山羊肌内脂肪细胞lncRNA鉴别及特征分析 被引量：16

1

作者 郑竹清 杜琛 +2 位作者 付绍印 阿娜 张文广 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1924-1931,共8页

为了探讨长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在山羊肌内脂肪细胞分化中的作用。本研究以山羊肌内脂肪细胞成熟前后转录组数据,结合CPC(Coding potential calculator)与CPAT(Coding-potential assessment tool)来预测lncRNA,并... 为了探讨长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在山羊肌内脂肪细胞分化中的作用。本研究以山羊肌内脂肪细胞成熟前后转录组数据,结合CPC(Coding potential calculator)与CPAT(Coding-potential assessment tool)来预测lncRNA,并对其序列、结构与功能进行了分析。结果表明,通过预测得到1 472个山羊肌内脂肪细胞中表达的lncRNA,其中29个lncRNA在成熟前后具有显著差异。分析发现,山羊lncRNA转录本与开放阅读框(ORF)长度都短于mRNA,保守性低,其近端mRNA在机体免疫系统、脂质及脂质蛋白代谢、脂肪酸与甘油三脂等方面发挥着重要作用。通过生物信息学方法得到山羊肌内脂肪细胞增殖分化过程中差异表达的lncRNA主要在细胞分泌、生长调节和细胞形态变化等方面发挥着重要作用。这对于深入研究山羊lncRNA的生物学功能及其脂肪细胞分化机制具有重要意义。 展开更多

关键词 lncRNA 山羊 转录组 肌内脂肪细胞

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绒山羊肌内脂肪细胞成熟前后比较转录组分析 被引量：14

2

作者 杜琛 付绍印 +6 位作者 高鸿雁 郑竹清 孟宪然 阿娜 萨仁 张文广 李金泉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期714-721,共8页

为了研究绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后差异表达的基因和主要信号转导通路,从而进一步筛选出与脂肪沉积相关的基因。本研究通过利用Illumina MiSeq对绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后转录组进行高通量测序,并用测序评估,基因功能注释,鉴定... 为了研究绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后差异表达的基因和主要信号转导通路,从而进一步筛选出与脂肪沉积相关的基因。本研究通过利用Illumina MiSeq对绒山羊肌内脂肪细胞在成熟前后转录组进行高通量测序,并用测序评估,基因功能注释,鉴定基因的可变剪接等生物信息学方法进行分析。组装后共获得93 930个contigs,N50为1 586nt,通过CLCGenomicsworkbench6软件找到差异基因78个(Fold Change>4,FDR<0.01)。这些差异基因基于GO功能注释可分为骨骼肌发育、胞外区、胰岛素样生长因子结合等46个分支,利用KEGG数据库作为参考,这些基因主要参与吞噬体、I型糖尿病、风湿性关节炎等通路中。本研究中分析绒山羊肌内脂肪细胞中4种主要可变剪接类型,为A3SS(Alternative 3′splice site)、A5SS(Alternative 5′splice site)、SE(Exon skipping)和RI((Intron retention),其中A3SS最为普遍。高通量RNA-seq提供了全部转录本信息,获得了在肌内脂肪细胞增殖分化过程中有重要功能的基因,其中上调基因在与胰岛素样生长因子结合和糖尿病的代谢通路中有着重要的作用,为人们进一步研究绒山羊脂肪沉积的功能基因组学及优化山羊肉品质奠定基础。 展开更多

关键词 绒山羊 肌内脂肪细胞 高通量测序 可变剪接

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白绒山羊PPARγ基因RNA干扰慢病毒载体的构建及对肌内脂肪细胞增殖分化的影响 被引量：10

