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猪BPI基因部分cSNPs检测及其对蛋白结构功能的影响
被引量：
5
1
作者
吴正常
王靖
+5 位作者
朱世平
赵乔辉
刘璐
訾臣
吴圣龙
包文斌
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第7期1000-1007,共8页
本试验以98头苏太猪为研究对象,检测BPI基因部分编码区的单核苷酸多态性(SNPs),并预测分析碱基突变对BPI蛋白结构和功能的影响。利用PCR-SSCP和PCR-RFLP结合测序的方法检测BPI基因外显子1、4和10的SNPs,运用生物信息学比较分析原蛋白和...
本试验以98头苏太猪为研究对象,检测BPI基因部分编码区的单核苷酸多态性(SNPs),并预测分析碱基突变对BPI蛋白结构和功能的影响。利用PCR-SSCP和PCR-RFLP结合测序的方法检测BPI基因外显子1、4和10的SNPs,运用生物信息学比较分析原蛋白和突变型蛋白的理化性质和结构。结果表明,以BPI基因cDNA序列作为参照,BPI外显子1、4和10存在6个SNPs,3个同义突变(c.24A>G、c.54T>C和c.522C>T)和3个错义突变(c.433C>T(Arg145Trp)、c.1060A>G(Thr354Ala)和c.1151T>G(Leu384Arg))。3种错义突变未改变BPI蛋白的理化性质、信号肽、跨膜区、糖基化位点以及二、三级结构,但是导致磷酸化位点的改变或存在其他潜在功能位点区域。Western blot试验发现,BPI蛋白的分子量为53ku,苏太猪F18大肠杆菌抗性型猪的BPI蛋白表达量显著高于敏感型猪。猪BPI外显子4和10的碱基突变不同程度影响到蛋白功能,并可能对机体疾病的抗性/易感性产生影响。
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关键词
猪
BPI基因
SNPS
生物信息学
蛋白结构和功能
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职称材料
东亚飞蝗气味结合蛋白Ⅰ的生物信息学分析
被引量：
2
2
作者
陆峥
张妍妍
+1 位作者
洪芳
蒋国芳
《南京师大学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第2期63-70,共8页
利用生物信息学方法分析了东亚飞蝗(Locusta migratoria manilensis)OBP1的核苷酸与氨基酸序列(GenBank登录号FJ215322.1/ACI30696.1),并对其组成成分、疏水/亲水区域、信号肽、跨膜结构域、蛋白质二级结构,以及分子进化关系等进行了预...
利用生物信息学方法分析了东亚飞蝗(Locusta migratoria manilensis)OBP1的核苷酸与氨基酸序列(GenBank登录号FJ215322.1/ACI30696.1),并对其组成成分、疏水/亲水区域、信号肽、跨膜结构域、蛋白质二级结构,以及分子进化关系等进行了预测与推断.结果显示,该蛋白由148个氨基酸组成,预测相对分子质量为16 122.6,理论等电点(pI)为4.99,分子式为C696H1128N184O223S15;含有蛋白激酶C磷酸化位点和酪氨酸激酶Ⅱ磷酸化位点等;具有标准的昆虫信息素/气味结合蛋白结构域.
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关键词
东亚飞蝗
气味结合
蛋白
生物信息学
蛋白结构和功能
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职称材料
密码子使用偏好性对生物钟基因表达模式及功能的影响
3
作者
李艺柔
赵静
《生物学教学》
北大核心
2020年第3期4-6,共3页
密码子的使用对蛋白表达具有重要的影响。密码子的自然选择影响翻译的准确性和效率,而调控基因转录、可变性剪接和RNA结构等可以影响基因表达模式。本文结合模式生物脉孢菌、蓝藻以及果蝇生物钟基因的密码子选择特点,阐述了非最优密码...
