性得分矩阵
支持向量机
递归特征消除
Keywords
protein palmitoylation sites
composition of k-spaced amino acid pairs
position specific scoring matrix
support vector machine
recursive feature elimination
分类号
TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
改进CKSAAP结合RFE算法预测蛋白质棕榈酰化位点
汤亚东
谢鹭
陈兰明
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2019
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