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蔷薇科小G蛋白ROP的鉴定、分类及特征分析
被引量：
1
1
作者
刘礼瑶
熊仁次
+2 位作者
何璐
马思洁
杨叔青
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2023年第S01期8-17,共10页
为全面系统地挖掘蔷薇科小G蛋白ROP,在分子水平上为蔷薇科抗病育种提供候选基因。物种系统进化关系分析、ROP蛋白全基因组筛查、Rho功能域分析、蛋白聚类分析及理化性质分析分别运用了NCBI、iTOLv6、GDR、SMART、MEGA 11.0和Maximum-lik...
为全面系统地挖掘蔷薇科小G蛋白ROP,在分子水平上为蔷薇科抗病育种提供候选基因。物种系统进化关系分析、ROP蛋白全基因组筛查、Rho功能域分析、蛋白聚类分析及理化性质分析分别运用了NCBI、iTOLv6、GDR、SMART、MEGA 11.0和Maximum-likelihood algorithm1及Protparam和Expasy等数据库及生物信息学在线软件。11种蔷薇科植物聚为6个亚支;11种蔷薇科植物中筛查到80个ROP蛋白;80个蔷薇科ROP蛋白和11个拟南芥ROP蛋白聚为6个进化分支;蛋白长度、等电点、分子量、脂肪指数及不稳定指数分别为143~215 aa、5.59~9.63、15.73599~23.87859 ku、85.28~94.95和27.96~57.14。80个蔷薇科ROP蛋白在草莓中数量最多,甜樱桃最少;蔷薇科ROP蛋白分布于第Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ分支中,拟南芥ROP蛋白分布于Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ分支中,即分支Ⅵ为蔷薇科特异性分支,分支Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ为拟南芥特异性分支。
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关键词
蔷薇科
小G
蛋白
ROP
全基因组筛查
Rho功能域
系统进化关系
蛋白理化特征
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题名
蔷薇科小G蛋白ROP的鉴定、分类及特征分析
被引量：
1
1
作者
刘礼瑶
熊仁次
何璐
马思洁
杨叔青
机构
塔里木大学农学院
南疆农业有害生物综合治理兵团重点实验室
塔里木大学园艺与林学学院
出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2023年第S01期8-17,共10页
基金
国家自然科学基金项目(32160644)
塔里木大学校长基金项目(TDZKBS202101)。
文摘
为全面系统地挖掘蔷薇科小G蛋白ROP,在分子水平上为蔷薇科抗病育种提供候选基因。物种系统进化关系分析、ROP蛋白全基因组筛查、Rho功能域分析、蛋白聚类分析及理化性质分析分别运用了NCBI、iTOLv6、GDR、SMART、MEGA 11.0和Maximum-likelihood algorithm1及Protparam和Expasy等数据库及生物信息学在线软件。11种蔷薇科植物聚为6个亚支;11种蔷薇科植物中筛查到80个ROP蛋白;80个蔷薇科ROP蛋白和11个拟南芥ROP蛋白聚为6个进化分支;蛋白长度、等电点、分子量、脂肪指数及不稳定指数分别为143~215 aa、5.59~9.63、15.73599~23.87859 ku、85.28~94.95和27.96~57.14。80个蔷薇科ROP蛋白在草莓中数量最多,甜樱桃最少;蔷薇科ROP蛋白分布于第Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ分支中,拟南芥ROP蛋白分布于Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ分支中,即分支Ⅵ为蔷薇科特异性分支,分支Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ为拟南芥特异性分支。
关键词
蔷薇科
小G
蛋白
ROP
全基因组筛查
Rho功能域
系统进化关系
蛋白理化特征
Keywords
Rosaceae
Small G protein ROP
Genome-wide screening
Rho functional domain
Phylogenetic relationship
Physicochemical characteristics of protein
分类号
S685.12 [农业科学—观赏园艺]
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作者
出处
发文年
被引量
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1
蔷薇科小G蛋白ROP的鉴定、分类及特征分析
刘礼瑶
熊仁次
何璐
马思洁
杨叔青
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2023
1
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