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一种新的蛋白质亚细胞定位预测训练集构造方法 被引量:2
1
作者 曹隽喆 顾宏 贺建军 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第6期884-889,共6页
设计了一种新的蛋白质亚细胞定位预测训练集构造方法.该方法针对传统预测方法缺乏足够的实验标记数据的问题,基于主动学习策略从非实验标记蛋白质数据中主动选择有效数据,并与原有的实验标记数据共同训练预测模型,以提高基准分类器的预... 设计了一种新的蛋白质亚细胞定位预测训练集构造方法.该方法针对传统预测方法缺乏足够的实验标记数据的问题,基于主动学习策略从非实验标记蛋白质数据中主动选择有效数据,并与原有的实验标记数据共同训练预测模型,以提高基准分类器的预测精度.结合支持向量机分类器,该方法在病毒蛋白质独立测试集上进行了预测实验,测试结果表明,该方法能够有效地提高基准分类器的预测能力,性能优于现有的病毒蛋白质预测系统. 展开更多
关键词 生物信息学 机器学习 蛋白质亚细胞定位 非实验标记数据 主动学习
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PCA方法在蛋白质亚细胞定位中应用 被引量:1
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作者 马军伟 史舵 +1 位作者 顾宏 张杰 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第3期426-430,共5页
蛋白质的亚细胞定位与其生物功能密切相关,蛋白质数据库急剧膨胀,迫切需要设计出功能强大的高吞吐量的算法来预测蛋白质的亚细胞位置.许多预测工具都是基于伪氨基酸组成构建而成,应用一种数据分析方法——主成分分析(PCA)法,确定能反映... 蛋白质的亚细胞定位与其生物功能密切相关,蛋白质数据库急剧膨胀,迫切需要设计出功能强大的高吞吐量的算法来预测蛋白质的亚细胞位置.许多预测工具都是基于伪氨基酸组成构建而成,应用一种数据分析方法——主成分分析(PCA)法,确定能反映序列次序效应的最优λ值.首先让λ取最大以包含尽可能多的序列次序信息,然后利用主成分分析法提取关键主特征.实验结果表明此方法能解决确定最优λ值困难的问题,且性能优于已有的预测工具. 展开更多
关键词 蛋白质亚细胞定位 主成分分析 伪氨基酸组成 K近邻分类器 BP神经网络
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《大连理工大学学报》第52卷(2012年)目次
3
《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第6期I0001-I0014,共14页
关键词 蛋白质亚细胞定位 JUN 工程力学 应用力学 无人驾驶车 水电联产 PING 时延估计方法 目次
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EXPRESSION AND SUBCELLULAR LOCALIZATION OF P9-ZFD PROTEIN IN PATIENTS WITH MYASTHENIA GRAVIS 被引量:1
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作者 Ming-shanRen Chuan-zhenLu +3 位作者 JianQiao Hui-minRen RenXu Ren-baoGan 《Chinese Medical Sciences Journal》 CAS CSCD 2004年第3期221-224,共4页
To express and purify the protein coded by the TRAF-type zinc finger domain of myasthenia gravis (MG)-re-lated gene P9 ( P9-ZFD ) and to prepare P9-ZFD antiserum for detecting expression and subcellular distribution o... To express and purify the protein coded by the TRAF-type zinc finger domain of myasthenia gravis (MG)-re-lated gene P9 ( P9-ZFD ) and to prepare P9-ZFD antiserum for detecting expression and subcellular distribution of P9-ZFD protein in the skeletal muscles of patient with MG. Methods The cDNA encoding P9-ZFD was amplified by RT-PCR. The cloned P9-ZFD cDNA was ligated into pET-24a, and the P9-ZFD recombinant protein was induced via E.coli. BL21 (DE3) and purified by histidine affinity chromato-graphy. P9-ZFD antiserum was prepared and its titer and specificity were determined by ELISA and Western blot. Expres-sion and subcellular distribution of P9-ZFD protein in the skeletal muscles of MG and control were studied. Results The molecular weight of purified P9-ZFD protein was about 30 kD. Its purity was more than 95%. Antiserum specific for P9-ZFD was excellent. P9-ZFD protein is fully confined to the cytoplasm membrane of skeletal muscle cell of MG, obvious immunostaining was absent in the A, I, and Z bands of cytoplasm and no immunoreactivity was observed in the skeletal muscle cell of control. Conclusion P9-ZFD protein is expressed as a cytoplasm membrane-bound protein and has obvious distribution difference in the skeletal muscle cells of patient with MG and normal control. 展开更多
关键词 myasthenia gravis skeletal muscle P9-ZFD gene fragment
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