大豆GmOLPa基因的蛋白序列分析及原核表达

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作者 田智蕊 韩红 +2 位作者 武志海 李东哲 杨美英 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期69-73,共5页

以盐诱导后的大豆根为材料,提取总RNA,RT-PCR得到GmOLPa目的片段。对其蛋白序列分析表明,该蛋白属于GH64-TLP-SF同源超家族中的PR-5蛋白,第25-244位氨基酸是其保守结构域,与番茄中的PR-5亲缘关系最为接近。构建GmOLPa基因ORF的原核表达... 以盐诱导后的大豆根为材料,提取总RNA,RT-PCR得到GmOLPa目的片段。对其蛋白序列分析表明,该蛋白属于GH64-TLP-SF同源超家族中的PR-5蛋白,第25-244位氨基酸是其保守结构域,与番茄中的PR-5亲缘关系最为接近。构建GmOLPa基因ORF的原核表达载体pET-28-GP,并对其在大肠杆菌BL21中的表达条件进行优化。SDS-PAGE证实重组质粒能够在大肠杆菌BL21中表达,目的蛋白分子量约为30 kD,最佳诱导时间为4 h,最佳IPTG诱导浓度为1.0 mmol/L。 展开更多

关键词 PR-5蛋白 GmOLPa蛋白 基因克隆 蛋白序列分析 原核表达

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1株牛病毒性腹泻病毒的分离鉴定及其结构蛋白E2序列分析 被引量：5

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作者 王妍瑾 宋涛 +6 位作者 杨雨杰 金宇航 乔天一 孟赓 严世杰 芮萍 马增军 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2023年第4期13-18,共6页

为了解河北省唐山市规模化奶牛场中牛病毒性腹泻病毒(BVDV)流行毒株的基因特征,本试验于唐山市2个规模化奶牛场采集了49份临床样品进行逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测,并对阳性样品进行病毒的分离,最终成功分离到1株非致细胞病变的B... 为了解河北省唐山市规模化奶牛场中牛病毒性腹泻病毒(BVDV)流行毒株的基因特征,本试验于唐山市2个规模化奶牛场采集了49份临床样品进行逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测,并对阳性样品进行病毒的分离,最终成功分离到1株非致细胞病变的BVDV毒株,命名为HB-1株。电镜观察结果显示,HB-1株具有典型的BVDV病毒粒子形态。对HB-1株全基因组序列进行扩增和测序,基因遗传进化分析结果显示,HB-1株属于BVDV-1m亚型。HB-1株结构蛋白E2全长序列糖基化位点和抗原表位预测结果显示,HB-1株E2蛋白含有4个保守的糖基化位点,其中抗原表位1高度保守。本试验为河北省进一步开展牛病毒性腹泻(BVD)流行病学调查、疫苗株筛选以及检测方法建立提供数据支撑。 展开更多

关键词 牛病毒性腹泻病毒 分离和鉴定 全基因组测序 E2蛋白序列分析

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乌苏里蝮蛇丝氨酸蛋白酶基因克隆和序列分析 被引量：4

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作者 孙德军 刘珊珊 +3 位作者 杨春伟 赵轶卓 常淑芳 颜炜群 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期325-329,共5页

目的:构建乌苏里蝮蛇(Gloydius ussuriensis)毒腺c DNA文库,克隆、分析丝氨酸蛋白酶基因,为进一步基因研究和操作奠定基础。方法:采用链转化法和长距离PCR技术,构建乌苏里蝮蛇毒腺c DNA文库。用TRIzol试剂盒从乌苏里蝮蛇毒腺提取总RNA,... 目的:构建乌苏里蝮蛇(Gloydius ussuriensis)毒腺c DNA文库,克隆、分析丝氨酸蛋白酶基因,为进一步基因研究和操作奠定基础。方法:采用链转化法和长距离PCR技术,构建乌苏里蝮蛇毒腺c DNA文库。用TRIzol试剂盒从乌苏里蝮蛇毒腺提取总RNA,再用Oligo(d T) -生物素-链菌素-磁珠法从总RNA中分离m RNA ,反转录合成c DNA第一链,长距离PCR合成第二链c DNA。回收c DNA,用限制性内切酶消化产生粘性末端,层析去除小于5 0 0 bp片段,纯化的c DNA插入载体p Bluescript- sk,电转化E.coli DH 5α,得到乌苏里蝮蛇毒腺c DNA文库,测定丝氨酸蛋白酶上游氨基酸序列,并推导其基因序列,合成引物。从该c DNA文库克隆丝氨酸蛋白酶基因,并进行序列测定和分析。结果:该文库库容为2 .3×10 6 ,该c DNA文库为筛选新的目的基因和进一步基因操作提供了有效平台。序列测定和分析显示丝氨酸蛋白酶基因开框读码序列全长70 2个核苷酸,编码2 34个氨基酸,活性中心His4 1 、Asp86 、Ser1 80 和6对二硫键进化上高度保守。结论:该文库库容大于通用的10 5标准,符合规定可作为进一步基因操作平台,克隆的丝氨酸蛋白酶基因与Gene Bank中其他蛇毒丝氨酸蛋白酶氨基酸序列同源性在85 %以上。 展开更多

