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基因芯片技术分析斑蝥素对肝癌细胞细胞毒作用的分子机制 被引量:18
1
作者 胡和平 张俊平 +4 位作者 应康 肖振宇 吴红梅 毛裕民 吴孟超 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期645-649,共5页
目的 :研究抗癌药斑蝥素对肝癌细胞细胞毒作用的分子机制。方法 :应用基因芯片技术检测 12 .5 μmol/ L 斑蝥素作用于肝癌 QGY770 3细胞 2 4 h后基因表达谱的变化。结果 :斑蝥素抑制细胞表达参与细胞周期进程基因 (如 p 2 7、ref - 1、D... 目的 :研究抗癌药斑蝥素对肝癌细胞细胞毒作用的分子机制。方法 :应用基因芯片技术检测 12 .5 μmol/ L 斑蝥素作用于肝癌 QGY770 3细胞 2 4 h后基因表达谱的变化。结果 :斑蝥素抑制细胞表达参与细胞周期进程基因 (如 p 2 7、ref - 1、DN Apolymerase delta、X RCC9等 )、能量代谢基因 (如 malate dehydrogenase、ADP/ ATP translocase等 )、致瘤活性基因 (如 c- myc、tre等 )以及肿瘤特异表达基因 (如 bladder cancer related protein等 )。相反 ,斑蝥素促进了多种细胞生长抑制基因 (如 BCRA2、BTG2、dual- specificity protein phosphatase等 )以及凋亡相关基因 (如 ATL - derived PMA- responsive peptide等 )的表达。 结论 :斑蝥素改变调控细胞周期进程、细胞增殖。 展开更多
关键词 肝癌 QGY7703细胞 斑蝥素 基因芯片技术分析 基因表达谱
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Luminex液相芯片技术检测6种虫媒病毒方法的建立 被引量:10
2
作者 范丽 李裕昌 +4 位作者 康晓平 林方 魏婧靖 杨银辉 熊正英 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期459-463,共5页
目的建立森林脑炎病毒(TBEV)、日本乙型脑炎病毒(JEV)、辛得比斯病毒(SINV)、西尼罗病毒(WNV)、东部马脑炎病毒(EEEV)、登革热病毒(DENV) 6种虫媒病毒的液相芯片检测技术,并对该方法进行评价。方法制备6种虫媒病毒的特异性单克隆抗体,... 目的建立森林脑炎病毒(TBEV)、日本乙型脑炎病毒(JEV)、辛得比斯病毒(SINV)、西尼罗病毒(WNV)、东部马脑炎病毒(EEEV)、登革热病毒(DENV) 6种虫媒病毒的液相芯片检测技术,并对该方法进行评价。方法制备6种虫媒病毒的特异性单克隆抗体,检测抗体标记生物素,捕获抗体偶联荧光聚苯乙烯微球,建立双抗体夹心的液相芯片检测技术,利用Luminex 200分析系统对6种虫媒病毒分别进行单一、多重液相芯片检测。结果将平均荧光强度的判定阈值定为背景对照的2倍可对上述6种虫媒病毒进行有效鉴定。多批次实验均能对6种单一病毒样本和混合病毒样本进行准确鉴定,未出现交叉反应,批次间变异系数(CV)均小于7%,表明该方法的稳定性和特异性均较好。同时对该方法的敏感性进行鉴定,结果表明检测TBEV、WNV、JEV、SINV、EEEV、DENV的敏感性分别达到25.00、781.25、781.25、390.63、781.25、1562.5pfu/ml。该方法与ELISA相比具有灵敏性高、重复性好、节省样本和时间等优点,特异性相当。结论通过制备特异性单克隆抗体,成功建立了可同时检测6种虫媒病毒的液相芯片检测技术平台。该平台对于病原体的检测具有较好的应用前景。 展开更多
关键词 芯片分析技术 虫媒病毒 敏感性与特异性
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129株非结核分枝杆菌采用两种分子检测技术行菌种鉴定的结果分析 被引量:10
3
作者 刘佳文 吕红艳 +1 位作者 丁北川 张治国 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第9期999-1004,共6页
目的分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌(NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16SrRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据。方法用芯片法和基因测序进行北京地区3... 目的分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌(NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16SrRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据。方法用芯片法和基因测序进行北京地区3个单位129株NTM临床分离株的菌种鉴定,实验操作者之间采用双盲法,对两种鉴定方法的结果进行比较和评价。结果129株NTM菌株中,有107株进行分枝杆菌基因测序,其中59株为胞内分枝杆菌(55.1%);29株为堪萨斯分枝杆菌(27.1%);5株为龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌(4.7%);3株为鸟分枝杆菌(2.8%);2株为偶发分枝杆菌(1.9%);2株为戈登分枝杆菌(1.9%);1株为蟾蜍分枝杆菌(0.9%);1株为草分枝杆菌(0.9%);1株为瘰疬分枝杆菌(0.9%);4株为其他NTM(3.7%)。