药物-靶点相互作用预测的计算方法综述 被引量：8

1

作者 张然 王学志 +1 位作者 汪嘉葭 孟珍 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2023年第12期1-13,共13页

药物-靶点相互作用预测旨在发现可作用于特定蛋白质的潜在药物,在药物重定位、药物副作用预测、多重药理学和耐药性的研究中都发挥着重要作用。随着计算机处理能力的进步和计算算法的不断更新,药物-靶点相互作用预测的计算方法展现出时... 药物-靶点相互作用预测旨在发现可作用于特定蛋白质的潜在药物,在药物重定位、药物副作用预测、多重药理学和耐药性的研究中都发挥着重要作用。随着计算机处理能力的进步和计算算法的不断更新,药物-靶点相互作用预测的计算方法展现出时间短、成本低、精度高、范围广的优势,受到了广泛的关注,并取得了显著的进展。为了梳理其研究发展历程,探讨未来的研究方向,就药物-靶点相互作用预测的背景和意义进行简要概述;将方法分为基于分子对接、基于药物结构、基于文本挖掘和基于化学基因组四类进行综述,并对每类方法进行对比分析,详细阐述每类方法的数据需求及应用场景;对现有研究存在的局限性和面临的挑战进行讨论,展望未来的研究方向,为后续研究提供参考和借鉴。 展开更多

关键词 药物-靶点相互作用预测 药物发现 数据挖掘 生物信息

在线阅读 下载PDF 职称材料

一种面向药物-靶点相互作用预测的不平衡数据处理方法 被引量：2

2

作者 叶志威 张晓龙 林晓丽 《武汉科技大学学报》 CAS 北大核心 2022年第1期68-74,共7页

为了解决药物-靶点相互作用(DTI)预测中数据集样本分布不平衡的问题,提出了一种新的数据处理方法。通过词向量特征提取,将原始蛋白质序列信息和药物化学结构信息转换为低维向量特征,组合药物特征和靶点特征来表征药物-靶点相互作用;采用... 为了解决药物-靶点相互作用(DTI)预测中数据集样本分布不平衡的问题,提出了一种新的数据处理方法。通过词向量特征提取,将原始蛋白质序列信息和药物化学结构信息转换为低维向量特征,组合药物特征和靶点特征来表征药物-靶点相互作用;采用Borderline-SMOTE技术合成少数类样本,以改善数据集的样本分布;最后将处理好的数据输入到梯度提升决策树(GBDT)分类器中进行分类预测。实验结果表明,本文方法不仅能有效提取药物-靶点相互作用的特征,加快特征提取和特征选择的过程,还能缓解数据集的不平衡性对预测结果的不利影响,提高了预测模型的性能。 展开更多

关键词 不平衡数据处理 药物-靶点相互作用 词向量 特征提取 Borderline-SMOTE 梯度提升决策树

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于人工智能SGRN-Trans框架预测温胆汤中成分-靶点相互作用的研究

3

作者 王艳菁 李治琦 +2 位作者 魏冬青 徐威 谭红胜 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1002-1011,共10页

目的:以温胆汤为例,构建基于知识图谱和注意力机制的深度学习模型(SGRN-Trans)预测中医经典名方中药效成分与靶点的相互作用,评价其预测效果。方法:首次提出SGRN-Trans(Self-weighted Graph Relational Network-Transformer)预测模型,... 目的:以温胆汤为例,构建基于知识图谱和注意力机制的深度学习模型(SGRN-Trans)预测中医经典名方中药效成分与靶点的相互作用,评价其预测效果。方法:首次提出SGRN-Trans(Self-weighted Graph Relational Network-Transformer)预测模型,结合多生物数据源构建中医经典名方温胆汤知识图谱(Wendan Decoction Knowledge Graph,WDKG),利用图神经网络学习知识图谱中每个实体的低维嵌入表示,引入中药成分和靶点各自的结构特征,搭载基于注意力机制的Transformer模型进行药效成分-靶点相互作用的预测,结合分子对接及文献调研进行验证。结果:WDKG包含10个类型共14292个实体,可用于深度学习模型的研究。SGRN-Trans预测模型与TransE、TransR、ComplEx、DistMult、ConvKB等其他知识图谱嵌入模型的性能相比,效果最优。将预测排序前20组的药效成分与靶点分别进行分子对接和可视化呈现,其中8组的结合能提示其药效成分与靶点有潜在的相互作用。以温胆汤中半夏的有效成分soya-cerebroside(大豆脑苷脂)与低密度脂蛋白受体(low density lipoprotein receptor,LDLR)相互作用为例,结合研究文献进行讨论,可能是温胆汤治疗动脉粥样硬化的机制之一。结论:本研究提出基于知识图谱和注意力机制的模型SGRN-Trans,可推广用于预测中医药经典名方复杂网络体系中成分与靶点的相互作用,为阐明经典名方的药效物质基础和作用机制提供新的工具。 展开更多

