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虾肝肠胞虫芯片式数字PCR定量检测方法的建立及应用 被引量:3
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作者 陈玉红 《中国动物检疫》 CAS 2024年第9期105-110,共6页
虾肝肠胞虫(Enterocytozoonhepatopenaei,EHP)感染是目前对虾行业面临的全球性挑战,在过去10年中其发病率急剧上升。为建立一种可绝对定量检测EHP的方法,根据Gen Bank中EHP胞壁蛋白SWP基因保守区域,设计一套特异性引物和荧光探针,通过... 虾肝肠胞虫(Enterocytozoonhepatopenaei,EHP)感染是目前对虾行业面临的全球性挑战,在过去10年中其发病率急剧上升。为建立一种可绝对定量检测EHP的方法,根据Gen Bank中EHP胞壁蛋白SWP基因保守区域,设计一套特异性引物和荧光探针,通过优化反应条件,建立了EHP芯片式数字PCR(chipdigital PCR,cd PCR)定量检测方法。结果显示:该方法线性关系良好(R2=0.9981);敏感性高,检测限可达4.4copies/μL;特异性强,与其他对虾常见病原无交叉反应;重复性良好,批内重复与批间重复试验的变异系数均小于8%。采用建立的cd PCR方法对28份临床虾样品进行检测,结果发现,该方法与水产行业标准《虾肝肠胞虫病诊断规程》(SC/T7232—2020)中套式PCR方法检测结果符合率为100%。结果表明,本研究建立的EHPcd PCR定量检测方法线性好、灵敏度高、特异性强,重复性及准确性良好,且能绝对定量,具有较好的应用前景。 展开更多
关键词 虾肝肠胞虫 芯片数字pcr 方法建立 性能评估
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发酵乳中活性益生菌三重数字PCR定量检测方法的建立
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作者 赵磊 刘洋 +3 位作者 凌李维 柳鑫燕 赵渝 吴浩 《中国乳品工业》 北大核心 2025年第1期73-80,共8页
益生菌发酵乳是益生菌市场发展的重要赛道,精确定量产品中活性益生菌对保障其营养功能至关重要。文章以嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)和动物双歧杆菌(Bifidobacterium animalis)为研... 益生菌发酵乳是益生菌市场发展的重要赛道,精确定量产品中活性益生菌对保障其营养功能至关重要。文章以嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)和动物双歧杆菌(Bifidobacterium animalis)为研究对象,采用种特异性引物和探针,结合叠氮溴化丙锭(propidium monoazide,PMA)染色,基于芯片式数字PCR技术建立了发酵乳中活性益生菌的三重定量检测方法。结果表明,3组引物和探针均能特异性扩增目标菌株,无交叉反应,且20μg/mL的PMA能够有效抑制嗜酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌和动物双歧杆菌死菌DNA的扩增。该检测方法对嗜酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌和动物双歧杆菌的灵敏度分别为1.65、2.20、2.16 copies/μL,重复性检测的相对标准偏差为1.52%~8.69%,成功实现了对发酵乳中3种常见益生菌的活菌定量检测。为益生菌发酵乳中活菌检测的标准化提供了技术支持和科学依据。 展开更多
关键词 发酵乳 PMA 种特异性 芯片数字pcr
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小反刍兽疫病毒芯片式数字PCR检测方法的建立及应用 被引量:10
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作者 杨鸣发 马云云 +4 位作者 于志亚 刘家森 康洪涛 姜骞 曲连东 《中国动物检疫》 CAS 2021年第12期91-98,共8页
为建立一种准确、快速、敏感性更高的小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus,PPRV)检测方法,建立了一种芯片式数字PCR(cdPCR)检测方法。根据GenBank中公布的PPRV Nigeria75/1疫苗株N基因序列设计1对引物,PCR扩增大小为166 b... 为建立一种准确、快速、敏感性更高的小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus,PPRV)检测方法,建立了一种芯片式数字PCR(cdPCR)检测方法。根据GenBank中公布的PPRV Nigeria75/1疫苗株N基因序列设计1对引物,PCR扩增大小为166 bp片段,构建pMD^(TM)18-N标准质粒并优化反应条件,建立了PPRV N基因cdPCR检测方法,并与实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测方法的灵敏性、重复性、特异性和临床样品检测做了比较分析。结果显示:当质粒标准品浓度在1.22×(10^(5)~10^(2))copies/μL范围时,cdPCR检测方法比普通RT-PCR灵敏度高1000倍,且稳定性好,特异性强;当标准品浓度在1.22×(10^(5)~10^(-3))copies/μL范围时,cdPCR与RT-qPCR相比具有相同的特异性,但灵敏性比RT-qPCR高100倍;与RT-qPCR测定结果(13.29±6.74)copies/μL相比,cdPCR的最低检测限更低,约为(0.44±0.14)copies/μL;cdPCR对47份临床样本的PPRV核酸阳性检出率(25.5%)高于RT-qPCR(17.0%)。结果表明,建立的cdPCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,为预防PPR早期流行提供了一种快速有效的诊断和定量检测方法。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒(PPRV) 芯片数字pcr(cdpcr) 实时荧光定量pcr(RT-qpcr)