有116株进行芯片法分枝杆菌菌种鉴定,且有96株同时进行芯片法和基因测序法检测,两种方法进行菌种鉴定的符合率为88.5%(85/96)。基因测序发现有3株外来菌株,分别为明尼苏达分枝杆菌、熊本分枝杆菌、提门分枝杆菌(M.temen)。结论北京3家机构NTM菌种以胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌和龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌为主。用芯片法和基因测序对NTM临床分离株进行菌种鉴定的一致率较高。 展开更多
关键词 分枝杆菌 非典型性 生物学鉴定法 芯片分析技术 分子探针技术 寡核苷酸序列分析 结果与过程评价(卫生保健)
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基因芯片技术在阴道分泌物常规检测中的应用研究 被引量:3
4
作者 史从宁 王雅杰 +3 位作者 赵运转 康熙雄 胡敏华 张丽梅 《中国全科医学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第15期1776-1777,1783,共3页
目的探讨基因芯片技术在阴道分泌物常规检测中的应用价值。方法选取2012年1—4月首都医科大学附属北京天坛医院妇产科门诊400例患者阴道分泌物,每份标本同时用BD Affirm VPⅢ芯片检测、显微镜镜检、细菌性阴道病(BV)甲酚蓝试剂检测和BV... 目的探讨基因芯片技术在阴道分泌物常规检测中的应用价值。方法选取2012年1—4月首都医科大学附属北京天坛医院妇产科门诊400例患者阴道分泌物,每份标本同时用BD Affirm VPⅢ芯片检测、显微镜镜检、细菌性阴道病(BV)甲酚蓝试剂检测和BV蓝试剂检测,并接种至念珠菌显色培养基和滴虫培养基培养。采用SPSS 16.0统计软件,行Kappa检验。结果以BV蓝试剂检测结果为金标准,BV甲酚蓝试剂检测和BD Affirm VPⅢ芯片检测BV的Kappa值分别为0.813和0.553。以念珠菌培养结果为金标准,显微镜镜检和BD Affirm VPⅢ芯片检测念珠菌的Kappa值分别为0.605和0.941。以滴虫培养结果为金标准,显微镜镜检和BD Affirm VPⅢ芯片检测滴虫的Kappa值分别为0.973和0.923。结论 BD Affirm VPⅢ芯片检测念珠菌和滴虫一致性较好,BD Affirm VPⅢ芯片与BV蓝或BV甲酚蓝试剂联合用于临床进行阴道分泌物检查,可以取代显微镜镜检。 展开更多
关键词 芯片分析技术 阴道排出物 显微镜检查
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组织芯片技术检测DNA甲基转移酶1、人白细胞DR抗原α在肝细胞癌组织中的表达及临床意义 被引量:2
5
作者 吕文平 董家鸿 +2 位作者 石爽 黄志强 郭德玉 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期543-547,共5页
目的:探讨肝细胞癌(hepatocelluar carcinoma,HCC)组织中DNA甲基转移酶1(DNA methyltransferase 1,DNMT1)、人白细胞DR抗原α(HLA-DRα)的表达情况及其与临床病理特征、预后的关系。方法:选择1991年1月至2002年6月实施根治性肝... 目的:探讨肝细胞癌(hepatocelluar carcinoma,HCC)组织中DNA甲基转移酶1(DNA methyltransferase 1,DNMT1)、人白细胞DR抗原α(HLA-DRα)的表达情况及其与临床病理特征、预后的关系。方法:选择1991年1月至2002年6月实施根治性肝切除、经病理证实的具备完整临床和随访资料的234例HCC患者,患者的随访时间为1.43-158.8个月[(30.04±26.61)个月],将患者的HCC石蜡组织制备成组织芯片,免疫组化检查采用Envision二步法,统计软件分析DNMT1和HLA-DRα的表达与临床病理特征、预后的关系。结果:HCC组织中DNMT1的阳性表达率为27.4%(64/234),其阳性表达与门静脉癌栓、甲胎球蛋白(AFP)水平、TNM分期具有明显的相关性(P〈0.05),与淋巴结侵犯无明显相关(P〉0.05)。HCC组织中HLA-DRα的阳性表达率为39.3%(92/234),HLA-DRα的阳性表达与淋巴结侵犯、TNM分期具有明显的负相关性(P〈0.05),与门静脉癌栓、AFP水平等无明显相关(P〉0.05)。DNMT1表达阳性的患者术后的中位存活时间为6.87个月,1年、3年、5年存活率分别是(38.89±6.63)%、(19.92±5.48)%、(17.58±5.31)%;DNMT1表达阴性患者的中位存活时间为40.33个月,1年、3年、5年存活率分别为(80.0±3.32)%、(51.63±4.30)%、(35.61±4.95)%(P〈0.001)。HLA-DRα表达阳性患者的术后中位存活时间为40.33个月,1年、3年、5年存活率分别为(81.01±4.41)%、(50.78±5.84)%、(38.04±6.09)%;HLA-DRα表达阴性患者的中位存活时间为12.43个月,1年、3年、5年存活率分别为(51.72±6.56)%、(26.44±5.91)%、(13.71±6.83)%(P〈0.01)。结论:DNMT1和HLA-DRα可能是影响HCC预后的重要分子,有望成为准确预测HCC预后的分子预后标记物。 展开更多
