基于16S rRNA基因序列分析家蚕肠道细菌的多样性 被引量：24

1

作者 许刚 孙振丽 +3 位作者 胡小龙 薛仁宇 曹广力 贡成良 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期641-649,共9页

家蚕肠道菌群与蚕体对营养物质的消化吸收及健康性密切相关。为了解家蚕肠道细菌的多样性及雌、雄个体间肠道细菌类群的差异,通过应用454焦磷酸测序技术检测细菌16S rRNA基因序列的方法分析家蚕5龄第3天雌、雄幼虫中肠内容物中的细菌类... 家蚕肠道菌群与蚕体对营养物质的消化吸收及健康性密切相关。为了解家蚕肠道细菌的多样性及雌、雄个体间肠道细菌类群的差异,通过应用454焦磷酸测序技术检测细菌16S rRNA基因序列的方法分析家蚕5龄第3天雌、雄幼虫中肠内容物中的细菌类群,共发现5 578个分类操作单元(operational taxonomic units),包括14个门、21个纲、30个目、71个科、120个属的细菌,雌、雄个体在上述分类阶元共有的肠道细菌菌群分别为8、9、20、38和46种。在属水平上对细菌菌群构成的分析显示,雄蚕肠道中的主要优势细菌为代尔夫特菌属Delftia、橙单胞菌属Aurantimonas、肠球菌属Enterococcus、嗜糖假单胞菌属Pelomonas、青枯菌属Ralstonia、台湾温单胞菌属Tepidimonas、假单胞菌属Pseudomonas、阿斯普罗单胞菌属Aspromonas、甲基杆菌属Methylobacterium和葡萄球菌属Staphylococcus;雌蚕肠道中的主要优势细菌为代尔夫特菌属Delftia、橙单胞菌属Aurantimonas、假单胞菌属Pseudomonas、嗜糖假单胞菌属Pelomonas、佩特罗菌属Petrobacter、肠球菌属Enterococcus、台湾温单胞菌属Tepidimonas、狭义的梭菌属Clostridium sensu stricto、阿斯普罗单胞菌属Aspromonas。其中,雄蚕肠道中有23个属的细菌丰度是雌蚕的1.5倍以上,在雌蚕肠道中有7个属的细菌丰度是雄蚕的1.5倍以上,表明雌性与雄性家蚕肠道细菌类群的组成和比率存在明显差异。基于16S rRNA基因序列的聚类分析显示,家蚕肠道中的优势细菌属可分为2个大类。家蚕肠道细菌的多样性研究结果可作为探讨雌蚕和雄蚕经济性状差异的新线索。 展开更多

关键词 家蚕肠道 细菌类群 多样性 性别差异 16S RRNA基因序列 454焦磷酸测序

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16S rRNA序列分析在猪肠道细菌鉴定中的应用 被引量：1

2

作者 史斌 龙塔 +1 位作者 赵战勤 薛云 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2013年第6期134-136,共3页

为建立16SrRNA基因序列分析鉴定猪肠道细菌的方法,选择细菌的16SrRNA基因为靶序列设计引物,对11株猪肠道细菌进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序和序列分析。序列分析结果显示,A2、A4序列与柠檬明串珠菌同源性>99%;B2序列与鼠乳杆菌同... 为建立16SrRNA基因序列分析鉴定猪肠道细菌的方法,选择细菌的16SrRNA基因为靶序列设计引物,对11株猪肠道细菌进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序和序列分析。序列分析结果显示,A2、A4序列与柠檬明串珠菌同源性>99%;B2序列与鼠乳杆菌同源性>99%;C2序列与唾液乳酸杆菌同源性>99%;F3序列与类肠膜魏斯氏菌同源性>97%;F6和F7序列与融合魏斯氏菌同源性>99%;M3和M8序列与洛菲氏不动杆菌同源性>98%;M9和M11序列与粪肠球菌同源性>99%。表明建立的16SrRNA基因序列分析方法可以应用于鉴定猪肠道细菌。 展开更多

关键词 16S RRNA基因 序列分析 猪 肠道细菌

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人端粒重复序列结合因子1^(33-277)在大肠杆菌中的克隆及高效表达 被引量：4

3

作者 黄河 陈巧芳 林茂芳 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 2000年第5期193-195,202,共4页