3

作者 杜琛 李金泉 陈秀娟 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期671-678,共8页

本研究以绒山羊肌内脂肪细胞为试验材料,通过靶向阻断过氧化物酶体增殖物激活受体PPARγ基因,建立稳定干扰的肌内脂肪细胞株,探讨绒山羊PPARγ基因在肌内脂肪细胞增殖和分化过程中的功能。采用慢病毒质粒包装系统构建特异靶向白绒山羊P... 本研究以绒山羊肌内脂肪细胞为试验材料,通过靶向阻断过氧化物酶体增殖物激活受体PPARγ基因,建立稳定干扰的肌内脂肪细胞株,探讨绒山羊PPARγ基因在肌内脂肪细胞增殖和分化过程中的功能。采用慢病毒质粒包装系统构建特异靶向白绒山羊PPARγ基因的RNA干扰(RNA interference,RNAi)慢病毒载体,用以建立PPARγ基因稳定沉默的肌内脂肪细胞株。利用实时定量和Western blot方法检测PPARγ基因在干扰组和对照组不同时间点的表达情况,并通过MTT和油红O染色法研究绒山羊PPARγ基因对肌内脂肪细胞增殖和分化的影响。经测序证实合成的含PPARγ-shRNA慢病毒载体寡核苷酸链插入正确,对肌内脂肪细胞的感染效率为80%以上,荧光定量和Western blot检测慢病毒介导的shRNA可以有效降低PPARγ的表达,其mRNA和蛋白水平作用的时间相隔24h。沉默PPARγ基因后,脂肪细胞内甘油三脂的浓度明显低于对照组,相反MTT检测干扰组中细胞增殖能力高于对照组。本研究构建了绒山羊shRNA-PPARγ慢病毒干扰载体,成功转染至肌内脂肪细胞后可明显抑制脂肪细胞的分化,而促进肌内脂肪细胞的增殖,为进一步研究PPARγ基因在绒山羊脂肪细胞代谢通路中的作用及脂肪沉积机制奠定基础。 展开更多

关键词 肌内脂肪细胞 RNA干扰 PPARΓ

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肌内脂肪细胞生长及调控因子的研究进展 被引量：4

4

作者 李博 李伟 王恬 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2013年第22期363-366,共4页

肌内脂肪沉积是决定肉质风味、嫩度等的关键因素。一般认为,肌内脂肪细胞与肌细胞在发育中相互作用,并且肌内脂肪的生长与肌肉的生长速率和肌纤维类型密切相关。近年来,Wnt蛋白、HSPB1和Zfp423被认为是影响肌内脂肪沉积、肌内脂肪细胞... 肌内脂肪沉积是决定肉质风味、嫩度等的关键因素。一般认为,肌内脂肪细胞与肌细胞在发育中相互作用,并且肌内脂肪的生长与肌肉的生长速率和肌纤维类型密切相关。近年来,Wnt蛋白、HSPB1和Zfp423被认为是影响肌内脂肪沉积、肌内脂肪细胞和肌细胞相互作用的关键因子,对肌内脂肪细胞的生长及改善肉品质有重要作用。本文主要探讨了肌内脂肪与肉品质的关系,对肌内脂肪细胞与肌细胞相互作用进行阐述,并对影响肌内脂肪沉积的关键因子作一简要综述,为改善肉品提供理论依据。 展开更多

关键词 肌内脂肪细胞 肌细胞 Wnt蛋白 热休克蛋白β1 锌指蛋白423

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绒山羊不同肌肉组织及肌内脂肪细胞的基因表达分析 被引量：5

5

作者 杜琛 李金泉 陈秀娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第2期285-295,共11页