关键词 肝细胞 芯片分析技术 DNA(胞嘧啶-5-)-甲基转移酶 HLA-DR抗原 预后
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新型胶颗粒芯片技术检测痰标本中结核分枝杆菌及其耐药性的研究 被引量:2
6
作者 苏丹 李强 +4 位作者 车南颖 欧喜超 赵冰 赵雁林 黄海荣 《中国防痨杂志》 CAS 2018年第10期1034-1039,共6页
目的评估一种新型胶颗粒芯片技术[TruArray胶颗粒芯片(Gel element arrays),简称为“TruArray芯片”]用于痰标本中结核分枝杆菌及利福平(RFP)和异烟肼(INH)耐药性的检测效能。方法选取2016年8月在首都医科大学附属北京胸科医院... 目的评估一种新型胶颗粒芯片技术[TruArray胶颗粒芯片(Gel element arrays),简称为“TruArray芯片”]用于痰标本中结核分枝杆菌及利福平(RFP)和异烟肼(INH)耐药性的检测效能。方法选取2016年8月在首都医科大学附属北京胸科医院就诊的149例疑似肺结核患者痰标本,分别进行涂片镜检、BACTEC MGIT 960快速液体培养系统(简称“MGIT 960”)、TruArray芯片和GeneXpert MTB/RIF(简称“GeneXpert”)检测,对液体培养阳性菌株进行测序菌种鉴定、MGIT960药物敏感性试验(简称“药敏试验”)和耐药相关基因测序,分析TruArray芯片检测痰标本中结核分枝杆菌及其耐药性的检测效能。结果液体培养、GeneXpert和TruArray芯片对结核分枝杆菌的检出率分别为32.2%(48/149),53.7%(80/149)和57.0%(85/149),TruArray芯片和GeneXpert两种方法检出率差异无统计学意义(χ2-0.34,P-0.560),但TruArray芯片检测阳性率高于液体培养(χ^2=18.59,P〈0.01)。以MGIT960试验结果为标准,TruArray芯片检测痰标本中结核分枝杆菌的敏感度和特异度分别为97.90%(47/48)和61.4%(62/101);以GeneXpert检测结果为标准,TruArray芯片检测结核分枝杆菌的敏感度和特异度分别为97.5%(78/80)和88.4%(61/69)。以MGIT960药敏试验结果为标准,TruArray芯片检测RFP耐药的敏感度和特异度分别为91.7%(11/12)和96.8%(30/31);以GeneXpert检测结果为标准,TruArray芯片检测RFP耐药的敏感度和特异度为85.0%(17/20)和97.9%(47/48);以耐药基因测序结果为标准,TruArray芯片检测RFP耐药的敏感度和特异度分别为92.3%(12/13)和100.0%(30/30)。以MGIT960液体药敏试验结果为标准,TruArray芯片技术检测INH耐药的敏感度和特异度分别为78.6%(11/14)和93.8%(30/32);以耐药基因测序结果为判断标准,TruArray芯片检测INH耐药的敏感度和特异度分别为100.0%(11/11)和94.3%(33/35)。结论TruArray芯片检测技术快速、可靠,在结核病及耐多药结核病快速诊断方面具有非常好的应用前景。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 耐多药结核病 芯片分析技术 实验室技术和方法 对比研究
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应用组织芯片技术检测非小细胞肺癌中骨桥蛋白和基质金属蛋白酶-9的表达及其临床意义 被引量:3
7
作者 李志英 施敏骅 胡华成 《实用医学杂志》 CAS 2008年第5期746-749,共4页
目的:探讨人非小细胞肺癌(NSCLC)组织中骨桥蛋白(OPN)和基质金属蛋白酶-9(MMP-9)蛋白的表达及临床意义。方法:利用组织芯片技术结合免疫组化法检测48例NSCLC组织、19例癌旁组织及13例良性病变组织中OPN和MMP-9蛋白的表达。结果:OPN和MM... 目的:探讨人非小细胞肺癌(NSCLC)组织中骨桥蛋白(OPN)和基质金属蛋白酶-9(MMP-9)蛋白的表达及临床意义。方法:利用组织芯片技术结合免疫组化法检测48例NSCLC组织、19例癌旁组织及13例良性病变组织中OPN和MMP-9蛋白的表达。结果:OPN和MMP-9的阳性表达率在癌组织中分别是75.0%、70.8%;在癌旁组织中分别是13.8%、17.2%;在良性病变组织分别是23.1%、30.8%。NSCLC组织中OPN和MMP-9蛋白表达均显著高于癌旁组织及良性病变组织,差异具有统计学意义(P<0.05)。此外,OPN和MMP-9表达率与患者组织学类型、TNM分期及淋巴结转移有密切关系(P<0.05)。OPN与MMP-9蛋白表达存在正相关(r=0.58,P<0.05)。结论:OPN和MMP-9的表达与NSCLC的发生、发展有关,联合检测有助于判断NSCLC患者的预后。 展开更多
关键词 非小细胞肺 明胶酶B 免疫组织化学 芯片分析技术 骨桥蛋白
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蛋白芯片检测技术结合多维统计推断死亡时间 被引量:4
8
作者 李文晋 李健 +5 位作者 卢晓军 姜垚如 王靓 靳茜茜 王英元 孙俊红 《法医学杂志》 CAS CSCD 2020年第5期660-665,671,共7页
