桑天牛成虫肠道细菌基因组DNA的提取及PCR反应体系优化 被引量：4

1

作者 袁秀洁 李会平 +3 位作者 黄大庄 黄秋娴 苏筱雨 侯晓杰 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期379-383,共5页

为了建立一套适用于桑天牛肠道细菌多样性研究的PCR反应体系和程序,采用改良的十六烷基三乙基溴化铵(CTAB)法提取桑天牛成虫肠道细菌基因组DNA,通过L16(45)正交组合试验和单因素梯度试验对MgC l2、dNTP、随机引物、TaqDNA聚合酶、模板DN... 为了建立一套适用于桑天牛肠道细菌多样性研究的PCR反应体系和程序,采用改良的十六烷基三乙基溴化铵(CTAB)法提取桑天牛成虫肠道细菌基因组DNA,通过L16(45)正交组合试验和单因素梯度试验对MgC l2、dNTP、随机引物、TaqDNA聚合酶、模板DNA的浓度和退火温度、循环次数等影响PCR扩增的重要因素进行优化。试验结果表明,采用改良的CTAB方法提取的桑天牛成虫肠道细菌DNA质量较高,适宜于PCR扩增分析。25μLPCR反应体系及反应程序中各因素优化组合为:10×Buffer 2.5μL,MgC l22.0 mmol/L,dNTP 0.2 mmol/L,随机引物0.48μmol/L,TaqDNA聚合酶0.75 U,模板DNA 75 ng;退火温度60℃,循环次数30次。 展开更多

关键词 桑天牛 肠道细菌基因组dna PCR反应体系 正交组合 单因素

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鸡肠道菌基因组DNA的RAPD分类的研究 被引量：7

2

作者 吴天星 金勇丰 +1 位作者 曹广力 张耀洲 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期247-249,共3页

本文以 7种鸡肠道菌为研究对象 ,分别提取基因组DNA ,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对其基因组进行DNA分析 ,筛选出一系列随机引物 ,能在 7种肠道细菌中有较好的多态性 ,可用作分子标记鉴别这

关键词 鸡 肠道菌 基因组dna RAPD分类的研究

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大鼠粪便中细菌基因组DNA提取方法的比较 被引量：6

3

作者 骞宇 赵欣 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期166-169,共4页

为获得高质量的肠道细菌基因组DNA,用于研究肠道菌群的多样性,本实验分别采用改良的溶菌酶法和两种试剂盒DNA提取法提取大鼠粪便中的细菌基因组DNA,通过DNA浓度和纯度的测定、PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE技术)对提取效果进行比较... 为获得高质量的肠道细菌基因组DNA,用于研究肠道菌群的多样性,本实验分别采用改良的溶菌酶法和两种试剂盒DNA提取法提取大鼠粪便中的细菌基因组DNA,通过DNA浓度和纯度的测定、PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE技术)对提取效果进行比较,以找到适合于粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果表明,改良的溶菌酶法提取的DNA质量好,纯度高,而且具有菌群多样性丰富等特点,更适合用于肠道微生物菌群后续分子生物学研究。 展开更多

关键词 细菌基因组dna 大鼠粪便 肠道菌群 变性梯度凝胶电泳

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LiCl沉淀法提取富含荚膜的细菌基因组DNA 被引量：4

4

作者 侯卫国 连宾 《土壤》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期774-777,共4页

结合提取基因组DNA的CTAB法(hexadecyltrimethylammoniumbromide,十六烷基三甲基溴化铵)和用于提取海藻基因组DNA的LiCl法,设计了针对产生较多荚膜多糖细菌的DNA提取方法—LiCl沉淀法。通过电泳、分光光度计及16SrRNA基因扩增检测,证明L... 结合提取基因组DNA的CTAB法(hexadecyltrimethylammoniumbromide,十六烷基三甲基溴化铵)和用于提取海藻基因组DNA的LiCl法,设计了针对产生较多荚膜多糖细菌的DNA提取方法—LiCl沉淀法。通过电泳、分光光度计及16SrRNA基因扩增检测,证明LiCl沉淀法可以有效地提取产荚膜细菌基因组DNA,其片断大小约为23kb,不需进一步纯化即可用于后续分子生物学实验。 展开更多