密码子的使用对蛋白表达具有重要的影响。密码子的自然选择影响翻译的准确性和效率,而调控基因转录、可变性剪接和RNA结构等可以影响基因表达模式。本文结合模式生物脉孢菌、蓝藻以及果蝇生物钟基因的密码子选择特点,阐述了非最优密码子使用偏好性对生物钟基因表达模式及功能的影响。
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关键词
密码子使用偏好性
生物钟基因
表达模式
蛋白结构和功能
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职称材料
题名
猪BPI基因部分cSNPs检测及其对蛋白结构功能的影响
被引量：
5
1
作者
吴正常
王靖
朱世平
赵乔辉
刘璐
訾臣
吴圣龙
包文斌
机构
扬州大学动物科学与技术学院
江苏省现代种猪分子选育工程技术研究中心
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第7期1000-1007,共8页
基金
江苏高校优势学科建设工程资助项目(PAPD)
国家自然科学基金(31172183)
+4 种基金
江苏省产学研前瞻性联合研究项目(BY2012157)
江苏省科技支撑计划(农业)(BE2010371
BE2012330
苏州市科技支撑计划(SN201013
SN201133))
文摘
本试验以98头苏太猪为研究对象,检测BPI基因部分编码区的单核苷酸多态性(SNPs),并预测分析碱基突变对BPI蛋白结构和功能的影响。利用PCR-SSCP和PCR-RFLP结合测序的方法检测BPI基因外显子1、4和10的SNPs,运用生物信息学比较分析原蛋白和突变型蛋白的理化性质和结构。结果表明,以BPI基因cDNA序列作为参照,BPI外显子1、4和10存在6个SNPs,3个同义突变(c.24A>G、c.54T>C和c.522C>T)和3个错义突变(c.433C>T(Arg145Trp)、c.1060A>G(Thr354Ala)和c.1151T>G(Leu384Arg))。3种错义突变未改变BPI蛋白的理化性质、信号肽、跨膜区、糖基化位点以及二、三级结构,但是导致磷酸化位点的改变或存在其他潜在功能位点区域。Western blot试验发现,BPI蛋白的分子量为53ku,苏太猪F18大肠杆菌抗性型猪的BPI蛋白表达量显著高于敏感型猪。猪BPI外显子4和10的碱基突变不同程度影响到蛋白功能,并可能对机体疾病的抗性/易感性产生影响。
关键词
猪
BPI基因
SNPS
生物信息学
蛋白结构和功能
Keywords
pig
BPI gene
SNPs
bioinformatics
protein structure and function
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
S813.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
东亚飞蝗气味结合蛋白Ⅰ的生物信息学分析
被引量：
2
2
作者
陆峥
张妍妍
洪芳
蒋国芳
机构
南京师范大学生命科学学院
出处
《南京师大学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第2期63-70,共8页
基金
国家自然科学基金(30670257)
文摘
利用生物信息学方法分析了东亚飞蝗(Locusta migratoria manilensis)OBP1的核苷酸与氨基酸序列(GenBank登录号FJ215322.1/ACI30696.1),并对其组成成分、疏水/亲水区域、信号肽、跨膜结构域、蛋白质二级结构,以及分子进化关系等进行了预测与推断.结果显示,该蛋白由148个氨基酸组成,预测相对分子质量为16 122.6,理论等电点(pI)为4.99,分子式为C696H1128N184O223S15;含有蛋白激酶C磷酸化位点和酪氨酸激酶Ⅱ磷酸化位点等;具有标准的昆虫信息素/气味结合蛋白结构域.
关键词
东亚飞蝗
气味结合
蛋白
生物信息学
蛋白结构和功能
Keywords
Locusta migratoria manilensis
odorant binding protein（OBP）
bioinformatics
protein structure and function
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
密码子使用偏好性对生物钟基因表达模式及功能的影响
3
作者
李艺柔
赵静
机构
河北师范大学生命科学学院
出处
《生物学教学》
北大核心
2020年第3期4-6,共3页
基金
河北省教育厅高等学校青年拔尖人才项目,No.BJ2016033。
文摘
密码子的使用对蛋白表达具有重要的影响。密码子的自然选择影响翻译的准确性和效率,而调控基因转录、可变性剪接和RNA结构等可以影响基因表达模式。本文结合模式生物脉孢菌、蓝藻以及果蝇生物钟基因的密码子选择特点,阐述了非最优密码子使用偏好性对生物钟基因表达模式及功能的影响。
关键词
密码子使用偏好性
生物钟基因
表达模式
蛋白结构和功能
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
猪BPI基因部分cSNPs检测及其对蛋白结构功能的影响
吴正常
王靖
朱世平
赵乔辉
刘璐
訾臣
吴圣龙
包文斌
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
东亚飞蝗气味结合蛋白Ⅰ的生物信息学分析
陆峥
张妍妍
洪芳
蒋国芳
《南京师大学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2010
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
密码子使用偏好性对生物钟基因表达模式及功能的影响
李艺柔
赵静
《生物学教学》
北大核心
2020
0
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职称材料
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