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基于蛋白组学技术探讨安肠愈疡汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制
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作者 王帅 《辽宁中医杂志》 北大核心 2025年第1期189-194,I0006,F0003,共8页
目的基于DIA蛋白定量组学技术挖掘安肠愈疡汤治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的作用靶点和调控机制。方法将18只大鼠随机分为空白组、模型组、给药组,除空白组外,其余两组自由饮用DSS溶液建模,给药组给予浓度为1.5 g/mL中药灌... 目的基于DIA蛋白定量组学技术挖掘安肠愈疡汤治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的作用靶点和调控机制。方法将18只大鼠随机分为空白组、模型组、给药组,除空白组外,其余两组自由饮用DSS溶液建模,给药组给予浓度为1.5 g/mL中药灌胃并进行大鼠行为学观察。实验结束后观察大鼠结肠组织长度,对各组进行结肠黏膜组织病理学评分(HPS),DIA蛋白组学技术分析大鼠造模前后和药物干预前后结肠黏膜蛋白的差异表达情况。结果造模7 d后,模型组大鼠精神极度倦怠,活动度差,肛门可见黏附大量的新鲜血液,表明造模成功。应用安肠愈疡汤进行干预后,精神状态改善,肉眼血便逐渐消失,病理学评分降低。差异蛋白结果显示,安肠愈疡汤能够调节的差异蛋白共19个,其中ATP6V1F、PRKAB1、PDK1蛋白水平显著上调,EIF2B3、KRT17、MCM4等蛋白水平下调。GO注释结果表明,差异蛋白主要参与了应激、药物代谢、负向翻译、细胞内信号转导等生物过程,主要位于细胞内空间及细胞表面,具有蛋白激酶活性、解旋酶活性及结合活性等分子功能。KEGG富集结果显示,安肠愈疡汤治疗UC涉及了多条信号通路,其中Phagosome通路富集的差异蛋白数量最多。结论安肠愈疡汤治疗UC疗效确切,其作用机制与发挥抗炎、调节能量代谢、抑制结肠黏膜炎-癌转化及靶向调控巨噬细胞极化等作用有关,并有可能参与了脑肠互动。 展开更多
关键词 溃疡性结肠炎 安肠愈疡汤 蛋白组学 Phagosome通路 作用机制
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基于代谢组学和蛋白组学研究砷暴露对肥胖孕鼠肝脏代谢分子网络的影响 被引量:1
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作者 蔡丽静 王妍 +4 位作者 谭峻峰 周海霞 梁诗佳 吴衍 张洁 《色谱》 CAS 北大核心 2025年第1期50-59,共10页
砷是普遍存在的环境毒物,可能影响生物体的正常生理过程。尽管已有研究探讨了砷对健康的影响,但砷暴露对肥胖孕妇肝脏代谢的影响及其作用机制尚不明确。本研究旨在通过高脂饮食诱导肥胖孕鼠模型,并采用灌胃方式模拟孕期砷暴露,以探究其... 砷是普遍存在的环境毒物,可能影响生物体的正常生理过程。尽管已有研究探讨了砷对健康的影响,但砷暴露对肥胖孕妇肝脏代谢的影响及其作用机制尚不明确。本研究旨在通过高脂饮食诱导肥胖孕鼠模型,并采用灌胃方式模拟孕期砷暴露,以探究其对肝脏代谢的影响。孕鼠砷暴露后,我们利用代谢组学和蛋白组学技术,结合病理生化分析,对肝脏组织进行了深入研究。结果显示,砷暴露显著增加了肥胖孕鼠肝脏中的脂质累积,并伴随着炎症因子和氧化应激标志物的升高。代谢组学分析揭示了砷暴露对脂质代谢通路,特别是花生四烯酸代谢的显著影响。此外,蛋白组学分析确认了与脂质合成、氧化应激和炎症反应相关的蛋白质表达水平发生了变化。这些结果表明,砷暴露可能通过多种代谢途径和蛋白质调节通路,对肥胖孕鼠肝脏的脂质代谢产生显著影响。本研究不仅为理解砷暴露与肥胖及相关代谢性疾病之间的关系提供了新的科学视角,也为环境健康风险评估和公共卫生政策的制定提供了重要参考。 展开更多
关键词 肥胖 孕鼠 肝脏 代谢组学 蛋白组学
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基于蛋白组学解析木芙蓉变色的蛋白调控机制
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作者 朱章顺 曾心美 +3 位作者 石小庆 马娇 李强 刘晓莉 《西南农业学报》 北大核心 2025年第2期240-249,共10页
