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两种基于偏最小二乘法的分类模型对肿瘤基因表达数据行多分类的比较研究被引量：4: 1; 作者金志超陆健 +3 位作者吴骋高青斌孙亚林贺佳《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2009年第5期450-454,458,共6页; 目的比较两种基于偏最小二乘法的分类模型对肿瘤基因表达数据行多分类分析的效果,比较不同差异基因选取方法对分类结果的影响。方法利用NCI60等4个肿瘤基因表达数据库,通过4种不同方法选取差异表达基因,在此基础上,用两种基于偏最小二... 展开更多; 关键词肿瘤基因表达数据偏最小二乘法多分类; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于Spark的肿瘤基因混合特征选择方法被引量：4: 2; 作者汪丽丽邓丽 +1 位作者余玥费敏锐《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1-6,共6页; 为处理随微阵列技术发展而急剧增长的肿瘤基因数据,实现对肿瘤基因数据的特征选择,结合集成特征选择和混合特征选择,提出一种Spark分布式计算框架的混合特征选择方法。利用F-score特征选择方法去除无关特征,进行初步特征选择,结合F-scor... 展开更多; 关键词肿瘤基因数据 Spark分布式计算框架混合特征选择集成特征选择分类; 在线阅读下载PDF 职称材料

肿瘤基因选择方法LLE Score 被引量：7: 3; 作者李建更逄泽楠 +1 位作者苏磊陈思远《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1145-1150,共6页; 针对处理肿瘤基因表达数据特征选择问题,提出了一种特征选择方法 LLE Score.该方法是典型的过滤器类型特征选择方法,在样本类别信息的基础上,LLE Score针对特征向量的局部邻域保存能力进行评价,并且根据评价结果进行特征的选取,以此达... 展开更多; 关键词 LLE SCORE 特征选择肿瘤基因表达数据; 在线阅读下载PDF 职称材料

代价敏感特征选择的肿瘤分类应用: 4; 作者边婧彭新光张海《计算机工程与设计》北大核心 2017年第5期1342-1346,1388,共6页; 针对肿瘤基因数据高维、小样本的特点,引入误分类代价,基于混沌遗传算法提出一种代价敏感特征选择算法。结合误分类代价矩阵与分类精度,构建基于最近邻的代价敏感特征选择适应度函数,在降低特征选择总成本的同时权衡代价成本与分类精度... 展开更多; 关键词代价敏学习特征选择肿瘤基因数据混沌遗传算法分类; 在线阅读下载PDF 职称材料

构建基于凋亡相关基因的膀胱癌预后模型被引量：1: 5; 作者张磊姜经航《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2022年第5期512-518,共7页; 目的细胞凋亡在膀胱癌(BC)发生、发展以及化疗等生物学进程中发挥着重要作用。文中通过分析差异表达的凋亡相关基因(ARGs)以及临床特征,构建预测BC患者预后的模型。方法分析肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中161个ARGs,筛选出差异表达基因... 展开更多; 关键词膀胱癌凋亡相关基因预后肿瘤基因组图谱数据库; 在线阅读下载PDF 职称材料

一种结合随机森林和邻域粗糙集的特征选择方法被引量：10: 6; 作者吴辰文王伟 +2 位作者李长生梁靖涵闫光辉《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2017年第6期1358-1362,共5页; 针对肿瘤基因数据具有高维小样本的特性,为了提高传统基因分类方法的正确率,提出一种结合随机森林和邻域粗糙集的特征基因选择方法(Random Forest and Neighborhood Rough Set,RFNRS).该方法首先利用Relief算法,对原始的肿瘤基因数据进... 展开更多; 关键词肿瘤基因数据随机森林特征封装 RELIEF算法邻域粗糙集特征选择; 在线阅读下载PDF 职称材料

GCNT3在结直肠癌中的表达及临床意义被引量：2: 7; 作者刘陕西叶钧 +2 位作者尚杨杨陈颢元汪荣泉《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期913-917,共5页; 目的探讨GCNT3在结直肠癌中表达的水平变化及其对结直肠癌患者预后的影响。方法国际癌症和肿瘤基因数据库(TCGA)中下载结直肠癌患者GCNT3基因(编码C2GnT-2)的mRNA表达数据及临床信息,整理分析其表达水平变化对结直肠癌临床相关性及预后... 展开更多; 关键词结直肠癌癌症和肿瘤基因数据库 GCNT3 无病生存率; 在线阅读下载PDF 职称材料