关键词 蝮蛇属 毒腺 CDNA文库 安克洛酶 序列分析 蛋白质

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林麝FASN基因CDS区克隆及序列分析

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作者 谌颖莲 竭航 +4 位作者 赵贵军 封孝兰 张承露 吴佳勇 曾德军 《野生动物学报》 北大核心 2022年第2期370-378,共9页

为了解林麝(Moschus berezovskii)脂肪酸合酶(Fatty acid synthase,FASN)基因mRNA序列信息及解析麝香的生物机制,通过转录组测序、Trinity拼接、反转录PCR扩增和Singer测序获取林麝FASN基因mRNA序列,并对FASN蛋白序列进化树构建、二级... 为了解林麝(Moschus berezovskii)脂肪酸合酶(Fatty acid synthase,FASN)基因mRNA序列信息及解析麝香的生物机制,通过转录组测序、Trinity拼接、反转录PCR扩增和Singer测序获取林麝FASN基因mRNA序列,并对FASN蛋白序列进化树构建、二级结构、三级结构、互作蛋白、磷酸化分析及miRNAs结合预测,筛选与麝鼠(Ondatra zibethicus)FASN相同且与牛(Bos taurus)、山羊(Capra hircus)和绵羊(Ovis aries)不同的氨基酸位点作为麝香生物合成有关的关键位点。获取了林麝FASN基因的mRNA序列(GenBank ID:MW570770),其具有一定的物种保守性,筛选出16个关键位点,其中第307、602、657和1334位氨基酸能够改变蛋白羟基活性,预测出10个蛋白磷酸化位点,miR-1307-5p和miR-669与3′-UTR亲和能力较强。林麝FASN基因序列与其他物种之间的差异信息可为解析麝香生物合成机制提供参考。 展开更多

关键词 林麝 FASN 蛋白序列分析 麝香生物合成 MIRNAS

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一株乳源松鼠葡萄球菌ExhC基因的克隆及序列分析 被引量：1

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作者 林俊泓 王让 +4 位作者 陈玉娟 赵瑶 马鲜平 谢远兵 易华山 《中国奶牛》 2021年第3期24-29,共6页

松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri,S.sciuri)是引起奶牛乳房炎(Cow Mastitis)的病原菌之一,其主要致病因子是该菌产生的脱皮毒素C(Exfoliative Toxin C,ExhC)。为了深入了解该基因的分子特征,本试验对从乳房炎患牛牛乳中分离的一株... 松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri,S.sciuri)是引起奶牛乳房炎(Cow Mastitis)的病原菌之一,其主要致病因子是该菌产生的脱皮毒素C(Exfoliative Toxin C,ExhC)。为了深入了解该基因的分子特征,本试验对从乳房炎患牛牛乳中分离的一株松鼠葡萄球菌ExhC基因(Genbank登录号:MT845354)进行了克隆及序列分析。按GenBank收录的ExhC基因设计并合成引物,利用PCR对ExhC基因进行扩增,并对扩增后的ExhC基因进行测序及分析。结果表明,松鼠葡萄球菌ExhC基因的开放阅读框序列长度为837bp,共编码278个氨基酸。通过Blast模块对ExhC基因进行同源性分析,得到5株相似序列,与ExhC基因序列相比同源性均为99.04%。系统进化树图指示该基因与其余五株相似序列属于不同的分支,遗传距离较远。利用TMHMM对松鼠葡萄球菌ExhC基因837bp序列跨膜区进行预测,结果显示ExhC蛋白的第1~277位氨基酸在细胞膜外,5~25位氨基酸所在位置为跨膜区。通过ExhC氨基酸序列分析和ExhC蛋白二级结构、三级结构预测,推断第97位氨基酸插入Asn以及其他位点氨基酸的突变可能会导致松鼠葡萄球菌功能区变化和毒株毒力的相对变化,这将给松鼠葡萄球菌致病机理的研究奠定基础。 展开更多

关键词 松鼠葡萄球菌 ExhC基因 核酸及蛋白质序列分析

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生物序列的语义分析与第二密码规则的探索(续)