【目的】为解析重要观赏植物木芙蓉变色的遗传机制,以品种‘醉芙蓉’为研究对象,通过蛋白组学用于测定醉芙蓉在白色、粉色、红色3个变色时期的蛋白质表达差异,揭示‘醉芙蓉’快速变色的遗传和生理机制。【方法】采集3个变色期的‘醉芙... 【目的】为解析重要观赏植物木芙蓉变色的遗传机制,以品种‘醉芙蓉’为研究对象,通过蛋白组学用于测定醉芙蓉在白色、粉色、红色3个变色时期的蛋白质表达差异,揭示‘醉芙蓉’快速变色的遗传和生理机制。【方法】采集3个变色期的‘醉芙蓉’花样本,用SDS-PAGE法和质谱方法对样品蛋白进行定量和定性分析。【结果】共有6127个蛋白质在白色及粉红色醉芙蓉花朵中表达,其中735个蛋白质在粉红色醉芙蓉花朵中上调表达,698个蛋白质下调表达。在醉芙蓉由粉变红过程中,共有6060个蛋白质发生表达,其中有760个蛋白上调表达,804个蛋白质下调表达。在醉芙蓉颜色不断加深过程中有66个蛋白质表达量不断显著提升(P<0.05,下同),包括精氨酸琥珀酸裂解酶(Argininosuccinate lyase)、丝氨酸羟甲基转移酶(Serine hydroxymethyltransferase)、Ras相关蛋白(Ras-related protein)、磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(Phosphoenolpyruvate carboxylase)等蛋白质。此外有86个蛋白质随着醉芙蓉花颜色加深表达量不断显著降低,包括支链氨基酸氨基转移酶(Branched-chain-amino-acid aminotransferase)、紫色酸性磷酸酶(Purple acid phosphatase)、肉桂醇脱氢酶(Putative cinnamyl alcohol dehydrogenase)等。此外,205个蛋白质随着醉芙蓉由白色变粉色然后变红色先上调表达,后下调表达,而315个蛋白质随着醉芙蓉由白色变粉色然后变红色先下调表达,后上调表达。GO功能富集分析发现,在木芙蓉花颜色加深过程中,涉及到细胞过程、代谢过程、细胞质、催化活性、结合活性等生物学功能不断增强。KEGG代谢通路中的代谢、次生代谢产物合成等功能也在醉芙蓉颜色加深过程中不断增强。【结论】木芙蓉颜色快速变化是一个复杂的遗传调控过程,涉及到多个功能蛋白共同发挥调控作用。本研究解析的相关功能蛋白及代谢通路为观赏植物优良品种的选育提供了数据参考。 展开更多
关键词 木芙蓉 变色 遗传机制 蛋白组学
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基于蛋白组学探讨麝香黄芪复方滴丸对脑缺血再灌注损伤的作用机制
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作者 李梦頔 刘舜禹 +1 位作者 张运克 刘飞祥 《世界中医药》 北大核心 2025年第8期1294-1301,共8页
目的:探讨麝香黄芪复方滴丸对脑缺血再灌注(CIRI)大鼠模型的脑保护作用机制。方法:54只雄性SD大鼠随机分为假手术组、模型组、麝香黄芪复方滴丸组(SXHQ),每组18只。采用ZeaLonga线栓法制备大脑中动脉栓塞(MCAO)模型。麝香黄芪复方滴丸... 目的:探讨麝香黄芪复方滴丸对脑缺血再灌注(CIRI)大鼠模型的脑保护作用机制。方法:54只雄性SD大鼠随机分为假手术组、模型组、麝香黄芪复方滴丸组(SXHQ),每组18只。采用ZeaLonga线栓法制备大脑中动脉栓塞(MCAO)模型。麝香黄芪复方滴丸于造模前3 d开始给药,给药5 d。取材前,对大鼠进行神经功能评分。TTC染色法测定MCAO再灌注大鼠脑梗死面积。分离大鼠海马组织,HE染色观察海马组织病理变化。运用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)蛋白质组学研究方法对干预后大鼠海马组织进行分析,筛选出差异表达的蛋白,对差异蛋白进行表达量层次聚类分析、基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析及蛋白质-蛋白质互相作用分析等生物信息学分析。结果:与模型组比较,SXHQ组神经功能缺损评分明显改善(P<0.05);SXHQ组大鼠脑组织白色梗死面积缩小(P<0.05);SXHQ组大鼠海马CA3区域的神经细胞病变数量减少,形态明显改善;SXHQ组的CD44和HSP27的表达量均升高(P<0.05)。与假手术组比较,模型组有181个差异蛋白;与模型组比较,SXHQ组有121个差异蛋白。其中,CA3、HSP27、HTR1A、ALDH1A1、CD44、MAP1A、PNKD、CD99L2、UBXN8、ALB等在MCAO/R大鼠中明显改变,经过SXHQ干预后明显回调。涉及的生物进程主要与免疫炎症相关。结论:iTRAQ可有效地用于组织蛋白鉴定和定量,生物信息学分析可为麝香黄芪复方滴丸干预CIRI寻找潜在的治疗靶点,可能与免疫炎症相关机制密切相关。 展开更多
关键词 蛋白组学 同位素标记 麝香黄芪复方滴丸 缺血再灌注损伤 生物信息学
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基于LiP-SMap药物靶点蛋白组学研究雪上一枝蒿甲素抗类风湿关节炎作用靶点
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作者 张浩洪 邹楠婷 +7 位作者 张春菲 莫庆艳 巨鸣谦 李晓红 刘帅 黄茂葵 王洪云 万春平 《中国药理学通报》 北大核心 2025年第6期1072-1078,共7页
