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猴源细胞TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 苏佳 白洪旭 +5 位作者 赵炜 秦义娴 毛娅卿 薛青红 陈晓春 吴华伟 《中国兽药杂志》 2025年第8期8-14,共7页
为对猴源细胞进行鉴别检测,以猴线粒体16SrRNA基因序列为靶标设计特异性引物及探针,建立了TaqMan荧光定量PCR检测方法,并评价该方法的特异性及敏感性。结果显示,所建立的检测方法特异性好,针对猴源细胞基因组扩增曲线良好,针对其他物种... 为对猴源细胞进行鉴别检测,以猴线粒体16SrRNA基因序列为靶标设计特异性引物及探针,建立了TaqMan荧光定量PCR检测方法,并评价该方法的特异性及敏感性。结果显示,所建立的检测方法特异性好,针对猴源细胞基因组扩增曲线良好,针对其他物种来源细胞基因组及生物制品原辅材料未出现特异性扩增曲线;敏感性高,基因拷贝数检出限度为10拷贝/μL,对Vero、MA104和Marc-145细胞的检出限度均可达到10个细胞。本研究建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法能够有效地对猴源细胞进行快速检测,为猴源细胞鉴别检测提供了技术支持。 展开更多
关键词 猴源细胞 荧光定量pcr线粒体16srrna 鉴别检测
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基于16S rRNA基因的食源性致病菌实时荧光定量PCR检测研究 被引量:2
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作者 刘玲雪 孙红炜 +4 位作者 李凡 徐晓辉 高瑞 杨淑珂 路兴波 《山东农业科学》 2017年第6期126-134,共9页
本研究以16S rRNA基因作为靶基因,利用TaqMan探针技术建立了针对志贺氏菌(Shigella)、沙门氏菌(Salmonella)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)三种主要食源性致病菌的多重实时荧光定量PCR检测技术。结果表明,建立的荧光定量PCR... 本研究以16S rRNA基因作为靶基因,利用TaqMan探针技术建立了针对志贺氏菌(Shigella)、沙门氏菌(Salmonella)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)三种主要食源性致病菌的多重实时荧光定量PCR检测技术。结果表明,建立的荧光定量PCR检测体系特异性良好、灵敏度高、简便快捷,大大缩短了检测时间,在食源性致病菌快速筛查方面具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 食源性致病菌 16S RRNA基因 多重实时荧光定量pcr TAQMAN探针
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利用多重荧光定量PCR方法检测线粒体DNA拷贝数 被引量:1
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作者 孙国祝 路萌 +3 位作者 王决恒 周宇荀 李凯 肖君华 《东华大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2022年第1期93-96,共4页
为准确快速地检测出线粒体DNA拷贝数,建立新型多重荧光定量PCR(polymerase chain reaction)方案。该方案以高拷贝基因(300拷贝)替代以往单拷贝基因作为内参,减小线粒体拷贝数与内参基因拷贝数差异,同时,该方案在单管中检测线粒体和内参... 为准确快速地检测出线粒体DNA拷贝数,建立新型多重荧光定量PCR(polymerase chain reaction)方案。该方案以高拷贝基因(300拷贝)替代以往单拷贝基因作为内参,减小线粒体拷贝数与内参基因拷贝数差异,同时,该方案在单管中检测线粒体和内参基因的拷贝数,消除了在不同管中检测内参基因和目的基因时的孔间差。此外考察了不同DNA抽提方法对线粒体DNA拷贝数检测结果的影响,并且构建质粒标准品(含有内参基因和线粒体DNA区段)。采用该方案检测100例中国人外周血样本线粒体DNA拷贝数,发现线粒体DNA拷贝数与年龄呈现负相关。该新型多重荧光定量PCR方案适用于大规模人群中线粒体DNA拷贝数的检测。 展开更多
关键词 线粒体DNA拷贝数 荧光定量pcr 高拷贝内参基因
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基于线粒体16S rRNA基因的鹅肉源性成分鉴别方法研究 被引量:3
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作者 盛中伟 樊艳凤 +3 位作者 贾晓旭 高玉时 陆俊贤 唐修君 《中国家禽》 北大核心 2024年第5期108-112,共5页
