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菊花R病毒杭白菊分离株全基因组序列测定与分析
被引量：
5
1
作者
裴燕妮
咸珅
+3 位作者
齐永红
张丽
王德富
牛颜冰
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期217-224,共8页
杭白菊作为著名的中药"浙八味"之一,种植规模和产区不断扩大,但其病毒病的发生也日益严重,对其产量和品质造成严重影响。本研究利用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplificati...
杭白菊作为著名的中药"浙八味"之一,种植规模和产区不断扩大,但其病毒病的发生也日益严重,对其产量和品质造成严重影响。本研究利用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)等方法,对感病杭白菊病原物进行鉴定,为杭白菊病毒病原的检测构建一套快速和简便的方法。结果表明,感病杭白菊被菊花R病毒(Chrysanthemum virus R,CVR)侵染,将其命名为CVR-TX。通过对其全基因组进行序列扩增与分析,获得其全长基因组为8872 bp,编码6个ORF,具有Carlavirus属病毒的典型特征。基于全基因组核酸序列以及复制酶、外壳蛋白氨基酸的序列比对发现,CVR-TX与CVR-BJ同源性最高,分别为85.5%、96.0%和96.3%;与Carlavirus属其他病毒同源性分别在48.2%~54.4%、46.9%~55.3%和36.8%~59.5%,因此CVR被确定为一种新的Carlavirus属病毒。系统进化分析表明,基于全长基因组、复制酶(replicase)基因和外壳蛋白(coat protein,CP)基因与CVR-BJ聚为一簇,亲缘性最近。本研究获得了CVR-TX的全长基因组,丰富了CVR的基因组信息,通过生物信息学分析明确其种属关系和区域变化情况,从而为建立CVR可靠灵敏的分子检测手段和有效的防控措施提供理论基础。
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关键词
杭白菊
菊花r病毒
全基因组序列
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题名
菊花R病毒杭白菊分离株全基因组序列测定与分析
被引量：
5
1
作者
裴燕妮
咸珅
齐永红
张丽
王德富
牛颜冰
机构
山西农业大学生命科学学院
山西省果业工作站
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期217-224,共8页
基金
国家自然科学基金项目(No.31601612,No.31772130)
现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-21)资助。
文摘
杭白菊作为著名的中药"浙八味"之一,种植规模和产区不断扩大,但其病毒病的发生也日益严重,对其产量和品质造成严重影响。本研究利用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)等方法,对感病杭白菊病原物进行鉴定,为杭白菊病毒病原的检测构建一套快速和简便的方法。结果表明,感病杭白菊被菊花R病毒(Chrysanthemum virus R,CVR)侵染,将其命名为CVR-TX。通过对其全基因组进行序列扩增与分析,获得其全长基因组为8872 bp,编码6个ORF,具有Carlavirus属病毒的典型特征。基于全基因组核酸序列以及复制酶、外壳蛋白氨基酸的序列比对发现,CVR-TX与CVR-BJ同源性最高,分别为85.5%、96.0%和96.3%;与Carlavirus属其他病毒同源性分别在48.2%~54.4%、46.9%~55.3%和36.8%~59.5%,因此CVR被确定为一种新的Carlavirus属病毒。系统进化分析表明,基于全长基因组、复制酶(replicase)基因和外壳蛋白(coat protein,CP)基因与CVR-BJ聚为一簇,亲缘性最近。本研究获得了CVR-TX的全长基因组,丰富了CVR的基因组信息,通过生物信息学分析明确其种属关系和区域变化情况,从而为建立CVR可靠灵敏的分子检测手段和有效的防控措施提供理论基础。
关键词
杭白菊
菊花r病毒
全基因组序列
Keywords
Ch
r
ysanthemum mo
r
ifolium
Ch
r
ysanthemum vi
r
us
r
(CV
r
)
whole genome sequence
分类号
S435.672 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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作者
出处
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1
菊花R病毒杭白菊分离株全基因组序列测定与分析
裴燕妮
咸珅
齐永红
张丽
王德富
牛颜冰
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
5
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