纤维连接蛋白1在胃癌中的表达及临床意义被引量：6: 8; 作者孙阳赵春临《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2019年第6期629-633,共5页; 目的纤维连接蛋白1(FN1)参与癌症发生发展的机制尚不清楚。文章旨在研究FN1在胃癌组织中的表达和临床病理意义,并探讨FN1作用机制。方法采用人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载 GSE54129、GSE29272 ... 展开更多; 关键词胃癌人类肿瘤相关基因表达汇编数据库癌症基因组图谱数据库纤维连接蛋白1 预后基因集; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名两种基于偏最小二乘法的分类模型对肿瘤基因表达数据行多分类的比较研究被引量：4: 1; 作者金志超陆健吴骋高青斌孙亚林贺佳; 机构第二军医大学卫生统计学教研室; 出处《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2009年第5期450-454,458,共6页; 基金国家自然科学基金资助(30671821) 国家自然科学基金资助(30800943) +1 种基金上海市基础研究重点项目(08JC1405100); 文摘目的比较两种基于偏最小二乘法的分类模型对肿瘤基因表达数据行多分类分析的效果,比较不同差异基因选取方法对分类结果的影响。方法利用NCI60等4个肿瘤基因表达数据库,通过4种不同方法选取差异表达基因,在此基础上,用两种基于偏最小二乘的方法行多分类分析。一是偏最小二乘线性判别,首先运用偏最小二乘法行降维,再利用降维得到的成分作为输入变量作线性判别分析;二是偏最小二乘判别分析,利用偏最小二乘回归直接进行分类。分类效果采用留一法和10倍交叉验证法进行评价。结果偏最小二乘判别分析的分类效果略优于偏最小二乘降维后的线性判别。以变量重要性指标选取差异表达基因时分类效果较好,其次是SAM法。结论在对肿瘤基因表达数据行多分类分析时,偏最小二乘法既是一种高效的降维方法,也是一种实用的分类方法。; 关键词肿瘤基因表达数据偏最小二乘法多分类; Keywords Tumor microarray gene expression data Partial least squares method Multiple classification; 分类号 R195 [医药卫生—卫生统计学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于Spark的肿瘤基因混合特征选择方法被引量：4: 2; 作者汪丽丽邓丽余玥费敏锐; 机构上海大学机电工程与自动化学院上海市电站自动化技术重点实验室; 出处《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1-6,共6页; 基金上海市科委重点项目(14DZ1206302); 文摘为处理随微阵列技术发展而急剧增长的肿瘤基因数据,实现对肿瘤基因数据的特征选择,结合集成特征选择和混合特征选择,提出一种Spark分布式计算框架的混合特征选择方法。利用F-score特征选择方法去除无关特征,进行初步特征选择,结合F-score、多分类支持向量机递归消除法、基于随机森林的特征选择3种方法得到最优的特征子集,并采用支持向量机对特征子集进行分类预测。实验结果表明,该方法能通过选择较少的基因达到较高的分类准确率。; 关键词肿瘤基因数据 Spark分布式计算框架混合特征选择集成特征选择分类; Keywords tumor gene data Spark distributed computing framework hybrid feature selection integrated feature selection classification; 分类号 TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名肿瘤基因选择方法LLE Score 被引量：7: 3; 作者李建更逄泽楠苏磊陈思远; 机构北京工业大学电子信息与控制工程学院计算智能与智能系统北京市重点实验室吉林大学机械科学与工程学院; 出处《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1145-1150,共6页; 基金国家科技重大专项资助项目(2011BAC12B0304) 北京市教育委员会科技计划项目(JC002011200903); 文摘针对处理肿瘤基因表达数据特征选择问题,提出了一种特征选择方法 LLE Score.该方法是典型的过滤器类型特征选择方法,在样本类别信息的基础上,LLE Score针对特征向量的局部邻域保存能力进行评价,并且根据评价结果进行特征的选取,以此达到良好的特征选择效果.在实验部分对肿瘤数据集进行特征选择,并采用支持向量机分类器计算分类准确率.通过分类准确率说明了该方法的有效性.; 关键词 LLE SCORE 特征选择肿瘤基因表达数据; Keywords LLE Score LLE Score feature selection tumor gene expressive data; 分类号 TP308 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名代价敏感特征选择的肿瘤分类应用: 4; 作者边婧彭新光张海; 机构太原理工大学计算机科学与技术学院山西职工医学院网络信息中心中国农业银行山西省分行科技与产品管理部; 出处《计算机工程与设计》北大核心 2017年第5期1342-1346,1388,共6页; 基金山西省卫生厅科研基金项目(201301006) 山西省研究生优秀创新基金项目(20123030); 文摘针对肿瘤基因数据高维、小样本的特点,引入误分类代价,基于混沌遗传算法提出一种代价敏感特征选择算法。