目的采用有限酶切质谱法(limited proteolysis-small molecule mapping,LiP-SMap)药物靶点蛋白组学研究雪上一枝蒿甲素(bullatine A,BA)抗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)作用靶点,为其临床应用治疗RA提供科学依据。方法LiP-SMa... 目的采用有限酶切质谱法(limited proteolysis-small molecule mapping,LiP-SMap)药物靶点蛋白组学研究雪上一枝蒿甲素(bullatine A,BA)抗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)作用靶点,为其临床应用治疗RA提供科学依据。方法LiP-SMap药物靶点蛋白组学鉴定BA的潜在干预靶点,进行生物信息学分析并验证。构建牛Ⅱ型胶原诱导的DBA/1小鼠关节炎(collagen induced arthritis,CIA)模型,按临床评分平均分为CIA模型组、甲氨蝶呤阳性组(MTX组)、BA低剂量组(10 mg·kg^(-1))和BA高剂量组(20 mg·kg^(-1)),药物干预后,关节指数评分和足厚度评价抗类风湿关节炎疗效;苏木精-伊红(HE)染色检测CIA小鼠关节炎病理损伤程度;酶联免疫吸附法检测CIA小鼠血清中炎症因子白细胞介素IL-17和总IgG、IgG3水平;流式细胞术检测胞内Th17细胞(IL-17^(+)CD4^(+)T细胞)和Th1(IFN-γ^(+)CD4^(+)T细胞)表达水平;荧光定量PCR法检测差异蛋白相关基因的表达。结果药物靶点蛋白质组鉴定BA与Serpinb1a蛋白具有强结合性,且KEGG富集到IL-17信号通路。BA药物干预明显降低临床评分和足厚度,改善CIA小鼠局部关节炎的症状,减轻炎症细胞浸润(P<0.05)。差异蛋白验证结果显示,BA与Serpinb1a具有较强的亲和力(-5.92 kJ·mol^(-1)),下调Serpinb1a mRNA的表达。BA药物干预减少CIA血清IL-17A水平,抑制脾淋巴细胞CD4^(+)T细胞胞内IL-17A和IFN-γ细胞因子表达(P<0.05),明显下调IL-17F转录表达(P<0.05)。结论BA具有显著抗胶原关节炎作用,其作用机制可能与调控Serpinb1a和IL-17信号通路有关。 展开更多
关键词 雪上一枝蒿甲素 类风湿性关节炎 LiP-SMap药物靶点蛋白组学 白介素-17A Serpinb1a Th17细胞
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基于蛋白组学分析蓝光对豚鼠眼球正视化过程的影响
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作者 肖珺心 权卓娅 +3 位作者 肖虎 Thomas Cheun Lam 朱敏怡 王丹阳 《中山大学学报(医学科学版)》 北大核心 2025年第2期284-292,共9页
【目的】探讨蓝光对豚鼠眼球正视化过程的影响和蓝光在正视化过程中的潜在机制,并评估其在近视防控中的潜在应用价值。【方法】将20只3周龄雄性豚鼠随机分到白光组和蓝光组,每2周测量屈光度和眼部生物学参数,直至第8周实验结束。并利用... 【目的】探讨蓝光对豚鼠眼球正视化过程的影响和蓝光在正视化过程中的潜在机制,并评估其在近视防控中的潜在应用价值。【方法】将20只3周龄雄性豚鼠随机分到白光组和蓝光组,每2周测量屈光度和眼部生物学参数,直至第8周实验结束。并利用蛋白组学技术4D-数据非依赖型采集(4D-DIA)对蓝光组和白光组的豚鼠视网膜进行检测,探索蛋白组成、表达差异以及对应的生物学功能。【结果】2周后,白光组中豚鼠逐渐向正视状态发展,蓝光组出现远视漂移,组间屈光度存在显著差异(P<0.001)。自第4周起,蓝光组的眼轴长度显著小于白光组(P<0.05)。此外,自第2周起,蓝光组的玻璃体腔长度显著小于白光组(P<0.05)。应用蛋白组学技术在视网膜中共筛选出161个差异蛋白,其中98个蛋白上调,63个蛋白下调,主要富集于囊泡运输、氧化-还原反应、烟酸及烟酰胺代谢、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)+代谢等生物合成途径中。【结论】暴露于蓝光的豚鼠表现出远视漂移和眼轴伸长减缓,对正视化有延缓作用。利用4D-DIA技术发现,蓝光组与白光组间差异蛋白主要参与NAD+代谢、烟酸及烟酰胺代谢途径,其中参与NAD+补救合成途径的烟酰胺磷酸核糖转移酶(NAMPT)上调,沉默信息调节因子2(SIRT2)下调。这为理解蓝光在正视化中的作用机制提供了新见解,并为近视防控技术开发提供了理论依据。 展开更多
关键词 蓝光 正视化 近视 屈光发育 蛋白组学
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基于蛋白组学分析不同解冻方式下牛肉的品质变化机制 被引量:1
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作者 林颖 邝金艳 +2 位作者 王丽 闫子康 李宗军 《肉类研究》 北大核心 2024年第2期9-16,共8页