试验旨在研究脂肪沉积关键基因在内蒙古白绒山羊的表达规律,以期深入分析绒山羊肌内脂肪沉积特征。利用实时荧光定量PCR技术检测PPARγ、FTO、Lipin、LPL、HSL、A-FABP和Perilipin 7个基因在绒山羊10个不同肌肉组织及肌内前体脂肪细胞... 试验旨在研究脂肪沉积关键基因在内蒙古白绒山羊的表达规律,以期深入分析绒山羊肌内脂肪沉积特征。利用实时荧光定量PCR技术检测PPARγ、FTO、Lipin、LPL、HSL、A-FABP和Perilipin 7个基因在绒山羊10个不同肌肉组织及肌内前体脂肪细胞分化的3个时期(早期(D3)、中期(D7)、末期(D11))、诱导分化关键时间点(24、48、72和96h)的变化,分别从组织和细胞角度对其进行分析,并研究其与肌内脂肪含量的关系。结果表明,FTO基因的表达水平高于其他基因;Lipin基因的表达量最低;LPL和HSL是脂肪合成和分解的关键酶类,其表达趋势大致相同,仅仅在腰大肌和斜方肌这两个部位的表达模式相反。A-FABP和Perilipin基因表达模式也较为特殊,整体表达量较低,前者仅仅在胸下矩肌中有较高表达,后者在股二头肌中有较高表达。从细胞水平分析发现Lipin、PPARγ、A-FABP和Perilipin的表达模式相似,随着前体脂肪细胞培养日龄的增加和甘油三酯的积聚,其表达量逐渐升高;Lipin基因在各个时间点的表达丰度极低;HSL基因的表达量随分化程度的升高而逐渐降低;Perilipin基因仅仅在诱导分化的后期有较高表达。相关性统计分析发现,PPARγ基因mRNA与肌内脂肪多呈负相关;而其他成脂基因HSL、LPL、FTO、Lipin、Perilipin、A-FABP mRNA与肌内脂肪含量多呈正相关。因此,脂肪沉积关键基因的表达具有特异性,总体上看基因表达量为FTO>PPARγ>LPL>HSL>A-FABP>Perilipin>Lipin,该结果为进一步研究脂肪沉积机制及优化山羊肉品质奠定基础。 展开更多

关键词 绒山羊 肌内脂肪细胞 肌内脂肪含量 基因

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C-型利钠肽调控鸡肌内脂肪细胞脂肪沉积的作用机制研究 被引量：1

6

作者 黄华云 梁忠 +6 位作者 刘龙洲 赵振华 王钱保 李春苗 黄正洋 张欣 黎寿丰 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第11期3555-3562,共8页

本研究旨在探讨C型利钠肽(CNP)对鸡胸肌组织肌内前脂肪细胞的增殖、分化和分解的调控作用及机制,为进一步阐明肌内脂肪沉积的分子机制奠定基础。以黄羽肉鸡胸肌组织的肌内前脂肪细胞作为体外研究模型,利用10-7 mol/L CNP激素外源诱导前... 本研究旨在探讨C型利钠肽(CNP)对鸡胸肌组织肌内前脂肪细胞的增殖、分化和分解的调控作用及机制,为进一步阐明肌内脂肪沉积的分子机制奠定基础。以黄羽肉鸡胸肌组织的肌内前脂肪细胞作为体外研究模型,利用10-7 mol/L CNP激素外源诱导前脂肪细胞,采用CCK8、Edu染色法观察肌内前脂肪细胞增殖的变化,油红O染色和异丙醇萃取法观察脂肪分化和沉积的变化;利用试剂盒检测细胞内cGMP及甘油浓度变化;实时荧光定量PCR检测利钠肽受体A、B、C(NPRA、NPRB和NPRC)的表达变化。结果显示,与对照组相比,CNP诱导前脂肪细胞1和3 d后,细胞的增殖能力显著升高(P<0.05);CNP诱导3和6 d后,诱导组脂肪细胞的分化和脂滴沉积能力极显著降低(P<0.01),释放到培养基的甘油浓度及细胞中的cGMP的浓度极显著升高(P<0.01)。NPRB和NPRC基因mRNA的表达极显著和显著高于对照组(P<0.01;P<0.05),NPRA基因mRNA的表达无显著变化(P>0.05)。本试验结果表明,CNP通过NPRB/NPRC-cGMP通路调控肉鸡肌内脂肪细胞的脂代谢过程。 展开更多

关键词 C-型利钠肽(CNP) 鸡 肌内脂肪细胞 脂肪沉积

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山羊APOA 4基因抑制肌内脂肪细胞分化 被引量：2

7

作者 曲比伍且 李艳艳 +5 位作者 李鑫 王永 王友利 刘伟 朱江江 林亚秋 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1927-1938,共12页