研究旨在建立基于线粒体16S rRNA基因的鹅源性成分鉴别方法。试验以鹅源性DNA为阳性模板,以猪、牛、羊、鸽、鹌鹑、火鸡、鸡和鸭等8个物种DNA为干扰模板的混合模板,设计筛选出鹅特异性引物,进行PCR和荧光定量PCR(qPCR)反应,并将鹅肉DNA... 研究旨在建立基于线粒体16S rRNA基因的鹅源性成分鉴别方法。试验以鹅源性DNA为阳性模板,以猪、牛、羊、鸽、鹌鹑、火鸡、鸡和鸭等8个物种DNA为干扰模板的混合模板,设计筛选出鹅特异性引物,进行PCR和荧光定量PCR(qPCR)反应,并将鹅肉DNA模板浓度按101~1088个梯度进行稀释,检测方法灵敏度。结果显示:所设计的引物仅对鹅肉DNA有特异性扩增,对鹅以外的其他8个物种均没有扩增;当鹅肉DNA模板稀释104倍,PCR扩增条带仍然清晰;当稀释倍数达到107时,仍有较好的扩增曲线,且Ct值小于35。研究表明,建立的畜禽肉中鹅源性成分PCR和qPCR鉴别方法不仅具有良好的特异性,而且具有较高的灵敏性,为食品中鹅源性成分的鉴别提供了新途径。 展开更多
关键词 鹅肉 16S rRNA基因 荧光定量pcr 源性成分 检测
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3个不同群体罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因序列分析及遗传差异 被引量:11
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作者 蒋钦杨 杨学明 +3 位作者 郭亚芬 蒋和生 兰干球 莫毅 《水产科学》 CAS 北大核心 2005年第10期28-31,共4页
利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因的部分片段,通过序列测定和用限制性内切酶MboI、AluI和TaqI分别对上述PCR产物进行限制性片段长度多态分析(RFLP),分析了取自缅甸引进种子代、广西养殖群体及江苏养殖群体3个不同群体罗氏... 利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因的部分片段,通过序列测定和用限制性内切酶MboI、AluI和TaqI分别对上述PCR产物进行限制性片段长度多态分析(RFLP),分析了取自缅甸引进种子代、广西养殖群体及江苏养殖群体3个不同群体罗氏沼虾的遗传差异。结果表明:在3个群体间序列同源性对比无变异,PCR-RFLP未发现有片段多态性,3个群体间不存在遗传结构差异。可能表明这3个群体的罗氏沼虾起源同一个种群,且分化较低。 展开更多
关键词 罗氏沼虾 线粒体16srrna pcr—RFLP 遗传差异
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鸡IL-15、IL-16和IL-18基因实时荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 王远萍 唐涛 +1 位作者 吴艳秋 王国镔 《中国动物保健》 2021年第2期86-87,共2页
根据GenBank上鸡白介素15(IL-15),白介素16(IL-16),白介素18(IL-18)基因的序列,在保守区设计并合成各自特异引物,并以β-actin基因为内参,采用SYBR Green I染料法建立实时荧光定量PCR检测方法。将基因克隆至pMD19-T载体上,以各阳性质粒... 根据GenBank上鸡白介素15(IL-15),白介素16(IL-16),白介素18(IL-18)基因的序列,在保守区设计并合成各自特异引物,并以β-actin基因为内参,采用SYBR Green I染料法建立实时荧光定量PCR检测方法。将基因克隆至pMD19-T载体上,以各阳性质粒作为标准品,构建标准曲线,并进行了熔解曲线分析。结果表明,鸡IL-15、IL-16、IL-18和β-actin基因的Ct值与标准品稀释度在2×102~2×108copies/μL范围分别呈良好的线性关系,r2均大于0.999。熔解曲线分析表明,产物为特异的单峰。建立的鸡IL-15、IL-16和IL-18基因实时荧光定量PCR灵敏度高、特异性强、检测周期短,为在mRNA水平对鸡白介素的定量分析奠定了基础。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr IL-15 IL-16 IL-18
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CAR菌TaqMan MGB探针法实时荧光定量PCR快速检测方法的建立与应用 被引量:3
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作者 高正琴 岳秉飞 关伟鸿 《中国比较医学杂志》 CAS 2013年第8期9-13,19,共6页