关键词 夹膜多糖 细菌 基因组dna提取 LiCl沉淀法

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细菌人工染色体文库基因组DNA制备技术 被引量：1

5

作者 陈献伟 王会 +1 位作者 关伟军 高剑峰 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第5期79-82,共4页

试验旨在对基因组DNA的制备进行研究,为细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库的构建奠定基础。以豁眼鹅全血为试验材料,提取高质量的基因组DNA,分别采用HindⅢ、EcoRⅠ和BamHⅠ3种限制性内切酶对所提基因组DNA进行... 试验旨在对基因组DNA的制备进行研究,为细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库的构建奠定基础。以豁眼鹅全血为试验材料,提取高质量的基因组DNA,分别采用HindⅢ、EcoRⅠ和BamHⅠ3种限制性内切酶对所提基因组DNA进行部分酶切,并利用控制酶切时间、设置不同的HindⅢ酶切浓度梯度对基因组DNA进行部分酶切。结果表明,HindⅢ为最佳限制性内切酶,并得到了最佳酶切用量(40U/μL)。该方法所制备的基因组DNA质量较好,可用于BAC文库的构建。 展开更多

关键词 细菌人工染色体 基因组dna 限制性内切酶 酶切

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史氏鲟肠道微生物基因组DNA提取方法的研究

6

作者 张旭 杨元金 +1 位作者 王京树 田甜 《湖南农业科学》 2011年第6期129-131,共3页

以史氏鲟肠道内容物及鲜活肠道为样本,用PBS多次洗涤,离心样品,沉淀菌体。提取肠道菌群总DNA,电泳结果显示,样品DNA条带可用于后续分子生物学试验研究。通过细菌通用引物,对其16S rDNA基因进行PCR扩增,得到较清晰的图谱,条带整齐,表明... 以史氏鲟肠道内容物及鲜活肠道为样本,用PBS多次洗涤,离心样品,沉淀菌体。提取肠道菌群总DNA,电泳结果显示,样品DNA条带可用于后续分子生物学试验研究。通过细菌通用引物,对其16S rDNA基因进行PCR扩增,得到较清晰的图谱,条带整齐,表明采用该方法可以用于提取鱼类肠道微生物群落的DNA,且简单、准确、可行。 展开更多

关键词 史氏鲟 肠道细菌 dna提取方法

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革兰氏阳性与阴性细菌基因组DNA提取方法的优化 被引量：6

7

作者 云飞 梁林 +4 位作者 鲍彦彬 石雅丽 孙亚超 李永丽 兰辉 《安徽农业科学》 CAS 2021年第10期98-100,共3页

在分析现有提取微生物基因组DNA的原理和方法基础上,对SDS-NaCl法进行了改良,以商品化微生物基因组提取试剂盒提取的基因组结果为对照,利用改良的SDS-NaCl法,分别提取大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和金... 在分析现有提取微生物基因组DNA的原理和方法基础上,对SDS-NaCl法进行了改良,以商品化微生物基因组提取试剂盒提取的基因组结果为对照,利用改良的SDS-NaCl法,分别提取大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的基因组DNA。结果表明,改良的SDS-NaCl法提取的大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌基因组DNA的OD_(260)/OD_(280)分别为1.88、1.89、1.81,浓度分别为61.67、64.32、53.22μg/mL;而商品化试剂盒提取大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌基因组DNA OD_(260)/OD_(280)分别为1.85、1.87、1.83,浓度分别为64.07、58.43、52.34μg/mL。结果证明改良SDS-NaCl法提取的革兰氏阳性和阴性细菌的基因组DNA可用于后续试验如全基因组测序和PCR等,同时可快速获得大量的高质量微生物基因组。 展开更多