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作者 沈世镒 余涛 +1 位作者 开波 阮吉寿 《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2004年第6期862-870,共9页

本文继续讨论蛋白质一级结构序列的语义结构,利用组合分析与图论方法讨论 Swiss - Prot 数据 库的组合结构,给出 Swiss - Prot 数据库中蛋白质一级结构序列的关键词与核心词的定义、搜索 算法与特性参数。并由此给出蛋白质一级结... 本文继续讨论蛋白质一级结构序列的语义结构,利用组合分析与图论方法讨论 Swiss - Prot 数据 库的组合结构,给出 Swiss - Prot 数据库中蛋白质一级结构序列的关键词与核心词的定义、搜索 算法与特性参数。并由此给出蛋白质一级结构序列的核心词词典,并由此讨论数据库的复杂性问题、同源蛋白质的分类、预测与比对等问题。 展开更多

关键词 生物序列结构的语义分析 第二密码规则 蛋白质一级序列结构数据库的组合图论分析 非线性复杂与核心词词典

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结核蛋白芯片对肺结核诊断的临床价值 被引量：8

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作者 郭光云 陈功 +1 位作者 郭凌郧 王家宁 《中国防痨杂志》 CAS 2005年第6期367-369,共3页

目的探讨结核蛋白芯片、痰涂片抗酸染色及结核菌素(PPD)皮试单独和联合检测对肺结核患者临床诊断的意义。方法对45例肺结核和30例非结核性肺疾病患者,同时进行结核蛋白芯片、痰抗酸杆菌直接涂片、PPD皮试,观察单项和联合指标对诊断肺结... 目的探讨结核蛋白芯片、痰涂片抗酸染色及结核菌素(PPD)皮试单独和联合检测对肺结核患者临床诊断的意义。方法对45例肺结核和30例非结核性肺疾病患者,同时进行结核蛋白芯片、痰抗酸杆菌直接涂片、PPD皮试,观察单项和联合指标对诊断肺结核的敏感性与特异性。结果结核蛋白芯片、PPD及痰涂片的敏感性分别为66.7%、44.4%、22.2%,特异性分别为93.3%、84.6%、100%。结核蛋白芯片联合PPD对肺结核的阳性检出率为86.7%,结核蛋白芯片联合PPD及痰涂片的阳性检出率提高到88.9%,与单项检测的最高阳性检出率相比差异有显著性意义(P<0.05)。三种方法联合检测的特异性为80%,与PPD或结核蛋白芯片单项检测相比无显著性差异(P>0.05)。结论结核蛋白芯片是诊断结核病较有效方法,具有快速方便等优点,蛋白芯片联合PPD、痰涂片抗酸染色,能显著提高肺结核的阳性检出率,但特异性并没有明显下降。 展开更多

关键词 结核诊断 肺 蛋白质序列分析 蛋白芯片

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细菌特征分析的革兰氏阴阳性判别算法 被引量：3

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作者 袁健 赵桦 +1 位作者 张明 张劲松 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2021年第4期678-684,共7页

自然界中细菌无处不在,细菌的革兰氏阳性和阴性的有效分类对于临床治疗具有重要意义.现有的细菌的革兰氏阴阳性分类主要依赖于革兰氏染色法.这种方法借助细菌细胞壁结构的不同引起的染色性的差异来进行分类,然而涂片的厚薄和脱色时间的... 自然界中细菌无处不在,细菌的革兰氏阳性和阴性的有效分类对于临床治疗具有重要意义.现有的细菌的革兰氏阴阳性分类主要依赖于革兰氏染色法.这种方法借助细菌细胞壁结构的不同引起的染色性的差异来进行分类,然而涂片的厚薄和脱色时间的掌握制约着革兰氏染色法的准确性,并且实验需要花费一定时间.本文提出一种用计算机智能分析的细菌革兰氏阴阳性判别方法—基于蛋白质序列特征分析的细菌革兰氏阴阳性判别算法GCBPS.该算法首先挖掘出闭合邻接序列模式(FCloConSP)集合并对大量已知阴阳性的细菌蛋白质序列特征进行提取,然后先利用赋参的余弦相似度距离计算方法来衡量待测细菌蛋白质序列与阳性细菌特征集之间的距离来初步判别是否为阳性,再通过去假阴性等处理后得到最终的细菌革兰氏阴阳性判别结果.该算法已在标注的1591条革兰氏阴性菌以及576条革兰阳性菌的标准数据集上进行评估,实验结果表明,判别的平均正确率F1值可达到95.4%. 展开更多