结合误分类代价矩阵与分类精度,构建基于最近邻的代价敏感特征选择适应度函数,在降低特征选择总成本的同时权衡代价成本与分类精度,采用混沌遗传算法提高搜索效率,提升算法性能。将该方法应用于肿瘤基因数据进行有效性验证,实验结果表明,该算法降低了特征空间维数,有效提高了肿瘤的分类性能。; 关键词代价敏学习特征选择肿瘤基因数据混沌遗传算法分类; Keywords cost-sensitive learning feature selection tumor gene expression data chaos genetic algorithm classification; 分类号 TP18 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名构建基于凋亡相关基因的膀胱癌预后模型被引量：1: 5; 作者张磊姜经航; 机构荆门市第二人民医院泌尿外科荆门市第二人民医院生殖医学中心; 出处《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2022年第5期512-518,共7页; 基金荆门市科学技术研究与开发计划重点项目(2019YFZD044)。; 文摘目的细胞凋亡在膀胱癌(BC)发生、发展以及化疗等生物学进程中发挥着重要作用。文中通过分析差异表达的凋亡相关基因(ARGs)以及临床特征,构建预测BC患者预后的模型。方法分析肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中161个ARGs,筛选出差异表达基因。通过GO和KEGG分析差异表达ARGs在BC中潜在的分子机制。Cox回归分析ARGs在预后的价值,构建评价患者的以后风险模型。使用Kaplan-Meier(KM)曲线和受试者工作特征(ROC)曲线以确定模型的预后价值。结果与正常膀胱组织相比,BC组织中41个差异表达ARGs。GO和KEGG分析发现差异表达ARGs与铂类耐药、细胞凋亡、细胞周期等生物学进程有关,同时也与P53等一些肿瘤发生经典途径调控信号通路相关。多因素Cox回归分析发现4个基因(AIFM3、TAP1、CASP6、EMP1)与BC患者生存和预后密切相关。基于人类蛋白质图谱网站数据库验证指出4个基因在肿瘤组织和癌旁正常组织之间也存在差异性表达,并且与患者预后密切相关。KM分析显示高风险评分组的预后明显差于低风险评分组(P=6.002e-06<0.0001)。风险评分与相应的临床变量相结合,构建预测患者生存率的诺模图,预测C指数为0.694,预测1年、3年和5年BC生存率的ROC曲线下面积分别为0.652、0.648和0.684。结论基于ARGs的预后模型可以用于BC患者的预后预测。; 关键词膀胱癌凋亡相关基因预后肿瘤基因组图谱数据库; Keywords bladder cancer apoptosis-related gene prognosis The Cancer Genome Atlas; 分类号 R737.14 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名一种结合随机森林和邻域粗糙集的特征选择方法被引量：10: 6; 作者吴辰文王伟李长生梁靖涵闫光辉; 机构兰州交通大学电子与信息工程学院; 出处《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2017年第6期1358-1362,共5页; 基金国家自然科学基金项目(61163010)资助甘肃省自然科学基金项目(1308RJZA111)资助兰州市科技计划项目(2015-2-99)资助; 文摘针对肿瘤基因数据具有高维小样本的特性,为了提高传统基因分类方法的正确率,提出一种结合随机森林和邻域粗糙集的特征基因选择方法(Random Forest and Neighborhood Rough Set,RFNRS).该方法首先利用Relief算法,对原始的肿瘤基因数据进行权重选择,去除权重较低的特征子集;接着引入基于随机森林的封装式特征选择算法(Random Forest Wrapper Feature Select,RFWFS),以模型准确率作为评判准则,筛选特征子集;然后引入邻域粗糙集针对连续性的特征子集进行寻优处理;最后利用多个经典分类算法处理特征子集.经实验结果表明,该方法不仅在肿瘤基因特征子集的选择上具有良好的性能,同时在算法的分类性能上也有所提高.; 关键词肿瘤基因数据随机森林特征封装 RELIEF算法邻域粗糙集特征选择; Keywords tumor gene dataset RFWFS Relief algorithm neighborhood rough set feature selection; 分类号 TP18 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名GCNT3在结直肠癌中的表达及临床意义被引量：2: 7; 作者刘陕西叶钧尚杨杨陈颢元汪荣泉; 机构陆军军医大学西南医院全军消化病研究所; 出处《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期913-917,共5页; 基金国家自然科学基金面上项目(81572903)~~; 文摘目的探讨GCNT3在结直肠癌中表达的水平变化及其对结直肠癌患者预后的影响。