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双重荧光逆转录-聚合酶链式反应与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒
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作者 邓迎春 郭旭光 +3 位作者 牛会敏 任宝红 韩小改 郭瑞 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第12期151-157,共7页
目的建立双重荧光逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)快速有效地检测食品中食源性GⅠ型... 目的建立双重荧光逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)与荧光逆转录-重组酶介导等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)快速有效地检测食品中食源性GⅠ型和GⅡ型诺如病毒的方法。方法根据GⅠ型、GⅡ型诺如病毒基因组保守序列设计引探,经过一系列引探浓度筛选,建立了双重荧光RT-PCR和恒温荧光RT-RAA两种检测方法,分别从敏感性、特异性、稳定性、重复性等方面进行了比较研究;同时将这两种方法应用于实际临床样本检测中,并与GB4789.42—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验诺如病毒检验》进行比对验证。结果建立的两种方法特异性良好,敏感性均可达10 copies/μL;双重荧光RT-PCR方法质粒梯度变异系数(coefficient of variation,CV)值在0.1%~1.5%区间,恒温荧光RT-RAA方法CV值在1.0%~10.0%区间,稳定性和重复性显示双重荧光RT-PCR优于恒温荧光RT-RAA检测方法;31份诺如病毒阳性食品核酸样本均能检出,且50份食品盲样检测结果与国标一致。结论本研究成功建立了双重荧光RT-PCR与恒温荧光RT-RAA快速检测食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒方法,两种方法各有优缺点,双重荧光RT-PCR稳定性和重复性好,恒温荧光RT-RAA检测时间短,仅20 min就能完成扩增,可根据不同需求选择一种或两种作为食源性GⅠ型、GⅡ型诺如病毒的检测方法。 展开更多
关键词 荧光转录-聚合链式反应 恒温荧光转录-重组介导等温扩增 GⅠ型诺如病毒 GⅡ型诺如病毒
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叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应-高通量测序技术鉴定冷链食品中多种病原菌 被引量:1
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作者 柯振华 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第5期85-96,共12页
目的 应用叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应-高通量测序技术鉴定冷链食品中多种病原菌,构建病原菌分子进化树。方法 以冷链食品中的沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽胞杆菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌5种病原菌作为研究对... 目的 应用叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应-高通量测序技术鉴定冷链食品中多种病原菌,构建病原菌分子进化树。方法 以冷链食品中的沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽胞杆菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌5种病原菌作为研究对象,应用叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应技术作为冷链食品中病原菌检测初筛手段,应用微生物培养法以及生化鉴定仪器法进行方法比对与结果验证,运用高通量测序以及分子进化树构建作为冷链食品中所分离病原菌的种属地位确证方法。结果 叠氮丙啶-实时荧光聚合酶链式反应技术成功扩增了冷链食品中生活状态病原菌的特征性核酸片段,排除了死亡细菌以及阴性对照菌的干扰,病原菌检出限可达到1×10^(3)CFU/mL,一次反应可检测42份试样,可以在18 h内完成检测工作。在冷链食品中病原菌抽样检测调查中,随机采集的751份冷链食品,共检出62株病原菌,病原菌总体检出率为8.3%(62/751)。通过后续的16S rRNA测序以及葡萄球菌属、弧菌属以及李斯特菌属分子进化树的构建,成功溯源了金黄色葡萄球菌的污染来源并完成病原菌种属定位。结论 本方法特异性好、灵敏度高、检测通量高,为冷链食品及相关食品中病原菌的精确检测与溯源分析提供新的思路与方法。 展开更多
