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蛋白质折叠类型的分类建模与识别
被引量：
8
1
作者
刘岳
李晓琴
+1 位作者
徐海松
乔辉
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第12期2558-2564,共7页
蛋白质的氨基酸序列如何决定空间结构是当今生命科学研究中的核心问题之一.折叠类型反映了蛋白质核心结构的拓扑模式,折叠识别是蛋白质序列-结构研究的重要内容.我们以占Astral 1.65序列数据库中α,β和α/β三类蛋白质总量41.8%的36个...
蛋白质的氨基酸序列如何决定空间结构是当今生命科学研究中的核心问题之一.折叠类型反映了蛋白质核心结构的拓扑模式,折叠识别是蛋白质序列-结构研究的重要内容.我们以占Astral 1.65序列数据库中α,β和α/β三类蛋白质总量41.8%的36个无法独立建模的折叠类型为研究对象,选取其中序列一致性小于25%的样本作为训练集,以均方根偏差(RMSD)为指标分别进行系统聚类,生成若干折叠子类,并对各子类建立基于多结构比对算法(MUSTANG)结构比对的概形隐马尔科夫模型(profile-HMM).将Astral 1.65中序列一致性小于95%的9505个样本作为检验集,36个折叠类型的平均识别敏感性为90%,特异性为99%,马修斯相关系数(MCC)为0.95.结果表明:对于成员较多,无法建立统一模型的折叠类型,基于RMSD的系统分类建模均可实现较高准确率的识别,为蛋白质折叠识别拓展了新的方法和思路,为进一步研究奠定了基础.
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关键词
蛋白质折叠类型
均方根偏差
系统聚类
隐马尔科夫模型
折叠
识别
在线阅读
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职称材料
基于卷积神经网络的蛋白质折叠类型最小特征提取
被引量：
1
2
作者
潘越
王骏
+2 位作者
李文飞
张建
王炜
《南京大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第5期744-753,共10页
通过蛋白质的序列、结构等信息构建完整的蛋白质宇宙是生物信息学中的重要课题,相关研究对蛋白质结构预测、蛋白质进化路径分析以及蛋白质结构设计等方面的研究都有重要的意义.从蛋白质结构的一种简化表示——蛋白质接触图出发,通过训...
通过蛋白质的序列、结构等信息构建完整的蛋白质宇宙是生物信息学中的重要课题,相关研究对蛋白质结构预测、蛋白质进化路径分析以及蛋白质结构设计等方面的研究都有重要的意义.从蛋白质结构的一种简化表示——蛋白质接触图出发,通过训练卷积神经网络进行特征提取,筛选出可识别结构域折叠类型的最小特征向量,构建蛋白质折叠类型空间,并使用谱聚类等方法对不同蛋白质折叠类型的高维分布情况进行分析.得到的最小特征向量兼顾了信息的完整性与冗余度,可以很好地表示全部七种常见蛋白质类的空间关联.该研究结果填补了之前蛋白质宇宙研究中对不常见类的空间位置和相互关系描述的空白,加深了对于蛋白质结构相似性的理解.
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关键词
蛋白质
宇宙
深度学习
卷积神经网络
蛋白质折叠类型
识别
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职称材料
不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析
被引量：
1
3
作者
顾万君
周童
+2 位作者
马建民
孙啸
陆祖宏
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004年第1期72-77,共6页
在传统的Chou Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息 ,计算了 2 0 0个蛋白 ( 4 9种全α结构蛋白 ,69种全β结构蛋白 ,38种α + β结构蛋白 ,44种α/β结构蛋白 )中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构 (...
在传统的Chou Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息 ,计算了 2 0 0个蛋白 ( 4 9种全α结构蛋白 ,69种全β结构蛋白 ,38种α + β结构蛋白 ,44种α/β结构蛋白 )中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构 (α :螺旋 ,β :折叠 ,C :卷曲 )的偏向性参数 .通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析 ,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息 .