方法国际癌症和肿瘤基因数据库(TCGA)中下载结直肠癌患者GCNT3基因(编码C2GnT-2)的mRNA表达数据及临床信息,整理分析其表达水平变化对结直肠癌临床相关性及预后的影响,并通过细胞增殖实验观察干扰C2GnT-2合成后结直肠癌细胞增殖能力的变化情况。结果 GCNT3在癌组织中较癌旁组织低表达(P<0.001);GCNT3低表达组病人无病生存率显著低于高表达组(P<0.05);干扰C2GnT-2合成后结直肠癌细胞增殖能力显著增强(P<0.01)。结论 GCNT3在结直肠癌中低表达,其低表达可能提示直肠癌患者无病生存率低。; 关键词结直肠癌癌症和肿瘤基因数据库 GCNT3 无病生存率; Keywords colorectal cancer Cancer Genome Atlas database GCNT3 gene disease-free survival; 分类号 R735.34 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名纤维连接蛋白1在胃癌中的表达及临床意义被引量：6: 8; 作者孙阳赵春临; 机构郑州大学第一附属医院胃肠外科; 出处《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2019年第6期629-633,共5页; 文摘目的纤维连接蛋白1(FN1)参与癌症发生发展的机制尚不清楚。文章旨在研究FN1在胃癌组织中的表达和临床病理意义,并探讨FN1作用机制。方法采用人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载 GSE54129、GSE29272 和 TCGA 数据分析胃癌与癌旁组织 FN1 的表达。根据 TCGA 表达谱数据及 FN1 表达分为:低表达(<-0.475)、中表达(-0.475~1.036)、高表达(>1.036)。分析 FN1在胃癌组织中的表达和临床病理关系;应用 TCGA数据和Kaplan Meier在线分析FN1的表达水平与胃癌患者的预后关系;TCGA数据采用基因集富集分析(GSEA)方法预测FN1的相关通路。结果 FN1低、中、高表达的中位生存时间分别为 63.5、55.7和 39.4个月,低表达和高表达者中位生存时间差异具有统计学意义(P<0.01)。Kaplan-Meier Plotter 在线数据集分析结果显示,FN1 高表达者中位生存时间短于低表达者(P< 0.01),即FN1表达越高,预后越差。FN1的表达是胃癌患者的独立预后因素(HR=0.480,95%CI:0.336~0.686)。FN1高表达样本富集到KRAS(FDR=0.0025)、P53(FDR=0.0052)、TGF-β(FDR=0.0052)、细胞黏附(FDR=0.0)、细胞外基质(FDR=0.0043)、骨架蛋白调控(FDR=0.0057)等基因集(P均<0.01)。结论 FN1的高表达是胃癌预后不良的因素,可作为预测胃癌转移和预后的有效生物标志物。FN1高表达导致KRAS、P53、TGF-β、ECM、细胞黏附和细胞骨架蛋白调节通路异常可能是其作用机制。; 关键词胃癌人类肿瘤相关基因表达汇编数据库癌症基因组图谱数据库纤维连接蛋白1 预后基因集; Keywords gastric cancer the cancer genome atlas the gene expression omnibus fibronectin 1 prognosis gene set; 分类号 R735.2 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	两种基于偏最小二乘法的分类模型对肿瘤基因表达数据行多分类的比较研究	金志超陆健吴骋高青斌孙亚林贺佳	《中国卫生统计》 CSCD 北大核心	2009	4	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于Spark的肿瘤基因混合特征选择方法	汪丽丽邓丽余玥费敏锐	《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心	2018	4	在线阅读下载PDF 职称材料
3	肿瘤基因选择方法LLE Score	李建更逄泽楠苏磊陈思远	《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心	2015	7	在线阅读下载PDF 职称材料
4	代价敏感特征选择的肿瘤分类应用	边婧彭新光张海	《计算机工程与设计》北大核心	2017	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	构建基于凋亡相关基因的膀胱癌预后模型	张磊姜经航	《医学研究生学报》 CAS 北大核心	2022	1	在线阅读下载PDF 职称材料
6	一种结合随机森林和邻域粗糙集的特征选择方法	吴辰文王伟李长生梁靖涵闫光辉	《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心	2017	10	在线阅读下载PDF 职称材料
7	GCNT3在结直肠癌中的表达及临床意义	刘陕西叶钧尚杨杨陈颢元汪荣泉	《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心	2019	2	在线阅读下载PDF 职称材料
8	纤维连接蛋白1在胃癌中的表达及临床意义	孙阳赵春临	《医学研究生学报》 CAS 北大核心	2019	6	在线阅读下载PDF 职称材料