关键词 叠氮丙啶-实时荧光聚合链式反应技术 高通量测序 分子进化树 冷链食品 病原菌
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实时荧光聚合酶链式反应检测转基因小麦B73-6-1、B72-8-11b和B102-1-2品系 被引量:7
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作者 曹际娟 徐君怡 +3 位作者 曹冬梅 张丕桥 栾凤侠 刘洋 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第8期156-159,共4页
目的:建立实时荧光聚合酶链式反应检测转基因小麦B73-6-1、B72-8-11b和B102-1-2品系的鉴定方法。方法:以转基因小麦B73-6-1、B72-8-11b和B102-1-2为研究对象,在转基因小麦外源片段与小麦染色体重组的边界序列分别设计引物和探针,以其他... 目的:建立实时荧光聚合酶链式反应检测转基因小麦B73-6-1、B72-8-11b和B102-1-2品系的鉴定方法。方法:以转基因小麦B73-6-1、B72-8-11b和B102-1-2为研究对象,在转基因小麦外源片段与小麦染色体重组的边界序列分别设计引物和探针,以其他多种转基因产品和非转基因小麦为对照进行特异性实验,以B73-6-1样品模拟制备10个含量梯度的添加样品进行灵敏度实验。结果:本研究设计的引物和探针具有很好的品系鉴定特异性,检测灵敏度可达到0.01%(m/m)。结论:该方法特异性好、灵敏度高,可快速、准确地鉴定转基因小麦B73-6-1、B72-8-11b和B102-1-2品系。 展开更多
关键词 转基因小麦 B73-6-1 B72-8-11b B102-1-2 品系鉴定 实时荧光聚合链式反应
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聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法对太白贝母鉴别检验的适用性探讨 被引量:9
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作者 张文娟 尚柯 +1 位作者 魏锋 马双成 《中国现代中药》 CAS 2015年第9期905-910,共6页
目的:探讨聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP)对于太白贝母的适用性。方法:采集太白贝母野生及栽培品,收集市场上太白贝母伪品,利用性状、PCR-RFLP鉴别法、DNA序列分析三种方法分析太白贝母与常见伪品的区别。结果:从... 目的:探讨聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP)对于太白贝母的适用性。方法:采集太白贝母野生及栽培品,收集市场上太白贝母伪品,利用性状、PCR-RFLP鉴别法、DNA序列分析三种方法分析太白贝母与常见伪品的区别。结果:从性状上看,太白贝母栽培品与伪品往往非常相似,较难辨别;通过PCRRFLP方法可以正确、客观的鉴别太白贝母与常见伪品,基于ITS2的DNA条形码方法进一步验证了PCR-RFLP法的准确性。市场上太白贝母的伪品多为伊犁贝母。结论:PCR-RFLP鉴别法可准确鉴别太白贝母与其伪品;市场上太白贝母伪品较多,应加强监管。 展开更多
关键词 太白贝母 伊犁贝母 鉴别 性状 聚合链式反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP) 转录间隔区(ITS)
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反转录聚合酶链反应方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎 被引量:1
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作者 关慧臻 杨桂梅 +3 位作者 薛承岩 朱长林 来锦 白海洋 《中国实用医药》 2006年第6期38-38,30,共2页