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关键词
同义密码子使用
氨基酸二级结构偏向性
蛋白质
二级结构预测
蛋白质折叠类型
蛋白
设计
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职称材料
题名
蛋白质折叠类型的分类建模与识别
被引量：
8
1
作者
刘岳
李晓琴
徐海松
乔辉
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第12期2558-2564,共7页
基金
国家自然科学基金(30570427)
北京市自然科学基金(4092008)资助项目~~
文摘
蛋白质的氨基酸序列如何决定空间结构是当今生命科学研究中的核心问题之一.折叠类型反映了蛋白质核心结构的拓扑模式,折叠识别是蛋白质序列-结构研究的重要内容.我们以占Astral 1.65序列数据库中α,β和α/β三类蛋白质总量41.8%的36个无法独立建模的折叠类型为研究对象,选取其中序列一致性小于25%的样本作为训练集,以均方根偏差(RMSD)为指标分别进行系统聚类,生成若干折叠子类,并对各子类建立基于多结构比对算法(MUSTANG)结构比对的概形隐马尔科夫模型(profile-HMM).将Astral 1.65中序列一致性小于95%的9505个样本作为检验集,36个折叠类型的平均识别敏感性为90%,特异性为99%,马修斯相关系数(MCC)为0.95.结果表明:对于成员较多,无法建立统一模型的折叠类型,基于RMSD的系统分类建模均可实现较高准确率的识别,为蛋白质折叠识别拓展了新的方法和思路,为进一步研究奠定了基础.
关键词
蛋白质折叠类型
均方根偏差
系统聚类
隐马尔科夫模型
折叠
识别
Keywords
Protein fold type RMSD Hierarchical clustering Profile-HMM Fold recognition
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
基于卷积神经网络的蛋白质折叠类型最小特征提取
被引量：
1
2
作者
潘越
王骏
李文飞
张建
王炜
机构
南京大学物理学院
南京大学脑科学研究院
南京大学计算机软件新技术国家重点实验室
出处
《南京大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第5期744-753,共10页
基金
国家自然科学基金(11774157,11774158,11974173,11934008)。
文摘
通过蛋白质的序列、结构等信息构建完整的蛋白质宇宙是生物信息学中的重要课题,相关研究对蛋白质结构预测、蛋白质进化路径分析以及蛋白质结构设计等方面的研究都有重要的意义.从蛋白质结构的一种简化表示——蛋白质接触图出发,通过训练卷积神经网络进行特征提取,筛选出可识别结构域折叠类型的最小特征向量,构建蛋白质折叠类型空间,并使用谱聚类等方法对不同蛋白质折叠类型的高维分布情况进行分析.得到的最小特征向量兼顾了信息的完整性与冗余度,可以很好地表示全部七种常见蛋白质类的空间关联.该研究结果填补了之前蛋白质宇宙研究中对不常见类的空间位置和相互关系描述的空白,加深了对于蛋白质结构相似性的理解.
关键词
蛋白质
宇宙
深度学习
卷积神经网络
蛋白质折叠类型
识别
Keywords
protein universe
deep learning
convolutional neural network
protein fold recognition
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析
被引量：
1
3
作者
顾万君
周童
马建民
孙啸
陆祖宏
机构
东南大学吴健雄实验室
出处
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004年第1期72-77,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目 ( 60 12 110 1)
文摘
在传统的Chou Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息 ,计算了 2 0 0个蛋白 ( 4 9种全α结构蛋白 ,69种全β结构蛋白 ,38种α + β结构蛋白 ,44种α/β结构蛋白 )中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构 (α :螺旋 ,β :折叠 ,C :卷曲 )的偏向性参数 .通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析 ,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息 .
关键词
同义密码子使用
氨基酸二级结构偏向性
蛋白质
二级结构预测
蛋白质折叠类型
蛋白
设计
Keywords
synonymous codon usage
secondary structural propensity of amino acid
protein secondary structure prediction
protein folding type
protein design
分类号
Q52 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蛋白质折叠类型的分类建模与识别
刘岳
李晓琴
徐海松
乔辉
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009
8
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于卷积神经网络的蛋白质折叠类型最小特征提取
潘越
王骏
李文飞
张建
王炜
《南京大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析
顾万君
周童
马建民
孙啸
陆祖宏
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2004
1
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职称材料
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