旨在明确山羊脂蛋白A-IV(apolipoprotein A-IV,APOA 4)对肌内脂肪细胞分化的调控作用。本试验所用动物为1周岁生理状态良好,舍饲的简州大耳羊公羊(n=5)。试验利用RT-PCR技术克隆山羊APOA 4基因序列,通过生物信息学分析方法对克隆得到的... 旨在明确山羊脂蛋白A-IV(apolipoprotein A-IV,APOA 4)对肌内脂肪细胞分化的调控作用。本试验所用动物为1周岁生理状态良好,舍饲的简州大耳羊公羊(n=5)。试验利用RT-PCR技术克隆山羊APOA 4基因序列,通过生物信息学分析方法对克隆得到的序列进行分析,并获得序列特征;利用qPCR技术构建山羊APOA 4的组织与细胞时序表达谱;通过构建山羊APOA 4基因过表达载体,本试验分为过表达组(pEGFP-N1-APOA 4)与阴性对照组(pEGFP-N1),每组设置3个重复,每个重复的样本量为2个。转染pEGFP-N1-APOA 4过表达载体和pEGFP-N1至山羊肌内前体脂肪细胞并诱导分化,通过油红O染色、Bodipy染色、DAPI染色、吸光度(OD490 nm)测定及qPCR等方法确定过表达山羊APOA 4基因对肌内脂肪细胞分化及脂肪形成标志物的影响。结果表明:1)试验克隆得到山羊APOA 4基因序列1467 bp,其中CDS区1143 bp,编码380个AA;2)生物信息学分析推测得到山羊APOA4为带负电且属于酸性不稳定疏水蛋白;3)山羊APOA 4在山羊各组织广泛表达,在肝中表达量最高,极显著高于其他组织(P<0.01)。APOA 4在诱导分化48 h的肌内脂肪细胞中表达最高;4)过表达山羊APOA 4基因后与对照组相比较,发现肌内脂肪细胞脂滴积聚减少,脂肪分化标志基因C/EBPα、PPARγ表达极显著下调(P<0.01),SREBP1、C/EBPβ表达水平显著下调(P<0.05)。脂代谢标志基因AP2、LPL显著下调(P<0.05)。综合形态学染色和分子生物学结果,山羊APOA 4基因可能通过抑制分化标志基因C/EBPα、PPARγ、SREBP1、C/EBPβ以及脂代谢标志基因AP2、LPL的表达,进而抑制肌内脂肪细胞的分化和脂滴积聚,提示过表达山羊APOA 4基因抑制肌内脂肪细胞分化。 展开更多

关键词 山羊 APOA 4 肌内脂肪细胞 过表达 细胞分化

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腺病毒介导的MAT2B过表达促进猪肌内脂肪细胞分化 被引量：4

8

作者 赵存真 李黄琨 +1 位作者 马云 杨公社 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期802-809,共8页

本研究旨在通过构建腺病毒介导的体外超表达载体,探究腺苷甲硫氨酸转移酶(MAT2B)对猪肌内脂肪细胞分化的影响。本研究以猪脂肪组织为试验材料,提取总RNA,并反转录得到cDNA,参考GenBank收录的猪MAT2B基因mRNA序列设计引物,PCR扩增并连接... 本研究旨在通过构建腺病毒介导的体外超表达载体,探究腺苷甲硫氨酸转移酶(MAT2B)对猪肌内脂肪细胞分化的影响。本研究以猪脂肪组织为试验材料,提取总RNA,并反转录得到cDNA,参考GenBank收录的猪MAT2B基因mRNA序列设计引物,PCR扩增并连接到腺病毒穿梭载体pAdTrack-CMV,进行测序鉴定。结果表明,构建的穿梭载体与骨架载体pAdEasy-1可以实现同源重组,即腺病毒重组载体pAd-MAT2B构建成功;用PacⅠ限制性内切酶酶切线性化pAd-MAT2B载体并回收质粒大片段转染293A细胞可以实现病毒的成功包装,病毒滴度测定可满足原代细胞侵染需要。转染猪原代肌内脂肪细胞后,MAT2B的mRNA和蛋白水平实现了显著的上调。油红O染色结果表明,过表达MAT2B促进了肌内脂肪细胞脂质积累;实时定量结果证明,MAT2B促进成脂标志基因PPARγ和aP2表达的显著上调。综上所述,腺病毒介导的体外表达载体可以成功的实现MAT2B基因超表达;MAT2B正向调控猪肌内脂肪细胞分化。 展开更多