目的建立特异、敏感、快速检测CAR菌的TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法。方法针对CAR菌16S rRNA基因序列设计特异性引物和探针,建立MGB探针荧光定量PCR方法,验证方法的特异性、敏感性和稳定性。对2008~2012年期间采集的1 344份临床标本... 目的建立特异、敏感、快速检测CAR菌的TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法。方法针对CAR菌16S rRNA基因序列设计特异性引物和探针,建立MGB探针荧光定量PCR方法,验证方法的特异性、敏感性和稳定性。对2008~2012年期间采集的1 344份临床标本中的CAR菌进行检测,同时进行普通PCR检测作为对照。结果 CAR菌TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有高度特异性,与肺炎支原体、侵肺巴斯德菌、支气管鲍特杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、肺炎链球菌间无交叉反应,检测灵敏度达2.7拷贝。标准曲线显示各浓度范围内具有良好线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.22,TaqMan MGB探针荧光定量PCR效率为104.432%。对1 344份标本进行检测,结果 TaqMan MGB探针荧光定量PCR检出510份CAR菌阳性样本。TaqMan MGB探针荧光定量PCR能够直接从标本中检出CAR菌DNA,检测时间仅为40 min。结论 TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有可靠、特异、敏感的特点,适用于CAR菌的快速检测。 展开更多
关键词 CAR菌 16S RRNA基因 小沟结合物探针 实时荧光定量pcr 快速检测
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实时荧光定量PCR法快速测定水中微囊藻 被引量:1
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作者 李继影 吴昕贤 +2 位作者 徐恒省 刘孟宇 景明 《环境监测管理与技术》 2013年第6期47-51,共5页
以铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)16S rRNA基因片段为靶序列设计一对特异性引物,采用Real-time PCR法,对铜绿微囊藻进行定性、定量检测。试验表明,仅含铜绿微囊藻DNA模板的样品有特异性扩增,扩增产物熔解曲线平稳,峰尖且窄,熔解温... 以铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa)16S rRNA基因片段为靶序列设计一对特异性引物,采用Real-time PCR法,对铜绿微囊藻进行定性、定量检测。试验表明,仅含铜绿微囊藻DNA模板的样品有特异性扩增,扩增产物熔解曲线平稳,峰尖且窄,熔解温度为(87±1)℃。以重组质粒pMD-18T-16S为标准品,检测区间为1.1×102copies/mL~1.1×108copies/mL,所得标准曲线符合制备实时定量PCR标准曲线的要求,对标准品进行测定,方法检出限为11 copies/mL。用该标准曲线对实验室培养获得的铜绿微囊藻DNA样品进行定量检测,与显微镜计数结果基本一致。 展开更多
关键词 微囊藻 实时荧光定量pcr 16S RRNA 水质
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山羊传染性胸膜肺炎荧光定量PCR检测方法的初步建立 被引量:3
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作者 赵文华 李富祥 杨仕标 《现代畜牧兽医》 2022年第1期19-22,共4页
为实现山羊传染性胸膜肺炎(CCPP)快速检测,研究基于病原体山羊支原体山羊肺炎亚种的16S rRNA基因,设计合成特异性引物及探针,采用5’FAM-TAMRA3’标记物进行标记。结果显示,试验建立的CCPP-16S实时荧光定量PCR方法可特异性检测CCPP,产... 为实现山羊传染性胸膜肺炎(CCPP)快速检测,研究基于病原体山羊支原体山羊肺炎亚种的16S rRNA基因,设计合成特异性引物及探针,采用5’FAM-TAMRA3’标记物进行标记。结果显示,试验建立的CCPP-16S实时荧光定量PCR方法可特异性检测CCPP,产生特异性荧光信号,对相关其他病菌无法检出荧光信号;以CCPP-16S载体质粒为标准品,构建荧光标准曲线,探针的检测敏感度可达10^(2.06)copies/μL DNA。研究表明,试验建立的实时荧光定量PCR方法可快速特异性检测CCPP,有待临床实践应用验证。 展开更多