关键词 温胆汤 药物-靶点相互作用 知识图谱 图神经网络 注意力机制

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于LiP-SMap药物靶点蛋白组学研究雪上一枝蒿甲素抗类风湿关节炎作用靶点

4

作者 张浩洪 邹楠婷 +7 位作者 张春菲 莫庆艳 巨鸣谦 李晓红 刘帅 黄茂葵 王洪云 万春平 《中国药理学通报》 北大核心 2025年第6期1072-1078,共7页

目的采用有限酶切质谱法(limited proteolysis-small molecule mapping,LiP-SMap)药物靶点蛋白组学研究雪上一枝蒿甲素(bullatine A,BA)抗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)作用靶点,为其临床应用治疗RA提供科学依据。方法LiP-SMa... 目的采用有限酶切质谱法(limited proteolysis-small molecule mapping,LiP-SMap)药物靶点蛋白组学研究雪上一枝蒿甲素(bullatine A,BA)抗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)作用靶点,为其临床应用治疗RA提供科学依据。方法LiP-SMap药物靶点蛋白组学鉴定BA的潜在干预靶点,进行生物信息学分析并验证。构建牛Ⅱ型胶原诱导的DBA/1小鼠关节炎(collagen induced arthritis,CIA)模型,按临床评分平均分为CIA模型组、甲氨蝶呤阳性组(MTX组)、BA低剂量组(10 mg·kg^(-1))和BA高剂量组(20 mg·kg^(-1)),药物干预后,关节指数评分和足厚度评价抗类风湿关节炎疗效;苏木精-伊红(HE)染色检测CIA小鼠关节炎病理损伤程度;酶联免疫吸附法检测CIA小鼠血清中炎症因子白细胞介素IL-17和总IgG、IgG3水平;流式细胞术检测胞内Th17细胞(IL-17^(+)CD4^(+)T细胞)和Th1(IFN-γ^(+)CD4^(+)T细胞)表达水平;荧光定量PCR法检测差异蛋白相关基因的表达。结果药物靶点蛋白质组鉴定BA与Serpinb1a蛋白具有强结合性,且KEGG富集到IL-17信号通路。BA药物干预明显降低临床评分和足厚度,改善CIA小鼠局部关节炎的症状,减轻炎症细胞浸润(P<0.05)。差异蛋白验证结果显示,BA与Serpinb1a具有较强的亲和力(-5.92 kJ·mol^(-1)),下调Serpinb1a mRNA的表达。BA药物干预减少CIA血清IL-17A水平,抑制脾淋巴细胞CD4^(+)T细胞胞内IL-17A和IFN-γ细胞因子表达(P<0.05),明显下调IL-17F转录表达(P<0.05)。结论BA具有显著抗胶原关节炎作用,其作用机制可能与调控Serpinb1a和IL-17信号通路有关。 展开更多

关键词 雪上一枝蒿甲素 类风湿性关节炎 LiP-SMap药物靶点蛋白组学 白介素-17A Serpinb1a Th17细胞

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于异质信息网络元路径的药物-靶标相互作用预测模型 被引量：2

5

作者 廖懿鸣 欧阳纯萍 +1 位作者 刘永彬 胡富裕 《北京大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第1期37-44,共8页

