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利用进化模糊K近邻及其集成预测蛋白质亚核定位
1
作者
刘立元
陈月辉
+1 位作者
马炳先
曹毅
《济南大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2010年第4期376-379,共4页
针对从蛋白质原始序列中预测蛋白质定位及功能信息这个生物信息学中研究的热点问题,提出进化模糊K近邻算法(Evolutionary Fuzzy K-Nearest Neighbor,EFKNN)直接处理多分类问题的预测模型,用EFKNN及其集成直接从蛋白质序列中预测蛋白质...
针对从蛋白质原始序列中预测蛋白质定位及功能信息这个生物信息学中研究的热点问题,提出进化模糊K近邻算法(Evolutionary Fuzzy K-Nearest Neighbor,EFKNN)直接处理多分类问题的预测模型,用EFKNN及其集成直接从蛋白质序列中预测蛋白质亚核定位。采用5种特征提取算法从蛋白质序列中提取特征,训练了5个基于EFKNN的基分类器,并根据得票量大小原则集成每个基分类器的分类结果作为待测样本的输出。将蛋白质亚核定位预测中常用的数据集SNL9作为训练集,利用jackknife测试方法预测了数据集中每条单定位亚核蛋白,正确率为70.0%,表明该模型可以作为蛋白质亚核定位预测的工具或对现有预测模型和方法的补充。
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关键词
蛋白质
亚
核
定位
集成学习
进化模糊K近邻
粒子群优化算法
Jackknife验证
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职称材料
基于ACC变换和RFE算法的蛋白质亚核定位预测
2
作者
李小苇
刘太岗
+1 位作者
陶珮莹
王春华
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2016年第15期83-87,共5页
获取真核细胞中细胞核内蛋白质定位的信息对注解蛋白质功能具有非常重要的意义。针对于利用计算方法预测蛋白质在亚核水平上的定位更具挑战性的问题,提出了基于自互协方差变换与递归特征消除预测蛋白质亚核定位的方法。该方法基于位置...
获取真核细胞中细胞核内蛋白质定位的信息对注解蛋白质功能具有非常重要的意义。针对于利用计算方法预测蛋白质在亚核水平上的定位更具挑战性的问题,提出了基于自互协方差变换与递归特征消除预测蛋白质亚核定位的方法。该方法基于位置特异性得分矩阵利用自互协方差变换构建蛋白质序列的特征向量,采用递归特征消除法进行特征选择,选用支持向量机作为预测工具,并在两个经典数据集SC714和LD504上进行了夹克刀测试。实验结果表明,该方法比大多数已报道的预测方法具有更高的预测准确率。
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关键词
蛋白质
亚
核
定位
位置特异性得分矩阵
自互协方差变换
递归特征消除
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职称材料
GATA-4 M310V单基因突变参与家族性房间隔缺损的机制研究
被引量：
1
3
作者
唐胤
韩增强
+1 位作者
寒桦
陈彧
《中国循环杂志》
CSCD
北大核心
2013年第3期211-214,共4页
目的:在以往发现家族性先天性房间隔缺损GATA-4 M310V单基因突变的基础上,本研究进一步探讨该突变导致家族性房间隔缺损的可能机制。方法:选取一个先天性房间隔缺损家族(三级亲属成员共31人中有8例单纯性房间隔缺损患者),采集外周血样,...
目的:在以往发现家族性先天性房间隔缺损GATA-4 M310V单基因突变的基础上,本研究进一步探讨该突变导致家族性房间隔缺损的可能机制。方法:选取一个先天性房间隔缺损家族(三级亲属成员共31人中有8例单纯性房间隔缺损患者),采集外周血样,采集少量心肌组织标本。体外成功构建GATA-4基因野生型及突变型真核表达载体并转染细胞系,按照不同载体组合(16种组合)转染Hela细胞,应用双荧光素酶报告系统检测GATA-4基因突变对心脏肌球蛋白重链-α(α-Myhc)、心房利钠肽因子(ANF)启动子活性的影响。应用绿色荧光蛋白定位法检测GATA-4 M310V突变对GATA4蛋白核定位的影响。结果:双荧光素酶检测结果:对于α-Myhc启动子,引入GATA-4基因表达载体后,随着GATA-4表达载体浓度的上升,其启动子活性呈现上升趋势,差异有统计学意义(P<0.005);引入GATA-4(A928G)突变基因表达载体后,相同GATA-4表达载体转染剂量(100 ng、200 ng)调控的启动子活性增强,差异有统计学意义(P<0.005);但随GATA-4突变型表达载体引入量的增加(300 ng),启动子活性似乎有下降趋势,差异无统计学意义(P=0.195)。对于ANF启动子,引入GATA-4基因表达载体、GATA-4突变基因表达载体后,启动子活性变化组间差异及趋势变化并不明显(P>0.05)。结论:GATA-4 M310V突变影响了α-Myhc启动子活性及GATA4蛋白的核定位,该突变对GATA4蛋白核定位的影响可能是该突变导致家族性房间隔缺损新的重要分子生物学机制。
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关键词
先天性心脏病
GATA-4基因
基因突变
启动子活性
蛋白质核定位
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职称材料
题名
利用进化模糊K近邻及其集成预测蛋白质亚核定位
1
作者
刘立元
陈月辉
马炳先
曹毅
机构
济南大学信息科学与工程学院
出处
《济南大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2010年第4期376-379,共4页
基金
国家自然科学基金(60903099)
山东省高等学校科技计划(J09LG14)
文摘
