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利用生物信息学方法寻找作物中潜在的胞外ATP受体蛋白质
1
作者
桑鹤天
张悦婧
+1 位作者
石珍珍
冯汉青
《兰州大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025年第1期76-83,共8页
为分析作物中的胞外ATP受体蛋白质,通过NCBI数据库获取拟南芥外ATP受体蛋白质L-型凝集素受体样激酶1.9(lecRK-1.9)和L-型凝集素受体样激酶1.5(lecRK-1.5)的氨基酸序列,通过BLAST比对和同源树构建,以油菜和玉米为例,在两种作物中筛选与le...
为分析作物中的胞外ATP受体蛋白质,通过NCBI数据库获取拟南芥外ATP受体蛋白质L-型凝集素受体样激酶1.9(lecRK-1.9)和L-型凝集素受体样激酶1.5(lecRK-1.5)的氨基酸序列,通过BLAST比对和同源树构建,以油菜和玉米为例,在两种作物中筛选与lecRK-1.9和lecRK-1.5亲缘关系相近的蛋白质;使用ExPASy ProtParam、Cell-PLoc、MEME等工具对这些蛋白质进行理化分析、亚细胞定位和二级结构预测.结果显示,油菜、玉米中的12个候选蛋白质的理论等电点为6.52~8.91,大多为疏水蛋白质;12个蛋白质中有6个蛋白质在质膜上具有定位,12个蛋白质二级结构比例均与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5相似,其中有8个蛋白质在保守结构域的位置及顺序上与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5具有较高的相似性.这些在油菜、玉米中与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5蛋白质在理化性质、亚细胞定位、二级结构以及保守结构域具有高相似性的蛋白质,可作为油菜、玉米中胞外ATP受体蛋白质的参选蛋白质.
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关键词
生物信息学
胞外ATP受体
蛋白质亲缘分析
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题名
利用生物信息学方法寻找作物中潜在的胞外ATP受体蛋白质
1
作者
桑鹤天
张悦婧
石珍珍
冯汉青
机构
西北师范大学生命科学学院
甘肃农业大学省部共建干旱生境作物学国家重点实验室
西北师范大学新农村发展研究院
出处
《兰州大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025年第1期76-83,共8页
基金
国家自然科学基金项目(32460074,31870246)
甘肃省自然科学基金重点项目(24JRRA124)
+8 种基金
甘肃省重点研发计划项目(22YF7NA119
23YFNA0022)
甘肃省高等学校产业支撑计划项目(2023CYZC-20)
甘肃省科技重大专项(22ZD1NA001)
甘肃省青年科技基金项目(24JRRA670)
西北师范大学新农村发展研究院开放基金
西北师范大学研究生科研资助项目(2021KYZZ01037)
西北师范大学优秀博士论文培养资助项目
甘肃省科技计划(优秀博士)资助项目(23JRRA697,23JRRA707)。
文摘
为分析作物中的胞外ATP受体蛋白质,通过NCBI数据库获取拟南芥外ATP受体蛋白质L-型凝集素受体样激酶1.9(lecRK-1.9)和L-型凝集素受体样激酶1.5(lecRK-1.5)的氨基酸序列,通过BLAST比对和同源树构建,以油菜和玉米为例,在两种作物中筛选与lecRK-1.9和lecRK-1.5亲缘关系相近的蛋白质;使用ExPASy ProtParam、Cell-PLoc、MEME等工具对这些蛋白质进行理化分析、亚细胞定位和二级结构预测.结果显示,油菜、玉米中的12个候选蛋白质的理论等电点为6.52~8.91,大多为疏水蛋白质;12个蛋白质中有6个蛋白质在质膜上具有定位,12个蛋白质二级结构比例均与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5相似,其中有8个蛋白质在保守结构域的位置及顺序上与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5具有较高的相似性.这些在油菜、玉米中与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5蛋白质在理化性质、亚细胞定位、二级结构以及保守结构域具有高相似性的蛋白质,可作为油菜、玉米中胞外ATP受体蛋白质的参选蛋白质.
关键词
生物信息学
胞外ATP受体
蛋白质亲缘分析
Keywords
bioinformatics
extracellular ATP receptor
protein phylogenetic analysis
分类号
Q71 [生物学—分子生物学]
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题名
作者
出处
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1
利用生物信息学方法寻找作物中潜在的胞外ATP受体蛋白质
桑鹤天
张悦婧
石珍珍
冯汉青
《兰州大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025
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