目的利用2100生物分析仪结合蛋白芯片获取死后大鼠肝组织蛋白质表达谱,推测其与死亡时间的关系。方法大鼠腹腔麻醉致死后置于16℃环境中,提取死后14个时间点肝组织中的水溶性蛋白质,使用蛋白芯片获取相对分子质量在14000~230000的蛋白... 目的利用2100生物分析仪结合蛋白芯片获取死后大鼠肝组织蛋白质表达谱,推测其与死亡时间的关系。方法大鼠腹腔麻醉致死后置于16℃环境中,提取死后14个时间点肝组织中的水溶性蛋白质,使用蛋白芯片获取相对分子质量在14000~230000的蛋白质表达谱数据,并利用主成分分析(principal component analysis,PCA)、偏最小二乘-判别分析(partial least squares-discriminant analysis,PLS-DA)、Fisher判别对数据进行分析。结果根据蛋白质表达谱的变化和PLS-DA结果将死亡时间分为A组(0d)、B组(1~9d)、C组(12~30d)。经Fisher判别,模型的训练集及测试集的预测准确率均为100.0%,训练集的内部交叉验证准确率为100.0%。通过建立B、C组各时间点的Fisher判别模型缩小推断死亡时间窗口,B组中训练集及测试集的预测准确率均为100.0%,训练集的内部交叉验证准确率为100.0%;C组中训练集及测试集的预测准确率分别为95.2%、78.6%,训练集的内部交叉验证准确率为88.1%。结论蛋白芯片检测技术可以快捷简便地获取大鼠死后不同时间点肝组织相对分子质量在14000~230000的水溶性蛋白质表达谱,建立PLS-DA及Fisher判别模型对死亡时间进行分类预测判断,有望为死亡时间推断提供新的思路和方法。 展开更多
关键词 法医病理学 芯片分析技术 蛋白质类 死亡时间 大鼠
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应用组织芯片技术研究Cx43在肝细胞癌中的表达及意义 被引量:1
9
作者 王为东 李玉军 《临床肝胆病杂志》 CAS 2011年第11期1196-1198,共3页
目的探讨间隙连接蛋白(Cx43)在癌旁组织、肝硬化组织和肝细胞癌中的表达及其在肝细胞癌中的意义。方法应用组织芯片技术和免疫组织化学技术SP法检测81例癌旁组织、82例肝硬化组织和359例肝细胞癌中Cx43的表达。结果 Cx43在肝细胞癌中的... 目的探讨间隙连接蛋白(Cx43)在癌旁组织、肝硬化组织和肝细胞癌中的表达及其在肝细胞癌中的意义。方法应用组织芯片技术和免疫组织化学技术SP法检测81例癌旁组织、82例肝硬化组织和359例肝细胞癌中Cx43的表达。结果 Cx43在肝细胞癌中的表达低于癌旁组织和肝硬化组织,差异有统计学意义(P<0.001);癌旁组织高于肝硬化组织,差异有统计学意义(P<0.05)。Cx43与肝细胞癌的组织学分级、术后无瘤生存时间以及肿瘤直径有关(P<0.001、P<0.05和P<0.05),而与临床分期、淋巴结转移和脉管或门静脉癌栓无关(P>0.05)。结论 Cx43的异常表达与肿瘤的发生及预后有关,可以作为判断肝细胞癌预后有用指标之一。 展开更多
关键词 肝细胞 连接蛋白43 芯片分析技术 免疫组织化学
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基因芯片与线性探针技术检测涂阳肺结核患者痰标本MTB耐药性的价值 被引量:10
10
作者 刘元 周俊 +2 位作者 崔晓利 雷佳媛 党丽云 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第7期738-742,共5页
目的评价基因芯片技术与线性探针技术(GenoType MTBDRplus)快速检测MTB耐药性的临床应用价值。方法选取西安市胸科医院2017年4月至2018年8月住院治疗的493例涂阳肺结核患者作为研究对象,收集其痰标本,痰标本量均不少于2ml。每例患者用... 目的评价基因芯片技术与线性探针技术(GenoType MTBDRplus)快速检测MTB耐药性的临床应用价值。方法选取西安市胸科医院2017年4月至2018年8月住院治疗的493例涂阳肺结核患者作为研究对象,收集其痰标本,痰标本量均不少于2ml。每例患者用同一份痰标本分别进行基因芯片检测、线性探针检测和BACTEC MGIT 960液体培养(简称“MGIT 960液体培养”),同时对培养阳性且鉴定为MTB的临床分离株进行MGIT 960液体药物敏感性试验(简称“药敏试验”)。以MGIT 960液体药敏试验结果为参照标准,分析基因芯片技术及线性探针技术检测涂阳肺结核患者痰标本MTB利福平和异烟肼耐药性的效能。结果 454例研究对象同时具有3种药敏试验检测结果。以MGIT 960液体药敏试验结果为参照标准,基因芯片法和线性探针法检测涂阳肺结核患者痰标本MTB利福平耐药性的敏感度、特异度、Kappa值分别为89.0%(65/73)、96.1%(366/381)、0.82和90.4%(66/73)、96.1%(366/381)、0.83;检测涂阳肺结核患者痰标本MTB异烟肼耐药性的敏感度、特异度、Kappa值分别为80.2%(93/116)、96.7%(327/338)、0.80和81.9%(95/116)、97.0%(328/338)、0.82。454例涂阳肺结核患者痰标本中,453例应用2种分子生物学检测方法检测MTB利福平耐药性结果相同,符合率为99.8%;445例应用2种分子生物学方法检测MTB异烟肼耐药性结果相同,符合率为98.0%。结论基因芯片技术和线性探针技术(GenoType MTBDRplus)检测涂阳肺结核患者痰标本MTB利福平和异烟肼耐药性与MGIT 960液体药敏试验具有较高的一致性,二者均可为临床提供快速、特异的耐药检测结果。 展开更多