目的 :建立能高效表达人端粒重复序列结合因子 1第 33- 2 77位 (TRF1 33- 2 77)氨基酸的菌株并制备多抗。方法 :设计一对引物 ,分别带有 Kpn 和 Eco RI位点 ,从已经克隆了 TRF1 c DNA全长的重组质粒 p CR -TOPO-TRF1扩增 TRF1 33- 2 77... 目的 :建立能高效表达人端粒重复序列结合因子 1第 33- 2 77位 (TRF1 33- 2 77)氨基酸的菌株并制备多抗。方法 :设计一对引物 ,分别带有 Kpn 和 Eco RI位点 ,从已经克隆了 TRF1 c DNA全长的重组质粒 p CR -TOPO-TRF1扩增 TRF1 33- 2 77c DNA片段 ,克隆入 PGEM-T质粒 ,测序和酶切图谱鉴定 ,Eco RI酶切后亚克隆入 p GEX-3X的 Eco RI位点之间 ,筛选正向插入重组子。转化大肠杆菌 DH5 a,筛选高表达菌株。结果 :得到高效表达融合蛋白的菌株 DH5 a-TRF1 33- 2 77。其融合蛋白经western blot证实具 TRF1抗原性。结论 :所建立的菌株为 h TRF1单克隆和多克隆抗体制备提供蛋白来源。 展开更多

关键词 端粒 端粒重复序列结合因子 基因 细菌 重组融合蛋白质类

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猕猴肠道菌群基因组DNA提取及其ERIC-PCR分析

4

作者 张蒙 《四川畜牧兽医》 2018年第3期27-29,共3页

本试验采用反复冻融法、酶裂解法和试剂盒法分别提取猕猴肠道菌群的总DNA,根据提取的DNA浓度和纯度最终确定酶裂解法为较好的方法。将酶裂解法提取的DNA进行ERIC-PCR扩增,结果显示:同年龄组猕猴粪样的ERIC条带数量和位置变化不大;幼年... 本试验采用反复冻融法、酶裂解法和试剂盒法分别提取猕猴肠道菌群的总DNA,根据提取的DNA浓度和纯度最终确定酶裂解法为较好的方法。将酶裂解法提取的DNA进行ERIC-PCR扩增,结果显示:同年龄组猕猴粪样的ERIC条带数量和位置变化不大;幼年组猕猴的菌群种类较丰富,但优势菌群不明显;青年组猕猴的菌群种类和优势菌群最为丰富;老年组猕猴的菌群种类最少。 展开更多

关键词 肠道菌群 总DNA提取 酶裂解法 肠杆菌基因间重复共有序列

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慢传输便秘大鼠肠道菌群的ERIC-PCR指纹图谱分析 被引量：9

5

作者 侯翔宇 王维林 李勇 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期348-350,354,共4页

目的应用细菌基因共有重复序列指纹图谱技术,探讨慢传输便秘肠道菌群的变化。方法选取Wistar大鼠30只,随机分为对照组15只、造模组15只,造模组给予易蒙停灌胃。收集每24 h排出粪便,计数排便粒数,称量粪便质量,及24 h进食量及进水量,通... 目的应用细菌基因共有重复序列指纹图谱技术,探讨慢传输便秘肠道菌群的变化。方法选取Wistar大鼠30只,随机分为对照组15只、造模组15只,造模组给予易蒙停灌胃。收集每24 h排出粪便,计数排便粒数,称量粪便质量,及24 h进食量及进水量,通过碳末灌胃测定肠道传输时间。留取造模组与对照组不同时段粪便,提取肠道细菌DNA,进行ERIC-PCR指纹图谱分析。结果造模组大鼠24 h内排便粒数、排便质量、进食量较对照组明显减少,进水量没有明显差异。造模组大鼠肠道传输时间明显高于对照组。造模组大鼠肠道菌群ERIC-PCR结果优势条带依然存在,但是较对照组及给药前条带增多且亮度增高。结论易蒙停给药致慢传输便秘大鼠造模成功,造模组大鼠肠道菌群较对照组ERIC-PCR结果可能存在细菌数量及种类增多。 展开更多

关键词 慢传输便秘 细菌基因共有重复序列 肠道菌群

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副溶血性弧菌ERIC-PCR分型及毒力基因检测研究 被引量：12

6

作者 丁久法 潘迎捷 +4 位作者 陈洪友 唐明未 秦红友 赵勇 陈敏 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期137-141,共5页