目的评估RT-PCR方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎的应用价值。方法对象包括脑膜炎组104例和对照组39例,检测脑脊液中肠道小RNA病毒应用RT-PCR方法。结果脑膜炎组的肠道小RNA病毒阳性率为41.3%(43/104),对照组未测出肠道小RNA病毒阳性结果... 目的评估RT-PCR方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎的应用价值。方法对象包括脑膜炎组104例和对照组39例,检测脑脊液中肠道小RNA病毒应用RT-PCR方法。结果脑膜炎组的肠道小RNA病毒阳性率为41.3%(43/104),对照组未测出肠道小RNA病毒阳性结果。结论肠道小RNA病毒是导致脑膜炎的重要病原体,RT-PCR方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎具有较高的应用价值。 展开更多
关键词 脑膜炎 肠道小RNA病毒 转录-聚合反应
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猪流行性腹泻病毒微芯片荧光定量RT-qPCR检测方法的建立
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作者 曹洪志 王新杰 +6 位作者 高姗姗 孙晓明 邓飞 石艳萍 陈弟诗 陈昌英 李平顺 《动物医学进展》 北大核心 2024年第9期45-48,共4页
为了建立简便快速的猪流行性腹泻病毒(PEDV)荧光定量RT-qPCR检测方法,根据GenBank数据库公布的猪流行性腹泻病毒囊膜蛋白E基因,设计特异性引物和探针结合微芯片技术,建立微芯片荧光定量RT-qPCR检测方法。该方法除对PEDV检测为阳性外,对... 为了建立简便快速的猪流行性腹泻病毒(PEDV)荧光定量RT-qPCR检测方法,根据GenBank数据库公布的猪流行性腹泻病毒囊膜蛋白E基因,设计特异性引物和探针结合微芯片技术,建立微芯片荧光定量RT-qPCR检测方法。该方法除对PEDV检测为阳性外,对与其同源性较近的致病病毒的检测均为阴性;最低检测限为1 copies/μL,常规荧光RT-qPCR检测限为10 copies/μL。批内、批间重复性试验表明,Ct值变异系数均在2%以内,可对PEDV临床样本进行检测。建立的检测方法特异性好、敏感性高、检测时间短且重复性好,适用于临床检测。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 微芯片 实时荧光定量逆转录-聚合反应 囊膜蛋白
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RT-qPCR分析拷贝数及mRNA转录水平对表达左聚糖蔗糖酶的影响
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作者 陈硕昌 仝秋平 +3 位作者 郭晓磊 朱萍 蒙健宗 杨辉 《中国酿造》 CAS 北大核心 2022年第4期80-86,共7页
采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)技术对重组毕赤酵母基因组中左聚糖蔗糖酶基因(SacB)的拷贝数及信使核糖核酸(mRNA)转录水平进行检测分析,并用3,5-二硝基水杨酸(DNS)法测定菌株不同诱导时间下左聚糖蔗糖酶水解活力。结果表明,... 采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)技术对重组毕赤酵母基因组中左聚糖蔗糖酶基因(SacB)的拷贝数及信使核糖核酸(mRNA)转录水平进行检测分析,并用3,5-二硝基水杨酸(DNS)法测定菌株不同诱导时间下左聚糖蔗糖酶水解活力。结果表明,在BMMY液体培养基中经甲醇诱导24 h时,样品转录水平皆达到最大值,此时多拷贝菌株转录水平(2.13)为单拷贝菌株(0.42)的5.1倍;左聚糖蔗糖酶活力在甲醇诱导24 h后均随诱导时间不断上升,多拷贝菌株酶活(13.96 U/mL)较单拷贝菌株(5.48 U/mL)提高1.5倍。重组毕赤酵母整合的左聚糖蔗糖酶基因在1~3个拷贝范围内,随着拷贝数增加,多拷贝菌株较单拷贝菌株的mRNA转录水平及相应的蛋白表达量均显著增加(P<0.05),说明毕赤酵母是表达基因SacB的良好宿主。 展开更多
关键词 实时荧光定量聚合链式反应 毕赤酵母 左聚糖蔗糖 拷贝数 转录水平
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副干酪乳杆菌SMN-LBK在乙醇胁迫下的转录组分析 被引量:6
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作者 郭金凤 杨婕 +8 位作者 李宝坤 金丹 黎旭 卢士玲 王庆玲 姬华 董娟 李应彪 蒋彩虹 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第6期116-122,共7页
