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医院感染MRSA的重复序列PCR分型研究 被引量:2
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作者 曹晶晶 袁梁 +4 位作者 王利君 张明新 黄艳飞 王玫 鲁辛辛 《中国感染与化疗杂志》 CAS 2010年第3期200-204,共5页
目的对引起医院感染的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)进行分子流行病学调查。方法根据医院感染诊断标准,选择2008年我院MRSA医院感染患者30例和疑似医院感染患者5例,分离得到MRSA菌株36株。采用Diversilab自动化重复序列(REP)-PCR(repetitive-e... 目的对引起医院感染的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)进行分子流行病学调查。方法根据医院感染诊断标准,选择2008年我院MRSA医院感染患者30例和疑似医院感染患者5例,分离得到MRSA菌株36株。采用Diversilab自动化重复序列(REP)-PCR(repetitive-element sequence-based PCR)分型系统,研究MRSA菌株遗传特征和流行特点。结果 MRSA在我院的3个病房中存在6型REP-PCR指纹图。REP-Ⅰ型为优势分离株,占研究MRSA的64.86%,集中在西区急诊病房、西区呼吸病房和西区外科重症监护病房(SICU)。REP-Ⅲ型菌株全部分离自喉科术后感染患者。结论 REP-Ⅰ型菌株是我院西区MRSA感染的主要型别;MRSA在西区急诊病房的流行是此类医院感染在我院播散的重要环节;Diversilab自动化REP-PCR分型技术系统可成为医院感染病原研究的有效手段。 展开更多
关键词 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 自动化重复序列pcr分型系统 医院感染
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采用重复序列PCR技术快速分型肠炎沙门菌
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作者 吕玲(编译) 《中国家禽》 北大核心 2008年第19期65-65,共1页
最近美国科学家们采用基因外重复回文序列PCR技术(rep—PCR)对肠炎沙门菌进行了分型研究。216株分属14个血清型的肠炎沙门菌用于建立一个DNA指纹文库和DiversiLabtrade标记系统。他们对44株分离菌(已采用经典的血清学方法)进行了鉴... 最近美国科学家们采用基因外重复回文序列PCR技术(rep—PCR)对肠炎沙门菌进行了分型研究。216株分属14个血清型的肠炎沙门菌用于建立一个DNA指纹文库和DiversiLabtrade标记系统。他们对44株分离菌(已采用经典的血清学方法)进行了鉴定。利用成对相似度计算Pearson相关系数,28株分离菌的结果与血清学检测结果一致,8株分属于两种非常邻近的血清型:哈代氏和伊斯坦布尔沙门菌。 展开更多
关键词 pcr技术 重复序列 沙门菌 肠炎 Pearson相关系数 分型 血清学方法 美国科学家
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微量DNA的短串联重复序列分型可行性 被引量:4
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作者 吕德坚 孙宏钰 +1 位作者 陈丽娴 曾艳红 《法医学杂志》 CAS CSCD 2003年第3期151-153,共3页
目的了解微量DNA分型的法医学应用的可行性。方法一系列浓度的DNA模板用PowerPlexTM16System试剂盒扩增,并用ABI377DNA测序仪进行短串联重复序列(STR)的分型。结果当模板量小于250pg时,部分位点发生了等位基因漏扩,并出现非特异带、杂... 目的了解微量DNA分型的法医学应用的可行性。方法一系列浓度的DNA模板用PowerPlexTM16System试剂盒扩增,并用ABI377DNA测序仪进行短串联重复序列(STR)的分型。结果当模板量小于250pg时,部分位点发生了等位基因漏扩,并出现非特异带、杂合子扩增不平衡等干扰分型的杂峰。结论上述这些不正常的现象可能会导致分型错误。在对微量检材的DNA检验结果进行判型时一定要小心谨慎,全面考虑。 展开更多
关键词 微量DNA分型 短串联重复序列 法医学 可行性 个体识别 pcr扩增
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基于主判别变量法的近红外光谱STR基因分型专家系统
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作者 张斌 鲁辉 +4 位作者 汪雪娇 胡海燕 刘玲 谢洪平 顾炳仁 《理化检验(化学分册)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期516-520,523,共6页