目的:建立副溶血性弧菌ERIC-PCR分子分型技术,分析副溶血性弧菌标准菌株及分离株基因组DNAERIC-PCR指纹图谱,并对副溶血性弧菌毒力基因进行检测,以了解不同来源副溶血性弧菌毒力基因携带情况。方法:提取副溶血性弧菌基因组DNA,以肠杆菌... 目的:建立副溶血性弧菌ERIC-PCR分子分型技术,分析副溶血性弧菌标准菌株及分离株基因组DNAERIC-PCR指纹图谱,并对副溶血性弧菌毒力基因进行检测,以了解不同来源副溶血性弧菌毒力基因携带情况。方法:提取副溶血性弧菌基因组DNA,以肠杆菌基因间共有重复序列(ERIC)为引物进行PCR扩增,PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后用凝胶成像分析仪对图谱进行观察分析,并以相似性系数构建聚类图;通过PCR方法对直接耐热溶血素(TDH)和耐热直接相关溶血素(TRH)进行检测。结果:26株副溶血性弧菌均可扩增产生可重复的DNA指纹图谱,ERIC-PCR可将26株菌分为12个型,分辨力指数为0.926;只在临床分离株中检测到TDH基因,而除一株标准菌株外,所有菌株都未检测到TRH基因。结论:研究显示ERIC-PCR可从分子水平对副溶血性弧菌基因组DNA进行快速指纹图谱分析,同时结合毒力基因检测,能够为副溶血性弧菌食物中毒疾病的预防和流行病学调查提供科学依据。 展开更多

关键词 副溶血性弧菌 肠杆菌基因间共有重复序列-PCR 基因分型 流行病学

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大肠埃希菌耐药谱型、基因型和生物膜表型关系研究 被引量：7

7

作者 陈朝喜 朱恒乾 +1 位作者 廖晓萍 刘雅红 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2011年第4期59-62,共4页

以ATCC25922为研究对象,采用改良结晶紫染色,快速银染法和扫描电镜技术对其生物被膜进行定量和定性研究,建立大肠埃希菌生物被膜体外模型,利用优化的模型条件对249株临床分离株进行验证。采用琼脂平板计数法绘制大肠埃希菌浮游菌和被膜... 以ATCC25922为研究对象,采用改良结晶紫染色,快速银染法和扫描电镜技术对其生物被膜进行定量和定性研究,建立大肠埃希菌生物被膜体外模型,利用优化的模型条件对249株临床分离株进行验证。采用琼脂平板计数法绘制大肠埃希菌浮游菌和被膜菌生长曲线,比较其生长特性的异同。对不同成膜能力的大肠埃希菌临床分离株进行色氨酸定量试验,分析不同培养条件对生物被膜菌胞外基质分泌量的影响。快速银染法和扫描电镜定性研究结果表明,大肠埃希菌形成生物被膜后,形成一种浮游细菌和生物被膜细菌共同分布于同一生存空间内的特殊生理结构;不同稀释度的接种量对细菌生物被膜生物量的变化影响不显著(P>0.05)。249株大肠埃希菌分为强成膜能力、中等成膜能力、弱成膜能力和无成膜能力4个表型,分别占3.21%、18.88%、51.81%、26.10%。 展开更多

关键词 耐药谱型 生物被膜表型 基因型 肠杆菌基因间重复一致序列聚合酶链反应

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产金属酶嗜麦芽窄食单胞菌13株的耐药谱和基因型分析 被引量：3

8

作者 卓超 钱元恕 +3 位作者 郑行萍 李崇智 刘鸿渝 陈海 《中国抗感染化疗杂志》 CAS 2003年第6期340-343,共4页

目的 :研究产金属 β内酰胺酶 (MBL)的嗜麦芽窄食单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。 方法 :MBLE试验检测临床分离对亚胺培南耐药嗜麦芽窄食单胞菌的产MBL菌株 ;E试验检测MBL阳性株对 1 1种抗菌药物的药敏结果 ;用肠杆菌科基因间重复一... 目的 :研究产金属 β内酰胺酶 (MBL)的嗜麦芽窄食单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。 方法 :MBLE试验检测临床分离对亚胺培南耐药嗜麦芽窄食单胞菌的产MBL菌株 ;E试验检测MBL阳性株对 1 1种抗菌药物的药敏结果 ;用肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应 (ERIC PCR)方法确定菌株之间的同源性。结果 :MBLE试验检测到MBL阳性株1 3株 ,为我院 1 998— 2 0 0 2年医院感染株 ,1 2株来源于下呼吸道感染 ,1株为尿路感染。 1 3株MBL阳性株对亚胺培南、庆大霉素、阿米卡星、头孢噻肟和头孢曲松均耐药 ,对哌拉西林 三唑巴坦、替卡西林 克拉维酸、头孢哌酮 舒巴坦、头孢他啶、头孢吡肟和环丙沙星等 6种抗菌药物呈现 8种耐药模式 ;ERIC PCR结果显示 ,1 3株MBL阳性株呈现 1 0种基因型 ,4株MBL阳性株为同一基因型 ,其余 9株为独立的基因型。综合分析 ,菌株来源、药敏谱和基因型与之间无显著相关性。结论 :我院产MBL嗜麦芽窄食单胞菌感染以下呼吸道为主 ,其发生呈散发性 ,抗生素的选择性压力可能是造成耐药谱和基因型多态性的主要原因。 展开更多

