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题名生物信息学双序列比对算法加速器设计与实现
被引量：7
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作者
张阳
窦勇
夏飞
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机构
国防科学技术大学计算机学院
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出处
《计算机科学与探索》
CSCD
2008年第5期519-528,共10页
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基金
the National High-Tech Research and Development Plan of China under Grant No.2007AA01Z106~~
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文摘
双序列比对算法是进行生物信息学研究的基础算法。在FPGA上实现大规模脉动式阵列对双序列比对算法进行加速能够大幅度提高比对的效率。然而现有的设计方法在比对序列长度较短的情况下,处理单元利用率很低;在序列的长度较大时,需要占用大量的片内存储资源。通过将两条序列同时送入阵列进行比对减少比对时间。将比对数据送入外部存储器,优化比对过程中的数据存储调度,有效降低了对片内存储器的需求。以Smith-Waterman算法为例进行了实现验证,结果表明本设计在性能上优于传统设计。与Pentium42.60GHz通用微处理器计算机相比,使用加速器对长度为65536的序列进行比对可获得1555倍的加速比。
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关键词
双序列比对
现场可编程门阵列
硬件加速
脉动式阵列
Smith—Waterman算法
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Keywords
pair-wise alignment
Field Programmable Gate Array （FPGA）
hardware acceleration
systolic array
Smith-Waterman algorithm
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分类号
TP302
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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题名DVB-H中RS译码器的简化算法研究
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作者
吴洁
李振波
陈佳品
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机构
薄膜与微细技术教育部重点实验室上海交通大学微纳科学技术研究院
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出处
《计算机应用与软件》
CSCD
2009年第12期48-49,85,共3页
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基金
国家高技术研究发展计划(2007AA04Z340)
国家自然科学基金(60475037)
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文摘
RS(204,188)在DVB-H标准中作为外码使用。通过采用脉动式阵列及基于常规MEA的简化多项式阶数设计思想,并利用查找表ROM取代常规求逆电路,设计了一种高效低延迟的RS(204,188)译码器。该译码器符合DVB-H标准的性能要求,成功地实现了对RS(204,188)包的解码,同时也减小了电路规模,缩短了译码延迟时间。
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关键词
脉动式阵列
修正Euclid算法
查找表
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Keywords
Systolic array Modified Euclid algorithm Look up table
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分类号
TP331.1
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
TN919.85
[电子电信—通信与信息系统]
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