目的基于网络药理学和分子对接技术研究四妙勇安汤通过调控巨噬细胞改善心肌缺血再灌注损伤(myocardial ischemia-reperfusion injury,MIRI)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库及分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems ...目的基于网络药理学和分子对接技术研究四妙勇安汤通过调控巨噬细胞改善心肌缺血再灌注损伤(myocardial ischemia-reperfusion injury,MIRI)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库及分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索四妙勇安汤活性成分和作用靶点,通过OMIM、GeneCards、PharmGkb三个数据库筛选巨噬细胞和MIRI的主要靶点,构建药物—成分—靶点网络,进行网络拓扑学分析后获得药物主要活性成分;利用STRING 12.0进行蛋白质互作分析,构建PPI网络以筛选关键靶点及核心靶点;运用David库对关键交集靶点进行GO和KEGG富集分析;利用Cytoscape 3.10.2将分析得到的关键通路、交集靶点和主要活性成分三者构建活性成分—靶点—通路网络并进行网络拓扑学分析,获取药物核心活性成分;进一步对核心活性成分和核心靶点的结合程度进行分子对接验证。结果筛选出四妙勇安汤重要活性成分有槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、木犀草素等,PPI网络中关键交集靶点29个,核心靶点有白介素(interleukin,IL)-6、IL-1β、肿瘤坏死因子(tumour necrosis factor,TNF)、信号传导及转录激活蛋白3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)和丝氨酸/苏氨酸激酶1(serine/threonine kinase 1,Akt1)。富集分析得到细胞组成23条,分子功能54条,生物过程374条;KEGG通路富集分析得到147条,主要涉及晚期糖基化终产物—受体、癌症相关、脂质与动脉粥样硬化、IL-17等多条信号通路。分子对接结果可知,四妙勇安汤的核心活性成分槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、木犀草素、柚皮素等与核心靶点IL-6、TNF、IL-1β、STAT3、Akt1结合良好。结论通过网络药理学结合分子对接的方法预测了四妙勇安汤通过调控巨噬细胞改善MIRI的主要作用机制,可能是通过抑制炎症反应、氧化应激和心肌细胞凋亡发挥作用。展开更多
目的:采用网络药理学方法探索β-石竹烯(β-caryophyllene,BCP)在脑缺血/再灌注损伤(cerebral ischemia-reperfusion injury,CIRI)中发挥作用的潜在机制,并对关键通路中的关键靶点进行验证。方法:通过PharmMapper(pharmmapper server)...目的:采用网络药理学方法探索β-石竹烯(β-caryophyllene,BCP)在脑缺血/再灌注损伤(cerebral ischemia-reperfusion injury,CIRI)中发挥作用的潜在机制,并对关键通路中的关键靶点进行验证。方法:通过PharmMapper(pharmmapper server)数据库获得BCP相关靶点;通过人类基因数据库(https://www.genecards.org/,GeneCards)和在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)数据库获得CIRI的相关靶点;利用VENNY 2.1.0数据库比对筛选BCP抗CIRI的潜在作用靶点,并利用软件Cytoscape 3.7.1绘制相互图;利用软件R语言中的clusterProfiler包对BCP抗CIRI的潜在靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集通路分析;建立大鼠CIRI模型,用western blot法验证BCP抗CIRI的潜在靶点。结果:筛选出BCP相关靶点194个,CIRI相关靶点1144个,共同靶点102个。BCP主要作用于白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、信号转导子和转录激活子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、半胱天冬酶3(caspase 3,CASP3)等关键靶点,通过过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptors,PPAR)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、核因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)、P53(tumor protein p53,P53)等信号通路途径,对CIRI发挥抗炎、抗氧化、抗凋亡、神经保护作用。结论:BCP在CIRI治疗中的作用主要涉及抗凋亡、神经保护作用,其他还与抗炎、抗氧化等多靶点、多通路相关,体现出我国中医药多靶点、多环节发挥作用的特点。展开更多
文摘目的基于网络药理学和分子对接技术研究四妙勇安汤通过调控巨噬细胞改善心肌缺血再灌注损伤(myocardial ischemia-reperfusion injury,MIRI)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库及分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索四妙勇安汤活性成分和作用靶点,通过OMIM、GeneCards、PharmGkb三个数据库筛选巨噬细胞和MIRI的主要靶点,构建药物—成分—靶点网络,进行网络拓扑学分析后获得药物主要活性成分;利用STRING 12.0进行蛋白质互作分析,构建PPI网络以筛选关键靶点及核心靶点;运用David库对关键交集靶点进行GO和KEGG富集分析;利用Cytoscape 3.10.2将分析得到的关键通路、交集靶点和主要活性成分三者构建活性成分—靶点—通路网络并进行网络拓扑学分析,获取药物核心活性成分;进一步对核心活性成分和核心靶点的结合程度进行分子对接验证。结果筛选出四妙勇安汤重要活性成分有槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、木犀草素等,PPI网络中关键交集靶点29个,核心靶点有白介素(interleukin,IL)-6、IL-1β、肿瘤坏死因子(tumour necrosis factor,TNF)、信号传导及转录激活蛋白3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)和丝氨酸/苏氨酸激酶1(serine/threonine kinase 1,Akt1)。富集分析得到细胞组成23条,分子功能54条,生物过程374条;KEGG通路富集分析得到147条,主要涉及晚期糖基化终产物—受体、癌症相关、脂质与动脉粥样硬化、IL-17等多条信号通路。分子对接结果可知,四妙勇安汤的核心活性成分槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、木犀草素、柚皮素等与核心靶点IL-6、TNF、IL-1β、STAT3、Akt1结合良好。结论通过网络药理学结合分子对接的方法预测了四妙勇安汤通过调控巨噬细胞改善MIRI的主要作用机制,可能是通过抑制炎症反应、氧化应激和心肌细胞凋亡发挥作用。
文摘目的:采用网络药理学方法探索β-石竹烯(β-caryophyllene,BCP)在脑缺血/再灌注损伤(cerebral ischemia-reperfusion injury,CIRI)中发挥作用的潜在机制,并对关键通路中的关键靶点进行验证。方法:通过PharmMapper(pharmmapper server)数据库获得BCP相关靶点;通过人类基因数据库(https://www.genecards.org/,GeneCards)和在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)数据库获得CIRI的相关靶点;利用VENNY 2.1.0数据库比对筛选BCP抗CIRI的潜在作用靶点,并利用软件Cytoscape 3.7.1绘制相互图;利用软件R语言中的clusterProfiler包对BCP抗CIRI的潜在靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集通路分析;建立大鼠CIRI模型,用western blot法验证BCP抗CIRI的潜在靶点。结果:筛选出BCP相关靶点194个,CIRI相关靶点1144个,共同靶点102个。BCP主要作用于白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1)、信号转导子和转录激活子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、半胱天冬酶3(caspase 3,CASP3)等关键靶点,通过过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptors,PPAR)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、核因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)、P53(tumor protein p53,P53)等信号通路途径,对CIRI发挥抗炎、抗氧化、抗凋亡、神经保护作用。结论:BCP在CIRI治疗中的作用主要涉及抗凋亡、神经保护作用,其他还与抗炎、抗氧化等多靶点、多通路相关,体现出我国中医药多靶点、多环节发挥作用的特点。