关键词 嗜麦芽窄食单胞菌 金属Β内酰胺酶 聚合酶链反应 基因间重复一致序列引物 耐药谱

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青岛两所医院鲍曼不动杆菌碳青霉烯酶基因及同源性分析 被引量：4

9

作者 李茜 李庆淑 +2 位作者 李智 曲彦 胡丹 《中国感染控制杂志》 CAS 北大核心 2015年第7期437-442,共6页

目的了解青岛市两所医院鲍曼不动杆菌(AB)耐药情况、分布特征,碳青霉烯酶基因携带情况。方法收集两所医院临床分离的145株(A院78株,B院67株)AB进行药敏试验,采用聚合酶链反应(PCR)扩增碳青霉烯酶基因,肠杆菌科基因间一致重复序列(ERIC)-... 目的了解青岛市两所医院鲍曼不动杆菌(AB)耐药情况、分布特征,碳青霉烯酶基因携带情况。方法收集两所医院临床分离的145株(A院78株,B院67株)AB进行药敏试验,采用聚合酶链反应(PCR)扩增碳青霉烯酶基因,肠杆菌科基因间一致重复序列(ERIC)-PCR对菌株进行同源性分析。结果 A院AB对临床常用的16种抗菌药物普遍耐药,对头孢哌酮/舒巴坦耐药率最低(3.85%),其次是米诺环素(16.67%),对其他抗菌药物耐药率均>73%。B院AB对常用的23种抗菌药物普遍耐药,对米诺环素和替加环素均不耐药,对阿米卡星和左氧氟沙星的耐药率分别为23.88%、38.81%,对其他抗菌药物的耐药率均>64%。两院所有菌株均携带OXA-51基因,A、B两院碳青霉烯耐药组OXA-23基因的携带率分别为86.76%(59/68),56.67%(34/60),差异有统计学意义(χ2=14.53,P<0.001);A院3株菌携带OXA-58基因,B院未检出OXA-58基因。145菌株共分为8个基因型,其中A型71株和E型37株,为主要流行株;A院主要流行A型(46.15%)和E型(41.03%),B院主要流行A型(52.24%)和C型(17.91%)。结论两所医院临床分离的AB耐药情况严重,且存在医院流行,OXA型酶OXA-23、OXA-51基因在介导AB对碳青霉烯类药物耐药中发挥重要作用。 展开更多

关键词 鲍曼不动杆菌 碳青霉烯酶 多重耐药 抗药性 微生物 肠杆菌科基因间重复序列-聚合酶链反应

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耐碳青霉烯粘质沙雷菌耐药基因及分子流行病学研究 被引量：9

10

作者 袁园 陈继中 +2 位作者 潘亚萍 徐元宏 王中新 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2019年第1期33-39,共7页

目的探究耐碳青霉烯粘质沙雷菌耐药表型和碳青霉烯酶基因,同时分析其分子流行病学特征。方法收集临床分离非重复的67株碳青霉烯类耐药的粘质沙雷菌,以纸片扩散法和Vitek-2 Compact检测常见药物敏感性;采用改良碳青霉烯类灭活试验(mCIM)... 目的探究耐碳青霉烯粘质沙雷菌耐药表型和碳青霉烯酶基因,同时分析其分子流行病学特征。方法收集临床分离非重复的67株碳青霉烯类耐药的粘质沙雷菌,以纸片扩散法和Vitek-2 Compact检测常见药物敏感性;采用改良碳青霉烯类灭活试验(mCIM)、Carba NP试验、改良Hodge试验(MHT)对碳青霉烯酶进行筛查; PCR检测碳青霉烯酶基因; PCR检测肠杆菌科细菌基因重复序列(ERIC)对耐药菌进行克隆型分析。结果碳青霉烯耐药的粘质沙雷菌主要来自重症监护室(ICU),以痰液标本为主;药敏结果显示67株细菌对头孢噻肟、头孢曲松100%耐药,对亚胺培南、美罗培南、厄他培南、氨曲南耐药率均大于90%,对环丙沙星、庆大霉素、妥布霉素、哌拉西林/他唑巴坦、头孢他啶、头孢吡肟、左氧氟沙星耐药率较高,仅对阿米卡星和复方新诺明保持高度敏感; mCIM、Carba NP试验、MHT阳性率分别为92. 54%、89. 55%、91. 04%; PCR显示67株粘质沙雷菌中,检出bla_(KPC)基因32株、bla_(OXA-23)组基因7株、bla_(OXA-51)组基因7株、bla_(GES)基因3株、bla_(OXA-58)组基因1株,其中有8株细菌同时含有多种耐药基因; 67株耐碳青霉烯的粘质沙雷菌可分为8个型别(以A～H表示),其中A型(50株)最多。结论分离的耐碳青霉烯粘质沙雷菌呈现多重耐药性,主要携带bla_(KPC)和bla_(OXA)基因,且有多基因联合共存现象。同种克隆集中趋势明显,有引起院内感染爆发流行可能。 展开更多