关键词 细菌基因组dna 革兰氏阳性细菌 革兰氏阴性细菌 SDS-NaCl法

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小鼠粪便细菌基因组DNA提取方法比较 被引量：6

8

作者 张杰 张晓鹏 +1 位作者 李鹏高 赵志强 《实验技术与管理》 CAS 北大核心 2017年第12期50-53,57,共5页

分别将研磨、水煮两种预处理方法和改良CTAB法、试剂盒法两种提取方法进行组合,比较提取小鼠粪便细菌基因组DNA的效果。结果发现,研磨预处理过的样品提取到的细菌基因组DNA的浓度和纯度均高于水煮预处理过的样品,研磨结合改良CTAB法提... 分别将研磨、水煮两种预处理方法和改良CTAB法、试剂盒法两种提取方法进行组合,比较提取小鼠粪便细菌基因组DNA的效果。结果发现,研磨预处理过的样品提取到的细菌基因组DNA的浓度和纯度均高于水煮预处理过的样品,研磨结合改良CTAB法提取到的DNA完整性好于其他方法,研磨结合改良CTAB法是一种提取粪便细菌基因组DNA较为实用可靠的方法。 展开更多

关键词 粪便 细菌基因组dna 提取方法

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冷冻原肠中细菌基因组DNA提取方法的建立 被引量：1

9

作者 宋鸿雁 仇保丰 +4 位作者 高雪梅 刘春 刘文斌 朱顺星 邵义祥 《中国动物检疫》 CAS 2020年第2期87-93,共7页

为建立冷冻原肠中细菌基因组DNA的直接提取法,采用震荡洗脱、金属网过滤和梯度离心相结合的方法,对2份冷冻原肠样品进行前处理;对经前处理后的原肠样品,采用酚/氯仿法提取细菌基因组DNA,然后进行琼脂糖电泳和OD260/OD280比值测定;以细... 为建立冷冻原肠中细菌基因组DNA的直接提取法,采用震荡洗脱、金属网过滤和梯度离心相结合的方法,对2份冷冻原肠样品进行前处理;对经前处理后的原肠样品,采用酚/氯仿法提取细菌基因组DNA,然后进行琼脂糖电泳和OD260/OD280比值测定;以细菌基因组DNA为模板,用PCR技术扩增细菌16S rDNA并构建克隆文库,并从2个文库中各随机挑取3个菌落进行16S rDNA的PCR鉴定和DNA测序。结果显示:样品提取的DNA浓度、纯度较高,OD260/OD280比值介于1.8~2.0;挑取的6个菌落中,1个为阴性,剩余5个为阳性,为肠球菌属(Enterococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)的5种细菌。结果表明,本研究提取的原肠细菌基因组DNA质量较好,可用于非培养法研究冷冻原肠中细菌的多样性。本研究解决了因缺乏原肠细菌基因组DNA提取方法,无法进一步应用现代分子生物学方法研究冷冻原肠细菌的多样性、菌群组成结构和动态变化等难题。 展开更多

关键词 冷冻原肠 细菌 细菌基因组dna 提取方法

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13本科学家破译白蚁肠道内一种共生细菌的基因组

10

《生物学教学》 北大核心 2008年第11期70-70,共1页

据新华网2008年4月3日消息，日本理化研究所的科学家4月1日发表新闻公报说，他们破译的基因组属于一种白蚁肠道内共生原生动物披发虫体内的细菌，名为RS—D17，它帮助白蚁分解纤维素。科学家不是采用传统的微生物培养法，而是用DNA合成... 据新华网2008年4月3日消息，日本理化研究所的科学家4月1日发表新闻公报说，他们破译的基因组属于一种白蚁肠道内共生原生动物披发虫体内的细菌，名为RS—D17，它帮助白蚁分解纤维素。科学家不是采用传统的微生物培养法，而是用DNA合成法直接将RS—D17细菌的基因组扩增到原先的1000万倍， 展开更多