关键词 结核 抗多种药物性 芯片分析技术 分子探针技术 利福平 异烟肼 对比研究
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基于微流控芯片的细胞-细菌相互作用光电检测技术
11
作者 谭浩兰 何红 +2 位作者 龚丽 葛闯 徐溢 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1308-1318,共11页
细胞/细菌及其相互作用研究对于生命科学、药物研发、医学诊疗等领域的研究具有重要意义。微流控芯片分析技术因微环境可控、生物相容性好、检测并行性、微型化等特性,正发展成为细胞/细菌及其相互作用研究的高效手段。本文在简要介绍... 细胞/细菌及其相互作用研究对于生命科学、药物研发、医学诊疗等领域的研究具有重要意义。微流控芯片分析技术因微环境可控、生物相容性好、检测并行性、微型化等特性,正发展成为细胞/细菌及其相互作用研究的高效手段。本文在简要介绍基于微流控芯片分析技术的细胞-细菌分析方法和技术基础之上,对微流控芯片上细胞-细菌相互作用模型的建立进行了讨论,重点针对细胞-细菌及其相互作用过程的芯片检测进行了综述,尤其对芯片集成的光电检测技术及其测试效果进行总结和比较。通过芯片集成微流体控制、多种光电传感监测模块,使微流控芯片分析技术成为细胞/细菌及其相互作用过程分析和检测的支撑平台和优势手段。最后,对微流控光电检测技术在细胞-细菌相互作用检测中面临的挑战及发展趋势进行了讨论和展望。 展开更多
关键词 细胞-细菌相互作用 细胞-细菌共培养 微流控芯片分析技术 光学检测法 电化学检测法
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利用Agilent定制基因芯片筛选相同病理类型、不同预后的早期乳腺癌的分子标记物 被引量:3
12
作者 厉周 彭亮 +7 位作者 韩帅 黄宗海 史福军 蔡寨 李秀勤 张普生 朱卉娟 金维荣 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1483-1488,共6页
目的分析相同病理类型、临床分期(I~Ⅱ期)但预后不同的乳腺癌组织的基因表达差异,筛选出有意义的基因组合,寻找与乳腺癌预后相关的基因,探索可以早期预测乳腺癌预后的基因分型诊断标准。方法用Agilent定制人8×15000芯片对筛... 目的分析相同病理类型、临床分期(I~Ⅱ期)但预后不同的乳腺癌组织的基因表达差异,筛选出有意义的基因组合,寻找与乳腺癌预后相关的基因,探索可以早期预测乳腺癌预后的基因分型诊断标准。方法用Agilent定制人8×15000芯片对筛选出的实验组8例早期乳腺癌患者的组织标本,结合其预后数据,进行差异基因表达分析;采用Real.timePCR技术,在同期收集的验证组42例乳腺癌样本中对差异表达的基因进行验证。结果基因芯片检测分析发现,实验组预后差样本比预后好样本有差异表达基因132个,其中44条基因显著上调,88条基因显著下调(差异均在2倍以上)。结论相同病理类型、临床分期、不同预后的早期乳腺癌组织中基因表达存在显著差异,CD44、MK167、NTRK2、Nek2、C160rf60、TOP2A、ANCCA、RRM2等8个基因可以作为早期乳腺癌预后预测基因标记物。 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 基因 芯片分析技术 分子分型
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新一代微测序基因芯片的设计及其耐药性检测效果的初步研究 被引量:6
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作者 孙照刚 张洪静 +7 位作者 李自慧 孙琦 吕琳娜 潘丽萍 Sandy Gilbert 张宗德 许绍发 James Xia 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第6期609-615,共7页
目的设计和评价微测序基因芯片检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性的价值。方法于北京结核病临床数据和样本资源库选取MTB实验室标准菌株(H37Rv)和109株MTB临床分离株,采用绝对浓度法进行表型药物敏感性试验(简称“表型药敏试验”)和基因测序... 目的设计和评价微测序基因芯片检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性的价值。方法于北京结核病临床数据和样本资源库选取MTB实验室标准菌株(H37Rv)和109株MTB临床分离株,采用绝对浓度法进行表型药物敏感性试验(简称“表型药敏试验”)和基因测序法检测MTB耐药相关基因突变(包括inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)。以荧光标记探针为基本检测原理设计制备微测序基因芯片,检测109株MTB临床分离株耐药基因突变,分析微测序基因芯片的检测效能。结果通过表型药敏试验及基因测序检测,明确了109株MTB临床分离株耐药相关基因(inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)突变位点及突变形式。微测序耐药检测基因芯片初期设计包含了katG、inhA、rpoB、gyrA、embB、rpsL、rrs和eis基因的目前已报道的所有突变位点的全部已知突变形式,共计220条探针,并确认出67条优秀探针。采用包含67条探针的微测序耐药检测基因芯片对109株MTB临床分离株进行检测。