关键词 山羊传染性胸膜肺炎 支原体山羊肺炎亚种 16S rRNA基因 实时荧光定量pcr 探针
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基于荧光定量PCR鉴定冷鲜肉制品中羊源性成分及其含量 被引量:6
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作者 史莹莹 邵俊锋 +1 位作者 郭娟 许慧卿 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2020年第11期146-150,共5页
建立一种快速、准确鉴定羊肉制品中羊源性成分并且量化羊肉成分含量的方法。以羊线粒体细胞色素b基因为靶基因,设计出具有特异性引物。选择真核生物核糖体16S rDNA为内参基因,采用实时荧光相对定量法。羊肉质量百分比的对数值与之对应... 建立一种快速、准确鉴定羊肉制品中羊源性成分并且量化羊肉成分含量的方法。以羊线粒体细胞色素b基因为靶基因,设计出具有特异性引物。选择真核生物核糖体16S rDNA为内参基因,采用实时荧光相对定量法。羊肉质量百分比的对数值与之对应的循环阈值差值ΔCt呈良好线性关系。标准曲线回归公式为y=-3.4057x-0.3112,R^2=0.9916,扩增效率达E达96.62%。本试验中羊源性DNA检测限可达16 pg/μL,回收率在93.07%~106.20%。抽取8份市售羊肉制品进行检测,有3份含量低于50%。本试验中建立的实时荧光PCR检测方法操作方便、特异性强、灵敏度高,所得数据可靠,为肉制品羊源性成分检测提供了参考方法。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr 羊肉 线粒体细胞色素B 相对定量
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包装饮用水中铜绿假单胞菌实时荧光定量PCR快速检测 被引量:6
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作者 王芳妹 徐越 +3 位作者 林丹 朱秋燕 洪振柏 蒋伟 《食品与机械》 CSCD 北大核心 2023年第6期75-80,共6页
目的:有效弥补传统微生物学检验方法的缺陷。方法:针对GB 8538—2022中铜绿假单胞菌的毒力基因pcrL和16S rRNA基因的V3~V4区保守序列设计合成引物和探针,建立实时荧光PCR方法。结果:该方法可以有效扩增常见标准储备菌株的16S rRNA基因,... 目的:有效弥补传统微生物学检验方法的缺陷。方法:针对GB 8538—2022中铜绿假单胞菌的毒力基因pcrL和16S rRNA基因的V3~V4区保守序列设计合成引物和探针,建立实时荧光PCR方法。结果:该方法可以有效扩增常见标准储备菌株的16S rRNA基因,且对铜绿假单胞菌标准储备菌株的毒力基因pcrL的检测效果良好,观察到明显的“S”型扩增曲线,但对常见的食源性致病菌无扩增曲线。当菌液浓度<10 CFU/mL时,pcrL基因仍有扩增曲线,其检测范围为10~10~7 CFU/mL,检测限为10 CFU/mL;不同菌液浓度下毒力基因pcrL的Ct平均值为18.0~38.6。对近3年湖南省14个县、市抽查检验(瓶)桶装水中铜绿假单胞菌不合格样品进行进一步检测,符合率达到100%。结论:该方法对铜绿假单胞菌携带毒力因子pcrL检测的灵敏度较高;且操作简便、特异性强,具有良好的实用性。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 实时荧光定量pcr 毒力基因 pcrL 16S rRNA 饮用水
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鼠源细胞TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 苏佳 赵炜 +6 位作者 秦义娴 邓永 高月异 白洪旭 薛青红 陈晓春 吴华伟 《中国兽药杂志》 2023年第3期10-16,共7页
为对鼠源细胞进行鉴别检测,以鼠线粒体16S rRNA基因序列为靶位点设计特异性引物及探针,建立实时荧光定量PCR检测方法,并评价该方法的特异性及敏感性。结果显示,所建立的检测方法特异性好,针对鼠源细胞基因组荧光定量PCR扩增曲线良好,其... 为对鼠源细胞进行鉴别检测,以鼠线粒体16S rRNA基因序列为靶位点设计特异性引物及探针,建立实时荧光定量PCR检测方法,并评价该方法的特异性及敏感性。结果显示,所建立的检测方法特异性好,针对鼠源细胞基因组荧光定量PCR扩增曲线良好,其他物种来源细胞基因组及生物制品原辅材料未出现特异性扩增曲线;敏感性高,基因拷贝数检出限度为45.3拷贝。本试验建立的荧光定量PCR检测方法能够有效地对鼠源细胞进行快速检测,为细胞质量控制提供了有效方法。 展开更多
关键词 鼠源细胞 荧光定量pcr 线粒体16S rRNA 检测
