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基于药物子结构与蛋白质三维图信息的化合物-蛋白质相互作用预测
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作者 李亚茹 王倩倩 +1 位作者 车超 朱德恒 《计算机科学》 北大核心 2025年第9期71-79,共9页
药物通过与蛋白质相互作用来抑制或激活特定蛋白质的功能,从而发挥治疗作用。近年来,深度学习方法在化合物蛋白质相互作用预测中取得显著进展。然而,现有的大多数研究仍然侧重于从药物和蛋白质的整体特征进行提取,对于药物和靶点的信息... 药物通过与蛋白质相互作用来抑制或激活特定蛋白质的功能,从而发挥治疗作用。近年来,深度学习方法在化合物蛋白质相互作用预测中取得显著进展。然而,现有的大多数研究仍然侧重于从药物和蛋白质的整体特征进行提取,对于药物和靶点的信息探索不足,忽视了蛋白质结构的三维空间信息以及药物关键子结构在化合物蛋白质相互作用预测中的作用。针对这一问题,提出了一种新的模型,其结合药物的官能团、整体结构图以及蛋白质的序列和三维空间图信息,将图神经网络和注意力机制融合,进行高效的特征学习与预测。在Human和C.elegans公开数据集上的实验结果表明,所提模型在CPI预测中表现出色,在ACC,AUROC和AUPR指标上有1%以上的提升,在非平衡数据集上表现出稳定的性能优势。 展开更多
关键词 化合物-蛋白质相互作用预测 药物结构 蛋白质结构预测 图神经网络 深度学习
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解放军小汤山医院SARS住院患者药物消耗结构与应用分析 被引量:2
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作者 冯超英 魏荣 王庶 《医药导报》 CAS 2003年第11期751-753,共3页
目的 :分析解放军小汤山医院严重急性呼吸综合征 (SARS)住院患者药物消耗结构与应用情况。方法 :将2 0 0 3年 5月 1日~ 2 0 0 3年 6月 2 0日的临床用药作出库统计 ,按消耗数量对前 2 5位注射剂和内服药药品进行排序。结果 :抗病毒药物... 目的 :分析解放军小汤山医院严重急性呼吸综合征 (SARS)住院患者药物消耗结构与应用情况。方法 :将2 0 0 3年 5月 1日~ 2 0 0 3年 6月 2 0日的临床用药作出库统计 ,按消耗数量对前 2 5位注射剂和内服药药品进行排序。结果 :抗病毒药物、肾上腺糖皮质激素、抗菌药物的用量居前三位 ,消耗金额则为肾上腺糖皮质激素最高 ,占药物消耗总金额的 17.5 1%。结论 :治疗SARS药物既具有专一性、特殊性 ,又具有综合性。 展开更多
关键词 呼吸综合征 急性 严重 药物消耗结构 药物应用
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小分子药物筛选技术研究现状及其应用进展 被引量:1
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作者 武瑞君 李玮琦 +5 位作者 杨阳 王晶 张鑫 方子寒 张小奕 苏月 《医药导报》 北大核心 2024年第2期255-261,共7页
小分子药物筛选技术伴随着药物的发现正在不断更新和拓展,药物筛选技术的创新可以提高研发效率和成功率、缩短研发周期、降低成本。从基于已知活性化合物和高通量筛选等传统筛选技术,到基于结构的药物发现、基于片段的药物发现、DNA编... 小分子药物筛选技术伴随着药物的发现正在不断更新和拓展,药物筛选技术的创新可以提高研发效率和成功率、缩短研发周期、降低成本。从基于已知活性化合物和高通量筛选等传统筛选技术,到基于结构的药物发现、基于片段的药物发现、DNA编码化合物库、蛋白降解靶向联合体等新技术,小分子药物筛选技术在不断拓宽小分子药物的市场潜力。该文将介绍目前小分子药物筛选技术整体现状,系统综述各技术及其优劣势,为小分子药物筛选新技术的发展提供重要参考。 展开更多
关键词 小分子药物筛选技术 高通量筛选 基于结构药物发现 基于片段的药物发现 DNA编码化合物库 蛋白降解靶向联合体
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以~1HNMR为实验手段观察不同pH条件对阿司匹林结构的影响 被引量:1
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作者 郑美青 王玉记 +1 位作者 吴建辉 张进禄 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2010年第2期255-257,共3页