结果发现,与测序结果相比,除检测embB基因突变的2条探针外,其余65条探针检测碱基突变形式的符合率均超过95%,其中42条探针检测的符合率达到100.00%。以测序结果为参照标准,基因芯片检测对embB基因、gyrA基因、inhA基因、katG基因、rpoB基因、rpsL基因、eis基因和rrs基因突变检测的敏感度分别为64.21%(61/95)、80.00%(8/10)、95.83%(23/24)、98.55%(68/69)、92.63%(88/95)、93.85%(61/65)、75.00%(3/4)和94.44%(17/18);特异度分别为92.86%(13/14)、100.00%(99/99)、97.65%(83/85)、87.50%(35/40)、85.71%(12/14)、63.64%(28/44)、100.00%(105/105)和98.90%(90/91);Kappa值分别为0.29、0.88、0.92、0.88、0.68、0.60、0.85、0.93。结论本研究研发设计了一套包含67条探针微测序耐药基因检测芯片,经过初步验证后证明其检测MTB耐药相关基因突变的效能较好,对embB基因的耐药检测探针还需进一步优化,使之更好的满足临床需求。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 结核 抗多种药物性 微生物敏感性试验 基因 突变 芯片分析技术 技术评估 生物医学
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细胞芯片法测定健康体检人群全血中CD4细胞的临床应用价值 被引量:3
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作者 周志英 金洁美 +4 位作者 陈莉 马令宪 刘艳梅 曹波 余琛 《实用医学杂志》 CAS 2007年第20期3273-3275,共3页
目的:探讨细胞芯片法在测定健康体检人群全血中CD4淋巴细胞计数的临床应用价值。方法:分别采用细胞芯片法和经典的流式细胞法,对健康体检人群全血样品中的CD4细胞进行绝对计数。结果:细胞芯片法和流式细胞法所测定的健康体检人群的CD4... 目的:探讨细胞芯片法在测定健康体检人群全血中CD4淋巴细胞计数的临床应用价值。方法:分别采用细胞芯片法和经典的流式细胞法,对健康体检人群全血样品中的CD4细胞进行绝对计数。结果:细胞芯片法和流式细胞法所测定的健康体检人群的CD4淋巴细胞计数分别为(669.85±192.80)/μL和(663.47±199.20)/μL;两种方法之间的相关性良好,相关系数r为0.95,平均检测误差为8个细胞/μL(P<0.001)。CD4淋巴细胞计数在不同性别、不同年龄组间差异无显著性,但随着年龄的增加有降低的趋势。结论:本细胞芯片法可准确地对健康体检人群全血中的CD4淋巴细胞进行计数测定,并具有无需借助专用仪器、试剂价格低廉、操作简单的特点。 展开更多
关键词 芯片分析技术 CD4淋巴细胞计数 流式细胞法 健康体检人群
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单核苷酸多态性微阵列分析对智力障碍和发育迟缓的遗传学诊断价值 被引量:2
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作者 胡珺洁 钱叶青 +3 位作者 孙义锡 俞佳玲 罗玉琴 董旻岳 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期420-428,共9页
目的:评估单核苷酸多态性微阵列(SNP array)分析在智力障碍/发育迟缓(ID/DD)遗传学诊断中的应用价值。方法:以2013年1月至2018年6月在浙江大学医学院附属妇产科医院因ID/DD行SNP array的145例患者为研究对象,采用CHAS软件与多种数据库... 目的:评估单核苷酸多态性微阵列(SNP array)分析在智力障碍/发育迟缓(ID/DD)遗传学诊断中的应用价值。方法:以2013年1月至2018年6月在浙江大学医学院附属妇产科医院因ID/DD行SNP array的145例患者为研究对象,采用CHAS软件与多种数据库对染色体拷贝数变异(CNV)进行分析。结果:145例ID/DD患者通过SNP array技术发现致病性CNV26例,可能致病CNV6例,意义不明18例,可能良性14例,未见明显异常(包含良性)81例。结论:SNP array技术是一种高效和特异的遗传学分析技术,适用于ID/DD的遗传学病因诊断。 展开更多
关键词 智力障碍/遗传学 发育障碍/遗传学 染色体 芯片分析技术 多态性 单核苷酸
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促胃液素高表达大肠癌组织中microRNA表达差异分析 被引量:2
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作者 茆家定 杨光 吴佩 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期814-818,共5页