提出一种融合元路径信息的图神经网络模型,用于预测药物-靶标相互作用(GMDTI)。首先根据8个数据集中的药物、靶标、疾病和副作用数据以及它们之间的8种作用关系,构建药物-靶标异质信息网络(HIN);然后定义两条元路径来捕获药物-靶标HIN... 提出一种融合元路径信息的图神经网络模型,用于预测药物-靶标相互作用(GMDTI)。首先根据8个数据集中的药物、靶标、疾病和副作用数据以及它们之间的8种作用关系,构建药物-靶标异质信息网络(HIN);然后定义两条元路径来捕获药物-靶标HIN中的不同子结构信息和不同节点间隐藏的语义信息,并应用图神经网络的方法聚合节点的一阶邻居信息和元路径中节点间的语义信息;最后利用端到端的学习方法完成DTIs预测。该方法同时考虑药物-靶标HIN的结构特性和元路径语义信息,有助于学习到更多潜在的药物-靶标作用关系。实验结果表明,GMDTI的预测准确率高于所有基线模型,AUC达到98.6%,AUPR达到94.5%。同时通过调整数据的稀疏度和降噪实验,证明GMDTI具备优于所有基线模型的鲁棒性。 展开更多

关键词 药物-靶标相互作用预测 图神经网络 异质信息网络 元路径 特征表示

在线阅读 下载PDF 职称材料

人工智能预测药物-靶标相互作用研究进展 被引量：6

6

作者 李擎宇 张孝昌 王升启 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS 北大核心 2022年第1期1-10,共10页

药物-靶标相互作用(DTI)鉴定是药物研发中的关键步骤,可有效缩小候选药物分子的搜索范围。同时,DTI鉴定也是多重药理和药物重定位等研究的基础。然而,通过生物实验研究DTI耗时长、成本高且伴有一定的盲目性。随着信息科学的飞速进步,人... 药物-靶标相互作用(DTI)鉴定是药物研发中的关键步骤,可有效缩小候选药物分子的搜索范围。同时,DTI鉴定也是多重药理和药物重定位等研究的基础。然而,通过生物实验研究DTI耗时长、成本高且伴有一定的盲目性。随着信息科学的飞速进步,人工智能(AI)在药物研发领域得到广泛应用,成为研究DTI的有效策略。根据算法设计原理的不同,用于DTI预测的AI方法可分为基于相似性、基于特征、基于网络和基于深度学习4类。本文重点介绍该4类方法的构建思路,并讨论模型评价问题和负样本问题。AI在DTI预测工作中具有巨大的发展潜力,可为药物研发带来新的机遇。 展开更多

关键词 药物-靶标相互作用 药靶组学 药物开发 人工智能 机器学习

在线阅读 下载PDF 职称材料

以α-synuclein为靶点的抗帕金森病药物研究进展 被引量：15

7

作者 沈琮 张兰 李林 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期149-153,共5页

帕金森病(Parkinsons disease,PD)是常见的神经退行性疾病,目前对PD的药物治疗仅限于改善症状,尚缺乏能够延缓疾病进程并具有神经保护作用的药物。α-突触核蛋白(α-synuclein,α-syn)是一种位于神经元突触前末端、由140个氨基酸组成的... 帕金森病(Parkinsons disease,PD)是常见的神经退行性疾病,目前对PD的药物治疗仅限于改善症状,尚缺乏能够延缓疾病进程并具有神经保护作用的药物。α-突触核蛋白(α-synuclein,α-syn)是一种位于神经元突触前末端、由140个氨基酸组成的蛋白质,它的突变、聚集和过度积累与包括PD在内的一系列神经退行性疾病密切相关。开发针对α-syn及其相关靶点的药物,可能是控制PD等突触核蛋白病进程的有效途径。该文主要从抑制α-syn表达和聚集、促进其解聚和降解、调节其修饰状态等方面,对以α-syn为靶点的药物研究进展进行综述。 展开更多

关键词 Α-突触核蛋白 帕金森病 药物发现 神经退行性疾病 突触核蛋白病 药物靶点

在线阅读 下载PDF 职称材料

蛋白质相互作用预测、设计与调控 被引量：7

8

作者 张长胜 来鲁华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第10期2363-2380,共18页