目的小剂量阿司匹林作为药物研发中体内抗血栓模型和体外抗血小板聚集模型的阳性药,在0.9%氯化钠注射液中溶解度很低,本文主要是以磁共振技术为实验手段研究不同pH条件对阿司匹林结构的影响。方法为解决阿司匹林溶解度差给评价带来的问... 目的小剂量阿司匹林作为药物研发中体内抗血栓模型和体外抗血小板聚集模型的阳性药,在0.9%氯化钠注射液中溶解度很低,本文主要是以磁共振技术为实验手段研究不同pH条件对阿司匹林结构的影响。方法为解决阿司匹林溶解度差给评价带来的问题,本实验在阿司匹林的0.9%氯化钠注射液中滴加不同pH溶液,并通过磁共振氢谱(hydrogen nuclear magnetic resonance,1HNMR)实验结果证实不同pH条件对阿司匹林结构的影响。结果不同pH条件会不同程度的影响阿司匹林溶解度和结构。1HNMR数据显示,在选择的所有碱性溶液中,只有滴加1%NaHCO3既可以改善其溶解度,又不会破坏阿司匹林的结构。滴加醋酸同样不会破坏阿司匹林的结构。结论1HNMR技术能作为观察药物结构的一种手段,并以此为基础指导相关的生物活性评价。 展开更多
关键词 阿司匹林 药物结构 磁共振氢谱
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蛋白质和肽类药物口服吸收研究进展
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作者 何召庆 秦泽荣 刘尚高 《中国兽药杂志》 2001年第6期51-54,共4页
蛋白质和肽类药物口服时易在胃肠道和肝脏内被降解 ,限制了其应用。随着材料科学及纳米技术的发展 ,人们对蛋白质和肽类药物的口服吸收进行了大量的研究。本文对这类药物的口服吸收部位、机制、存在的障碍及促进该类药物口服吸收的常用... 蛋白质和肽类药物口服时易在胃肠道和肝脏内被降解 ,限制了其应用。随着材料科学及纳米技术的发展 ,人们对蛋白质和肽类药物的口服吸收进行了大量的研究。本文对这类药物的口服吸收部位、机制、存在的障碍及促进该类药物口服吸收的常用方法进行了综述。 展开更多
关键词 蛋白质 肽类药物 口服 释药系统 吸收部位 吸收机制 药物结构改造 吸收促进剂 生物药品
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药物研发与制药企业绩效——基于国际大型制药公司药物开发管道的定量分析 被引量:2
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作者 潘威 李玲 +1 位作者 胡元佳 王一涛 《科技进步与对策》 CSSCI 北大核心 2012年第8期91-94,共4页
旨在探索药物研发与制药企业商业绩效的联系。研究样本由2009年全球药品市场排名前50位的大型制药公司组成,通过衡量药物开发管道的集中度等特征对其进行相关分析、聚类分析及方差分析,挖掘药物开发管道的最优结构。结果显示,制药管道... 旨在探索药物研发与制药企业商业绩效的联系。研究样本由2009年全球药品市场排名前50位的大型制药公司组成,通过衡量药物开发管道的集中度等特征对其进行相关分析、聚类分析及方差分析,挖掘药物开发管道的最优结构。结果显示,制药管道集中度与公司绩效呈显著性负相关关系,依据不同分布结构的W型药物开发管道,国际大型制药公司被划分为3类,其中W型管道3个药物数量峰呈降序分布的企业,具有最高的商业绩效。 展开更多
关键词 药物开发管道 制药企业 商业绩效 药物研发结构
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应用机器学习方法构建药物分子解离速率常数的预测模型 被引量:5
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作者 苏敏仪 刘慧思 +1 位作者 林海霞 王任小 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2020年第1期179-187,共9页
越来越多的研究表明:药物分子与靶标分子的结合动力学性质与其在体内的药效有很强的相关性。因此,以改善结合动力学性质为导向的分子设计为药物研发提供了新的思路。本工作的研究目标在于得出预测药物分子解离速率常数(koff)的通用型定... 越来越多的研究表明:药物分子与靶标分子的结合动力学性质与其在体内的药效有很强的相关性。因此,以改善结合动力学性质为导向的分子设计为药物研发提供了新的思路。本工作的研究目标在于得出预测药物分子解离速率常数(koff)的通用型定量结构-动力学关系(QSKR)模型。我们从文献中收集了406个配体分子的解离速率常数实验值,采用分子模拟方法构建了所有配体与靶蛋白复合物的三维结构模型。然后基于蛋白-配体原子对描述符,采用随机森林算法来构建预测配体分子解离速率常数的QSKR模型。通过探索不同条件(如距离区间,划分区间宽度和特征选择标准)下产生的描述符集合对模型预测精度的影响,确定当采用距离阈值为15?、划分区间宽度为3?、特征选择方差水平为2时得到的QSKR模型为最优,在两个独立测试集上获得良好的预测精度(相关系数为0.62)。本工作对预测药物分子解离速率常数这一关键科学问题进行了有益的探索,可为后续研究提供思路。 展开更多
