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腾冲嗜热厌氧菌的超氧化物歧化酶的进化踪迹分析
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作者 刘元东 刘楚干 +1 位作者 丁建南 邱冠周 《湖南师范大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2007年第4期110-113,共4页
通过同源模建和分子动力学模拟,一个由腾冲嗜热厌氧菌的sod基因编码的蛋白质的可靠的分子结构被建立.对建立的结构进行进化踪迹分析识别出了11个踪迹残基.在它们当中,残基Asn36,Gly101和Glu158的位置遍布整个结构,无规可循;其余的残基... 通过同源模建和分子动力学模拟,一个由腾冲嗜热厌氧菌的sod基因编码的蛋白质的可靠的分子结构被建立.对建立的结构进行进化踪迹分析识别出了11个踪迹残基.在它们当中,残基Asn36,Gly101和Glu158的位置遍布整个结构,无规可循;其余的残基都明显地聚于一个靠近铁原子的子类当中.这些结果表明,该基因编码含铁的超氧化物歧化酶;同时,那些铁原子附近的踪迹残基跟铁的绑定和催化功能直接相关. 展开更多
关键词 化物歧化酶 腾冲嗜热厌氧菌 同源建模 进化踪迹分析 分子动力学
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二氧化钛富集磷酸肽方法优化及在腾冲嗜热厌氧菌磷酸化蛋白质组分析中的应用 被引量:5
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作者 林威 王京兰 +1 位作者 应万涛 钱小红 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期763-769,共7页
为了提高二氧化钛富集磷酸肽法对磷酸肽的富集效率,以6种标准蛋白酶切肽段混合物为研究对象,对二氧化钛富集磷酸肽过程中的乙腈比例、三氟乙酸比例、二氧化钛用量等条件分别进行了优化。结果表明在乙腈含量为80%(v/v),三氟乙酸含量为1%(... 为了提高二氧化钛富集磷酸肽法对磷酸肽的富集效率,以6种标准蛋白酶切肽段混合物为研究对象,对二氧化钛富集磷酸肽过程中的乙腈比例、三氟乙酸比例、二氧化钛用量等条件分别进行了优化。结果表明在乙腈含量为80%(v/v),三氟乙酸含量为1%(v/v),二氧化钛用量与需要富集肽段的质量比为40∶1的条件下,可以取得较好的富集效果。将优化后的富集方法应用于腾冲嗜热厌氧菌磷酸化蛋白质的分析,初步鉴定到25个磷酸化蛋白质,为进一步研究这种极端环境下生存的低等生物的生命活动提供了参考信息。 展开更多
关键词 液相色谱 质谱 化钛 磷酸肽 富集 腾冲嗜热厌氧菌 蛋白质组
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腾冲嗜热厌氧菌耐热解旋酶Tte-uvrD的克隆表达及粗酶的初步应用
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作者 章丽 余以刚 +1 位作者 黄秀丽 肖性龙 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期226-229,235,共5页
以腾冲嗜热厌氧菌(Thermoanaerobacter tengcongensis)基因组DNA为模版,通过PCR克隆编码解旋酶Tte-uvrD的基因tte-uvrd,将该基因插入原核表达载体pET-32a(+),构建重组表达载体pET-32a(+)-tte-uvrd,转入E.coli BL21中,经蓝白斑筛选和双... 以腾冲嗜热厌氧菌(Thermoanaerobacter tengcongensis)基因组DNA为模版,通过PCR克隆编码解旋酶Tte-uvrD的基因tte-uvrd,将该基因插入原核表达载体pET-32a(+),构建重组表达载体pET-32a(+)-tte-uvrd,转入E.coli BL21中,经蓝白斑筛选和双酶切法筛选阳性重组转化子,挑取测序正确的单个阳性菌落,在IPTG诱导下表达出重组蛋白Tte-uvrD。诱导后的菌体经超声破碎和离心,上清液用硫酸铵沉淀法初步纯化,透析除盐,冻干复溶后得到粗酶液。用tHDA反应来验证Tte-uvrD粗酶液的活性,比较不同储存温度下粗酶液酶活保持的时间,并比较-20℃下储存两个月的粗酶液与商品化纯酶的tHDA反应灵敏度。结果表明,用本研究建立的克隆方法可成功克隆出耐热解旋酶TteuvrD,其粗酶液能用于tHDA反应,说明粗酶液具有解旋活性;粗酶液在-20℃下第80d酶活仍能保持稳定,4℃下则只能保持酶活约一周;-20℃下储存两个月的粗酶液能达到与商品化纯酶相当的灵敏度。 展开更多
关键词 腾冲嗜热厌氧菌 Tte-uvrD 克隆表达 粗酶 tHDA
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腾冲嗜热厌氧杆菌Cas2原核表达及生物信息学分析 被引量:1
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作者 王川 刘原子 +5 位作者 魏亚琴 毛婷 杨宇泽 俞海山 张钊 万学瑞 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2021年第2期10-16,共7页