关键词 腺苷甲硫氨酸转移酶2B 重组腺病毒 肌内脂肪细胞 猪

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山羊RPL26基因生物信息学分析及对肌内脂肪细胞分化的影响 被引量：1

9

作者 张浩 王永 +5 位作者 李艳艳 罗成 李鑫 李志雄 朱江江 林亚秋 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1064-1076,共13页

旨在克隆山羊RPL26基因序列并对其在山羊各组织中的表达情况和对山羊脂肪细胞分化的调控作用进行探究。本研究以1周岁简州大耳羊公羊作为试验对象(健康生长状态良好,体重约50 kg,n=3),利用RT-PCR等方法克隆RPL26序列,对基因及蛋白质序... 旨在克隆山羊RPL26基因序列并对其在山羊各组织中的表达情况和对山羊脂肪细胞分化的调控作用进行探究。本研究以1周岁简州大耳羊公羊作为试验对象(健康生长状态良好,体重约50 kg,n=3),利用RT-PCR等方法克隆RPL26序列,对基因及蛋白质序列进行生物信息学分析;以山羊各组织cDNA为模板,利用qPCR方法构建组织表达谱;利用双酶切方法构建RPL26过表达载体,通过脂质体转染在山羊肌内脂肪细胞中过表达RPL26,诱导分化后利用油红O染色和Bodipy染色观察细胞形态学变化,qPCR检测过表达效率及成脂相关基因的表达情况,以阐明其对肌内脂肪细胞分化的影响。结果表明,克隆获得山羊RPL26序列544 bp,CDS区为438 bp,编码蛋白质为带负电的不稳定亲水性蛋白质,主要定位于细胞核。RPL26在山羊各组织广泛表达,其中以腹部皮下脂肪和背部皮下脂肪表达量较高,极显著高于其他组织(P<0.01)。在山羊肌内脂肪细胞中过表达RPL26,肌内脂肪细胞的脂滴明显增多,油红O染色OD值极显著上升;qPCR结果显示,Pref1表达水平极显著下降(P<0.01),PPARγ等成脂标志基因及LPL等脂代谢标志基因的表达都极显著上升(P<0.01)。本研究克隆获得了山羊RPL26序列544 bp,CDS区为438 bp,在腹部皮下脂肪中表达量最高,RPL26对山羊肌内前体脂肪细胞的分化有着正向调控作用。 展开更多

关键词 山羊 核糖体蛋白 克隆 肌内脂肪细胞 细胞分化

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秦川肉牛PAI 1基因生物信息学分析及其对肌内脂肪细胞增殖和分化的影响

10

作者 张殿琦 马鑫浩 +2 位作者 杨志梅 梅楚刚 昝林森 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1729-1741,共13页