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鼻气管鸟杆菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:6
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作者 李富祥 段志华 +3 位作者 赵文华 信爱国 杨仕标 李华春 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期121-124,共4页
为建立鼻气管鸟杆菌(ORT)TaqMan荧光定量PCR检测方法,本研究根据ORT 16S rRNA基因的保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,通过优化反应条件、特异性、敏感性、重复性试验和临床样品的检测,建立了ORT TaqMan荧光定量PCR检测方法。实验结... 为建立鼻气管鸟杆菌(ORT)TaqMan荧光定量PCR检测方法,本研究根据ORT 16S rRNA基因的保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,通过优化反应条件、特异性、敏感性、重复性试验和临床样品的检测,建立了ORT TaqMan荧光定量PCR检测方法。实验结果表明:该方法具有良好特异性;最低可以检测到1.09×102拷贝/μL的标准品阳性质粒;批内和批间变异系数均小于3%;23份临床样品检测的阳性率为48%。该方法可以用于鸡ORT感染的早期诊断及ORT的快速鉴定和定量分析。 展开更多
关键词 鼻气管鸟杆菌 TaqMan荧光定量pcr 16S RRNA基因
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弯曲菌荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用 被引量:1
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作者 朱佳琪 张小燕 +1 位作者 黄金林 焦新安 《中国动物检疫》 CAS 2014年第12期70-74,共5页
根据弯曲菌16S r RNA基因的靶序列设计特异性引物和探针,对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了快速检测鸡肉中弯曲菌的荧光定量PCR方法,并对其特异性、敏感性和重复性进行评价。该方法除了对弯曲菌有扩增曲线外,对其他常见食源性病原菌... 根据弯曲菌16S r RNA基因的靶序列设计特异性引物和探针,对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了快速检测鸡肉中弯曲菌的荧光定量PCR方法,并对其特异性、敏感性和重复性进行评价。该方法除了对弯曲菌有扩增曲线外,对其他常见食源性病原菌均未有扩增曲线,具有较好的特异性;弯曲菌的最低检测限为10 CFU/m L;重复性实验获得标准曲线相关系数为R2=0.999,批内可重复性变异系数在0.12%-2.1%之间,批间可重复性变异系数为1.7%。应用该方法对68份鸡肉样品检测弯曲菌阳性率为95.6%(65/68),传统分离方法阳性率为89.5%(60/68),两种方法的阳性符合率为89.7%。本研究建立的荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性好、操作简单,大大缩短检测周期,可作为检测鸡肉样品中弯曲菌的手段,为鸡肉样品弯曲菌的流行病学调查研究提供新的工具。 展开更多
关键词 弯曲菌 16S r RNA基因 荧光定量pcr
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基于线粒体DNA 16S rRNA基因鉴别畜禽肉中鸭源性成分研究 被引量:6
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作者 张晶鑫 樊艳凤 +4 位作者 唐修君 贾晓旭 葛庆联 陆俊贤 高玉时 《中国家禽》 北大核心 2016年第17期41-44,共4页
研究以鸭线粒体16S rRNA基因序列为靶位点设计特异性引物,以常见畜禽肉包括牛肉、羊肉、猪肉、兔肉、鸽肉、鹌鹑肉、鸡肉、鸭肉、鹅肉等参考动物肌肉DNA为模板,进行常规PCR和荧光定量PCR扩增,建立鸭源性成分检测方法;并将鸭肉DNA模板浓... 研究以鸭线粒体16S rRNA基因序列为靶位点设计特异性引物,以常见畜禽肉包括牛肉、羊肉、猪肉、兔肉、鸽肉、鹌鹑肉、鸡肉、鸭肉、鹅肉等参考动物肌肉DNA为模板,进行常规PCR和荧光定量PCR扩增,建立鸭源性成分检测方法;并将鸭肉DNA模板浓度进行8个梯度稀释,检测方法灵敏度。结果显示,所设计的引物对能够有效地对鸭源性成分进行快速检测,具有较强的特异性,方法灵敏度较高,可达pg级,可快速准确地检测畜禽肉中鸭源性成分。 展开更多
关键词 鸭源性成分 荧光定量pcr 线粒体DNA 16 S RRNA 检测