针对从蛋白质原始序列中预测蛋白质定位及功能信息这个生物信息学中研究的热点问题,提出进化模糊K近邻算法(Evolutionary Fuzzy K-Nearest Neighbor,EFKNN)直接处理多分类问题的预测模型,用EFKNN及其集成直接从蛋白质序列中预测蛋白质亚核定位。采用5种特征提取算法从蛋白质序列中提取特征,训练了5个基于EFKNN的基分类器,并根据得票量大小原则集成每个基分类器的分类结果作为待测样本的输出。将蛋白质亚核定位预测中常用的数据集SNL9作为训练集,利用jackknife测试方法预测了数据集中每条单定位亚核蛋白,正确率为70.0%,表明该模型可以作为蛋白质亚核定位预测的工具或对现有预测模型和方法的补充。
关键词
蛋白质
亚
核
定位
集成学习
进化模糊K近邻
粒子群优化算法
Jackknife验证
Keywords
protein subnuclear location
ensemble learning
EFKNN
particle swarm optimization
jackknife test
分类号
TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
基于ACC变换和RFE算法的蛋白质亚核定位预测
2
作者
李小苇
刘太岗
陶珮莹
王春华
机构
上海海洋大学食品学院
上海海洋大学信息学院
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2016年第15期83-87,共5页
基金
上海市教育委员会科研创新项目(No.13YZ098)
上海高校青年教师培养资助计划(No.ZZhy12028)
上海海洋大学博士科研启动基金
文摘
获取真核细胞中细胞核内蛋白质定位的信息对注解蛋白质功能具有非常重要的意义。针对于利用计算方法预测蛋白质在亚核水平上的定位更具挑战性的问题,提出了基于自互协方差变换与递归特征消除预测蛋白质亚核定位的方法。该方法基于位置特异性得分矩阵利用自互协方差变换构建蛋白质序列的特征向量,采用递归特征消除法进行特征选择,选用支持向量机作为预测工具,并在两个经典数据集SC714和LD504上进行了夹克刀测试。实验结果表明,该方法比大多数已报道的预测方法具有更高的预测准确率。
关键词
蛋白质
亚
核
定位
位置特异性得分矩阵
自互协方差变换
递归特征消除
Keywords
protein subnuclear location
position specific scoring matrix
auto cross covariance transformation
recursive
分类号
TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
GATA-4 M310V单基因突变参与家族性房间隔缺损的机制研究
被引量：
1
3
作者
唐胤
韩增强
寒桦
陈彧
机构
北京大学人民医院心脏中心心外科
出处
《中国循环杂志》
CSCD
北大核心
2013年第3期211-214,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(项目号:81041004)
文摘
目的:在以往发现家族性先天性房间隔缺损GATA-4 M310V单基因突变的基础上,本研究进一步探讨该突变导致家族性房间隔缺损的可能机制。方法:选取一个先天性房间隔缺损家族(三级亲属成员共31人中有8例单纯性房间隔缺损患者),采集外周血样,采集少量心肌组织标本。体外成功构建GATA-4基因野生型及突变型真核表达载体并转染细胞系,按照不同载体组合(16种组合)转染Hela细胞,应用双荧光素酶报告系统检测GATA-4基因突变对心脏肌球蛋白重链-α(α-Myhc)、心房利钠肽因子(ANF)启动子活性的影响。应用绿色荧光蛋白定位法检测GATA-4 M310V突变对GATA4蛋白核定位的影响。结果:双荧光素酶检测结果:对于α-Myhc启动子,引入GATA-4基因表达载体后,随着GATA-4表达载体浓度的上升,其启动子活性呈现上升趋势,差异有统计学意义(P<0.005);引入GATA-4(A928G)突变基因表达载体后,相同GATA-4表达载体转染剂量(100 ng、200 ng)调控的启动子活性增强,差异有统计学意义(P<0.005);但随GATA-4突变型表达载体引入量的增加(300 ng),启动子活性似乎有下降趋势,差异无统计学意义(P=0.195)。对于ANF启动子,引入GATA-4基因表达载体、GATA-4突变基因表达载体后,启动子活性变化组间差异及趋势变化并不明显(P>0.05)。结论:GATA-4 M310V突变影响了α-Myhc启动子活性及GATA4蛋白的核定位,该突变对GATA4蛋白核定位的影响可能是该突变导致家族性房间隔缺损新的重要分子生物学机制。
关键词
先天性心脏病
GATA-4基因
基因突变
启动子活性
蛋白质核定位
Keywords
Congenital heart disease
GATA-4 gene
Gene mutation
Promoter activity
Protein nuclear location
分类号
R54 [医药卫生—心血管疾病]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用进化模糊K近邻及其集成预测蛋白质亚核定位
刘立元
陈月辉
马炳先
曹毅
《济南大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2010
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于ACC变换和RFE算法的蛋白质亚核定位预测
李小苇
刘太岗
陶珮莹
王春华
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2016
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
GATA-4 M310V单基因突变参与家族性房间隔缺损的机制研究
唐胤
韩增强
寒桦
陈彧
《中国循环杂志》
CSCD
北大核心
2013
1
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职称材料
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