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低氧响应过程中蛋白质半胱氨酸修饰调控作用的生物信息学分析
1
作者 吕志红 王盘琴 +2 位作者 郭伟峰 王振龙 程涵 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期180-185,共6页
目的:基于生物信息学探讨蛋白质半胱氨酸修饰(PCM)在低氧响应过程中的调控作用。方法:通过比对iHypoxia数据库中低氧响应蛋白的UniProt ID和CysModDB、iCysMod数据库中PCM底物的UniProt ID,筛选出能够发生PCM的低氧响应蛋白及其修饰位点... 目的:基于生物信息学探讨蛋白质半胱氨酸修饰(PCM)在低氧响应过程中的调控作用。方法:通过比对iHypoxia数据库中低氧响应蛋白的UniProt ID和CysModDB、iCysMod数据库中PCM底物的UniProt ID,筛选出能够发生PCM的低氧响应蛋白及其修饰位点,分析不同物种和不同PCM类型中以上蛋白及修饰位点的分布情况,并分析同一PCM位点上不同半胱氨酸修饰之间的相互影响。对人类发生PCM的低氧响应蛋白进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。利用Xena Browser网站上12种常见肿瘤的体细胞突变数据筛选发生PCM的人类低氧响应蛋白上的错义突变,比较非PCM区域和PCM区域每1000个氨基酸中的突变数。利用COSMIC和DrugBank数据库比对发生PCM的低氧响应蛋白的UniProt ID与癌基因和药物靶标的UniProt ID,获取发生PCM的低氧响应蛋白分别被注释为癌基因与药物靶标的数量并进行癌基因与药物靶标富集分析。结果:共获得4种动物(人类、小鼠、大鼠和牛)1111个低氧响应蛋白的5242个PCM位点;低氧响应蛋白可发生氧化、S-亚硝基化、S-谷胱甘肽化等多种PCM,不同修饰之间存在相互影响。受PCM调控的低氧响应蛋白显著富集于与癌症等相关的信号通路中。596个低氧响应蛋白的错义突变更易于发生在PCM区域。人类发生PCM的低氧响应蛋白中有85个被注释为癌基因,340个被注释为药物靶标,且受PCM调控的低氧响应蛋白与癌基因和药物靶标高度相关(富集比例分别为8.34和4.63,P<0.01)。结论:PCM在低氧响应过程中发挥重要调控作用。 展开更多
关键词 蛋白质半胱氨酸修饰 低氧响应蛋白 调控作用 生物信息学分析
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基于半胱氨酸氧化修饰蛋白质组学研究高压处理对冷藏滩羊肉应力松弛特性的影响 被引量：1
2
作者 高钰茸 卜宁霞 +2 位作者 张瑞 王素也 刘敦华 《肉类研究》 北大核心 2024年第6期9-18,共10页
通过半胱氨酸(Cys)氧化修饰蛋白质组学探究不同高压处理(200 MPa/500 MPa、18℃、15 min)滩羊(4℃冷藏1、3、7 d)肌肉蛋白半胱氨酸的氧化修饰与应力松弛特性之间的相关性。结果表明:200 MPa和500 MPa高压处理的肌肉硬度和弹性显著高于对... 通过半胱氨酸(Cys)氧化修饰蛋白质组学探究不同高压处理(200 MPa/500 MPa、18℃、15 min)滩羊(4℃冷藏1、3、7 d)肌肉蛋白半胱氨酸的氧化修饰与应力松弛特性之间的相关性。结果表明:200 MPa和500 MPa高压处理的肌肉硬度和弹性显著高于对照(NT)组(P<0.05);高压处理组应力松弛特性指标普遍高于NT组,贮藏期间,500 MPa高压处理组羰基含量显著高于200 MPa高压处理组,而总巯基含量显著低于200 MPa高压处理组(P<0.05);半胱氨酸氧化修饰蛋白质组学分析结果显示,3组样本中共鉴定出388个显著差异氧化位点(significantly differential oxidation sites,SDOS),其中,15个SDOS与至少1个应力松弛特性指标呈显著相关性(P<0.05、P<0.01),这些位点涉及肌联蛋白(Cys32705、Cys29171、Cys26405、Cys32358)、伴肌动蛋白(Cys5628)、肌球蛋白结合蛋白H(Cys481)、肌球蛋白重链8(Cys403)、膜联蛋白(Cys292)、肌球蛋白重链11(Cys701)、L-乳酸脱氢酶(Cys315)、糖原磷酸化酶(Cys496)、磷酸葡萄糖变位酶1(Cys407、Cys134)、丙酮酸激酶(Cys510)及钙转运ATP酶(Cys651)。综上所述,高压处理可诱导结构蛋白的部分氧化位点发生氧化修饰,使蛋白变性和聚集,进而降低蛋白本身的降解程度,诱导滩羊肉贮藏期间的硬度增加。 展开更多
关键词 高压处理 滩羊肉 应力松弛特性 蛋白质氧化 半胱氨酸氧化修饰蛋白质组学
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不同贮藏温度下半胱氨酸氧化位点鉴定及对滩羊肉嫩度的影响 被引量：2
3
作者 张瑞 陶迎梅 +2 位作者 高钰茸 王素也 刘敦华 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第10期54-61,共8页
以宁夏滩羊肉为材料,借助半胱氨酸氧化修饰蛋白质组学技术,对-80℃(对照)和-2、-18、4℃条件下贮藏7 d滩羊肉的品质指标(剪切力和质构特性(硬度、弹性和咀嚼性))进行测定,同时对半胱氨酸氧化修饰位点进行鉴定,结合Pearson法对显著差异... 以宁夏滩羊肉为材料,借助半胱氨酸氧化修饰蛋白质组学技术,对-80℃(对照)和-2、-18、4℃条件下贮藏7 d滩羊肉的品质指标(剪切力和质构特性(硬度、弹性和咀嚼性))进行测定,同时对半胱氨酸氧化修饰位点进行鉴定,结合Pearson法对显著差异氧化位点(significantly differential oxidation sites,SDOS)的氧化强度与冷藏滩羊肉品质指标进行相关性分析。结果表明,与对照组相比,3个贮藏组的剪切力和质构特性均显著下降(P<0.05),25个SDOS对应的蛋白(10个结构蛋白、8个代谢酶、2个降解酶和5个其他蛋白)与至少1个品质指标显著相关(P<0.05),可作为羊肉贮藏期间嫩度和质构变化的潜在生物标志物。 展开更多
关键词 滩羊肉 嫩度 半胱氨酸氧化修饰蛋白质组学 蛋白质氧化 质构
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