关键词 粘质沙雷菌 碳青霉烯酶 耐药基因 肠杆菌科细菌基因重复序列 同源性分析

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通用型奶牛多位点基因打靶载体系统的构建 被引量：4

11

作者 蒋泓 唐冬生 +4 位作者 李月琴 张欣 李芳 胥斯卡 周天鸿 《暨南大学学报（自然科学与医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期470-475,共6页

以奶牛为研究对象,以其重复的rRNA基因间的间隔序列为靶位点,基于BAC重组酶系统构建多位点基因打靶载体,为建立体内多位点基因打靶技术获得关键材料.首先构建BAC-TDN筛选载体,然后构建pYLVS-GD表达载体.将BAC-TDN筛选载体和pYLVS-GD表... 以奶牛为研究对象,以其重复的rRNA基因间的间隔序列为靶位点,基于BAC重组酶系统构建多位点基因打靶载体,为建立体内多位点基因打靶技术获得关键材料.首先构建BAC-TDN筛选载体,然后构建pYLVS-GD表达载体.将BAC-TDN筛选载体和pYLVS-GD表达载体共转化至大肠杆菌NS3529中,通过Cre重组酶的作用形成BAC-TDN-VS-GD质粒,采用归位内切酶I-SceI切除pYLVS载体骨架,构建奶牛多位点基因打靶载体BAC-TDN-GD,利用接头LS使之环化.BAC-TDN-GD打靶载体与pYLSV质粒组成了通用型奶牛多位点打靶载体系统.以重复序列为靶位点的多位点基因打靶技术,将部分解决目前存在的打靶效率低、安全性差等问题. 展开更多

关键词 基因打靶 多位点 细菌人工染色体 重组酶系统 奶牛 重复序列

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进口蜂蜜中幼虫芽孢杆菌分子分型方法的比较研究

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作者 俞佳 高有领 +6 位作者 王建峰 赵秀玲 李如松 王春 杨伯龙 于纪棉 江玲丽 《动物医学进展》 北大核心 2024年第8期78-82,共5页

为研究来自不同地域幼虫芽孢杆菌的进化关系,建立其分子分型方法,对来自11个国家和地区的50株幼虫芽孢杆菌分离株进行MLST分型分析,并与ERIC分型比较。结果显示,ERIC法将50株分离株分为ERICⅠ、ERICⅡ与ERICⅣ型,但不能区分不同区域菌株... 为研究来自不同地域幼虫芽孢杆菌的进化关系,建立其分子分型方法,对来自11个国家和地区的50株幼虫芽孢杆菌分离株进行MLST分型分析,并与ERIC分型比较。结果显示,ERIC法将50株分离株分为ERICⅠ、ERICⅡ与ERICⅣ型,但不能区分不同区域菌株;MLST法将菌株分为ST1至ST8共8种序列型,其中ST1为优势型,占比高且分布广泛;其次为ST5(主要为加拿大分离株),ST3(澳大利亚分离株),ST4(法国与匈牙利分离株),ST6(新西兰分离株),ST2(西班牙分离株),ST7(匈牙利分离株)和ST8(澳大利亚分离株)。与ERIC相比,MLST可以对不同地域的幼虫芽孢杆菌进行有效分型,具有更高的分辨率,可作为后续进口蜂蜜中幼虫芽孢杆菌流行病学调查的工具。 展开更多

关键词 幼虫芽孢杆菌 多位点序列分型 管家基因 肠杆菌基因间重复共有序列分型

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神经外科ICU耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌感染疑似暴发调查与控制 被引量：2

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作者 黄平平 袁军 +1 位作者 高佳 沈艳 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1271-1278,共8页

