仙人掌X病毒(cactuSviruSX,CVX)严重威胁世界火龙果产业的发展。为实现对该病毒的定量检测,本研究根据CVX外壳蛋白(CP)的保守序列设计特异性引物CVX-F/-R,建立了引物浓度150 nmol/L,退火温度62℃的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法...仙人掌X病毒(cactuSviruSX,CVX)严重威胁世界火龙果产业的发展。为实现对该病毒的定量检测,本研究根据CVX外壳蛋白(CP)的保守序列设计特异性引物CVX-F/-R,建立了引物浓度150 nmol/L,退火温度62℃的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。该引物扩增效率为97.38%,R^(2)为0.9965,对标准品的检测极限浓度为8×10^(2)拷贝/μL,其灵敏度是普通PCR的100倍。对火龙果不同组织中CVX的相对表达量进行检测发现,病毒在花丝中的含量最高,之后依次为花萼、花瓣、嫩枝、老枝和根。对采自贵州黔南州的40份火龙果样品进行检测,共检测出32份阳性样品。上述结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR特异性强、灵敏度高,为今后CVX的检测提供了重要的技术补充。展开更多
【目的】建立一种猪A群轮状病毒(porcine rotavirus group A, PoRV A)快速检测方法,用于PoRV检测和流行病学调查。【方法】参考GenBank中猪A群轮状病毒(PoRVA)VP6基因序列(登录号MT025937.1、OP978242.1、PP566178.1)设计特异性引物和探...【目的】建立一种猪A群轮状病毒(porcine rotavirus group A, PoRV A)快速检测方法,用于PoRV检测和流行病学调查。【方法】参考GenBank中猪A群轮状病毒(PoRVA)VP6基因序列(登录号MT025937.1、OP978242.1、PP566178.1)设计特异性引物和探针,优化反应体系中引物和探针的浓度,建立Taq Man RT-qPCR检测方法,并通过特异性、灵敏性和重复性的结果以及临床应用对该方法进行评价。【结果】该方法可特异性扩增PoRV核酸,最低检出限度为27.0 copies·μL^(-1),灵敏度高于普通RT-PCR 100倍;与猪流行性腹泻病毒(porcine epidemicdiarrheavirus,PEDV)、猪德尔塔冠状病毒(porcinedeltacoronavirus,PDCoV)、猪传染性胃肠炎病毒(transmissible gastroenteritis of swine, TGEV)核酸均无交叉反应;组内和组间变异系数均小于1.10%,重复性好。151份疑似PoRV的临床样品使用RT-qPCR进行检测,结果显示检出率为42.38%(64/151),优于常规RT-PCR的检出率(33.11%,50/151)。【结论】本研究基于猪A群轮状病毒VP6基因,建立了适用于PoRV A检测及其流行病学调查的Taq Man实时荧光定量PCR检测方法,具有灵敏度高、特异性强、重复性好等优势,为猪轮状病毒检测和流行病学调查提供了技术手段。展开更多
文摘仙人掌X病毒(cactuSviruSX,CVX)严重威胁世界火龙果产业的发展。为实现对该病毒的定量检测,本研究根据CVX外壳蛋白(CP)的保守序列设计特异性引物CVX-F/-R,建立了引物浓度150 nmol/L,退火温度62℃的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。该引物扩增效率为97.38%,R^(2)为0.9965,对标准品的检测极限浓度为8×10^(2)拷贝/μL,其灵敏度是普通PCR的100倍。对火龙果不同组织中CVX的相对表达量进行检测发现,病毒在花丝中的含量最高,之后依次为花萼、花瓣、嫩枝、老枝和根。对采自贵州黔南州的40份火龙果样品进行检测,共检测出32份阳性样品。上述结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR特异性强、灵敏度高,为今后CVX的检测提供了重要的技术补充。
文摘【目的】建立一种猪A群轮状病毒(porcine rotavirus group A, PoRV A)快速检测方法,用于PoRV检测和流行病学调查。【方法】参考GenBank中猪A群轮状病毒(PoRVA)VP6基因序列(登录号MT025937.1、OP978242.1、PP566178.1)设计特异性引物和探针,优化反应体系中引物和探针的浓度,建立Taq Man RT-qPCR检测方法,并通过特异性、灵敏性和重复性的结果以及临床应用对该方法进行评价。【结果】该方法可特异性扩增PoRV核酸,最低检出限度为27.0 copies·μL^(-1),灵敏度高于普通RT-PCR 100倍;与猪流行性腹泻病毒(porcine epidemicdiarrheavirus,PEDV)、猪德尔塔冠状病毒(porcinedeltacoronavirus,PDCoV)、猪传染性胃肠炎病毒(transmissible gastroenteritis of swine, TGEV)核酸均无交叉反应;组内和组间变异系数均小于1.10%,重复性好。151份疑似PoRV的临床样品使用RT-qPCR进行检测,结果显示检出率为42.38%(64/151),优于常规RT-PCR的检出率(33.11%,50/151)。【结论】本研究基于猪A群轮状病毒VP6基因,建立了适用于PoRV A检测及其流行病学调查的Taq Man实时荧光定量PCR检测方法,具有灵敏度高、特异性强、重复性好等优势,为猪轮状病毒检测和流行病学调查提供了技术手段。