以分离自新疆塔城地区传统马奶酒中的1株副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)SMN-LBK为研究对象,分别以4%、6%、8%、10%(体积分数)乙醇对其进行胁迫处理,其存活率依次为25.84%、18.39%、10.86%、1.67%;以10%乙醇胁迫对其进行转录组分... 以分离自新疆塔城地区传统马奶酒中的1株副干酪乳杆菌(Lactobacillus paracasei)SMN-LBK为研究对象,分别以4%、6%、8%、10%(体积分数)乙醇对其进行胁迫处理,其存活率依次为25.84%、18.39%、10.86%、1.67%;以10%乙醇胁迫对其进行转录组分析,研究其在乙醇胁迫下差异基因在转录水平的表达情况。转录组分析表明:表达显著下调基因有50个,分别为参与丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢1个基因,脂肪酸生物合成2个基因,ATP结合盒式蛋白转运体8个基因,磷酸转移酶系统3个基因,其余基因全为假定蛋白;表达显著上调基因28个,4个参与丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢,其余基因全为假定蛋白。选取6个差异基因进行实时荧光定量聚合酶链式反应验证转录组测序结果,两种方法的基因在表达水平上具有一致趋势。这些基因与细胞壁主要成分肽聚糖、磷壁酸的生物合成相关,其通过提高这些基因表达抵御乙醇对自身的损害。这些基因可能与副干酪乳杆菌SMN-LBK的乙醇胁迫机制密切相关。本研究为进一步阐明乳酸杆菌的耐乙醇机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 副干酪乳杆菌 乙醇胁迫 转录组学 实时荧光定量聚合链式反应
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兔出血症病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:7
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作者 肖跃强 谢金文 +2 位作者 徐二丹 沈志强 丁壮 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2013年第12期69-73,共5页
为建立一种敏感、特异、简便的兔出血症病毒(RHDV)检测方法,根据GenBank中公布的RHDV全基因组序列保守区域设计了2对引物,筛选了其中1对建立并优化了PCR条件,扩增产物为331bp,并基于此建立了SYBR GreenⅠ荧光染料real-time RT-PCR检测... 为建立一种敏感、特异、简便的兔出血症病毒(RHDV)检测方法,根据GenBank中公布的RHDV全基因组序列保守区域设计了2对引物,筛选了其中1对建立并优化了PCR条件,扩增产物为331bp,并基于此建立了SYBR GreenⅠ荧光染料real-time RT-PCR检测方法。通过敏感性、特异性、标准曲线建立等表明,该方法可检出101以上拷贝数的模板,只在RHDV有特异性扩增,标准曲线线性相关性好。实际应用结果显示,该方法对疑似RHDV病料检测的阳性率为74.8%,而普通RT-PCR方法检测的阳性率为65.5%。该方法的建立为开展该病的诊断、疫苗制备质控等提供了有效的技术保障。 展开更多
关键词 兔出血症病毒 实时荧光定量逆转录-聚合反应 建立
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苹果根皮苷-2-O-糖基转移酶基因克隆与表达模式分析 被引量:1
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作者 冉军舰 梁新红 +3 位作者 陈晓静 李向阳 焦凌霞 赵瑞香 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第6期202-207,共6页
目的:根皮苷-2-O-糖基转移酶(phloridzin 2’-O-glycosyltransferase,P2’-GT)是根皮苷合成最后一步关键酶,可以把根皮素转化成根皮苷,本研究在富士苹果中克隆出P2’-GT基因,对基因编码产物进行生物信息学分析和基因的表达模式分析。方... 目的:根皮苷-2-O-糖基转移酶(phloridzin 2’-O-glycosyltransferase,P2’-GT)是根皮苷合成最后一步关键酶,可以把根皮素转化成根皮苷,本研究在富士苹果中克隆出P2’-GT基因,对基因编码产物进行生物信息学分析和基因的表达模式分析。方法:以苹果皮为材料,提取RNA反转录合成cDNA为模板,设计特异性引物进行扩增和测序,利用Pro Param tool、TMHMM等在线软件对编码蛋白进行生物信息学分析,利用实时荧光定量聚合酶链式反应(realtime?uorescence quatitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR)分析P2’-GT在苹果不同部位、不同苹果品种和不同生长时期的表达差异。