关键词 共生细菌 基因组 科学家 白蚁 肠道 破译 微生物培养法 原生动物

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基因组特异性引物扩增细菌转录产物标记后用于DNA芯片分析

11

作者 张亚菲 王秀荣 等 《预防兽医学进展》 2001年第3期9-11,共3页

DNA芯片能够在一个载体上同时分析至少两种实验条件下,上千个基因的表达.但是,DNA芯片分析时要求有足够的RNA来产生探针,尤其是在进行细菌RNA杂交时(50μg细菌总RNA约含2μg mRNA).我们研制出一种以计算机为基础推测最小引物数量的方法... DNA芯片能够在一个载体上同时分析至少两种实验条件下,上千个基因的表达.但是,DNA芯片分析时要求有足够的RNA来产生探针,尤其是在进行细菌RNA杂交时(50μg细菌总RNA约含2μg mRNA).我们研制出一种以计算机为基础推测最小引物数量的方法,这些引物与假定基因组的全部基因都能特异性配对.例如,通过这个推测方法获得37个寡核苷酸片段,能够扩增出结核分枝杆菌基因组的全部基因.我们检测了基因组特异性引物(Genome directed primers,GDPs)的有效性,并在DNA芯片上检测基因表达时与随机引物进行了比较性研究.我们用这两种引物制备荧光标记探针,并在芯片上与960个位点的细菌基因杂交.与随机引物比较,GDPs更敏感、特异,尤其是在从哺乳动物RNA样品中检测结核杆菌RNA的时候. 展开更多

关键词 dna芯片分析 基因组特异性引物 细菌转录产物 细菌RNA 标记 病原菌 诊断

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细菌人工染色体基因组文库构建关键技术研究 被引量：4

12

作者 刘长青 吴宏梅 +6 位作者 包阿东 陆涛峰 刘帅 张洪海 唐学玺 关伟军 马月辉 《生物技术通报》 CAS CSCD 2008年第4期66-69,共4页

基因组文库是进行分子克隆和基因结构与功能研究的基础,完整覆盖的基因组文库的构建,使基因组任何DNA片段的筛选和获得成为可能。细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)与其它载体系统相比具有转化效率高、嵌合体少、插... 基因组文库是进行分子克隆和基因结构与功能研究的基础,完整覆盖的基因组文库的构建,使基因组任何DNA片段的筛选和获得成为可能。细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)与其它载体系统相比具有转化效率高、嵌合体少、插入片段易回收,高覆盖率、稳定性强,并且具有易分离和操作等特性等优点而被广泛应用。作为物种保护策略的重要部分,构建我国濒危动植物品种基因组BAC文库,对于其遗传资源的保护和研究具有非常重要的作用。在查阅大量国内外相关资料的基础上,就BAC基因组文库构建过程中载体的制备、高分子量DNA的制备、大片段DNA的回收、连接与电击转化、基因组BAC文库质量鉴定等几个重点、难点问题进行了详细的论述和分析,对于构建高分子量插入片段、高覆盖率和稳定性的基因组文库提供理论基础与技术支撑。 展开更多

关键词 细菌人工染色体 基因组文库构建 质粒纯化 高分子量dna

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口腔细菌基因组

13

作者 刘加荣 边专 《国外医学（口腔医学分册）》 2005年第3期190-192,共3页

随着遗传密码的发现,细菌基因组及重组D N A技术取得较大发展。200余种细菌基因组计划已经完成或正在进行,本文描述了几种口腔细菌基因组的特征,强调菌种间的亲缘关系,关注基因组学的比较,因为其对口腔致病菌的基础、临床研究都有广泛... 随着遗传密码的发现,细菌基因组及重组D N A技术取得较大发展。200余种细菌基因组计划已经完成或正在进行,本文描述了几种口腔细菌基因组的特征,强调菌种间的亲缘关系,关注基因组学的比较,因为其对口腔致病菌的基础、临床研究都有广泛影响。 展开更多