蛋白质相互作用是生命活动在分子水平上的基本事件.蛋白质相互作用的三维图像可以给出关键生命活动过程的分子细节.了解蛋白质相互作用的原理有助于揭示生命活动的机制,并在此基础上开展有重要价值的蛋白质设计.本文对于蛋白质相互作用... 蛋白质相互作用是生命活动在分子水平上的基本事件.蛋白质相互作用的三维图像可以给出关键生命活动过程的分子细节.了解蛋白质相互作用的原理有助于揭示生命活动的机制,并在此基础上开展有重要价值的蛋白质设计.本文对于蛋白质相互作用预测、设计和调控研究的近期进展进行了总结归纳,介绍了作者实验室在相关领域的研究进展,并对今后的研究方向进行了展望.主要包括:(1)蛋白质相互作用网络、蛋白质相互作用机制和蛋白质复合物结构计算分析;(2)基于序列、结合位点以及复合物结构的蛋白质相互作用预测;(3)蛋白质相互作用设计方法;(4)利用化学分子调控蛋白质相互作用的方法;(5)针对蛋白质相互作用的蛋白质药物设计方法. 展开更多

关键词 蛋白质相互作用 相互作用预测 蛋白质-蛋白质对接 蛋白质相互作用设计 蛋白质药物 药物设计

在线阅读 下载PDF 职称材料

药物靶点预测中类别不平衡问题的研究进展

9

作者 章新友 李雪梅 +3 位作者 张春强 张亚明 王芝 周小玲 《科学技术与工程》 北大核心 2023年第26期11061-11070,共10页

针对药物靶点预测中类别不平衡的问题,归纳总结相关学者提出的各种处理方法,力求改善药物靶点预测中类别不平衡状况,为药物靶点预测的相关研究提供有利的参考和借鉴。以中国知网、维普、万方数据和PubMed作为主要文献检索平台,查询整理... 针对药物靶点预测中类别不平衡的问题,归纳总结相关学者提出的各种处理方法,力求改善药物靶点预测中类别不平衡状况,为药物靶点预测的相关研究提供有利的参考和借鉴。以中国知网、维普、万方数据和PubMed作为主要文献检索平台,查询整理相关文献,对药物靶点预测中类别不平衡问题的研究进行综述。共检索到相关有效文献81篇,结果显示类别不平衡问题主要从数据层面、学习算法层面和构造负样本层面着手处理。其中,数据层面的方法主要通过减少或增加一定的数据来平衡数据集;学习算法层面的方法主要利用半监督学习和集成学习思想来使分类算法适用于不平衡数据或构造出平衡数据集;构造负样本层面的方法则是采用一些策略从大量未标记样本中筛选出高可靠的负样本。药物靶点预测中类别不平衡问题的处理方法较多,不同的方法均有特色,但各方法之间无明显差异,都可一定程度上提高药物靶点预测水平,从而为药物靶点预测相关研究提供有力的技术支持。 展开更多

关键词 药物靶点预测 类别不平衡 半监督学习 集成学习

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于生物信息学方法探讨肠道菌群干预类风湿关节炎的机制及药物预测