低频电场解冻(low-frequency electric field thawing,LFEFT)与常温解冻(room temperature thawing,RTT)会导致牛肉pH值、颜色、总挥发性盐基氮(total volatile base nitrogen,TVB-N)含量、质构特性和持水力等方面显著不同,从分子水平解... 低频电场解冻(low-frequency electric field thawing,LFEFT)与常温解冻(room temperature thawing,RTT)会导致牛肉pH值、颜色、总挥发性盐基氮(total volatile base nitrogen,TVB-N)含量、质构特性和持水力等方面显著不同,从分子水平解析LFEFT对牛肉品质影响的可能机制,采用蛋白质组学技术对2种解冻方式牛肉进行分析。结果表明:LFEFT组与RTT组之间有551个差异丰度蛋白(differentially abundant proteins,DAPs),其中14种DAPs与牛肉品质特性(pH值、色泽、TVB-N含量、质构和持水力)呈显著相关;生物信息学分析表明,DAPs主要参与蛋白结合、代谢酶和蛋白质周转等生物功能。LFEFT既可以提高生产效率,又保证了牛肉品质。 展开更多
关键词 低频电场解冻 常温解冻 牛肉 肉品质 蛋白组学
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罗非鱼感染无乳链球菌前后血浆蛋白组学的差异表达分析
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作者 张美燕 朱伟娟 +4 位作者 刘志刚 王章 曹建萌 卢迈新 可小丽 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期559-567,共9页
为了探究罗非鱼(Oreochromis spp.)感染无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)前后血浆蛋白的差异表达及其相关的信号通路,选取体质健康、规格统一的吉富罗非鱼(Oreochromis niloticus GIFT,体质量为150 g±10 g)86尾,随机分成两组... 为了探究罗非鱼(Oreochromis spp.)感染无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)前后血浆蛋白的差异表达及其相关的信号通路,选取体质健康、规格统一的吉富罗非鱼(Oreochromis niloticus GIFT,体质量为150 g±10 g)86尾,随机分成两组,试验组鱼体腹腔注射浓度为5×10^(7)CFU/mL的无乳链球菌WC1535菌液100μL,对照组鱼体腹腔注射无菌PBS溶液100μL,攻毒6 h后,采集两组罗非鱼的血浆,利用蛋白组学技术分析罗非鱼感染无乳链球菌前后的血浆差异表达蛋白,并分别对差异表达蛋白进行GO和KEGG富集分析。结果表明:罗非鱼感染无乳链球菌前后共鉴定出751个蛋白,其中显著差异蛋白34个,包括9个显著上调,25个显著下调;GO功能注释显示,这些差异蛋白主要与结合、运动、催化等功能有关;KEGG富集通路分析显示,差异蛋白在肌动蛋白细胞骨架调节、MAPK信号通路、癌症中心碳代谢和癌症相关蛋白聚糖等通路显著富集。研究表明,罗非鱼感染无乳链球菌前后,其血浆差异蛋白主要富集于鱼体能量代谢、细胞运动和免疫调节等相关的信号通路,该结果为进一步研究罗非鱼感染无乳链球菌的相关分子机制提供了基础数据。 展开更多
关键词 罗非鱼 无乳链球菌 蛋白组学 血浆 差异蛋白
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不同发情阶段水牛唾液的DIA定量蛋白组学分析
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作者 余洲 杨柏高 +5 位作者 李崇阳 张培培 曹建华 牛一凡 覃广胜 赵学明 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期5072-5084,共13页
旨在利用高通量DIA定量蛋白组学分析不同发情阶段水牛唾液中蛋白的差异。本研究将15头体况相近(平均体重为650~750 kg),发情正常,健康状态良好的2~5胎次的尼里-拉菲母水牛作为研究对象,在相同的管理条件下,对其注射氯前列醇并计为第0天... 旨在利用高通量DIA定量蛋白组学分析不同发情阶段水牛唾液中蛋白的差异。本研究将15头体况相近(平均体重为650~750 kg),发情正常,健康状态良好的2~5胎次的尼里-拉菲母水牛作为研究对象,在相同的管理条件下,对其注射氯前列醇并计为第0天,分别在发情前期(第1天)、发情期(第3天)、发情后期(第6天)早上饲喂之前(08:00-11:00)进行唾液的采集,唾液样本每个发情时期分组相同,每3头牛分为一组,共分为5组,样品处理后进行DIA定量蛋白组学检测。结果显示,不同发情阶段水牛的唾液中共定量到1982个蛋白质,分别在发情期/发情前期和发情期/发情后期比较组中鉴定到59和38个差异丰度蛋白。功能分析发现,CBL、SOD1、SPP1和ARPC1B等蛋白质可能在细胞调控和抗氧化、维持细胞间相互作用等方面发挥作用。KEGG通路分析显示,发情前期、发情期和发情后期水牛唾液差异丰度蛋白被富集到mTOR信号通路、孕酮介导的卵母细胞成熟等通路上。综上,通过不同发情阶段的对比,获得与繁殖相关的差异蛋白4个,CBL、ARPC1B、SOD1和SPP1。这些唾液中的差异丰度蛋白可能作为水牛发情生物标志物的关键蛋白,进而为开发水牛发情检测诊断试剂盒提供数据支撑。 展开更多
