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基于酵母双杂交技术对与纳尔逊海湾正呼肠孤病毒σNS相互作用宿主蛋白的筛选
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作者 孙绿茵 马竹萍 +2 位作者 李润林 李永刚 陶晓莉 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1313-1321,共9页
目的:探讨小鼠成纤维L929细胞中与纳尔逊海湾正呼肠孤病毒(NBV)σNS蛋白相互作用(互作)的宿主蛋白,阐明宿主蛋白对病毒复制的影响。方法:构建表达σNS蛋白的诱饵质粒pGBKT7-S3,采用测序技术验证诱饵质粒在Y2H酵母细胞中的准确表达。将pG... 目的:探讨小鼠成纤维L929细胞中与纳尔逊海湾正呼肠孤病毒(NBV)σNS蛋白相互作用(互作)的宿主蛋白,阐明宿主蛋白对病毒复制的影响。方法:构建表达σNS蛋白的诱饵质粒pGBKT7-S3,采用测序技术验证诱饵质粒在Y2H酵母细胞中的准确表达。将pGBKT7-S3和pGADT7质粒分别和共同转化至Y2HGold酵母细胞中,涂布于固体培养基进行培养,观察菌落生长情况,确认σNS蛋白对酵母细胞无毒性,不能自行激活报告基因。诱饵质粒pGBKT7-S3与小鼠成纤维L929细胞的cDNA文库进行杂交,对编码互作蛋白的阳性克隆进行质粒抽提,阳性测序结果通过Uniprot数据库检索筛选得到与NBVσNS互作的蛋白。对互作蛋白进行基因本体论(GO)功能富集分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析和STRING生物信息学分析。结果:成功筛选出61个阳性克隆。DNA测序分析和BLAST比对分析去除23个未匹配到数据库和测序基本相同的阳性克隆。阳性测序结果通过Uniprot数据库检索筛选得到38个与NBVσNS互作的蛋白,31个蛋白参与细胞生物过程,36个蛋白是细胞解剖成分,31个蛋白具有结合功能,5个蛋白是线粒体呼吸链组成部分,7个蛋白是核糖体蛋白和核糖体大小亚基的组成部分,2个蛋白参与铁代谢稳态。GO功能富集分析,互作蛋白参与的生物过程(BP)富集在细胞过程、代谢过程、生物学调节、定位和对刺激的反应等;细胞组分主要是细胞解剖成分和含蛋白复合物;分子功能集中在结合、催化活性、结构分子活性和转运活性等方面。KEGG信号通路富集分析,蛋白在遗传信息处理途径的翻译、折叠、分类和降解信号通路中高度富集,在机体系统中主要与消化系统有关联;与多种病毒性传染病和癌症有关联。STRING分析,互作蛋白涉及核糖体蛋白类、蛋白修饰类、代谢类和免疫蛋白类等功能蛋白。结结论论:成功筛选出与NBVσNS蛋白互作的蛋白,宿主蛋白在病毒复制中具有重要作用。 展开更多
关键词 纳尔逊海湾正呼肠孤病毒 酵母双杂交实验 σNS蛋白 蛋白互相作用 生物信息学
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发热伴血小板减少综合征病毒非结构蛋白的表达和定位及宿主互作蛋白的筛选和分析
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作者 骆丽可 程子文 +3 位作者 程廓 李永刚 王大为 杨宝玲 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1286-1296,共11页
目的:通过免疫沉淀联合质谱分析的方法筛选发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)非结构蛋白(NSs)的宿主互相作用(互作)蛋白,探讨互作蛋白的功能、亚细胞定位及参与的生物途径,为阐明SFTSV的复制和致病机制提供依据。方法:将真核表达载体pS... 目的:通过免疫沉淀联合质谱分析的方法筛选发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)非结构蛋白(NSs)的宿主互相作用(互作)蛋白,探讨互作蛋白的功能、亚细胞定位及参与的生物途径,为阐明SFTSV的复制和致病机制提供依据。方法:将真核表达载体pSFTSV-NSs-Flag (实验组)和Flag-CMV-3 (阴性组)分别转染进人胚胎肾293T细胞中,同时设置空白组(不进行任何处理)。收集各组细胞裂解液,采用间接免疫荧光和Western blotting法验证SFTSV NSs在宿主细胞中的表达及定位。蛋白裂解液经protein A/G处理,采用免疫沉淀法富集与NSs结合的宿主蛋白,通过银染和考马斯亮蓝染色初步分析捕获的互作蛋白,观察各组蛋白差异条带。采用液相色谱和串联质谱技术得到蛋白质的序列信息,保留可信蛋白基于UniProt数据库检索,对鉴定到的蛋白进行基因本体论(GO)功能富集分析、蛋白结构域和功能位点数据库(IPR)、真核生物同源蛋白簇(KOGs)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析、亚细胞定位和转录因子(TF)功能注释,确定互作蛋白的亚细胞结构、基因功能及参与的生物过程。结果:SFTSV NSs在相对分子质量33 000处表达单一特异性条带,免疫荧光检测其定位于细胞质中,且聚集呈砂粒体包涵体样。银染和考马斯亮蓝染色,实验组和阴性组均存在显著差异条带。质谱筛选出46种潜在互作蛋白;GO功能富集分析、KOGs功能注释和KEGG信号通路富集分析,与病毒翻译、细胞代谢及蛋白质运输相关的生物途径富集到较多数目的蛋白,注释中有8种蛋白具有中间丝蛋白结构域。亚细胞定位所占百分率最高的是细胞质蛋白;与NSs定位场所一致。TF功能注释,有1种蛋白来自NF-Y家族。结论:互作蛋白在协助蛋白质正确折叠、参与核糖体翻译和构成细胞骨架等进程中发挥作用,可能参与了抗病毒复制,可作为候选蛋白进一步研究SFTSV的复制机制。 展开更多