关键词 革兰氏阴阳性判别 蛋白质序列分析 闭合序列模式

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苦荞二磷酸尿核苷-半乳糖转运载体FtUTR的鉴定与分析

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作者 石桃雄 汪燕 +4 位作者 梁成刚 韦春玉 关志秀 黄娟 朱丽伟 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第15期53-57,共5页

植物二磷酸尿核苷-半乳糖转运蛋白(UDP-galactose transporter, UTR)参与介导UDP-半乳糖的跨膜运输,对于高尔基体内非纤维素多糖和糖蛋白合成至关重要。为了给苦荞糖运输及调控机制研究提供科学参考,本研究基于基因功能注释与同源基因比... 植物二磷酸尿核苷-半乳糖转运蛋白(UDP-galactose transporter, UTR)参与介导UDP-半乳糖的跨膜运输,对于高尔基体内非纤维素多糖和糖蛋白合成至关重要。为了给苦荞糖运输及调控机制研究提供科学参考,本研究基于基因功能注释与同源基因比对,鉴定到9个苦荞FtUTR基因,其序列长度在1 920~5 975 bp间,氨基酸残基在81~352个间。FtUTR氨基酸序列的一致性为19.14%,说明苦荞不同FtUTR蛋白间序列保守性较低。但多个苦荞FtUTR可分别与同源的拟南芥AtUTR聚在一起,说明不同物种间UTR蛋白的进化关系较为紧密。基于茎的转录组测序鉴定到5个差异表达基因(DEGs),其中FtPinG0001931200.01在出苗后5 d高表达;FtPinG0001901300.01和FtPinG0002689200.01在出苗后10 d高表达;FtPinG0001931400.01和FtPinG0001052700.01在出苗后15 d高表达,推测它们可能在幼苗的特定发育阶段发挥作用。另外,幼苗发育过程中苦荞DEGs的表达量存在多个显著正相关或负相关关系。本研究结果可为下一步深入探索苦荞FtUTR调控UDP-半乳糖运输以及生长发育提供基础。 展开更多

关键词 苦荞 二磷酸尿核苷-半乳糖转运体 蛋白序列分析 基因表达

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Rhizopus sp.052凝乳酶的部分酶学性质 被引量：5

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作者 滕国新 李里特 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期12-15,共4页

Rhizopus sp．052在pH1～7范围内，4℃条件下稳定。凝乳酶的最适作用温度为40℃，55℃保持20min完全失去活性，与小牛凝乳酶性质相似，而热失活的温度低于小牛凝乳酶。Rhizopus sp．052凝乳酶对热不稳定的特性有利于干酪副产品乳清的加... Rhizopus sp．052在pH1～7范围内，4℃条件下稳定。凝乳酶的最适作用温度为40℃，55℃保持20min完全失去活性，与小牛凝乳酶性质相似，而热失活的温度低于小牛凝乳酶。Rhizopus sp．052凝乳酶对热不稳定的特性有利于干酪副产品乳清的加工处理。Rhizopus sp．052凝乳酶对酪蛋白的水解能力比蛋白酶低，比小牛凝乳酶高，可以用于干酪的生产。对N-末段15个氨基酸序列GTGSVPVTDYQNDVE进行检索，结果表明，Rhizopus sp．052凝乳酶与其他菌株相比不完全相同，尚未见有研究者对其进行研究和报道。 展开更多

关键词 微生物凝乳酶 根霉 热稳定性 酶学性质 N-末段蛋白序列分析

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遗传 育种

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《麦类文摘》 1997年第1期44-45,共2页

Z970271 麦类种子贮存后遗传完整性的研究/谭富娟,马缘生…(中国农科院品资所)∥种子.-1996,(2).-62～64以大麦、普通小麦、硬粒小麦、黑麦、小黑麦等5种麦类作物种子为试材,从个体、细胞、分子3个水平上探讨了不同的贮藏温度、包装材... Z970271 麦类种子贮存后遗传完整性的研究/谭富娟,马缘生…(中国农科院品资所)∥种子.-1996,(2).-62～64以大麦、普通小麦、硬粒小麦、黑麦、小黑麦等5种麦类作物种子为试材,从个体、细胞、分子3个水平上探讨了不同的贮藏温度、包装材料和含水量对其遗传完整性的影响,为中、长期种子贮存提供“监测”指标。(表5)Z970272 大麦黄矮病毒 GPV 外壳蛋白基因序列分析及其植物表达质粒的构建/成卓敏(中国农科院植保所),Paul Keese…∥中国科学(C 辑).-1996,26(3).-250～256大麦黄矮病毒 GPV 展开更多

关键词 大麦黄矮病毒 遗传完整性 蛋白基因序列分析 植物表达质粒 种子贮存 大麦新品种 普通小麦 中国农科院 硬粒小麦 外壳蛋白基因

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