关键词 水牛 发情鉴定 唾液 蛋白组学
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不同癌细胞的力学响应蛋白组学研究
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作者 戴家威 申华莉 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期455-455,共1页
在癌症进展过程中,癌细胞会遇到来自细胞外微环境的各种力学胁迫。阐明癌症细胞响应这些胁迫的机制,有望推动新型抗癌疗法的发展。本研究构建了流体黏度、流体剪切力、基质黏附性、限制性微环境下压力和拉伸力等5类力学胁迫体系,研究了... 在癌症进展过程中,癌细胞会遇到来自细胞外微环境的各种力学胁迫。阐明癌症细胞响应这些胁迫的机制,有望推动新型抗癌疗法的发展。本研究构建了流体黏度、流体剪切力、基质黏附性、限制性微环境下压力和拉伸力等5类力学胁迫体系,研究了代表六类癌症的8种细胞系在各类胁迫条件下的增殖和迁移行为改变。进一步的,本工作研究了其中5种癌细胞在高流体黏度和高基质黏附性胁迫条件下对的蛋白组差异分析。在两类胁迫中,本研究共鉴定到10790蛋白,有9249蛋白在两类胁迫中共同鉴定到,有2931蛋白显著性差异,其中1413蛋白在高流体黏度胁迫下显著差异,1264蛋白在高基质黏附性胁迫下显著差异,286蛋白在两类胁迫条件下均显著差异。进一步分析揭示差异蛋白较多与线粒体内膜、基质、ATP结合、能量代谢等相关,表明在受到高流体黏度和高基质黏附性胁迫时,线粒体会起到响应胁迫并调控细胞生理过程的作用,揭示了潜在的力学响应途径。在受到流体黏度胁迫的5种癌细胞中,ITIH4和A2MG均发生上调,其中ITIH4的上调表达也进一步被WB实验验证。以上结果提示ITIH4可能作为力学敏感因子响应流体黏度胁迫。另外,在受到高基质黏附性的5类癌细胞中,FN1蛋白显著上调,提示FN1可能参与到对高基质黏附胁迫这一过程中。本研究结合蛋白组学手段系统研究了不同种类癌细胞对响应力学胁迫时的蛋白质表达变化,发现了新的力学响应分子,有助于进一步阐明癌细胞的力学响应机制。 展开更多
关键词 线粒体内膜 癌症细胞 细胞生理 蛋白组学 力学响应 流体剪切力 黏附性 胁迫条件
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基于转录组学和蛋白组学的鸡蛋绿壳性状形成分子机制研究
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作者 石钰仕 肖涛 +5 位作者 陈有波 余欢 赵德鹏 龙霞 谭启松 李辉 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期638-649,共12页
【目的】挖掘参与绿壳蛋形成的潜在调控基因和蛋白,为开展赤水乌骨鸡品种选育及揭示家禽蛋壳颜色形成分子机制提供理论依据。【方法】以280日龄的绿壳纯系赤水乌骨鸡为研究对象,分别采集产深绿(SL)和白壳(BK)鸡蛋的母鸡蛋壳腺组织样品,... 【目的】挖掘参与绿壳蛋形成的潜在调控基因和蛋白,为开展赤水乌骨鸡品种选育及揭示家禽蛋壳颜色形成分子机制提供理论依据。【方法】以280日龄的绿壳纯系赤水乌骨鸡为研究对象,分别采集产深绿(SL)和白壳(BK)鸡蛋的母鸡蛋壳腺组织样品,通过转录组测序和TMT定量蛋白组学技术分别筛选出差异表达基因(DEGs)和差异表达蛋白(DEPs),并对转录组学和蛋白组学进行联合分析,筛选出调控绿壳鸡蛋颜色深浅的候选基因和候选蛋白。【结果】经转录组测序,从SL组与BK组间共筛选出82个DEGs,其中46个DEGs呈上调表达、36个DEGs呈下调表达;有4个DEGs与蛋壳色素的合成及沉积相关,分别是SLC22A4、SPP1、FAM26E和HSP5基因,且均为上调表达的DEGs;KEGG信号通路分析结果显示,DEGs显著富集的信号通路有α-亚麻酸代谢和花生四烯酸代谢等。通过TMT定量蛋白组学分析,共鉴定获得167个DEPs,其中104个DEPs呈上调表达、63个DEPs呈下调表达;KEGG信号通路富集分析发现,DEPs主要富集于甘油磷脂代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢及醚脂质代谢等信号通路。转录组学和蛋白组学的联合分析结果表明,转录组与蛋白组无共同注释的GO功能条目,而82个DEGs和167个DEPs富集到19条KEGG信号通路上,其中甘油磷脂代谢和醚脂类代谢2条信号通路在转录组与蛋白组中均有出现。【结论】SLC22A4、SPP1、FAM26E和HSP5基因及FAM102A、FAM107B和SLCO1B1蛋白可能参与蛋壳色素的合成、转运和沉积,尤其是SLC家族发挥着重要作用,故推测这些基因和蛋白是影响赤水乌骨鸡蛋绿壳形成的候选基因和候选蛋白,且富集到的甘油磷脂代谢和醚脂类代谢可能是调节鸡蛋绿壳形成的关键信号通路。 展开更多