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绿脓杆菌SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测方法的建立及初步应用 被引量:7
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作者 宋月 程琨 +4 位作者 梁秀丽 王亚宾 付彤 韩立强 魏战勇 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2014年第3期59-63,共5页
为了建立绿脓杆菌的SYBR Green I实时定量PCR检测方法,以便更加快捷、方便的检测绿脓杆菌,根据16S rDNA高度保守的特性,在绿脓杆菌16S rDNA保守区设计1对引物,利用普通PCR技术扩增出绿脓杆菌16S rDNA保守区277 bp的片段,并克隆到pMD-18 ... 为了建立绿脓杆菌的SYBR Green I实时定量PCR检测方法,以便更加快捷、方便的检测绿脓杆菌,根据16S rDNA高度保守的特性,在绿脓杆菌16S rDNA保守区设计1对引物,利用普通PCR技术扩增出绿脓杆菌16S rDNA保守区277 bp的片段,并克隆到pMD-18 T载体上,纯化的质粒作为模板进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立了绿脓杆菌的荧光定量PCR检测方法。并对方法的灵敏性、特异性、重复性进行评价,又进一步在临床实践中进行检验。结果显示,所建立的方法对标准样品的最小检出浓度为28拷贝/μL。并且特异性检验结果显示与常见的菌群没有交叉反应,重复性良好。在临床中检测疑似绿脓杆菌感染病料55份,用所建立的荧光定量方法检测出阳性病料40份,而普通的PCR方法检测出阳性病料32份。表明建立的实时荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可以在临床中用于绿脓杆菌的检测。 展开更多
关键词 绿脓杆菌 16S RDNA 荧光定量pcr
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东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因的定量检测 被引量:8
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作者 赵丽媛 于志刚 +1 位作者 甄毓 米铁柱 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期448-452,共5页
建立了检测东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因mRNA含量的实时荧光定量PCR方法。以甲藻Cytb基因的简并引物扩增得到984 bp长的东海原甲藻Cytb基因片段,经克隆、测序,制备并纯化质粒。以光度法测定质粒浓度并作为标准品。对上述基因片... 建立了检测东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因mRNA含量的实时荧光定量PCR方法。以甲藻Cytb基因的简并引物扩增得到984 bp长的东海原甲藻Cytb基因片段,经克隆、测序,制备并纯化质粒。以光度法测定质粒浓度并作为标准品。对上述基因片段,利用PRIMER EXPRESS 3.0设计引物,以梯度稀释的质粒标准品进行定量PCR反应,以SYBR Green I为荧光染料,制作标准曲线,得到基因拷贝数X与Ct值的关系为:Ct=-3.50 lgX+39.35(相关系数r为0.999)。通过对不同生长时期的东海原甲藻样品的Cytb基因mRNA含量检测,发现该基因的表达量较稳定,平均值为(45.4±4.7)拷贝/细胞,受生长状态影响不大,可作为实时荧光定量PCR的内参基因。 展开更多
关键词 线粒体细胞色素B基因 东海原甲藻 实时荧光定量pcr 内参基因
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肠球菌SYBR Green I实时定量PCR检测方法的建立及应用 被引量:2
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作者 宋月 崔敏 +4 位作者 王超群 付彤 韩立强 魏战勇 王亚宾 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期315-319,共5页