目的运用基因芯片技术筛选促胃液素(GAS)高表达的大肠癌组织中差异表达的微RNA(miRNA)。方法运用酶联免疫吸附实验(ELISA)检测71例大肠癌患者癌组织标本中GAS的含量,分析大肠癌组织中GAS表达水平与临床病理特征的关系。选择GAS表达强阳... 目的运用基因芯片技术筛选促胃液素(GAS)高表达的大肠癌组织中差异表达的微RNA(miRNA)。方法运用酶联免疫吸附实验(ELISA)检测71例大肠癌患者癌组织标本中GAS的含量,分析大肠癌组织中GAS表达水平与临床病理特征的关系。选择GAS表达强阳性(高表达组)与阴性(对照组)的患者各4例,对其癌组织进行miRNA芯片分析,并采用qPCR验证差异表达的miRNA。结果 GAS含量≥50.00pg/g(阳性表达)的患者17例(23.9%),其余54例(76.1%)GAS表达阴性。癌组织中GAS表达水平与其分化程度、Dukes分期及组织学类型有关(P均<0.05)。GAS高表达组(GAS含量>200.00pg/g)中与对照组癌组织相比发生显著变化的miRNA共236个,与对照组比较,在高表达组中表达上调的miRNA共159个,表达下调的miRNA的数目为77个。筛选出GAS高表达组中的3倍以上表达差异的miRNA 24个,其中上调17个、下调7个;分别选择表达上调和下调的miRNA各3个进行qPCR验证,验证结果与芯片分析结果基本一致。结论 GAS高表达大肠癌组织中miRNA的表达存在显著变化,差异表达miRNA可能是治疗GAS高表达大肠癌的潜在靶点。 展开更多
关键词 结直肠癌 促胃液素类 微RNAS 芯片分析技术
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组织芯片检测肝肠钙粘连蛋白在肝癌组织中的表达及临床意义
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作者 邱实 董卫国 +1 位作者 杨子荣 张吉翔 《临床肝胆病杂志》 CAS 2013年第1期62-64,共3页
目的研究肝肠钙粘连蛋白(LI-cadherin)在肝癌组织中的表达以及与肝癌的发生发展和临床病理特征之间的相关性。方法采用免疫组织化学SP法检测70例不同类型肝癌组织和5例正常肝组织标本中LI-cadherin的表达情况,并结合临床资料和相关病理... 目的研究肝肠钙粘连蛋白(LI-cadherin)在肝癌组织中的表达以及与肝癌的发生发展和临床病理特征之间的相关性。方法采用免疫组织化学SP法检测70例不同类型肝癌组织和5例正常肝组织标本中LI-cadherin的表达情况,并结合临床资料和相关病理参数进行统计分析。结果 70例肝癌组织中LI-cadherin阳性表达39例,总阳性率为55.7%,5例正常肝组织中未见阳性表达;LI-cadherin的表达与年龄、性别、肿瘤分化程度以及有无远处转移无关(P>0.05),而与淋巴结转移及血管侵犯密切相关(P<0.05)。结论 LI-cadherin的表达与肝癌的发生、转移和浸润有关,LI-cadherin可能成为诊断肝癌发生、转移及临床分期的新生物学标志物,对于提高临床治疗效果具有指导意义。 展开更多
关键词 糖蛋白类 肝肿瘤 芯片分析技术
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基于基因芯片的miRNA表达差异在结核性脑膜炎与病毒性脑膜炎诊断中的价值 被引量:7
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作者 谌蒙蒙 董静 +9 位作者 孙琦 黄麦玲 丁则昱 史雨婷 贾红彦 杜博平 魏荣荣 邢爱英 张宗德 潘丽萍 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2022年第3期264-272,共9页
目的:评价基于基因芯片的miRNA表达差异在结核性脑膜炎(tuberculous meningitis,TBM)与病毒性脑膜炎(viral meningitis,VM)诊断中的价值。方法:选取2017年12月至2019年9月在首都医科大学附属北京胸科医院和首都医科大学附属北京天坛医... 目的:评价基于基因芯片的miRNA表达差异在结核性脑膜炎(tuberculous meningitis,TBM)与病毒性脑膜炎(viral meningitis,VM)诊断中的价值。方法:选取2017年12月至2019年9月在首都医科大学附属北京胸科医院和首都医科大学附属北京天坛医院治疗的TBM患者28例和VM患者27例作为验证样本进行实时荧光定量逆转录PCR(qRT-PCR)验证。选取前期收集的8例TBM患者和5例VM患者作为基因芯片样本进行全基因组miRNA微阵列分析,通过预测差异性miRNA的靶基因、基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析、构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出两病间前10个差异性miRNA枢纽基因。再采用qRT-PCR对患者间表达差异明显的miR-21-5p进行验证,并通过受试者工作特征曲线(ROC)下面积(AUC)分析miRNA的诊断价值。结果:通过miRNA微阵列分析初步筛选出26个差异表达的miRNA(14个表达上调,12个表达下调)和对应的靶基因3217个。经GO富集分析、KEGG信号通路分析筛选出190个相关靶基因,对其进行PPI网络分析,筛选出前10个靶基因作为核心靶基因。对基因芯片检测样本的hsa-miR-21-5p相对表达量进行qRT-PCR验证,发现TBM患者hsa-miR-21-5p的表达水平[15.890(3.423,25.581)]较VM患者[0.807(0.614,0.955)]明显上调(Z=-2.355,P=0.019),差异倍数(TBM/VM)在基因芯片和qRT-PCR中分别是4.817和4.660,两种检测方法结果基本一致;对28例TBM和27例VM患者的hsa-miR-21-5p进行qRT-PCR结果比较,发现hsa-miR-21-5p在TBM患者的相对表达量为4.825(2.433,21.362),明显高于VM患者[0.204(0.112,0.711)],差异有统计学意义(Z=-5.000,P=0.000),且ROC曲线区分TBM与VM患者的AUC为0.893(0.806~0.980),敏感度为85.7%,特异度为88.9%。结论:相较于VM患者,作为基因芯片检测中表达差异明显的miR-21-5p在TBM患者中表达明显上调,可作为鉴别TBM与VM的潜在生物标志物。 展开更多