关键词 解离速率常数 配体结合动力学 随机森林模型 蛋白-配体相互作用 基于结构药物设计
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基于结构生物学指导的SARS-CoV-2靶向药设计筛选
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作者 刘雪晴 严汉池 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期1-5,共5页
2019年底暴发的新型冠状病毒肺炎疫情在短时间内席卷全球,对人类健康造成了极大威胁。目前尚无针对该病毒的有效药物面市,对疫情的防控十分不利。SARS-CoV-2靶向药的研究一直是科研人员攻克的重难点,备受社会关注。SARS-CoV-2本身表达2... 2019年底暴发的新型冠状病毒肺炎疫情在短时间内席卷全球,对人类健康造成了极大威胁。目前尚无针对该病毒的有效药物面市,对疫情的防控十分不利。SARS-CoV-2靶向药的研究一直是科研人员攻克的重难点,备受社会关注。SARS-CoV-2本身表达29个蛋白,同时与众多宿主蛋白相互作用,可筛选的药物靶点很多。目前已有几个靶点蛋白的结构被解析,并设计筛选了针对这些靶点的药物。例如靶向SARS-CoV-2 RNA聚合酶的核苷酸类似物瑞德西韦与索非布韦、靶向M pro的几种不可逆抑制剂以及靶向S蛋白的肽类化合物EK1。本文就借助结构生物学手段的SARS-CoV-2靶向药研发进展做出总结。 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 药物靶点结构 靶向抑制剂
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β干扰素的特性及其在乙型肝炎治疗中的应用 被引量:4
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作者 钟彦伟 李晓东 +3 位作者 成军 徐东平 曲建慧 张玲霞 《医药导报》 CAS 2006年第11期1105-1108,共4页
β干扰素(IFN-β)在抗乙型肝炎方面有重要的应用前景,可用来治疗IFN-α治疗无效的慢性乙肝患者。该文对IFN-β结构、信号传导途径和在乙型肝炎治疗中的应用进行了介绍。
关键词 Β干扰素 药物结构 信号传导途径 抗乙肝治疗
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联苯衍生物在医药中的应用 被引量:4
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作者 陈勇 杜燕军 索福喜 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 2001年第2期43-47,共5页
:介绍了联苯衍生物在医药中的应用 ,并就文中提到的每种药物的疗效以及合成方法进行了概括性的介绍 。
关键词 联苯衍生物 医药 合成方法 药物结构 药物疗效 非甾体抗炎药 解热镇痛药
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Hsp90抑制剂的研究进展 被引量:23
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作者 孟帅 山广志 李卓荣 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期241-248,共8页
热休克蛋白90(Hsp90)是生物进化过程中高度保守的一类蛋白,作为分子伴侣对细胞中众多信号蛋白的构象成熟和功能稳定进行调控。近年来的研究证明,Hsp90与肿瘤发生、发展、生物学行为及其预后有密切的关系,已成为新兴的抗肿瘤药物作用靶点... 热休克蛋白90(Hsp90)是生物进化过程中高度保守的一类蛋白,作为分子伴侣对细胞中众多信号蛋白的构象成熟和功能稳定进行调控。近年来的研究证明,Hsp90与肿瘤发生、发展、生物学行为及其预后有密切的关系,已成为新兴的抗肿瘤药物作用靶点,众多Hsp90抑制剂应运而生,同时基于结构的小分子抑制剂的设计也引起日益广泛的关注,本文就Hsp90的结构特点及其相关抑制剂进行综述,以期对Hsp90抑制剂的发现和优化提供依据。 展开更多
关键词 HSP90 抑制剂 基于结构药物设计
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