关键词 发热伴血小板减少综合征病毒 非结构蛋白 蛋白-蛋白互相作用 免疫沉淀 质谱
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Metformin Induces Non-small Cell Lung Cancer Cells Apoptosis Depending on AMPK-mediated RIP1 Downregulation
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作者 LI Min SHI Shao-Qing ZHENG Yuan-Yuan 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第4期551-559,共9页
The incidence and mortality rate of lung cancer rank among the highest worldwide,severely endangering human health and life.Metformin,an anti-diabetes drug,has been shown to elicit anticancer activities in various tum... The incidence and mortality rate of lung cancer rank among the highest worldwide,severely endangering human health and life.Metformin,an anti-diabetes drug,has been shown to elicit anticancer activities in various tumors.However,its underlying mechanisms remain elusive.In this work,we explore the role of receptor-interacting protein 1(RIP1)which plays a crucial role in the process of cell death,in metformin-induced anticancer activities in lung cancer.Metformin inhibits lung cancer cell proliferation in a dose-dependent manner and promotes apoptotic cell death,as evidenced by metformin-induced PARP and caspase cleavage.Furthermore,the pan-caspase inhibitor z-VAD-fmk reverses metformin-induced cell death.Western blot and qPCR results suggest that metformin markedly downregulates RIP1 expression without affecting its mRNA and ubiquitination levels(0 vs 80 mmol/L,100%vs 20%,100%vs 15%).Additionally,co-immunoprecipitation and immunofluorescence results reveal that metformin may suppress RIP1 expression in an Hsp70-dependent manner,as metformin promotes Hsp70 degradation,and Hsp70 endogenously interacts with RIP1.Subsequent CCK-8,flow cytometry,and Western blot analyses suggest that metformin decreases Hsp70/RIP1 expression through AMPK/PKA/GSK-3βaxis.Consistently,results from a subcutaneous transplant tumor model indicate that metformin retards tumor growth without affecting mouse body weight.Collectively,these data highlight the part of RIP1 in metformin-induced anticancer activities in lung cancer in vitro and in vivo,providing novel strategy for lung cancer administration. 展开更多
关键词 lung cancer METFORMIN receptor-interacting protein 1(RIP1) heatshockprotein70(Hsp70) AMP-activated protein kinas(AMPK)
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应用生物信息学分析正常女性不同乳腺密度差异表达基因 被引量:1