10

作者 卜尔凡 张钏海 +3 位作者 于臻祎 伍嘉琪 刘良 潘胡丹 《中国免疫学杂志》 北大核心 2025年第3期522-528,共7页

目的:探究肠道菌群紊乱与类风湿关节炎(RA)的诊断及治疗应答的相关性,为精准靶向干预RA的进一步研究提供生物信息学依据。方法:从疾病数据库中分别下载并筛选整合肠道菌群紊乱疾病相关基因与RA基因,应用生物信息学方法对两种疾病的相关... 目的:探究肠道菌群紊乱与类风湿关节炎(RA)的诊断及治疗应答的相关性,为精准靶向干预RA的进一步研究提供生物信息学依据。方法:从疾病数据库中分别下载并筛选整合肠道菌群紊乱疾病相关基因与RA基因,应用生物信息学方法对两种疾病的相关性进行综合分析,通过STRING和Cytoscape及其插件分析PPI网络,筛选关键基因。将关键基因映射至CoremineMedicinal中得到相对应的化学药物及中药。结果:通过对疾病数据库的整合筛选,共获得525个肠道菌群紊乱与RA的共有基因,最终选取蛋白相互作用程度最强的基因为关键基因,分别为IL-6、IL-1β、TNF-α、IL-10、STAT3、STAT1、RE-LA。这些相关基因主要涉及负反馈调节、抗原刺激等生物过程,介导脂多糖受体结合、NF-κB受体结合等分子功能,主要富集在质膜区域;KEGG分析显示这些相关基因主要涉及IL-17通路、Toll样受体通路等经典信号通路。通过药物预测,发现了一些重组细胞因子及中药黄芪、黄芩、五味子、黄连等可能成为治疗RA的潜在药物来源。结论:生物信息学方法可预测肠道菌群干预RA发病,发现相关基因和信号通路,并预测可能通过靶向调控菌群治疗RA的中草药,为深入探讨靶向治疗RA提供了理论依据。 展开更多

关键词 生物信息学 类风湿关节炎 肠道菌群紊乱 药物预测 靶点蛋白

在线阅读 下载PDF 职称材料

肿瘤转移相关分子PRL-3:结构、功能及其作为抗肿瘤治疗药物靶点的可能性 被引量：1

11

作者 徐建梁 曹少先 徐强 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期1-6,共6页

肝再生磷酸酶-3(PRL-3)是肝再生磷酸酶家族中的一员,因在肿瘤转移过程中的突出作用而备受关注。本文从PRL-3与肿瘤发生发展的关系出发,结合作者的科研工作实践,对PRL-3在肿瘤转移中的作用及其机制的研究现状进行综述,并对其作为肿瘤治... 肝再生磷酸酶-3(PRL-3)是肝再生磷酸酶家族中的一员,因在肿瘤转移过程中的突出作用而备受关注。本文从PRL-3与肿瘤发生发展的关系出发,结合作者的科研工作实践,对PRL-3在肿瘤转移中的作用及其机制的研究现状进行综述,并对其作为肿瘤治疗和药物作用靶点的可能性进行展望。 展开更多

关键词 肝再生磷酸酶-3 肿瘤转移 肿瘤治疗 药物靶点

在线阅读 下载PDF 职称材料

以c-Met为肿瘤治疗靶点的受体酪氨酸激酶抑制剂的研究进展 被引量：15

12

作者 张媛 程雨兰 +1 位作者 周金培 张惠斌 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期16-27,共12页

受体酪氨酸激酶c-Met在细胞的增殖、代谢以及肿瘤的产生、转移、血管生成中扮演着重要角色,c-Met成为抗肿瘤治疗的重要靶点。HGF/c-Met信号通路与VEGFR等其他通路的相互作用(cross-talk)影响了抗肿瘤药物的作用效果,产生耐药性,因此,多... 受体酪氨酸激酶c-Met在细胞的增殖、代谢以及肿瘤的产生、转移、血管生成中扮演着重要角色,c-Met成为抗肿瘤治疗的重要靶点。HGF/c-Met信号通路与VEGFR等其他通路的相互作用(cross-talk)影响了抗肿瘤药物的作用效果,产生耐药性,因此,多激酶靶点联合用药成为新的抗肿瘤治疗手段。本文介绍了c-Met信号通路与多种膜受体间的相互作用以及由这种相互作用引起的对激酶抑制剂的耐药性,并综述了单靶点和多靶点的小分子c-Met抑制剂的研究进展。 展开更多

关键词 受体酪氨酸激酶 C-MET 相互作用 药物耐药性 c-Met抑制剂 抗肿瘤靶点 cabozantinib CRIZOTINIB

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于药物子结构与蛋白质三维图信息的化合物-蛋白质相互作用预测