目的调查神经外科重症监护病房(ICU)耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)医院感染暴发原因,查找传染源及传播途径,为有效控制多重耐药菌医院感染提供依据。方法对某院2023年7月28日-8月2日神经外科ICU 3例CRKP感染患者进行流行病学调查,按... 目的调查神经外科重症监护病房(ICU)耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)医院感染暴发原因,查找传染源及传播途径,为有效控制多重耐药菌医院感染提供依据。方法对某院2023年7月28日-8月2日神经外科ICU 3例CRKP感染患者进行流行病学调查,按照环境卫生监测方法采集标本,查找病房环境中的CRKP,分析CRKP菌株耐药性及携带的耐药基因,采用肠杆菌基因间重复一致序列(ERIC)及多位点序列分析(MLST)分析患者与环境监测分离CRKP菌株的同源性。结果共有3例CRKP医院感染,罹患率为3.85%(3/78),与2022年同期及2023年5-6月罹患率相比,差异具有统计学意义(P<0.05)。环境卫生学监测显示,1床呼吸机接口、治疗台和9床被服检出CRKP,检出率为4.84%(3/62);15份医务人员手标本和3份神经外科ICU空气监测标本均未检出CRKP;环境卫生监测检出3株CRKP;其耐药性、耐药基因及同源性与患者临床标本分离的CRKP一致。在采取集中隔离,严格进行病房环境清洁和消毒,严格执行侵入性器械消毒和管理,加强医护人员分组诊疗,工作服消毒,以及手卫生等一系列针对性措施后,此次事件得到有效控制。结论此次事件可判定为一起疑似CRKP医院感染暴发事件,推测侵入性器械消毒管理不到位、患者住院环境消毒不彻底、医护人员未分组诊疗及手卫生不到位是本次疑似医院感染暴发的主要原因。早期识别感染暴发,调查传染源及传播途径,以及及时采取针对性措施是控制感染暴发的关键。 展开更多

关键词 重症监护病房 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 医院感染 肠杆菌基因间重复一致序列 聚合酶链反应

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示指与接触物菌群ERIC-PCR指纹图谱比对 被引量：2

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作者 刘耘汀 孙大明 +1 位作者 施少培 杨旭 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第1期33-36,共4页

目的探讨示指菌群和接触物(手机触摸屏、个人办公桌桌面)表面菌群之间的关联性。方法采集10名志愿者的示指、手机触摸屏、个人办公桌桌面的菌群,通过宏基因组PCR扩增技术建立肠道细菌基因间重复序列(enterobacterial repetitive interge... 目的探讨示指菌群和接触物(手机触摸屏、个人办公桌桌面)表面菌群之间的关联性。方法采集10名志愿者的示指、手机触摸屏、个人办公桌桌面的菌群,通过宏基因组PCR扩增技术建立肠道细菌基因间重复序列(enterobacterial repetitive intergenic consensus,ERIC)-PCR指纹图谱。结果 7名志愿者的示指与手机触摸屏菌群ERIC-PCR指纹图谱对应吻合,且各志愿者个体之间ERIC-PCR指纹图谱互不相同;3名志愿者的示指菌群与个人办公桌桌面菌群ERIC-PCR指纹图谱对应吻合,其余7名志愿者的示指菌群与个人办公桌桌面菌群ERIC-PCR指纹图谱不完全吻合,但分别存在大小一致的条带。结论示指所携带的细菌菌群具有一定个体特异性,示指接触手机触摸屏、办公桌桌面后残留下来的菌群,可作为潜在的法医学鉴定的新型生物样本。 展开更多

关键词 法医遗传学 聚合酶链反应 DNA指纹法 肠道细菌基因间重复序列 指纹图谱

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REP-PCR及ERIC-PCR法对分离自海产品副溶血性弧菌分型分析 被引量：10

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作者 马月姣 孙晓红 +3 位作者 赵勇 卢瑛 吴启华 潘迎捷 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第10期263-267,共5页

目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软... 目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软件采用Dice系数对指纹图谱进行聚类结果分析。结果:所有供试菌株可通过此两种方法进行分型得到清晰的指纹图谱,并反映出副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性,REP-PCR扩增出5～9条分布在609～4200bp之间的条带,可将副溶血性弧菌分为5个群12类型,分辨指数达0.93,其中tdh+株在相似系数0.86时可聚类在第Ⅰ群;ERIC-PCR扩增出5～11条分布在400～7593bp之间的条带,将副溶血性弧菌分为7个群11个类型,分辨指数为0.94,其中tdh+株在相似系数0.76时可聚类在第Ⅰ群。结论:两种方法均显现出很好的分型能力,能够很好地将环境分离tdh+菌株和标准菌株聚类在一起,其中REP-PCR较ERIC-PCR重复性更好。 展开更多

关键词 副溶血性弧菌 TDH 肠内细菌基因组间重复序列分析 细菌基因外重复回文序列扩增 分型

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菜豆萎蔫病菌的PCR检测技术 被引量：9

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作者 张晓梅 林友伟 +1 位作者 吴新华 郭坚华 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期42-45,共4页