【目的】对秦川肉牛纤溶酶原激活物抑制剂1(plasminogen activator inhibitor 1,PAI1)基因进行生物信息学分析,检测PAI 1基因在秦川肉牛不同组织中的表达水平并研究其功能,为秦川肉牛肌内脂肪沉积的分子育种提供理论依据。【方法】以分... 【目的】对秦川肉牛纤溶酶原激活物抑制剂1(plasminogen activator inhibitor 1,PAI1)基因进行生物信息学分析,检测PAI 1基因在秦川肉牛不同组织中的表达水平并研究其功能,为秦川肉牛肌内脂肪沉积的分子育种提供理论依据。【方法】以分离自秦川肉牛背最长肌的肌内脂肪细胞为试验材料,PCR扩增PAI 1基因CDS区,对所获序列进行相似性分析及系统进化树构建,并通过生物信息学软件预测其编码蛋白的结构和功能。通过实时荧光定量PCR检测PAI 1基因在秦川肉牛不同组织中的表达量。合成PAI 1基因siRNA并转染秦川肉牛肌内脂肪细胞,试验分为两组:对照组(NC)和干扰组(si-PAI1),通过EdU染色、CCK-8检测、流式细胞术、油红O染色观察表型变化,采用实时荧光定量PCR及Western blotting检测转录和翻译水平标志基因(PCNA、CDK1、CCND2、PPARG、PLIN2、FABP4)的表达。【结果】试验成功扩增出PAI 1基因CDS区,大小为1054 bp。牛PAI 1基因氨基酸序列与水牛、山羊、人、小鼠、绵羊、黑猩猩的相似性分别为96.8%、95.8%、85.3%、76.9%、95.8%和85.3%。系统进化树表明,牛与水牛的亲缘关系最近,与小鼠的亲缘关系最远。生物信息学分析发现,细胞周期相关激酶参与了PAI 1基因的磷酸化修饰;PAI1蛋白二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主;PAI 1基因启动子上游2000 bp存在成脂相关转录因子的结合位点。实时荧光定量PCR结果发现,PAI 1基因在秦川肉牛各组织中均有表达,其中在肾周脂肪中的表达量最高,在背最长肌中的表达量最低。干扰PAI 1基因后,与对照组相比,干扰组处于增殖期的细胞数量明显增多,CDK 1、PCNA和CCND 2基因mRNA表达水平极显著或显著上调(P<0.01;P<0.05),CDK1和PCNA蛋白表达水平明显增加。随着肌内脂肪细胞的分化,与对照组相比,干扰组脂滴数量明显增加,PPARγ、PLIN 2和FABP 4基因mRNA表达水平均极显著上调(P<0.01)。【结论】PAI 1基因在物种间的保守性较强,可能通过磷酸化和转录因子参与肌内脂肪细胞的增殖和分化,干扰PAI 1基因可促进肌内脂肪细胞的增殖和分化,提示该基因可能对肌内脂肪的沉积有重要的调控作用。 展开更多

关键词 秦川肉牛 PAI 1基因 生物信息学 肌内脂肪细胞

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过表达MAT2A基因促进猪肌内脂肪细胞分化的研究

11

作者 赵存真 吴海港 +3 位作者 唐雪峰 焦凤超 马云 刘纪成 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第9期2425-2432,共8页

本研究通过构建腺病毒介导的体外超表达载体,探究腺苷甲硫氨酸转移酶2A(methionine adenosyltransferase 2A,MAT2A)基因在猪肌内脂肪细胞分化中的作用。根据GenBank中猪MAT2A基因mRNA序列(登录号:NM_001167650.1)设计引物,提取猪脂肪组... 本研究通过构建腺病毒介导的体外超表达载体,探究腺苷甲硫氨酸转移酶2A(methionine adenosyltransferase 2A,MAT2A)基因在猪肌内脂肪细胞分化中的作用。根据GenBank中猪MAT2A基因mRNA序列(登录号:NM_001167650.1)设计引物,提取猪脂肪组织细胞总RNA并反转录获得cDNA,以此为模板进行PCR扩增并连接到pAdTrack-CMV腺病毒穿梭载体中,对重组质粒pAd-MAT2A进行测序鉴定;pAd-MAT2A载体经PacⅠ限制酶酶切线性化,经质粒大片段回收纯化后转染293A细胞进行病毒包装;采用实时荧光定量PCR检测MAT2A基因表达情况,并提取蛋白进行Western blotting分析,取分化第8天的细胞进行油红O染色。结果表明,穿梭载体pAdTrack-CMV-MAT2A构建成功,并能与骨架载体pAdEasy-1实现同源重组;腺病毒载体pAd-MAT2A转染293A细胞后,病毒滴度达到1E+6PFU/mL,可满足侵染猪肌内脂肪细胞的需要。实时荧光定量PCR和Western blotting结果显示,MAT2A基因mRNA和蛋白水平均显著上调。油红O染色结果显示,过表达MAT2A基因可促进猪肌内脂肪细胞内脂滴聚积。结果表明,腺病毒介导的MAT2A基因过表达在猪肌内脂肪细胞中呈上调趋势,MAT2A基因可促进脂质积累。 展开更多