为研究CRISPR/Cas系统及其相关蛋白Cas2(TTE2657)在腾冲嗜热厌氧杆菌热适应中的作用,应用PCR技术构建了原核重组质粒pET-28a::cas2,并在大肠埃希菌BL21表达Cas2蛋白;结合生物信息学软件对cas2编码蛋白的基本理化性质、氨基酸同源性、空... 为研究CRISPR/Cas系统及其相关蛋白Cas2(TTE2657)在腾冲嗜热厌氧杆菌热适应中的作用,应用PCR技术构建了原核重组质粒pET-28a::cas2,并在大肠埃希菌BL21表达Cas2蛋白;结合生物信息学软件对cas2编码蛋白的基本理化性质、氨基酸同源性、空间结构及蛋白质相互作用网络进行预测和分析。结果显示,成功构建了原核表达载体pET-28a::cas2并在大肠埃希菌BL21中得到表达,Cas2分子质量大小为9.9 ku,主要以可溶性形式存在;qRT-PCR显示cas2 mRNA在60℃和75℃高表达;生物信息学分析显示cas2基因其完整的ORF全长264 bp,编码88个氨基酸,其中Ile(14)、Ser(14)、Phe(12)含量较高,等电点为9.31,不存在跨膜结构。其蛋白质二级空间结构以α-螺旋、无规则卷曲、β-折叠为主,蛋白互作预测网络显示Cas2与Cas3、Cas5、Cas7等其家族大部分蛋白存在相互作用。进化树分析显示腾冲嗜热厌氧杆菌cas2基因与厌氧菌芽胞杆菌B7M1同源性最高(39.5%)。腾冲嗜热厌氧杆菌cas2编码蛋白是一种亲水性蛋白,在原核系统能高效表达。本研究为嗜热蛋白质的热稳定性机制的研究提供参考。 展开更多
关键词 腾冲嗜热厌氧菌 cas2基因 QRT-PCR 原核表达 生物信息学分析
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腾冲嗜热厌氧杆菌tte0732基因的表达及生物信息学分析 被引量:4
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作者 刘原子 王艳 +3 位作者 王川 吴润 万学瑞 吴自祥 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2018年第1期42-49,共8页
腾冲嗜热厌氧杆菌tte0732(Galu)基因编码的TTE0732是温度依赖性蛋白。为研究其在热适应中的作用,应用PCR技术克隆腾冲嗜热厌氧菌tte0732基因,构建原核表达载体pET-28a::tte0732并在大肠埃希菌BL21表达TTE0732;通过qRT-PCR分析tte0732基... 腾冲嗜热厌氧杆菌tte0732(Galu)基因编码的TTE0732是温度依赖性蛋白。为研究其在热适应中的作用,应用PCR技术克隆腾冲嗜热厌氧菌tte0732基因,构建原核表达载体pET-28a::tte0732并在大肠埃希菌BL21表达TTE0732;通过qRT-PCR分析tte0732基因在50、60、75和80℃的RNA表达量;应用生物信息学软件分析Galu在嗜热菌和常温菌中编码氨基酸的基本理化性质。成功构建了原核表达载体pET-28a::tte0732并在大肠埃希菌BL21中得到高效表达,TTE0732分子质量大小为35 ku,主要以可溶性形式存在;qRT-PCR显示tte0732 mRNA在75和80℃高表达;生物信息学分析得出tte0732基因完整的ORF全长909 bp,编码302个氨基酸,其中Ile(I)、Leu(L)含量高于常温菌,编码蛋白为酸性亲水性蛋白,等电点为5.22,含有18个潜在的磷酸化位点,不存在跨膜结构、信号肽和糖基化位点。预测其蛋白质二级空间结构以α-螺旋、无规则卷曲、β-折叠为主。腾冲嗜热厌氧杆菌TTE0732蛋白是一种亲水性蛋白,在原核系统能高效表达,本研究结果对嗜热蛋白质的热稳定性机制的研究具有一定的参考。 展开更多
关键词 腾冲嗜热厌氧菌 tte0732基因 原核表达 生物信息学分析 QRT-PCR
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腾冲嗜热厌氧杆菌ahpC编码基因的克隆表达及生物信息学分析 被引量:3
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作者 郑航辉 高昇 +4 位作者 杨宇泽 吴润 万学瑞 王川 刘磊 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期36-40,共5页
为了研究腾冲嗜热厌氧杆菌( Thermoanaerobacter tengcongensis )AhpC在嗜热中的作用,应用PCR技术扩增腾冲嗜热厌氧菌 tte0270 基因(即 ahpC 编码基因),构建了原核表达载体pET-28a:: ahpC 并在大肠杆菌BL21(DE3)表达 AhpC ,并通过荧光定... 为了研究腾冲嗜热厌氧杆菌( Thermoanaerobacter tengcongensis )AhpC在嗜热中的作用,应用PCR技术扩增腾冲嗜热厌氧菌 tte0270 基因(即 ahpC 编码基因),构建了原核表达载体pET-28a:: ahpC 并在大肠杆菌BL21(DE3)表达 AhpC ,并通过荧光定量PCR分析 ahpC 在50 ℃、60 ℃、75 ℃和80 ℃的mRNA表达量;同时利用生物信息学软件分析AhpC在腾冲嗜热厌氧杆菌、单核细胞增生李斯特菌和大肠杆菌中编码氨基酸的基本理化性质和蛋白质三级结构。在BL21(DE3)中腾冲嗜热厌氧杆菌AhpC蛋白能高效的表达,以可溶性形式存在,分子质量为26 ku;荧光定量PCR结果表明腾冲嗜热厌氧杆菌 ahpC mRNA表达量随温度升高而提高;生物信息学分析得出AhpC含有220个氨基酸,为酸性亲水性蛋白,等电点为6.126,蛋白质有29.1%的氨基酸参与α-螺旋结构的形成。嗜热菌AhpC中Glu(E)和Lys(K)的含量高于常温细菌。腾冲嗜热厌氧杆菌AhpC的三级结构明显比大肠杆菌和单核细胞增生李斯特菌的更紧凑。结果对腾冲嗜热菌嗜热机制研究具有一定的启发。 展开更多
关键词 腾冲嗜热厌氧菌 AHPC 适应
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