13

作者 李亚茹 王倩倩 +1 位作者 车超 朱德恒 《计算机科学》 2025年第9期71-79,共9页

药物通过与蛋白质相互作用来抑制或激活特定蛋白质的功能,从而发挥治疗作用。近年来,深度学习方法在化合物蛋白质相互作用预测中取得显著进展。然而,现有的大多数研究仍然侧重于从药物和蛋白质的整体特征进行提取,对于药物和靶点的信息... 药物通过与蛋白质相互作用来抑制或激活特定蛋白质的功能,从而发挥治疗作用。近年来,深度学习方法在化合物蛋白质相互作用预测中取得显著进展。然而,现有的大多数研究仍然侧重于从药物和蛋白质的整体特征进行提取,对于药物和靶点的信息探索不足,忽视了蛋白质结构的三维空间信息以及药物关键子结构在化合物蛋白质相互作用预测中的作用。针对这一问题,提出了一种新的模型,其结合药物的官能团、整体结构图以及蛋白质的序列和三维空间图信息,将图神经网络和注意力机制融合,进行高效的特征学习与预测。在Human和C.elegans公开数据集上的实验结果表明,所提模型在CPI预测中表现出色,在ACC,AUROC和AUPR指标上有1%以上的提升,在非平衡数据集上表现出稳定的性能优势。 展开更多

关键词 化合物-蛋白质相互作用预测 药物子结构 蛋白质结构预测 图神经网络 深度学习

在线阅读 下载PDF 职称材料

食管鳞状细胞癌基因组芯片生物信息学分析及靶向药物预测

14

作者 李倩 高境泽 +2 位作者 李云 宋堃 沈倩诚 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期194-199,共6页

目的·探究食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的发生机制及其潜在靶向药物,为诊断和治疗ESCC提供理论依据。方法·选取2个GEO集(GSE38129、GSE20347),用R语言筛选差异表达基因(differentially expressed... 目的·探究食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的发生机制及其潜在靶向药物,为诊断和治疗ESCC提供理论依据。方法·选取2个GEO集(GSE38129、GSE20347),用R语言筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析。对DEGs行蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,获得最显著模块基因以及关键基因,并对关键基因磷酸化酶B激酶(phosphorylase B kinase,PBK)做靶向药物预测。结果·2个数据集共包含670条相同的DEGs,其中下调基因342条、上调基因328条。GO和KEGG富集分析结果显示,DEGs主要富集到细胞外结构的组织、细胞外基质的组织、p53信号通路、IL-17信号通路、细胞周期等通路。通过对PPI网络做密集度分析,共筛选出20条关键基因。其中,关键基因PBK与细胞周期相关,在2个数据集中表达量均有上调;通过变构位点探测和化合物库虚拟筛选,预测出了PBK的潜在药物Compound 1。结论·通过生物信息学的方法能够有效分析ESCC的关键基因。关键基因PBK的靶向药物预测结果可能为ESCC的靶向治疗提供一定的参考。 展开更多

关键词 食管鳞状细胞癌 差异表达基因 GO富集分析 KEGG富集分析 蛋白质相互作用网络 靶向药物预测

在线阅读 下载PDF 职称材料

靶向作用p53药物的研究进展 被引量：6

15

作者 代晓丽 刘静 +1 位作者 罗瑛 张继虹 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期912-916,共5页

随着对肿瘤发生、发展的认识,抗肿瘤药物的靶向研究进入了一个新的阶段。p53基因是重要的抑癌基因,其编码的p53蛋白在细胞周期调控、DNA修复和诱导凋亡等方面起着关键的作用,p53基因的突变是肿瘤发生的重要因素之一。因此,p53可能成为... 随着对肿瘤发生、发展的认识,抗肿瘤药物的靶向研究进入了一个新的阶段。p53基因是重要的抑癌基因,其编码的p53蛋白在细胞周期调控、DNA修复和诱导凋亡等方面起着关键的作用,p53基因的突变是肿瘤发生的重要因素之一。因此,p53可能成为抗肿瘤药的一个重要的靶点基因。随着很多小分子药物筛选方法不断的发现和运用,目前已有部分以p53为靶点的化合物研究报道,并且以突变p53为靶点的化合物APR-246已进入临床II期试验。同时,以p53为靶点的化合物研究推动着蛋白相互作用和蛋白突变体构象领域药物的发现。该文主要讨论以p53为靶点的药物的研究前沿,并分类阐述该类药物作用特点和机制。 展开更多