关键词 赤水乌骨鸡 胆绿素 绿壳性状 转录组学 蛋白组学
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水稻籽粒蛋白双向电泳条件的优化及其蛋白组学方法的比较 被引量:15
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作者 李奇松 陈军 +3 位作者 林世圣 李忠 张志兴 林文雄 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期921-927,共7页
探讨适用于籽粒蛋白组学研究的策略,对深入研究籽粒的发育过程具有重要的意义。本文对比了3种不同的蛋白提取方法,优化了双向电泳中自制管胶一向的等电聚焦条件和IPG干胶条一向的等电聚焦时间,以MALDI-TOF/MS、Western blot和磷酸化蛋... 探讨适用于籽粒蛋白组学研究的策略,对深入研究籽粒的发育过程具有重要的意义。本文对比了3种不同的蛋白提取方法,优化了双向电泳中自制管胶一向的等电聚焦条件和IPG干胶条一向的等电聚焦时间,以MALDI-TOF/MS、Western blot和磷酸化蛋白组学3个重要的蛋白质组学研究方法对胶内蛋白质鉴定分析。结果表明,可溶性蛋白提取法最适用于籽粒蛋白组学的研究;电泳条件优化后,得到了较优的2-DE图谱;胶内蛋白点适用于质谱分析、蛋白表达量验证(Western blot)及籽粒蛋白的磷酸化组学的研究。本研究为下一步在蛋白组水平上分析籽粒发育提供了技术支持。 展开更多
关键词 水稻 籽粒 蛋白组学 双向电泳 蛋白磷酸化
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冠心病心血瘀阻证和心肾阴虚证的蛋白组学研究 被引量:21
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作者 王刚 姜民 +4 位作者 朱明丹 崔佩佩 杜武勋 范应昌 罗国安 《辽宁中医杂志》 CAS 北大核心 2011年第3期405-407,共3页
目的:使用蛋白质组学技术对冠心病心血瘀阻证和心肾阴虚证这两种证候之间差异进行研究,以期找到两种证候间差异的物质基础并初步阐释两者差异的信号通路。方法:采集冠心病心血瘀阻证和心肾阴虚证病人的血浆,用荧光差异蛋白电泳(2D-DIGE... 目的:使用蛋白质组学技术对冠心病心血瘀阻证和心肾阴虚证这两种证候之间差异进行研究,以期找到两种证候间差异的物质基础并初步阐释两者差异的信号通路。方法:采集冠心病心血瘀阻证和心肾阴虚证病人的血浆,用荧光差异蛋白电泳(2D-DIGE)、质谱(MALDI-TOF)等蛋白质组学技术分析和鉴定两种证候间蛋白表达的变化,并用生物信息学方法对其涉及的主要信号通路进行分析。结果:蛋白组学研究发现冠心病心血瘀阻证和心肾阴虚证相比共有10种差异表达蛋白,其中7种表达上调,3种表达下调。涉及的通路主要有补体和凝血级联通路及阿尔兹海默症信号通路。结论:补体和凝血级联通路及阿尔兹海默症信号通路与冠心病心血瘀阻证和心肾阴虚证的中医分型有关,但需要进一步验证和机制研究。 展开更多
关键词 冠心病 心血瘀阻证 心肾阴虚证 蛋白组学
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基于血清蛋白组学的慢性肾衰中医不同证型的研究 被引量:13
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作者 何磊 程亚伟 +6 位作者 廖萍 胡衡 金亚明 李福凤 王文静 王忆勤 郝一鸣 《辽宁中医杂志》 CAS 北大核心 2010年第2期202-205,共4页
目的:探讨慢性肾功能衰竭中医不同证型的血清蛋白质谱的变化及生物学基础。方法:收集慢性肾功能衰竭患者83例及正常人36例并辨证分型,采用SELDI-TOF蛋白芯片技术对不同证型的血清蛋白质表达谱进行研究。结果:在慢性肾衰中医各证型的整... 目的:探讨慢性肾功能衰竭中医不同证型的血清蛋白质谱的变化及生物学基础。方法:收集慢性肾功能衰竭患者83例及正常人36例并辨证分型,采用SELDI-TOF蛋白芯片技术对不同证型的血清蛋白质表达谱进行研究。结果:在慢性肾衰中医各证型的整体研究中,17个蛋白峰有显著差异(P<0.001),通过层次聚类分析显示中医各证型之间聚类性质差异较小;通过对中医不同证型作两两比较发现,脾肾气虚组与脾肾阳虚组之间得到2个差异蛋白峰(P<0.01),脾肾气虚组与阴阳两虚组得到4个差异蛋白峰(P<0.01),脾肾气虚组与脾肾气阴两虚组之间得到5个差异蛋白峰(P<0.01),脾肾阳虚组与阴阳两虚组之间得到4个差异蛋白峰(P<0.01),脾肾阳虚组与脾肾气阴两虚组之间得到4个差异蛋白峰(P<0.01),阴阳两虚组与脾肾气阴两虚组之间得到2个差异蛋白峰(P<0.01);运用PCA分析显示,各证型组之间的差异蛋白峰能较好把各组相区分。结论:采用SELDI-TOF-MS蛋白芯片技术分析慢性肾功能衰竭中医不同证型血清蛋白质谱变化对探讨中医证型的生物学基础具有一定的意义。 展开更多