根据在GenBank已登录的萎蔫短小杆菌 (Curtobacterium flaccumfaciens)的基因间重复序列 ,用DNAman 5 0软件比较同源性 ,设计了一对引物CffF1和CffR2 ,并以菜豆萎蔫病菌的基因组DNA为模板进行扩增 ,得到了一段长 2 80bp的PCR特异产物... 根据在GenBank已登录的萎蔫短小杆菌 (Curtobacterium flaccumfaciens)的基因间重复序列 ,用DNAman 5 0软件比较同源性 ,设计了一对引物CffF1和CffR2 ,并以菜豆萎蔫病菌的基因组DNA为模板进行扩增 ,得到了一段长 2 80bp的PCR特异产物。参试的其他属如棒形细菌属 (Clavibacter)、节杆菌属 (Arthrobacter)、拉氏杆菌属 (Rathayibac ter)、红球菌属 (Rhodococcus)细菌和萎蔫短小杆菌的其他致病变种 (Cur f pv oortii、Cur f pv poinsettiae、Cur f pv betae) ,以及其他植物病原细菌的基因组DNA均无扩增产物。该检测方法特异性强、灵敏度高 ,在 10 展开更多

关键词 菜豆 萎蔫病菌 PCR 检测技术 萎蔫短小杆菌 基因间重复序列 基因组DNA

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18株铜绿假单胞菌的耐药谱和ERIC-PCR分型 被引量：16

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作者 伍晓锋 黎毅敏 +3 位作者 卓超 袁锦屏 杨灵 任筱兰 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期560-563,共4页

目的研究产金属β-内酰胺酶(MBL)的铜绿假单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。方法用纸片协同法筛选出产MBL铜绿假单胞菌株;琼脂扩散法检测MBL阳性株对10种抗菌药物的药敏结果;用肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应(ERIC-PCR... 目的研究产金属β-内酰胺酶(MBL)的铜绿假单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。方法用纸片协同法筛选出产MBL铜绿假单胞菌株;琼脂扩散法检测MBL阳性株对10种抗菌药物的药敏结果;用肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应(ERIC-PCR)方法确定菌株之间的同源性。结果纸片协同法试验检测到18株MBL阳性菌株,它们对头孢噻肟、头孢曲松、替卡西林/克拉维酸、头孢哌酮/舒巴坦和头孢他啶完全耐药,对10种抗菌药物呈现7种耐药模式;ERIC-PCR结果显示,18株MBL阳性株呈现4种基因型,15株为同一基因型。结论该院ICU内产MBL铜绿假单胞菌在2005年第二季度出现暴发流行。 展开更多

关键词 铜绿假单胞菌 聚合酶链反应 基因间重复-致序列引物 金属Β-内酰胺酶 耐药谱

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耐亚胺培南铜绿假单胞菌耐药机制研究 被引量：10

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作者 应春妹 应骏 +3 位作者 罗柳林 汪雅萍 叶杨芹 张灏旻 《中国感染与化疗杂志》 CAS 2008年第4期300-302,共3页

目的了解我院分离的耐亚胺培南铜绿假单胞菌(PA)耐药机制及同源性分型情况。方法收集临床分离耐亚胺培南PA,用K-B法检测28株耐亚胺培南PA对12种抗菌药的敏感性,用肠杆菌科细菌基因间重复序列(ERIC)进行同源性分析,并用PCR法检测外膜孔蛋... 目的了解我院分离的耐亚胺培南铜绿假单胞菌(PA)耐药机制及同源性分型情况。方法收集临床分离耐亚胺培南PA,用K-B法检测28株耐亚胺培南PA对12种抗菌药的敏感性,用肠杆菌科细菌基因间重复序列(ERIC)进行同源性分析,并用PCR法检测外膜孔蛋白OprD2和金属β内酰胺酶(IMP、VIM)基因。结果28株耐亚胺培南PA对其他12种抗菌药的耐药率在14.8%~42.3%。经ERIC-PCR分析后共有11个基因型。其中A型为11株:A1型9株,A2型2株;B型为5株:B1型2株,B2型2株,B3型1株;C型3株;D型2株;E^K型各1株。PCR检测到OprD2基因仅4株,其缺失率为85.7%,28株PA中检测到1株VIM基因,经测序证实为VIM-2型。结论本院耐亚胺培南PA的主要耐药机制为外膜孔蛋白缺失。在外科和高干病房中出现多种基因型的耐亚胺培南PA传播。 展开更多