基于近红外光谱结合主判别变量算法对短串联重复序列(STR)基因分型专家系统进行研究。选择STR基因座D16S539中6种总核心重复串数不同且出现频率较高的基因型9-9、9-11、9-12、10-10、10-11和11-11作为研究对象。6种基因型样本分别通过... 基于近红外光谱结合主判别变量算法对短串联重复序列(STR)基因分型专家系统进行研究。选择STR基因座D16S539中6种总核心重复串数不同且出现频率较高的基因型9-9、9-11、9-12、10-10、10-11和11-11作为研究对象。6种基因型样本分别通过两次聚合酶链反应(PCR)平行扩增,以扩增产物的近红外光谱作为判别变量建立判别模型。最后,基于该基因座6种基因型的总核心重复序列数的差异来构建其基因分型专家系统。结果表明:方法适用于不同差异程度的基因型分型,预测准确率高且稳健性好,这为建立其他基因座的分型专家系统提供了可行性。 展开更多
关键词 短串联重复序列 近红外光谱 主判别变量 基因分型专家系统
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TP-M13自动荧光检测法在高粱SSR基因型鉴定中的应用 被引量:27
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作者 李会勇 王天宇 +3 位作者 黎裕 石云素 宋燕春 陆平 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 2005年第1期68-70,共3页
研究利用TP-M13自动荧光检测法对48份高粱材料进行了简单序列重复(SSR)标记的基因型鉴定。在这个方法中,需要合成一个普适性的用荧光(如FAM)标记的M13引物,并把M13的正向引物和一个SSR反向引物相连(称为TP-M13引物),利用3条引物序列进行... 研究利用TP-M13自动荧光检测法对48份高粱材料进行了简单序列重复(SSR)标记的基因型鉴定。在这个方法中,需要合成一个普适性的用荧光(如FAM)标记的M13引物,并把M13的正向引物和一个SSR反向引物相连(称为TP-M13引物),利用3条引物序列进行PCR扩增,其PCR产物在DNA测序仪(如ABI3700仪)上进行自动荧光检测。结果表明,这种方法和其他的传统方法相比,具有经济、灵敏、高效的优点。建议在利用数量很多的SSR标记对数量有限的基因组较小的材料进行基因型鉴定时,使用TP-M13自动荧光检测系统。 展开更多
关键词 荧光检测法 自动 应用 定中 高梁 简单序列重复 DNA测序仪 荧光检测系统 基因型鉴定 pcr扩增 pcr产物 SSR标记 研究利用 引物序列 传统方法 TP 普适性 基因组 材料
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指纹图谱技术可用于副鸡禽杆菌分型
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《中国家禽》 北大核心 2011年第24期72-72,共1页
河北工程大学王雪敏等为探索副鸡禽杆菌的分型新方法,以肠杆菌基因间共有重复序列(ERIC)和随机核苷酸多态性片段(RAPD)为靶序列进行PCR扩增,对所得指纹图谱用POPGENE和MEGA4.0软件进行遗传距离的计算和聚类分析。
关键词 指纹图谱技术 肠杆菌 分型 鸡禽 pcr扩增 重复序列 聚类分析 遗传距离
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河南汉族人群11个STR基因座在排除父权方面的应用 被引量:2
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作者 刘永波 陈辉 +3 位作者 李晓雯 连建华 宋国英 程晓丽 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2004年第6期979-981,共3页
目的 :分析 11个短串联重复序列 (shorttandemrepeats,STR)D12S391、vWA、D5S818、D16S5 39、D7S82 0、F13A0 1、D13S317、FESFPS、CSF1PO、TPOX、THO1在河南省汉族群体亲子鉴定事件中排除父权方面的应用价值。方法 :对 30 4例做亲子鉴... 目的 :分析 11个短串联重复序列 (shorttandemrepeats,STR)D12S391、vWA、D5S818、D16S5 39、D7S82 0、F13A0 1、D13S317、FESFPS、CSF1PO、TPOX、THO1在河南省汉族群体亲子鉴定事件中排除父权方面的应用价值。方法 :对 30 4例做亲子鉴定的河南汉族个体的DNA样本应用多位点复合PCR扩增技术及聚丙烯酰胺凝胶电泳分型方法 ,结合PowerStatssoftware软件 ,分析上述 11个STR的观察杂合度 (Ho)、个体识别率 (DP)、多态性信息含量 (PIC) ,并计算其参与联合排除父权的比率。结果 :11个STR参与 36例联合排除父权的比率依次为 6 9.4 % ,5 2 .8% ,4 7.2 % ,4 7.2 % ,4 4 .4 % ,33.3% ,33.3% ,33.3% ,2 7.8% ,2 2 .2 % ,16 .7% ,其中 6个 (D12S391、D7S82 0、vWA、D5S818D13S317、D16S5 39)Ho>0 .7、DP >0 .9、PIC >0 .7。结论 :短串联重复序列D12S391、D7S82 0、D5S818、vWA、D16S5 39可作为亲子鉴定的首选基因座 。 展开更多
关键词 联合 汉族人群 STR 分型方法 观察 短串联重复序列 pcr扩增技术 F13A01 FESFPS 汉族群体
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