关键词 慢性肾功能衰竭 血清 蛋白组学 证型 SELDI-TOF-MS
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滋肾活血方改善冠心病肾虚血瘀型大鼠缺血心肌的蛋白组学研究 被引量:14
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作者 刘如秀 周晟芳 +3 位作者 关宣可 尹琳琳 罗何维 李慧 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2017年第2期441-444,共4页
目的:采用蛋白组学方法研究滋肾活血方对冠心病肾虚血瘀型大鼠缺血心肌蛋白表达情况的影响,并探讨其治疗冠心病的机制。方法:大鼠60只随机分为5组:空白对照组,模型组,高剂量组,中剂量组,低剂量组,每组12只。采用"左冠状动脉前降支... 目的:采用蛋白组学方法研究滋肾活血方对冠心病肾虚血瘀型大鼠缺血心肌蛋白表达情况的影响,并探讨其治疗冠心病的机制。方法:大鼠60只随机分为5组:空白对照组,模型组,高剂量组,中剂量组,低剂量组,每组12只。采用"左冠状动脉前降支结扎+注射氢化可的松法"造模。高、中、低剂量组分别给予21.6 g/(kg·d)、10.8 g/(kg·d)、5.4 g/(kg·d)滋肾活血方,模型组和空白对照组给予等体积的纯净水,连续灌胃7d后,取其心脏,差速离心法提取心肌总蛋白,双向电泳法分离差异表达的蛋白,凝胶考染后酶切差异蛋白点进行四级杆飞行时间质谱分析,通过Mascot软件在数据库检索。结果:与空白对照组相比,模型组共找到66个差异蛋白点;与空白对照组相比,模型组、滋肾活血方各剂量组均有变化的作用靶点蛋白质为乳酸脱氢酶B链,肉碱棕榈酰转移酶-2,异柠檬酸脱氢酶,ATP合酶α亚基,肌凝蛋白-6。结论:冠心病心肌缺血肾虚血瘀模型大鼠心肌蛋白质组学发生变化,这些差异蛋白点可能是冠心病心肌缺血发生发展的分子基础;滋肾活血方在一定程度上调节肾虚血瘀型冠心病心肌缺血模型大鼠心肌组织蛋白质组学变化,其干预机制与改善能量代谢、保护细胞骨架等功能相关。 展开更多
关键词 滋肾活血方 冠心病 肾虚血瘀型 蛋白组学
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基于iTRAQ标记结合生物信息学技术的风湿性疾病湿热证血清蛋白组学研究 被引量:7
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作者 孙志岭 王苗苗 +3 位作者 徐骁 王玲 王富强 纪伟 《南京中医药大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期316-321,共6页
目的应用iTRAQ标记结合生物信息学分析技术,开展风湿性疾病湿热证的血清蛋白组学研究。方法对强直性脊柱炎湿热证、痛风湿热证、正常对照共3组各20例血清,进行iTRAQ标记结合液相串联质谱蛋白组学分析,应用DAVID、UniProtKB/Swiss-Prot、... 目的应用iTRAQ标记结合生物信息学分析技术,开展风湿性疾病湿热证的血清蛋白组学研究。方法对强直性脊柱炎湿热证、痛风湿热证、正常对照共3组各20例血清,进行iTRAQ标记结合液相串联质谱蛋白组学分析,应用DAVID、UniProtKB/Swiss-Prot、IPA等网络数据库平台对风湿性疾病湿热证的差异蛋白进行生物信息学分析,并对显著差异蛋白进行验证。结果获得15个湿热证差异蛋白,其中表达上调的蛋白12种,下调蛋白3种。通过分析得到差异表达蛋白所涉及的5个最有意义的典型生物信号通路。这些差异蛋白功能及生物信息学分析提示与疾病急性期反应和疾病活动度有关。验证实验结果与iTRAQ检测结果一致。结论为风湿性疾病湿热证的分子机制以及候选诊断治疗标志物的进一步研究提供了依据。 展开更多
关键词 强直性脊柱炎 痛风 湿热证 血清 蛋白组学
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TMT定量蛋白组学方法筛选乳腺癌腋窝淋巴结转移患者血清差异蛋白 被引量:7
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作者 李曦洲 方敏 +1 位作者 盛湲 于恩达 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期411-416,共6页