结果:P2’-GT cDNA全长1 452 bp,编码483个氨基酸,相对分子质量53.6 kDa,等电点5.76,该基因编码蛋白是不稳定蛋白,不具有明显的跨膜结构,二级结构主要有α-螺旋、无规卷曲和延伸链组成,三级结构结果显示P2’-GT蛋白模型与对苯二酚葡萄糖基转移酶相似度最高(41.32%),进化分析表明P2’-GT与白梨糖基转移酶同源性最高。RTFQ-PCR分析发现P2’-GT在3种苹果皮中均高效表达,在叶和根中微量表达,在果肉中不表达;P2’-GT的转录表达受苹果发育调控,在生长初期几乎不表达,随着苹果发育表达量逐渐增加,在生长中期达到最高值,随后开始减少,至苹果成熟期下降到最高值的50%水平。此外,P2’-GT在3种苹果品种中表达不同,在澳洲青苹中表达量最高,在嘎啦中表达量最低。结论:本研究明确了P2’-GT的生物信息学特性及P2’-GT基因在不同生长期和不同部位的表达差异,为调控根皮苷合成的研究提供理论依据。 展开更多
关键词 根皮苷 根皮苷-2-O-糖基转移 克隆 生物信息学 实时荧光定量聚合链式反应
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小反刍兽疫病毒RT-nPCR检测方法的建立 被引量:3
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作者 朱小甫 吴旭锦 《陕西农业科学》 2020年第7期22-24,共3页
为了建立一种适用于临床快速诊断的小反刍兽疫病毒(PPRV)RT-nPCR检测方法,试验依据GenBank公开的PPRV基因序列,针对F基因设计了2对引物,经过反应成分与条件的优化等方法对检测小反刍兽疫病毒的RT-nPCR方法进行了研究。结果表明:该方法... 为了建立一种适用于临床快速诊断的小反刍兽疫病毒(PPRV)RT-nPCR检测方法,试验依据GenBank公开的PPRV基因序列,针对F基因设计了2对引物,经过反应成分与条件的优化等方法对检测小反刍兽疫病毒的RT-nPCR方法进行了研究。结果表明:该方法检测的极限为4.362×10^-5 ng·μL^-1,羊口疮病毒、山羊痘病毒、口蹄疫病毒和蓝舌病病毒检测为阴性,临床28份样品检测结果有4份样品为阳性,阳性率14.3%。说明成功建立了一种高度特异、灵敏的检测PPRV的RT-nPCR方法。 展开更多
关键词 刍兽疫 刍兽疫病毒 转录-聚合链式反应 检测 F基因
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L-苹果酸对大鼠转运蛋白及抗氧化酶基因表达的影响 被引量:5
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作者 曾晓琮 吴军林 +3 位作者 肖春 吴清平 徐明芳 张菊梅 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第23期276-281,共6页
对12月龄SD大鼠给予L-苹果酸30d后,采用含有SYBR Green I的Real Time RT-PCR法,对肝脏和心脏线粒体苹果酸天冬氨酸穿梭中的两种转运蛋白(天冬氨酸谷氨酸转运蛋白(AGC)与α-酮戊二酸苹果酸转运蛋白(OMC))以及两种抗氧化酶(过氧化氢酶(CAT... 对12月龄SD大鼠给予L-苹果酸30d后,采用含有SYBR Green I的Real Time RT-PCR法,对肝脏和心脏线粒体苹果酸天冬氨酸穿梭中的两种转运蛋白(天冬氨酸谷氨酸转运蛋白(AGC)与α-酮戊二酸苹果酸转运蛋白(OMC))以及两种抗氧化酶(过氧化氢酶(CAT)和谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px))的基因表达进行检测,以研究L-苹果酸增强线粒体抗氧化作用的分子生物学机制。结果表明:苹果酸组中大鼠心肌细胞AGC、OMC、CAT、GSH-Px的mRNA表达量分别是空白对照组的1.25、1.39、1.12、1.01倍。苹果酸组中大鼠肝脏细胞AGC、OMC、CAT、GSH-Px的mRNA表达量分别是空白对照组的1.33、1.02、1.25、0.94倍。由此推测,L-苹果酸可能通过促进苹果酸天冬氨酸穿梭蛋白以及抗氧化酶的基因表达,实现提高线粒体的抗氧化作用。 展开更多
关键词 线粒体抗氧化 苹果酸-天冬氨酸穿梭 实时转录聚合链式反应
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一步法逆转录荧光定量PCR检测食源性沙门氏菌 被引量:4
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作者 周晓清 李苗云 +5 位作者 刘杰 赵改名 柳艳霞 田玮 黄现青 高晓平 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第12期182-188,共7页