关键词 靶向药物 抗肿瘤 P53基因 靶点基因 构象改变 p53-MDM2相互作用 化合物作用机制

在线阅读 下载PDF 职称材料

建立以α-突触核蛋白损伤为靶点的细胞筛选模型 被引量：4

16

作者 闫文芬 衡洋 +2 位作者 邵千航 陈乃宏 苑玉和 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期586-590,共5页

目的建立以α-突触核蛋白损伤为靶点筛选抗帕金森病创新药物的细胞模型。方法通过PCR方法扩增目的基因,分子克隆技术构建原核表达载体。融合载体转化至大肠杆菌诱导后表达重组α-突触核蛋白,亲和层析法纯化目的蛋白并通过蛋白免疫印迹... 目的建立以α-突触核蛋白损伤为靶点筛选抗帕金森病创新药物的细胞模型。方法通过PCR方法扩增目的基因,分子克隆技术构建原核表达载体。融合载体转化至大肠杆菌诱导后表达重组α-突触核蛋白,亲和层析法纯化目的蛋白并通过蛋白免疫印迹和质谱技术进行鉴定,MTT法检测细胞存活率。结果α-突触核蛋白基因的c DNA片段与理论分子量大小一致,并成功克隆至载体p ET30a;测序正确的融合载体转化至大肠杆菌E.Coli.BL21(DE3)。转化子经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达α-突触核蛋白,通过改变温度、IPTG浓度及宿主菌的增殖状态等条件,获得高表达菌株;宿主菌的裂解液通过亲和层析方法获得纯化的α-突触核蛋白,纯化蛋白通过与不同抗体免疫印迹结果证明为α-突触核蛋白,质谱结果显示其分子质量为15.3ku,与理论分子质量15.5 ku基本一致。纯化的α-突触核蛋白刺激PC12细胞及原代神经元细胞后,细胞存活率明显下降,存活率的降低程度与α-突触核蛋白刺激浓度呈正相关性。结论成功建立了以α-突触核蛋白损伤为靶点的细胞筛选模型,可用于筛选具有抗帕金森病功能的创新化合物。 展开更多

关键词 Α-突触核蛋白 毒性作用 帕金森病 筛选模型 蛋白表达 药物靶点

在线阅读 下载PDF 职称材料

美揭示抗抑郁药物重要靶点分子结构．有助研发更有效的新药

17

《生物学教学》 北大核心 2016年第9期77-78,共2页

据2016年4月7日《科技日报》报道，美国俄勒冈健康与科学大学艾瑞克·古奥克斯研究团队使用x射线晶体学技术，获取了人类5-羟色胺转运体（SERT）与两种抗抑郁药物艾司西酞普兰和帕罗西汀结合后的分子结构。

关键词 抗抑郁药物 分子结构 新药 研发 靶点 《科技日报》 X射线晶体学 5-羟色胺

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于网络链路预测的药物分子重定位研究 被引量：3

18

作者 马代川 罗代兵 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期752-757,共6页

传统的药物开发模式成本高、周期长、风险大。药物重定位方法(旧药新用)能挖掘已知药物分子的新功能,探寻其新的适用范围,该策略可降低开发风险,提高研发效率。随着药物实验数据的积累和高效计算方法的涌现,多种药物重定位方案被应用于... 传统的药物开发模式成本高、周期长、风险大。药物重定位方法(旧药新用)能挖掘已知药物分子的新功能,探寻其新的适用范围,该策略可降低开发风险,提高研发效率。随着药物实验数据的积累和高效计算方法的涌现,多种药物重定位方案被应用于药物设计中,为药物合成试验提供指导。本文提出一种基于链路预测算法的药物重定位方法。利用药物分子-靶标蛋白相互作用网络的结构信息,推断部分化学信息不明确的小分子和蛋白质间的关联性。结果表明,该方法在不同的数据集上均有较好的预测效果,有助于挖掘现存药物分子新功能研究的开展。 展开更多