关键词 细菌基因组 重组dna技术 基因组计划 口腔致病菌 遗传密码 亲缘关系 基因组学 临床研究

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蒙古马肠道细菌总DNA提取方法的比较

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作者 伊如格勒图 杨丽华 +4 位作者 赵一萍 任秀娟 白东义 赵启南 芒来 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第2期498-502,共5页

本试验采集蒙古马新鲜粪便样品,采用酚-氯仿抽提法和2种细菌基因组DNA提取试剂盒法进行样品中细菌基因组DNA的提取。通过DNA浓度和纯度的测定,并将其作为模板扩增细菌16SrDNA V3区特异性片段对提取效果进行比较,从而找出更适合蒙古马粪... 本试验采集蒙古马新鲜粪便样品,采用酚-氯仿抽提法和2种细菌基因组DNA提取试剂盒法进行样品中细菌基因组DNA的提取。通过DNA浓度和纯度的测定,并将其作为模板扩增细菌16SrDNA V3区特异性片段对提取效果进行比较,从而找出更适合蒙古马粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果显示,3种提取方法得到的基因组DNA均能用于PCR扩增的模板,其中B试剂盒法提取的DNA数量较多,且纯度高,更适合用于提取蒙古马肠道微生物细菌基因组DNA及后续的蒙古马肠道微生物多样性等分子生物学试验。 展开更多

关键词 蒙古马 肠道细菌 总dna提取 方法比较

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多国科研人员对人类肠道细菌进行“基因普查” 被引量：1

15

《中国动物保健》 2010年第4期109-109,共1页

欧盟资助的“人类肠道宏基因组计划”进行了一项迄今最大的肠道细菌基因研究。本次研究中的肠道细菌样本来源于100多名欧洲人，其中有的人身体健康，有的人肥胖超重，还有的患有肠道疾病，对他们肠道菌群的不同特点进行分析，将有助于... 欧盟资助的“人类肠道宏基因组计划”进行了一项迄今最大的肠道细菌基因研究。本次研究中的肠道细菌样本来源于100多名欧洲人，其中有的人身体健康，有的人肥胖超重，还有的患有肠道疾病，对他们肠道菌群的不同特点进行分析，将有助于对肠道疾病的研究和治疗。结果发现，肠道细菌共有300多万个基因，远远超出人类自身的2万多个基因，这些基因分属1000多种不同的细菌，每个人的肠道中都有其中至少100多种细菌。 展开更多

关键词 肠道细菌 细菌基因 人类 科研人员 普查 肠道疾病 基因组计划 身体健康

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古老蛋白塑造细菌紧凑基因组

16

《广西科学》 CAS 2008年第2期194-194,共1页

关键词 人类基因组 编码蛋白质 细菌 垃圾dna 紧凑 大肠杆菌 非编码

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“欧盟－中国科技周”披露：人体肠道菌基因DNA密码完全破解

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《生物学教学》 北大核心 2010年第11期78-78,共1页

据2010年6月17日《新民晚报》消息，6月16日，“欧盟-中国科技周”发布了30余项欧洲和中国科研团队共同参与的明星科技合作项目。其中，丹麦哥本哈根大学客座教授、华大基因执行总裁王俊教授带来了人类宏基因组学研究的最新成果：人体... 据2010年6月17日《新民晚报》消息，6月16日，“欧盟-中国科技周”发布了30余项欧洲和中国科研团队共同参与的明星科技合作项目。其中，丹麦哥本哈根大学客座教授、华大基因执行总裁王俊教授带来了人类宏基因组学研究的最新成果：人体肠道菌共有300万至500万个基因，其基因密码已经被完全破解。目前科学家正在研究各基因的功能，以及各基因在不同疾病中扮演的角色。 展开更多