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数字PCR技术的发展和应用 被引量:45
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作者 詹成 燕丽 +4 位作者 王琳 金玉麟 陈力 时雨 王群 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期786-789,共4页
数字PCR(digital PCR,dPCR)技术作为一种全新的核酸检测方法,通过把反应体系均分到大量反应单元中独立地进行PCR,并根据泊松分布和阳性比例来计算核酸数量。目前dPCR主要分为微滴式和芯片式两种。与传统PCR技术相比,dPCR具有高灵敏度、... 数字PCR(digital PCR,dPCR)技术作为一种全新的核酸检测方法,通过把反应体系均分到大量反应单元中独立地进行PCR,并根据泊松分布和阳性比例来计算核酸数量。目前dPCR主要分为微滴式和芯片式两种。与传统PCR技术相比,dPCR具有高灵敏度、高精确度、高耐受性和绝对定量的优点。因此,dPCR技术在近年来得到了迅速的发展,广泛地应用于稀有突变检测、拷贝数变异分析和复杂样本基因表达检测等方面。 展开更多
关键词 数字pcr 微滴dpcr 芯片dpcr 突变检测 拷贝数变异 基因表达
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转基因大豆MON89788双重数字PCR通用定量检测方法的建立 被引量:19
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作者 刘津 李婷 +3 位作者 冼钰茵 吴希阳 凌莉 高东微 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第4期312-319,共8页
建立一种特异、稳定、灵敏、通用的转基因大豆MON89788品系双重数字聚合酶链式反应(digital polymerase chain reaction,d PCR)定量检测方法,在一个体系内同时进行内外源基因的定量检测,适用于微滴式数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR... 建立一种特异、稳定、灵敏、通用的转基因大豆MON89788品系双重数字聚合酶链式反应(digital polymerase chain reaction,d PCR)定量检测方法,在一个体系内同时进行内外源基因的定量检测,适用于微滴式数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)和芯片式数字PCR(chip digital PCR,cd PCR)平台,并通过了食品分析能力评价体系国际能力验证项目的盲样检测评价。dd PCR平台对大豆MON89788品系和内源Lectin的绝对定量限分别为8.0 copies/μL和8.2 copies/μL;cd PCR平台对大豆MON89788品系和内源Lectin的绝对定量限分别为7.443 copies/μL和7.646 copies/μL;dd PCR和cd PCR对转基因大豆MON89788品系成分相对含量的相对定量限均为0.1%。 展开更多
关键词 微滴数字pcr 芯片数字pcr 转基因大豆MON89788品系 定量检测
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建立数字PCR检测非小细胞肺癌溶酶体相关的4次跨膜蛋白B基因拷贝数变异方法
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作者 王鲁 徐国兵 张青云 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1356-1364,共9页
建立芯片式数字PCR(dPCR)检测非小细胞肺癌(NSCLC)LAPTM4B基因拷贝数变异方法,并初步评估其基本性能和临床应用的可行性。设计LAPTM4B基因引物及特异性探针,建立dPCR反应体系,根据制备的不同浓度目的DNA样品验证该检测方法的最低检测限... 建立芯片式数字PCR(dPCR)检测非小细胞肺癌(NSCLC)LAPTM4B基因拷贝数变异方法,并初步评估其基本性能和临床应用的可行性。设计LAPTM4B基因引物及特异性探针,建立dPCR反应体系,根据制备的不同浓度目的DNA样品验证该检测方法的最低检测限、精密度和线性范围。本研究首次建立并优化dPCR检测LAPTM4B基因拷贝数的反应体系,分析数据显示,该方法最低检测到12.5%的LAPTM4B基因拷贝数缺失,批间精密度变异系数CV<10%,且缺失比例在12.5%~100%范围内线性良好(R^(2)>0.99)。此外,收集2021年3月至7月于北京大学肿瘤医院就诊的6例NSCLC患者,采用自建方法检测其冰冻组织标本,探究其临床应用可行性。dPCR结果显示,其中5例患者的组织样本存在LAPTM4B基因拷贝数缺失,1例出现拷贝数增加,推测可能与其术前化疗有关。综上所述,本研究成功应用芯片式dPCR方法,建立非小细胞肺癌LAPTM4B基因拷贝数变异的检测体系,并在组织标本中初步证实其临床应用的价值。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 LAPTM4B 拷贝数变异 芯片数字pcr
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