关键词 药物重定位 链路预测 复杂网络 药物-蛋白相互作用

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于多靶点分子对接筛选金银花治疗非酒精性脂肪肝成分研究 被引量：6

19

作者 陈成龙 郑明明 +4 位作者 王玲娜 刘兰玲 张永清 李佳 赵东升 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1341-1348,共8页

整合多靶点分子对接和反向靶点预测技术探究金银花治疗非酒精性脂肪肝(NAFLD)物质基础及潜在机制。借助TCMSP、ETCM数据库并挖掘文献收集金银花成分,以PPARα、PPARδ及FXR受体为靶标,运用分子对接筛选金银花中活性化合物,反向靶点预测... 整合多靶点分子对接和反向靶点预测技术探究金银花治疗非酒精性脂肪肝(NAFLD)物质基础及潜在机制。借助TCMSP、ETCM数据库并挖掘文献收集金银花成分,以PPARα、PPARδ及FXR受体为靶标,运用分子对接筛选金银花中活性化合物,反向靶点预测活性化合物潜在靶点,构建蛋白互作网络并进行生物功能和通路富集。11种金银花活性成分对3个靶标的亲和力高于阳性对照,野漆树苷与PPARα的结合能力最强,3,5-二-O-咖啡酰奎宁酸甲酯与PPARδ和FXR结合能力最强。初步获得金银花治疗NAFLD主要成分为黄酮类和酚酸类,其中野漆树苷、3,4-二-O-咖啡酰奎宁酸甲酯、3,5-二-O-咖啡酰奎宁酸甲酯、异绿原酸B发挥主要作用。筛选出的成分主要通过PI3K-Akt、MAPK和胰岛素信号通路特异地作用于肝、脂肪细胞和肝癌细胞发挥治疗NAFLD的作用。本研究基于多靶点分子对接技术筛选金银花治疗NAFLD活性成分,提示金银花酚酸类成分具有进一步开发成药物的潜力,为后续进一步研究开发治疗NAFLD的创新药物提供一定的理论基础。 展开更多

关键词 多靶点药物设计 反向靶点预测 分子对接 金银花 非酒精性脂肪肝

在线阅读 下载PDF 职称材料

14-3-3ɛ蛋白与肿瘤发生发展关系的研究进展

20

作者 庞海垚 孟峻 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期572-578,共7页

14-3-3ε蛋白也被称为YWHAE蛋白,是属于14-3-3蛋白家族的一种小相对分子质量的蛋白质。不同于蛋白激酶,14-3-3ε蛋白在细胞内并不参与蛋白质磷酸化反应,而是通过形成特殊的二聚体结构并与特定的磷酸化蛋白质结合,调节蛋白质配体的活性... 14-3-3ε蛋白也被称为YWHAE蛋白,是属于14-3-3蛋白家族的一种小相对分子质量的蛋白质。不同于蛋白激酶,14-3-3ε蛋白在细胞内并不参与蛋白质磷酸化反应,而是通过形成特殊的二聚体结构并与特定的磷酸化蛋白质结合,调节蛋白质配体的活性和亚细胞定位,从而参与多种细胞生命活动的调节。目前,在多种肿瘤中均已发现14-3-3ε蛋白的异常表达,异常表达的14-3-3ε蛋白对蛋白质配体的调节效应改变,进而影响蛋白质配体的亚细胞定位和酶活性,导致肿瘤细胞发生发展和侵袭转移。14-3-3ε蛋白的二聚体结构是其在肿瘤发生发展过程中发挥生物学功能的重要结构基础,破坏这一二聚体结构可有效靶向攻击肿瘤细胞。现基于国内外对14-3-3ε蛋白的研究成果,针对14-3-3ε蛋白的结构、作用机制及其在胃癌、肝癌、皮肤癌和其他多种肿瘤中发生发展过程中的影响及作用机制进行综述。 展开更多

关键词 14-3-3ε蛋白 蛋白质相互作用 胃肿瘤 肝肿瘤 皮肤肿瘤 治疗靶点

在线阅读 下载PDF 职称材料