建立采用一步法逆转录荧光定量聚合酶链式反应(PCR)检测食源性沙门氏菌的检测方法并初步应用。以沙门氏菌的invA基因为目的基因设计引物,优化PCR反应体系和反应条件,同时进行特异性、灵敏度和重复性实验;并用所建立的方法检测人工污染... 建立采用一步法逆转录荧光定量聚合酶链式反应(PCR)检测食源性沙门氏菌的检测方法并初步应用。以沙门氏菌的invA基因为目的基因设计引物,优化PCR反应体系和反应条件,同时进行特异性、灵敏度和重复性实验;并用所建立的方法检测人工污染的猪肉样品,通过与传统计数方法的结果对比验证所建立方法的适用性。优化后的逆转录荧光定量PCR检测条件为:42℃、5min,95℃、10s,95℃、5s,67℃、34s;此步骤进行40个循环;上、下游引物的最佳终浓度均为0.16μmol/L。结果表明:该方法的特异性为100%;重复性良好;对沙门氏菌的检测下限为150CFU/mL;检测人工污染食品样品的结果100%符合传统计数结果。建立的检测方法具有快速、灵敏、简单等特点,非常适用于食源性沙门氏菌的检测。 展开更多
关键词 沙门氏菌 RNA 转录荧光定量聚合链式反应
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猪背最长肌PFK-2/FBPase-2荧光定量RT-PCR方法的建立 被引量:2
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作者 李朋颖 汤晓艳 +2 位作者 王敏 康大成 颜成英 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第14期113-117,共5页
为研究糖酵解关键酶果糖-6-磷酸-2激酶/果糖-2,6-二磷酸酯酶(6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase,PFK-2/FBPase-2)基因转录水平与宰后肉品质间的关系,根据猪PFK-2/FBPase-2 mRNA序列(GenBank登录号:NM_001143721.1)... 为研究糖酵解关键酶果糖-6-磷酸-2激酶/果糖-2,6-二磷酸酯酶(6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase,PFK-2/FBPase-2)基因转录水平与宰后肉品质间的关系,根据猪PFK-2/FBPase-2 mRNA序列(GenBank登录号:NM_001143721.1)设计一对特异性引物并选择β-actin作为内参基因,构建含有各自序列的重组质粒标准品,通过对反应条件的优化,建立了荧光定量实时-聚合酶链式反应技术检测猪PFK-2/FBPase-2基因转录水平的方法。结果表明,所建立的方法线性关系好,目的基因与内参基因R2均大于0.999;灵敏度高,两基因检出下限均为10拷贝/μL;特异性好,扩增产物均有特异性单一峰。同时根据标准曲线计算可知目的基因与内参基因的扩增效率分别为104.5%和104.0%,扩增效率接近一致,可对PFK-2/FBPase-2转录水平进行相对定量。本研究选取PSE肉产生程度不同的三元杂交猪、杜洛克猪和太湖猪,利用建立的方法对不同品种猪宰后45 min背最长肌中PFK-2/FBPase-2 mRNA转录水平进行测定,结果表明,太湖猪转录水平最高、杜洛克次之、三元杂交猪最低,且3个品种间有显著性差异(P<0.05)。 展开更多
关键词 PFK-2/FBPase-2 MRNA SYBR Green I 荧光定量实时-聚合链式反应
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基于转录组数据库的高羊茅HD-Zip Ⅰ转录因子的鉴定及表达模式解析 被引量:4
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作者 庄黎丽 王剑 杨志民 《草业学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期67-77,共11页
