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跨膜蛋白CD3ε与磷脂酰肌醇二磷酸在脂筏域体系中蛋白质-脂质相互作用的粗粒化模拟研究
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作者 范盎然 杨珂 +5 位作者 王旭 施逸凡 陈伟航 华茜 董瑞娟 魏鹏 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期627-635,共9页
细胞膜局部区域可形成富含饱和脂质、胆固醇、鞘脂的脂筏域作为其信号转导调控平台。传统实验手段在研究脂筏及其功能时受到系统复杂度高及区域结构瞬时性强等制约。近年来,分子动力学模拟技术为细胞膜的组织原则提供了重要的理论支撑,... 细胞膜局部区域可形成富含饱和脂质、胆固醇、鞘脂的脂筏域作为其信号转导调控平台。传统实验手段在研究脂筏及其功能时受到系统复杂度高及区域结构瞬时性强等制约。近年来,分子动力学模拟技术为细胞膜的组织原则提供了重要的理论支撑,从简单的单一组分模型到多组分系统转变,最终形成了越来越多的细胞膜仿真模型。其中,粗粒化模拟由于其简化模型,可大副拓展模拟体系的复杂程度与模拟时间,在细胞膜以及蛋白质-脂质相互作用相关研究中得到了广泛应用。本文采用MARTINI粗粒化力场模拟,构建了一种含有阴离子脂质磷脂酰肌醇二磷酸(phosphatidylinositol diphosphate, PIP2)的混合膜体系。模拟结果表明,该体系在适当温度及饱和度条件下,能自发分层形成脂筏域;膜厚度、膜组分分布、膜组分流动性等多种参数均表明,脂筏结构形成且符合其结构特征;少量PIP2添加不影响分层特性且PIP2对脂筏具有显著亲和性。此外,利用该模型以跨膜信号蛋白CD3ε为例研究了脂筏域体系中蛋白质-脂质相互作用。结果表明,PIP2-CD3ε胞内区相互作用可能是脂筏招募CD3ε的驱动力,且该过程可受钙离子调控。本工作体现了粗粒化模拟在仿真膜相关研究中的巨大优势及良好应用前景。 展开更多
关键词 分子动力学模拟 粗粒化 酰肌醇二磷酸 蛋白-相互作用
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肺表面活性蛋白B的构效关系研究进展 被引量:2
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作者 刘钦 顾仕苓 +2 位作者 唐晓莲 王万能 周继红 《重庆理工大学学报(自然科学)》 CAS 2017年第5期91-98,共8页
肺表面活性物质是分布于肺泡内衬的一类磷脂蛋白复合物。而由于磷脂具有两亲性,能与肺表面活性物质中的特异性蛋白相互作用而在肺泡中排列形成磷脂单分子层,从而发挥其降低气液界面表面张力的作用。肺表面活性蛋白B(surfactant protein ... 肺表面活性物质是分布于肺泡内衬的一类磷脂蛋白复合物。而由于磷脂具有两亲性,能与肺表面活性物质中的特异性蛋白相互作用而在肺泡中排列形成磷脂单分子层,从而发挥其降低气液界面表面张力的作用。肺表面活性蛋白B(surfactant protein B,SP-B)是肺表面活性蛋白最为重要的特异性蛋白,它的异常常常引起肺部各种疾病,因此SP-B在肺功能维持和修复中起着不可替代的作用。SP-B具有类似于阿米巴穿孔肽超蛋白家族成员的结构,属于鞘脂激活蛋白样蛋白超家族蛋白(SAPLIPs)。通过分析脂质-蛋白相互作用和SP-B的构效关系特点,为基于类似物的药物开发提供理论依据。 展开更多
关键词 肺表面活性蛋白B 结构 构效关系 脂质-蛋白相互作用
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