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基因组二代测序数据的自动化分析流程
被引量：
9
1
作者
李文轲
李丰余
+5 位作者
张思瑶
蔡斌
郑娜
聂宇
周到
赵倩
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第6期618-624,共7页
二代测序技术的发展对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前二代测序数据分析软件很多,但是绝大多数软件仅能完成单一的分析功能(例如:仅进行序列比对或变异读取或功能注释等),如何能正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。...
二代测序技术的发展对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前二代测序数据分析软件很多,但是绝大多数软件仅能完成单一的分析功能(例如:仅进行序列比对或变异读取或功能注释等),如何能正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。文章设计了一套基于perl语言和SGE资源管理的自动化处理流程来分析Illumina平台基因组测序数据。该流程以测序原始序列数据作为输入,调用业界标准的数据处理软件(如:BWA,Samtools,GATK,ANNOVAR等),最终生成带有相应功能注释、便于研究者进一步分析的变异位点列表。该流程通过自动化并行脚本控制流程的高效运行,一站式输出分析结果和报告,简化了数据分析过程中的人工操作,大大提高了运行效率。用户只需填写配置文件或使用图形界面输入即可完成全部操作。该工作为广大研究者分析二代测序数据提供了便利的途径。
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关键词
二代测序
自动化数据分析
流程
变异检测
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职称材料
基于Snakemake的RNA-seq数据自动化分析流程RNApipe
2
作者
武乐
李益楠
+1 位作者
孔德信
周志鹏
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期143-151,共9页
为使科研工作者简单高效地分析RNA-seq数据,本研究基于Snakemake工作流程管理系统和Conda环境管理器构建了一个自动化和模块化的工作流程:RNApipe(Github:https://github.com/ywu019/RNApipe.git),其可对来自任何有参物种的RNA-seq数据...
为使科研工作者简单高效地分析RNA-seq数据,本研究基于Snakemake工作流程管理系统和Conda环境管理器构建了一个自动化和模块化的工作流程:RNApipe(Github:https://github.com/ywu019/RNApipe.git),其可对来自任何有参物种的RNA-seq数据自动执行质控、比对、定量、鉴定差异基因,以及GO、KEGG、GSEA等功能注释分析;其中,每一步骤的分析结果均以高质量的可视化图片或报告展示,并保留重要的输出文件。使用RNApipe在多个模式物种中的测试与评估结果表明:RNApipe可以平稳运行,且注释结果准确。与现有的自动化分析流程相比,RNApipe的主要特点包括:工作流程较为完整、默认工具消耗时间与资源较少、适用于任何有参物种、全面的可视化、以及用户友好性(易安装、易使用、易扩展)。研究表明,RNApipe便于研究人员快速地从大型RNA-seq测序数据中获取基本信息。
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关键词
转录组测序
差异表达
分析
功能注释
Snakemake
Conda
自动化数据分析
可视化
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职称材料
题名
基因组二代测序数据的自动化分析流程
被引量：
9
1
作者
李文轲
李丰余
张思瑶
蔡斌
郑娜
聂宇
周到
赵倩
机构
中国医学科学院 北京协和医学院 国家心血管病中心 阜外心血管病医院 心血管疾病国家重点实验室
中南民族大学生物医学工程学院
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第6期618-624,共7页
基金
国家重点基础研究发展计划(973计划)项目(编号:2010CB529505)
中央高校基本科研业务费专项资金(编号:2012-XHGX02)资助
文摘
二代测序技术的发展对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前二代测序数据分析软件很多,但是绝大多数软件仅能完成单一的分析功能(例如:仅进行序列比对或变异读取或功能注释等),如何能正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。文章设计了一套基于perl语言和SGE资源管理的自动化处理流程来分析Illumina平台基因组测序数据。该流程以测序原始序列数据作为输入,调用业界标准的数据处理软件(如:BWA,Samtools,GATK,ANNOVAR等),最终生成带有相应功能注释、便于研究者进一步分析的变异位点列表。该流程通过自动化并行脚本控制流程的高效运行,一站式输出分析结果和报告,简化了数据分析过程中的人工操作,大大提高了运行效率。用户只需填写配置文件或使用图形界面输入即可完成全部操作。该工作为广大研究者分析二代测序数据提供了便利的途径。
关键词
二代测序
自动化数据分析
流程
变异检测
Keywords
next generation sequencing
automatic data analysis
pipeline
variantion detection
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
TP311.52 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
基于Snakemake的RNA-seq数据自动化分析流程RNApipe
2
作者
武乐
李益楠
孔德信
周志鹏
机构
华中农业大学信息学院
华中农业大学生命科学技术学院
出处
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期143-151,共9页
基金
国家自然科学基金项目(31970552)。
文摘
为使科研工作者简单高效地分析RNA-seq数据,本研究基于Snakemake工作流程管理系统和Conda环境管理器构建了一个自动化和模块化的工作流程:RNApipe(Github:https://github.com/ywu019/RNApipe.git),其可对来自任何有参物种的RNA-seq数据自动执行质控、比对、定量、鉴定差异基因,以及GO、KEGG、GSEA等功能注释分析;其中,每一步骤的分析结果均以高质量的可视化图片或报告展示,并保留重要的输出文件。使用RNApipe在多个模式物种中的测试与评估结果表明:RNApipe可以平稳运行,且注释结果准确。与现有的自动化分析流程相比,RNApipe的主要特点包括:工作流程较为完整、默认工具消耗时间与资源较少、适用于任何有参物种、全面的可视化、以及用户友好性(易安装、易使用、易扩展)。研究表明,RNApipe便于研究人员快速地从大型RNA-seq测序数据中获取基本信息。
关键词
转录组测序
差异表达
分析
功能注释
Snakemake
Conda
自动化数据分析
可视化
Keywords
RNA-seq
differential expression
functional annotation
Snakemake
Conda
automated data analysis
visualization
分类号
TP311.13 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基因组二代测序数据的自动化分析流程
李文轲
李丰余
张思瑶
蔡斌
郑娜
聂宇
周到
赵倩
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014
9
在线阅读
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职称材料
2
基于Snakemake的RNA-seq数据自动化分析流程RNApipe
武乐
李益楠
孔德信
周志鹏
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
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职称材料
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
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