高等植物特有的同源异型-亮氨酸拉链蛋白(HD-Zip)家族转录因子在调控植物发育与逆境响应中起着重要作用。以生产中广泛应用的冷季型草高羊茅为研究材料,利用其目前已有的转录组序列,在Bioedit软件构建本地数据库。以水稻14个HD-ZIP Ⅰ... 高等植物特有的同源异型-亮氨酸拉链蛋白(HD-Zip)家族转录因子在调控植物发育与逆境响应中起着重要作用。以生产中广泛应用的冷季型草高羊茅为研究材料,利用其目前已有的转录组序列,在Bioedit软件构建本地数据库。以水稻14个HD-ZIP Ⅰ蛋白序列作为搜索请求,搜索本地数据库获得高羊茅中对应序列。结合序列分析及PCR克隆技术得到高羊茅13个HD-Zip Ⅰ类成员的全长序列。系统进化树及MEME结构域分析发现,高羊茅13个HD-Zip Ⅰ成员与水稻HD-Zip Ⅰ家族成员进化关系接近,蛋白结构域的数目及排布方式也基本一致。采用荧光定量PCR技术分析短期及长期聚乙二醇6000模拟的干旱处理下11个FaHD-Zip Ⅰ基因在高羊茅根颈中的mRNA相对表达水平。结果表明,短期干旱胁迫下,除FaHOX4和FaHOX6外,其余基因相对表达水平均发生一定程度的上调或者下调,且FaHOX22的响应程度最大;长期干旱胁迫下,所有基因的表达水平均在7或者14 d上调,FaHOX22在14 d时的表达水平比对照上调76.3倍。为基因组序列缺乏的非模式植物快速有效地进行基于转录组数据库的基因家族克隆及其功能研究提供了一种很好的方法。 展开更多
关键词 高羊茅 Ⅰ类同源异型一亮氨酸拉链蛋白 转录组数据库 干旱胁迫 实时荧光定量聚合链式反应
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犬瘟热病毒实时荧光RT-RPA检测方法的建立及应用 被引量:3
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作者 张启龙 傅彩霞 +6 位作者 张玮 高晓龙 王林 程敏姮 郑雪莹 刘海莹 周德刚 《动物医学进展》 北大核心 2020年第11期19-23,共5页
为建立犬瘟热病毒(CDV)临床快速检测方法,针对CDV保守N基因依据重组酶聚合酶等温扩增(RPA)引物设计原理进行RPA引物探针设计,通过反应条件优化、敏感性试验、特异性试验和临床样品检测,建立了CDV实时荧光RT-RPA检测方法。结果显示,反应... 为建立犬瘟热病毒(CDV)临床快速检测方法,针对CDV保守N基因依据重组酶聚合酶等温扩增(RPA)引物设计原理进行RPA引物探针设计,通过反应条件优化、敏感性试验、特异性试验和临床样品检测,建立了CDV实时荧光RT-RPA检测方法。结果显示,反应体系中M-MLV反转录酶最适浓度为4 U/μL,所建CDV实时荧光RT-RPA检测方法特异性较好,敏感性最低可检测到5.68×102 copies/μL,高于国标RT-PCR(GB/T 27532-2011)检测方法。建立的CDV实时荧光RT-RPA检测方法具有较高的敏感性和特异性、操作简便、20 min内判定结果,可用于临床犬瘟热快速诊断,对犬瘟热的防控具有重要意义。 展开更多
关键词 犬瘟热病毒 实时荧光 转录-重组聚合等温扩增 检测
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荧光定量RT-PCR法在病原微生物检验中的应用价值 被引量:2
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作者 罗有红 《中国社区医师》 2023年第33期92-94,共3页
目的:分析荧光定量逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)法在病原微生物检验中的应用价值。方法:选取2019年4月-2021年1月在长沙市中心医院进行病原微生物检测的46例疑似微生物感染患者作为研究对象,均实施常规RT-PCR法、荧光定量RT-PCR法检测... 目的:分析荧光定量逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)法在病原微生物检验中的应用价值。方法:选取2019年4月-2021年1月在长沙市中心医院进行病原微生物检测的46例疑似微生物感染患者作为研究对象,均实施常规RT-PCR法、荧光定量RT-PCR法检测,统计两种方法的检验结果;以特殊染色镜检结果作为“金标准”,比较两种检验方法检测微生物感染的准确度、灵敏度、特异度以及对各类病原微生物的检出率,统计受试者对两种检验方法的满意度。结果:特殊染色镜检结果显示,46例受试者病原微生物感染阳性43例,阴性3例。两种检验方法检测微生物感染的准确度、特异度比较,差异无统计学意义(P>0.05);荧光定量RT-PCR法检测灵敏度高于RT-PCR法,差异有统计学意义(P<0.05)。特殊染色镜检结果显示,43例病原微生物感染患者中,衣原体感染7例,支原体感染8例,寄生虫感染9例,细菌感染7例,真菌感染5例,病毒感染7例,两种检验方法对各类病原微生物的检出率及总检出率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。受试者对荧光定量RT-PCR法检验总满意度高于RT-PCR法,差异有统计学意义(P=0.026)。结论:荧光定量RT-PCR法在病原微生物检验中的应用价值较好,能够提高检测灵敏度,受试者满意度高。 展开更多
关键词 病原微生物 分子生物学技术 荧光定量 转录聚合链式反应
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应用RT-PCR分子检测技术快速检测大蒜普通潜隐病毒 被引量:16