关键词 脑膜炎 细菌性 脑膜炎 病毒性 诊断 芯片分析技术 微RNAS
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基因芯片法在结核分枝杆菌耐药基因快速诊断中的应用价值 被引量:13
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作者 杨映晖 伍定辉 +2 位作者 苏伟明 董春萍 姚向阳 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2020年第11期1191-1195,共5页
目的探讨基因芯片法在结核分枝杆菌耐药基因快速诊断中的应用价值。方法收集2017年6月至2018年6月厦门大学附属第一医院肺科门诊及住院的933例疑似肺结核患者初诊时采集的同一份晨痰标本,同时进行基因芯片法、GeneXpert MTB/RIF(简称“G... 目的探讨基因芯片法在结核分枝杆菌耐药基因快速诊断中的应用价值。方法收集2017年6月至2018年6月厦门大学附属第一医院肺科门诊及住院的933例疑似肺结核患者初诊时采集的同一份晨痰标本,同时进行基因芯片法、GeneXpert MTB/RIF(简称“GeneXpert”)和BACTEC MGIT 960液体培养及其比例法药物敏感性试验(简称“MGIT 960及其比例法药敏试验”)3种方法进行结核分枝杆菌及其耐药性检测,对检测结果进行对比分析。结果933例患者的痰标本中,基因芯片法检测出阳性484例,GeneXpert检测出阳性462例,MGIT 960培养出阳性411例。三种检测方法均为阳性的标本有395例,采用Excel表通过完全随机的方式抽取232例进行耐药性检测,以比例法药敏试验结果为参考标准,基因芯片法检测出异烟肼耐药的敏感度为86.67%(26/30),特异度为96.53%(195/202),一致性为95.26%(221/232),Kappa值为0.798(0.682~0.914);检测出利福平耐药的敏感度为93.75%(30/32),特异度为97.00%(194/200),一致性为96.55%(224/232),Kappa值为0.862(0.768~0.956);GeneXpert检测出利福平耐药的敏感度为84.38%(27/32),特异度为97.00%(194/200),一致性为95.26%(221/232),Kappa值为0.803(0.691~0.915);基因芯片法与GeneXpert对利福平耐药检测的一致性为96.12%(223/232),Kappa值为0.847(0.749~0.945)。Kappa值均大于0.75,具有良好的一致性。结论以MGIT 960及其比例法药敏试验结果为标准,基因芯片法敏感度、特异度和一致性高,与GeneXpert也具有良好的一致性,有助于结核病的早期诊断及防控。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 芯片分析技术 DNA探针 微生物敏感性试验 实验室技术和方法 对比研究
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2017年绍兴地区106株非结核分枝杆菌菌种鉴定结果分析 被引量:4
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作者 金法祥 陶学芳 +2 位作者 王华钧 许文芳 陈雪芳 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第11期1179-1183,共5页
目的分析绍兴地区非结核分枝杆菌(NTM)的流行情况,为NTM诊疗提供科学依据。方法对绍兴地区2017年临床分离的972株分枝杆菌,采用结核分枝杆菌抗原检测胶体金法进行结核分枝杆菌复合群和NTM的初步菌种鉴定,结果106株为NTM,占分枝杆菌培养... 目的分析绍兴地区非结核分枝杆菌(NTM)的流行情况,为NTM诊疗提供科学依据。方法对绍兴地区2017年临床分离的972株分枝杆菌,采用结核分枝杆菌抗原检测胶体金法进行结核分枝杆菌复合群和NTM的初步菌种鉴定,结果106株为NTM,占分枝杆菌培养阳性菌株的10.91%(106/972),对初步鉴定为NTM的菌株应用DNA微阵列芯片法进行NTM菌种鉴定。结果106株NTM菌株经DNA微阵列芯片法鉴定,共有14个菌种,其中菌株数量前3位的菌种为:胞内分枝杆菌[55株(51.89%)]、鸟分枝杆菌[19株(17.92%)]、堪萨斯分枝杆菌[13株(12.26%)]。其余分别为:龟-脓肿分枝杆菌[4株(3.77%)]、瘰疬分枝杆菌[3株(2.83%)]、戈登分枝杆菌[3株(2.83%)]、土分枝杆菌[2株(1.89%)]、其他[7株(6.60%)]。结论2017年绍兴地区NTM临床分离率占分枝杆菌培养阳性菌株的10.91%;NTM种类多,以胞内分枝杆菌、鸟分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌为主要流行菌种。 展开更多
关键词 分枝杆菌 非典型性 细菌分型技术 芯片分析技术 小地区分析
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