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花生AhARF 基因家族鉴定与表达分析
被引量：
5
1
作者
唐桂英
彭振英
+4 位作者
徐平丽
李鹏祥
朱洁琼
单雷
万书波
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期1100-1110,共11页
生长素响应因子(Auxin response factor,ARF)是生长素信号转导途径中的一类重要转录因子,在种子萌发、器官形成、果实成熟、胚胎发生等多个生长发育过程发挥作用。为了揭示花生基因组中AhARF基因家族的特征,本研究利用生物信息学方法从...
生长素响应因子(Auxin response factor,ARF)是生长素信号转导途径中的一类重要转录因子,在种子萌发、器官形成、果实成熟、胚胎发生等多个生长发育过程发挥作用。为了揭示花生基因组中AhARF基因家族的特征,本研究利用生物信息学方法从花生基因组中鉴定了62个花生AhARF家族基因,它们不均匀分布于除1号和11号之外的其他18条染色体上,在A和B亚基因组对应关系的染色体上数目大体相同。依据系统发生关系,62个花生AhARFs与拟南芥AtARFs家族基因共同聚在除ClassIII(仅包含拟南芥AtARFs)外的其余4个分支。共线性分析共检测到33对片段重复基因,其Ka/Ks比值均小于1,受到环境压力的纯化选择。本研究还分析了它们的理化性质、蛋白保守结构域等特征。此外,基于22个组织转录组数据,绘制了62个花生AhARF家族基因的表达模式热图。进一步应用qRT-PCR方法,分析了可能与萌发相关的4个AhARF基因(AhARF10、AhARF20、AhARF23和AhARF46)的时空表达模式。本研究可为种子萌发相关AhARF基因的挖掘与功能鉴定提供基础。
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关键词
花生
ARF基因家族
系统进化分析
蛋白保守结构域
表达分析
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题名
花生AhARF 基因家族鉴定与表达分析
被引量：
5
1
作者
唐桂英
彭振英
徐平丽
李鹏祥
朱洁琼
单雷
万书波
机构
山东省农业科学院生物技术研究中心/山东省作物遗传改良与生理生态重点实验室
山东师范大学生命科学学院
出处
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期1100-1110,共11页
基金
山东省农业良种工程(2017LZN035)
山东省重点研发计划(2019GNC106069)。
文摘
生长素响应因子(Auxin response factor,ARF)是生长素信号转导途径中的一类重要转录因子,在种子萌发、器官形成、果实成熟、胚胎发生等多个生长发育过程发挥作用。为了揭示花生基因组中AhARF基因家族的特征,本研究利用生物信息学方法从花生基因组中鉴定了62个花生AhARF家族基因,它们不均匀分布于除1号和11号之外的其他18条染色体上,在A和B亚基因组对应关系的染色体上数目大体相同。依据系统发生关系,62个花生AhARFs与拟南芥AtARFs家族基因共同聚在除ClassIII(仅包含拟南芥AtARFs)外的其余4个分支。共线性分析共检测到33对片段重复基因,其Ka/Ks比值均小于1,受到环境压力的纯化选择。本研究还分析了它们的理化性质、蛋白保守结构域等特征。此外,基于22个组织转录组数据,绘制了62个花生AhARF家族基因的表达模式热图。进一步应用qRT-PCR方法,分析了可能与萌发相关的4个AhARF基因(AhARF10、AhARF20、AhARF23和AhARF46)的时空表达模式。本研究可为种子萌发相关AhARF基因的挖掘与功能鉴定提供基础。
关键词
花生
ARF基因家族
系统进化分析
蛋白保守结构域
表达分析
Keywords
Arachis hypogaea L.
auxin response factor gene family
phylogenic relationship
conserved do⁃main of proteins
expression pattern analysis
分类号
S565.2 [农业科学—作物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
花生AhARF 基因家族鉴定与表达分析
唐桂英
彭振英
徐平丽
李鹏祥
朱洁琼
单雷
万书波
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
5
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