目的:分析有腋窝淋巴结转移和无腋窝淋巴结转移的乳腺浸润性导管癌患者血清中的差异蛋白,筛选与乳腺癌转移相关的生物标志物和治疗靶点。方法:本研究采用定量蛋白质组学串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)标记技术分别对14例有腋窝淋巴... 目的:分析有腋窝淋巴结转移和无腋窝淋巴结转移的乳腺浸润性导管癌患者血清中的差异蛋白,筛选与乳腺癌转移相关的生物标志物和治疗靶点。方法:本研究采用定量蛋白质组学串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)标记技术分别对14例有腋窝淋巴结转移及14例无腋窝淋巴结转移的乳腺癌患者血清蛋白进行检测,并对蛋白质进行定量分析,筛选出发生显著变化的差异蛋白,再搜索Uniprot数据库和用Proteome Discoverer软件分析,进一步进行生物信息学分析。结果:有腋窝淋巴结转移组中共筛选出差异蛋白119个,其中6个表达上调,113个表达下调。基因本体(gene ontology,GO)注释分析和功能聚类分析表明,这些差异蛋白质主要定位于细胞外区,与肿瘤的生物合成、细胞增殖、血管生成相关。Western boltting和qRT-PCR验证了K1C19(下调0.11倍)和PSME2(上调2.02倍)的表达。结论:TMT定量蛋白组学方法能有效筛选有腋窝淋巴结转移的和无腋窝淋巴结转移的乳腺癌患者血清中的差异蛋白。其中,K1C19和PSME2是值得进一步研究的乳腺癌淋巴结转移的候选血清标志物。 展开更多
关键词 乳腺癌 腋窝淋巴结转移 蛋白组学 串联质谱标签 差异蛋白
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正常及肺气虚大鼠肺组织蛋白组学差异分析 被引量:5
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作者 王平 刘芳芳 +5 位作者 李俊莲 马彦平 张晓薇 李艳彦 张维骏 陶功定 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期46-50,共5页
目的:探讨正常及肺气虚大鼠肺组织蛋白组学差异表达及质谱分析。方法:选取20只SD大鼠随机分为正常对照组与肺气虚组每组10只。肺气虚组模型复制采用气管注射脂多糖与烟熏的复合方法。造模28 d后,两组大鼠于麻醉前12 h禁食、禁水,称量体... 目的:探讨正常及肺气虚大鼠肺组织蛋白组学差异表达及质谱分析。方法:选取20只SD大鼠随机分为正常对照组与肺气虚组每组10只。肺气虚组模型复制采用气管注射脂多糖与烟熏的复合方法。造模28 d后,两组大鼠于麻醉前12 h禁食、禁水,称量体重。麻醉后开胸取出左肺组织10 mg/只,每组取3个样本进行样品蛋白质制备、双向电泳实验、图像分析、质谱检测。结果:对两组差异蛋白图谱进行蛋白质组学分析,鉴定出14个蛋白在两组之间差异表达,肺气虚组与正常对照组比较,其中5个表达上调、9个表达下调。结论:通过蛋白质组学分析,鉴定出的蛋白与肺气虚证有相关性。 展开更多
关键词 肺气虚 肺组织 蛋白组学 差异分析
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蛋白组学技术及其在营养学研究中的应用 被引量:9
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作者 何庆华 吴永宁 印遇龙 《食品科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期439-442,共4页
蛋白组学在营养学研究中有着广泛的应用,并为肥胖、糖尿病、心血管疾病和衰老等营养相关疾病研究提供了新的思路。本文就蛋白组学技术及其在营养学研究中的应用进展进行了综述。
关键词 蛋白组学 营养学 代谢 健康 疾病
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腺苷A_1受体基因敲除小鼠戊四氮致痫后大脑皮层蛋白组学的研究 被引量:4
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作者 刘志广 康慧聪 +5 位作者 王媛 李巷 刘晓燕 刘建林 曾铮 朱遂强 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期16-21,共6页
目的观察腺苷A1受体基因敲除小鼠在戊四氮致痫后大脑皮层蛋白质的表达变化,探讨腺苷A1受体的抗癫痫和脑保护作用机制。方法采用PCR技术鉴定腺苷A1受体基因敲除小鼠与野生型小鼠,应用戊四氮(30mg/kg)腹腔注射制作癫痫模型,利用蛋白组学... 目的观察腺苷A1受体基因敲除小鼠在戊四氮致痫后大脑皮层蛋白质的表达变化,探讨腺苷A1受体的抗癫痫和脑保护作用机制。方法采用PCR技术鉴定腺苷A1受体基因敲除小鼠与野生型小鼠,应用戊四氮(30mg/kg)腹腔注射制作癫痫模型,利用蛋白组学双向电泳检测癫痫发作后大脑皮层蛋白质表达变化,选取部分差异点进行质谱分析。结果点燃组癫痫模型点燃成功后24h、1个月,分别与对照组小鼠相比,大脑皮层多种蛋白质表达差异具有统计学意义。腺苷A1受体基因敲除小鼠与野生型小鼠相比较,对照组两者之间与点燃组两者之间多种蛋白质表达差异具有统计学意义。癫痫模型点燃成功后腺苷A1受体基因敲除小鼠与野生型小鼠相比,大脑皮层内表达下调蛋白为谷氨酰胺合成酶、醛缩酶A及甘氨酸受体;表达上调蛋白为蛋白激酶C及3-磷酸甘油醛脱氢酶。结论腺苷A1受体可能通过改变大脑皮层内多种蛋白质表达发挥其抗癫痫和脑保护作用。 展开更多
关键词 腺苷A1受体 戊四氮 癫痫 蛋白组学 双向电泳 质谱分析
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