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疏水蛋白在云母表面的吸附
被引量：
2
1
作者
何佳
冯喜增
+1 位作者
邵学广
蔡文生
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第1期110-115,共6页
采用分子动力学模拟方法研究了疏水蛋白(HFBI)在亲水云母表面的吸附过程.通过6组平行的分子动力学模拟得到了2种不同的稳定吸附结构,即通过N端和通过亲水的α螺旋与表面吸附,得到了5种吸附残基.进一步用自适应偏置力方法计算了所有吸附...
采用分子动力学模拟方法研究了疏水蛋白(HFBI)在亲水云母表面的吸附过程.通过6组平行的分子动力学模拟得到了2种不同的稳定吸附结构,即通过N端和通过亲水的α螺旋与表面吸附,得到了5种吸附残基.进一步用自适应偏置力方法计算了所有吸附残基与表面的结合自由能.结果表明,残基Lys是吸附过程的关键残基,即当HFBI通过含有Lys残基的α螺旋与云母表面作用时,其吸附构象最稳定.静电作用是吸附过程的主要驱动力.在该吸附结构中,HFBI的疏水面暴露在溶液中,有效降低了云母表面的润湿性.
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关键词
疏水蛋白
云母
分子动
力
学模拟
自由能计算
吸附构象
自适应偏置力方法
在线阅读
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职称材料
链状结构的疏水性对溶剂控制的轮烷穿梭行为的影响
被引量：
1
2
作者
汪双双
刘鹏
+1 位作者
蔡文生
邵学广
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第11期2211-2219,共9页
研究了3种由α-环糊精(α-CD)、不同线性结构及中间连接基团组成的轮烷的穿梭行为,其中,线性结构为烷基链(ALK)或聚乙二醇链(PEG),中间连接基团为联吡啶或联苯.采用分子动力学模拟方法对室温下这些轮烷在水或二甲基亚砜(DMSO)溶液中α-C...
研究了3种由α-环糊精(α-CD)、不同线性结构及中间连接基团组成的轮烷的穿梭行为,其中,线性结构为烷基链(ALK)或聚乙二醇链(PEG),中间连接基团为联吡啶或联苯.采用分子动力学模拟方法对室温下这些轮烷在水或二甲基亚砜(DMSO)溶液中α-CD的穿梭过程进行了研究;利用自适应偏置力(ABF)和多副本ABF(MW-ABF)方法计算了穿梭过程的自由能变化.结果表明,由PEG链组成的轮烷在2种溶剂中穿梭所需克服的能垒均比由ALK链组成的轮烷低,并且前者在DMSO中穿梭所需克服的能垒比在水中的能垒要低.由联苯基团组成的轮烷比由联吡啶基团组成的轮烷的能垒要低很多.通过对自由能曲线进行分解表明,破坏联吡啶基团的溶剂化层是穿梭过程能垒形成的主要原因,因此采用疏水的联苯基团可大大降低该能垒高度;另一方面,由于PEG链比ALK链具有更强的亲水性,也导致穿梭过程能垒降低.此外,通过对2种计算方法进行比较发现,MW-ABF能够明显改善对构象空间的采样效率,加快收敛速度.
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关键词
轮烷
穿梭
疏水性
自由能计算
多副本
自适应
偏置
力
(MW—ABF)
方法
在线阅读
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职称材料
题名
疏水蛋白在云母表面的吸附
被引量：
2
1
作者
何佳
冯喜增
邵学广
蔡文生
机构
天津化学化工协同创新中心 南开大学化学学院分析科学研究中心
药物化学生物学国家重点实验室
生命科学学院
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第1期110-115,共6页
基金
国家自然科学基金(批准号:21373117)资助~~
文摘
采用分子动力学模拟方法研究了疏水蛋白(HFBI)在亲水云母表面的吸附过程.通过6组平行的分子动力学模拟得到了2种不同的稳定吸附结构,即通过N端和通过亲水的α螺旋与表面吸附,得到了5种吸附残基.进一步用自适应偏置力方法计算了所有吸附残基与表面的结合自由能.结果表明,残基Lys是吸附过程的关键残基,即当HFBI通过含有Lys残基的α螺旋与云母表面作用时,其吸附构象最稳定.静电作用是吸附过程的主要驱动力.在该吸附结构中,HFBI的疏水面暴露在溶液中,有效降低了云母表面的润湿性.
关键词
疏水蛋白
云母
分子动
力
学模拟
自由能计算
吸附构象
自适应偏置力方法
Keywords
Hydrophobin protein
Mica
Molecular dynamics simulation
Free-energy calculation
Adsorbed structure
Adaptive biasing force method
分类号
O641 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
链状结构的疏水性对溶剂控制的轮烷穿梭行为的影响
被引量：
1
2
作者
汪双双
刘鹏
蔡文生
邵学广
机构
南开大学化学学院分析科学研究中心
药物化学生物学国家重点实验室
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第11期2211-2219,共9页
基金
国家自然科学基金(批准号:21373117)资助~~
文摘
研究了3种由α-环糊精(α-CD)、不同线性结构及中间连接基团组成的轮烷的穿梭行为,其中,线性结构为烷基链(ALK)或聚乙二醇链(PEG),中间连接基团为联吡啶或联苯.采用分子动力学模拟方法对室温下这些轮烷在水或二甲基亚砜(DMSO)溶液中α-CD的穿梭过程进行了研究;利用自适应偏置力(ABF)和多副本ABF(MW-ABF)方法计算了穿梭过程的自由能变化.结果表明,由PEG链组成的轮烷在2种溶剂中穿梭所需克服的能垒均比由ALK链组成的轮烷低,并且前者在DMSO中穿梭所需克服的能垒比在水中的能垒要低.由联苯基团组成的轮烷比由联吡啶基团组成的轮烷的能垒要低很多.通过对自由能曲线进行分解表明,破坏联吡啶基团的溶剂化层是穿梭过程能垒形成的主要原因,因此采用疏水的联苯基团可大大降低该能垒高度;另一方面,由于PEG链比ALK链具有更强的亲水性,也导致穿梭过程能垒降低.此外,通过对2种计算方法进行比较发现,MW-ABF能够明显改善对构象空间的采样效率,加快收敛速度.
关键词
轮烷
穿梭
疏水性
自由能计算
多副本
自适应
偏置
力
(MW—ABF)
方法
Keywords
Rotaxane
Shuttling
Hydrophobieity
Free-energy calculation
Multiple walker adaptive biasingforce （MW-ABF）
分类号
O641 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
疏水蛋白在云母表面的吸附
何佳
冯喜增
邵学广
蔡文生
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
链状结构的疏水性对溶剂控制的轮烷穿梭行为的影响
汪双双
刘鹏
蔡文生
邵学广
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015
1
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职称材料
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