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作者 张威 张匀华 +2 位作者 李学湛 高艳玲 白艳菊 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期133-137,共5页
根据大蒜普通潜隐病毒(Garlic common latent virus,GCLV)的外壳蛋白区域的保守序列设计合成一对寡核苷酸引物,以带毒植物的总RNA为模板,进行反转录和PCR扩增,通过反应体系和反应程序的建立与优化,扩增得到长300 bp的目的片段,并将目的... 根据大蒜普通潜隐病毒(Garlic common latent virus,GCLV)的外壳蛋白区域的保守序列设计合成一对寡核苷酸引物,以带毒植物的总RNA为模板,进行反转录和PCR扩增,通过反应体系和反应程序的建立与优化,扩增得到长300 bp的目的片段,并将目的片段转入大肠杆菌进行了克隆和序列测定。测序结果与GenBank中其他GCLV相应区域的序列同源性最高达98%。并对其检测的特异性和灵敏度进行了验证,从而建立了快速、灵敏、特异性强的GCLV分子生物学检测方法。 展开更多
关键词 大蒜普通潜隐病毒 转录-聚合链式反应 病毒检测
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猪瘟病毒野毒株与疫苗株酶切检测方法的建立、优化及应用 被引量:9
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作者 董浩 李菲 +2 位作者 王鑫 王开 胡桂学 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第9期187-189,共3页
为有效鉴别猪瘟病毒强毒株(Shimen)与弱毒疫苗株(HCLV),根据GenBank上已发表的猪瘟病毒囊膜糖蛋白E2基因高度保守区设计一对特异性引物,在其跨越区内部有Shimen株独有的限制性内切酶BglⅡ酶切位点,采取酶切RT-PCR产物的方法鉴别Shimen... 为有效鉴别猪瘟病毒强毒株(Shimen)与弱毒疫苗株(HCLV),根据GenBank上已发表的猪瘟病毒囊膜糖蛋白E2基因高度保守区设计一对特异性引物,在其跨越区内部有Shimen株独有的限制性内切酶BglⅡ酶切位点,采取酶切RT-PCR产物的方法鉴别Shimen株和疫苗株,同时对该方法的特异性和敏感性进行检测。结果表明,应用该方法从Shimen株和疫苗株中均能扩增出一条大小为750bp的特异性片段,疫苗株的RT-PCR产物不能被BglⅡ酶切,Shimen株的RT-PCR产物则被酶切为大小分别为520和230bp的两条带。此方法可扩增猪瘟病毒的E2基因保守片段,对病毒RNA的最小检出量为3.96×10-4μg/mL。采用此方法检查了30例临床疑似猪瘟病料,结果3例感染猪瘟病毒强毒,21例为猪瘟弱毒疫苗株,其他为猪瘟阴性。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 强毒株和疫苗株 转录-聚合链式反应
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柑橘主要病毒病的RT-PCR法鉴定 被引量:7
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作者 黄训才 邓子牛 +3 位作者 胡春华 焦徕 韩健 谢跃兰 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期273-276,共4页
为建立主要柑橘病毒病准确、快速的分子检测体系,在表现柑橘衰退病(CTV)、柑橘裂皮病(CEV)和柑橘碎叶病(CTLV)典型症状的病树上采叶样提取总RNA进行反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)分析.病毒鉴定用的特异引物为CTV3对、CEV2对和CTLV1对.... 为建立主要柑橘病毒病准确、快速的分子检测体系,在表现柑橘衰退病(CTV)、柑橘裂皮病(CEV)和柑橘碎叶病(CTLV)典型症状的病树上采叶样提取总RNA进行反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)分析.病毒鉴定用的特异引物为CTV3对、CEV2对和CTLV1对.通过不同退火温度的测试,发现所有参试引物均能在56℃退火时扩增出相应的病毒特异带,从而在保证鉴定准确性的前提下,极大地简化了鉴定程序.用建立的RT-PCR体系对云南、重庆、湖南等地有衰退病、裂皮病和碎叶病症状的样品进行检测,结果表明该体系均能对相应病毒进行准确检测. 展开更多
关键词 柑橘 病毒病 转录聚合链式反应 检测
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