为了建立肠球菌的实时定量PCR检测方法,以便更加快捷、准确检测肠球菌.根据肠球菌16S rDNA高度保守的特性,在保守区设计1对引物,对其扩增条件进行探索,建立荧光定量PCR检测肠球菌的方法,并对方法的灵敏性、特异性、重复性进行评价,并在... 为了建立肠球菌的实时定量PCR检测方法,以便更加快捷、准确检测肠球菌.根据肠球菌16S rDNA高度保守的特性,在保守区设计1对引物,对其扩增条件进行探索,建立荧光定量PCR检测肠球菌的方法,并对方法的灵敏性、特异性、重复性进行评价,并在临床实践中进行检验.结果表明,所设计的引物能够在阳性样品中扩增出144 bp的目的片段,并且与常见的菌群如绿脓杆菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌、变形杆菌等均不发生特异性扩增,检测的灵敏度为17拷贝·μL-1,在临床应用中,荧光定量PCR检测阳性率比普通PCR高18.87%. 展开更多
关键词 肠球菌 16S RDNA 荧光定量pcr
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基于定量PCR的活性污泥DNA提取方法研究 被引量:1
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作者 黄培 叶飞 +4 位作者 吴胜军 黄平 杨杉 谭远友 王雨 《安全与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期221-226,共6页
分别采用基于复合酶+化学裂解(BTK)和玻璃珠+SDS(十二烷基硫酸钠)裂解(PS)的试剂盒法及基于溶菌酶裂解的CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法3种方法提取活性污泥基因组DNA,以所得DNA质量浓度、纯度和细菌16S rRNA基因丰度为考察指... 分别采用基于复合酶+化学裂解(BTK)和玻璃珠+SDS(十二烷基硫酸钠)裂解(PS)的试剂盒法及基于溶菌酶裂解的CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法3种方法提取活性污泥基因组DNA,以所得DNA质量浓度、纯度和细菌16S rRNA基因丰度为考察指标对各提取方法进行评价,以确定提取活性污泥DNA的最适方法。结果表明,CTAB法所得DNA质量浓度(496.3~1 715.3μg/m L)显著高于其他两种试剂盒法,BTK试剂盒法所得DNA纯度(A260/A280〉1.76,A260/A230〉1.9)高于其他两种方法。实时荧光定量PCR结果表明,3种方法提取的DNA样品均能在稀释500倍时作为模板对细菌16S rRNA基因丰度进行定量分析;其中CTAB法所能得到的基因丰度最高(1.9×108~1.4×1010copies/g),显著高于BTK试剂盒法(3.7×106~8.6×106copies/g)和PS试剂盒法(7.1×106~1.3×107copies/g)所得。因此,从定量PCR的结果来看,CTAB法获得的DNA模板可得到更高的细菌16S rRNA基因丰度,与该方法获得的较高DNA产率一致;由于该方法所得DNA纯度不高,进行定量PCR分析时可通过较高倍数稀释得到解决。同时CTAB法所需试剂均为常用生化试剂,方便获得且价格低廉,优先推荐。 展开更多
关键词 环境工程学 实时荧光定量pcr 活性污泥 DNA提取 16srrna
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栉孔扇贝16S rRNA基因片段序列的多态性研究 被引量:40
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作者 刘亚军 喻子牛 +3 位作者 姜艳艳 张留所 孔晓瑜 宋林生 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期477-483,共7页
采用PCR技术扩增了栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)线粒体DNA的 1 6SrRNA基因片段 ,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序 ,得到 634bp的核苷酸序列 ;分析了该片段的大连、烟台、青岛、朝鲜 4个自然群体 31个个体的核苷酸序列多态性 ,共... 采用PCR技术扩增了栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)线粒体DNA的 1 6SrRNA基因片段 ,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序 ,得到 634bp的核苷酸序列 ;分析了该片段的大连、烟台、青岛、朝鲜 4个自然群体 31个个体的核苷酸序列多态性 ,共检测到 2 6个多态性核苷酸位点、1 8种单倍型。结果表明 ,4个群体中以朝鲜群体遗传多样性最高 ,其次为烟台、青岛群体 ,大连群体最低 ; 展开更多
关键词 栉孔扇贝 线粒体DNA 16srrna基因 DNA序列测定 pcr技术 克隆 核苷酸序列 多态性
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