关键词 耐亚胺培南 铜绿假单胞菌 外膜孔蛋白 金属Β内酰胺酶 肠杆菌科细菌基因间重复序列

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长沙地区临床分离碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌的分子流行病学特征 被引量：17

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作者 梁伟 邹明祥 +4 位作者 邬靖敏 邬国军 李军 豆清娅 刘文恩 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期521-526,共6页

目的:了解长沙地区临床分离鲍曼不动杆菌的耐药性,探讨碳青霉烯类抗生素耐药菌株的分子流行病学特征。方法:收集长沙地区10所综合性医院2010年3月至2010年12月间临床分离的非重复鲍曼不动杆菌株205株;采用K-B法检测药物敏感性,改良双纸... 目的:了解长沙地区临床分离鲍曼不动杆菌的耐药性,探讨碳青霉烯类抗生素耐药菌株的分子流行病学特征。方法:收集长沙地区10所综合性医院2010年3月至2010年12月间临床分离的非重复鲍曼不动杆菌株205株;采用K-B法检测药物敏感性,改良双纸片协同试验检测金属β-内酰胺酶(金属酶),改良Hodge试验筛查碳青霉烯酶;PCR扩增OXA-23,OXA-24,OXA-51,OXA-58及IMP-1和VIM-2型碳青霉烯酶基因,并进行测序分析。应用肠杆菌科基因间一致重复序列聚合酶链反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR,ERIC-PCR)对菌株进行DNA分型及同源性分析。结果:在监测的18种药物中,耐药率超过50%的达14种。其中哌拉西林耐药率最高(80.5%),头孢哌酮/舒巴坦耐药率最低(2.5%)。共筛选出耐碳青霉烯类药物鲍曼不动杆菌115株,其金属酶表型及基因检测均为阴性;改良Hodge试验阳性71株,其中64株OXA-23基因扩增阳性。115株菌株OXA-51均阳性,未检出OXA-24,OXA-58基因。115株菌株共分为7个ERIC基因型。其中A型19株,B型72株,为主要的流行克隆。结论:长沙地区临床分离鲍曼不动杆菌多重耐药十分严重;产OXA-23和OXA-51型碳青霉烯酶是鲍曼不动杆菌对碳青霉烯类药物耐药的重要机制,且碳青霉烯类耐药菌株存在克隆流行。 展开更多

关键词 鲍曼不动杆菌 碳青霉烯酶 肠杆菌基因间一致重复序列聚合酶链反应 分子流行病学特征

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肉鸡生产链中肠炎沙门氏菌耐药性分析及ERIC-PCR分型 被引量：10

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作者 李楠 赵思俊 +7 位作者 王娟 赵建梅 李玉清 黄秀梅 王君玮 丁宜宝 刘焕奇 曲志娜 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第3期120-124,共5页

目的：了解肉鸡生产链中肠炎沙门氏菌耐药性情况以及各生产环节菌株间亲缘关系,为临床用药及菌株追踪溯源提供依据。方法：采用微量肉汤稀释法对171株肠炎沙门氏菌进行13种抗菌药物药敏实验;采用肠杆菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反... 目的：了解肉鸡生产链中肠炎沙门氏菌耐药性情况以及各生产环节菌株间亲缘关系,为临床用药及菌株追踪溯源提供依据。方法：采用微量肉汤稀释法对171株肠炎沙门氏菌进行13种抗菌药物药敏实验;采用肠杆菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应（enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR）法对33株不同生产环节耐药菌株进行分子分型;采用SPSS 20.0软件、Gel-Pro Analyer 4.0和NTSYS pc 2.1软件进行分析。结果：171株肠炎沙门氏菌对13种药物耐药情况不同,其中对氨苄西林耐药情况最严重,耐药率高达90.06%,对恩诺沙星、氧氟沙星最为敏感,耐药率均仅为5.26%;不同环节间耐药性差异极显著（P〈0.01）;多重耐药率高达95.32%,共有26种耐药谱型。不同环节的33株肠炎沙门氏菌分为4种（Ⅰ~Ⅳ）基因型,遗传相似性在66%~100%,Ⅰ型为优势基因型;基因型相同的菌株耐药谱不一定相同,反之,耐药谱相同的菌株基因型不一定相同。结论：肉鸡生产链条中沙门氏菌对多种抗菌药物产生耐药性,且耐药谱种类繁多;沙门氏菌能够沿着生产链进行水平传播,肉鸡场环节菌株基因型相对复杂,菌株基因型与耐药表型之间无明显相关性。 展开更多

关键词 肠炎沙门氏菌 肉鸡 耐药性 肠杆菌基因间重复共有序列-聚合酶链式反应

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