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作者 徐文秀 蒋梦萍 +4 位作者 王丹丹 张建 吴旸 张薇 唐金海 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1747-1752,1773,共7页
目的:应用生物信息学技术筛选高乳腺密度和低乳腺密度的正常女性的差异基因并分析其富集通路,为致密型乳腺女性乳腺癌早期诊断、靶向治疗和预后评估提供理论依据。方法:从GEO数据库获取GSE38506数据集,使用GEO2R筛选差异表达基因。使用D... 目的:应用生物信息学技术筛选高乳腺密度和低乳腺密度的正常女性的差异基因并分析其富集通路,为致密型乳腺女性乳腺癌早期诊断、靶向治疗和预后评估提供理论依据。方法:从GEO数据库获取GSE38506数据集,使用GEO2R筛选差异表达基因。使用DAVID数据库进行GO、KEGG富集分析,并应用STRING及Cytoscape软件的CytoHubba插件进行蛋白相互作用网络分析,筛选出Hub基因。最后使用bc GenExMiner在线工具对这5个Hub基因进行预后分析。结果:从GSE38506基因芯片共筛选出830个显著差异表达基因,其中上调基因442个,下调基因388个。富集分析显示,差异表达基因主要涉及信号转导、GTP酶活性的正调控、固有免疫反应、细胞黏附、细胞质膜、细胞表面、细胞连接、ATP结合、肌动蛋白结合、转录因子结合等。共筛选出2个核心模块和5个Hub基因,包括EGFR、JUN、CDC42、SRC、RAC1,并且它们都与乳腺癌预后相关。结论:通过生物信息学筛选出了正常女性乳腺密度相关的5个核心基因,可能对乳腺癌的发生发展和预后存在一定影响,是潜在的致密型乳腺女性易患乳腺癌的分子学标志物和靶向治疗新位点。 展开更多
关键词 乳房钼靶密度 差异表达基因 富集分析 蛋白互相作用网络 Hub基因
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Citrate-stabilized CdSe/CdS quantum dots as fluorescence probe for protein determination 被引量:3
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作者 傅昕 黄可龙 刘素琴 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS 2010年第4期720-725,共6页
A rapid, ultrasensitive and convenient fluorescence measurement technology based on the enhancement of the fluorescence intensity resulting from the interaction of functionalized CdSe/CdS quantum dots (QDs) with bov... A rapid, ultrasensitive and convenient fluorescence measurement technology based on the enhancement of the fluorescence intensity resulting from the interaction of functionalized CdSe/CdS quantum dots (QDs) with bov/ne serum albumin (BSA) was proposed. The citrate-stabilized CdSe/CdS (QDs) were synthesized by using Se powder and Na2S as precursors instead of any pyrophoric organometallic precursors. The modified CdSe/CdS QDs are brighter and more stable against photobleaching in comparison with organic fluorophores. At pH 7.0, the fluorescence signal of CdSe/CdS is enhanced by increasing the concentration of BSA in the range of 0.1-10 μg/mL, and the low detection limit is 0.06 μg/mL. A linear relationship between the enhanced fluorescence peak intensity (△F) and BSA concentration (c) is established using equation △F=50.7c+16.4 (R=0.996 36). Results of determination for BSA in three synthetic samples are identical with the true values, and the recovery (98.9%-102.4%) and relative standard deviation (RSD, 1.8%-2.5%) are satisfactory. 展开更多
关键词 CdSe/CdS quantum dots bovine serum albumin PROTEIN fluorescence measurement
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