关键词 宏基因组学 中国科技 肠道菌 dna密码 破解 欧盟 科技合作项目 科研团队

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中科院微生物所细菌耐药基因组学研究获进展

18

《生物学教学》 北大核心 2017年第3期80-80,共1页

据中国科学院网2016年10月14日报道，中科院微生物所朱宝利和胡永飞课题组对23000余个已知细菌基因组、980万个已公布人体肠道细菌基因、测序获得的30万个养殖动物肠道细菌基因中的高风险等级可移动性耐药基因进行了全面分析，发现可移... 据中国科学院网2016年10月14日报道，中科院微生物所朱宝利和胡永飞课题组对23000余个已知细菌基因组、980万个已公布人体肠道细菌基因、测序获得的30万个养殖动物肠道细菌基因中的高风险等级可移动性耐药基因进行了全面分析，发现可移动性耐药基因主要存在于4个细菌门当中的790个细菌菌种之中，其丰度和转移频率在变形菌门中显著富集。这些耐药基因在细菌间的近期转移形成了一张巨大的网络。 展开更多

关键词 细菌基因组 耐药基因 微生物 中科院 基因组学 可移动性 动物肠道 中国科学院

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英研究人员发现肠道细菌改变人体基因的作用机理

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《中国农村科技》 2018年第4期13-13,共1页

据英国生物技术及生命科学研究理事会（BBSRC）近日消息,来自巴巴拉姆研究所（Babraham Institute）的研究人员与巴西和意大利研究人员合作,发现肠道内的细菌可以控制人体细胞中的基因信息。这项研究表明,来自细菌的化学信息可以改变人... 据英国生物技术及生命科学研究理事会（BBSRC）近日消息,来自巴巴拉姆研究所（Babraham Institute）的研究人员与巴西和意大利研究人员合作,发现肠道内的细菌可以控制人体细胞中的基因信息。这项研究表明,来自细菌的化学信息可以改变人类基因组中关键化学标记物的位置。通过这种沟通,细菌可以帮助人体抵抗感染并预防癌症。 展开更多

关键词 肠道细菌 研究人员 人体基因 机理 化学信息 人类基因组 科学研究 生物技术

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用三对引物检测血液中细菌DNA的方法学 被引量：9

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作者 文利平 唐伟松 +3 位作者 蒋朱明 王树惠 梁存河 张云 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第6期592-594,共3页

目的建立稳定、敏感的检测血液中肠源性细菌 DNA的方法。方法取 23例腹部手术后体温 >38.5℃患者的肘静脉血进行血培养，并以酚抽提法提取全血 DNA进行 PCR，靶基因分别为大肠杆菌特异性的β-半糖苷酶基因、脆弱类杆菌特异性的谷氨... 目的建立稳定、敏感的检测血液中肠源性细菌 DNA的方法。方法取 23例腹部手术后体温 >38.5℃患者的肘静脉血进行血培养，并以酚抽提法提取全血 DNA进行 PCR，靶基因分别为大肠杆菌特异性的β-半糖苷酶基因、脆弱类杆菌特异性的谷氨酰胺合成酶基因，以及大多数细菌所共有的 16SrRNA基因。以标准菌株提取的 DNA为阳性对照，空白对照为阴性对照， 20例健康志愿者全血 DNA为正常对照。对 20例标本重复检测 2次以确定其复现性。结果 PCR复现率为 95％。血培养阳性率为 13.0％（ 3/23）， PCR检测阳性率为 43.5％（ 10/23），较血培养阳性率高（ P=0.016）。结论按照规范进行的 PCR检测血液中肠源性细菌方法稳定，比血培养敏感。 展开更多

关键词 聚合酶链反应 肠道细菌移位 细菌dna 血液引物

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