关键词 腺苷甲硫氨酸转移酶2A(MAT2A)基因 重组腺病毒 猪 肌内脂肪细胞

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单细胞转录组测序技术及其在肌内脂肪细胞研究中的应用

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作者 张久盘 马青 +3 位作者 王锦 马丽娜 魏大为 梁小军 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期479-489,共11页

单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术在单细胞水平对转录组进行测序,可从表达量、细胞量及细胞组成等多种角度描述样本,主要包括单细胞分离、mRNA反转录、文库构建、转录组测序和数据分析等步骤。单细胞分离是s... 单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术在单细胞水平对转录组进行测序,可从表达量、细胞量及细胞组成等多种角度描述样本,主要包括单细胞分离、mRNA反转录、文库构建、转录组测序和数据分析等步骤。单细胞分离是scRNA-seq技术操作的第一步,常用的细胞分离方法有连续稀释法、显微操作法、荧光激活流式细胞术、激光捕获显微切割术和微流控技术。基于不同细胞捕获、cDNA扩增和文库构建开发了许多scRNA-seq方法,如CEL-seq2、Drop-seq、MARS-seq、SCRB-seq、Smart-seq、Smart-seq2等。与传统测序方法相比,scRNA-seq可识别单个细胞的基因表达信息、记录细胞的空间位置、跟踪不同细胞谱系在分化过程中的轨迹,这为研究难以大量提取的肌内脂肪细胞分子特异性和发生分化过程带来极大便利。作者简要介绍了scRNA-seq技术的关键步骤,比较分析了单细胞分离和转录组测序方法的优缺点,综述了肌内脂肪细胞的起源以及scRNA-seq在肌内脂肪细胞的亚群和标记基因鉴定以及细胞分化轨迹追踪中的应用,以期为肌内脂肪细胞的深入研究提供参考依据。 展开更多

关键词 单细胞转录组测序 肌内脂肪细胞 细胞异质性

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lncRNA-6617调控猪肌内前体脂肪细胞分化的筛选与功能研究 被引量：9

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作者 孟珊 杨阳 +8 位作者 李睿霄 姬梦婷 张娜 路畅 蔡春波 高鹏飞 郭晓红 曹果清 李步高 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1712-1722,共11页

旨在探究lncRNA-6617的生物学特性及其对猪肌内前体脂肪细胞分化的影响,以及初步探究其上游调节机制,为后续深入研究猪肌内脂肪沉积调控机制提供参考依据。本研究以饲养在相同条件下的1、90、180日龄健康马身公猪(n=3)和大白公猪(n=3)... 旨在探究lncRNA-6617的生物学特性及其对猪肌内前体脂肪细胞分化的影响,以及初步探究其上游调节机制,为后续深入研究猪肌内脂肪沉积调控机制提供参考依据。本研究以饲养在相同条件下的1、90、180日龄健康马身公猪(n=3)和大白公猪(n=3)为研究对象,利用RNA-seq技术筛选脂肪型猪(马身猪)和瘦肉型猪(大白猪)肌肉特异表达的lncRNAs,并通过生物信息学分析、RT-PCR及Sanger测序鉴定lncRNA-6617生物学特性及其猪组织中的表达特征。在猪肌内前体脂肪细胞中干扰lncRNA-6617,检测lncRNA-6617对肌内脂肪细胞分化能力的影响。随后,检测m^(6)A修饰相关酶在不同品种猪中的表达差异,研究lncRNA-6617的上游调控机制。结果显示,lncRNA-6617位于猪18号染色体,RAMP3基因反义链的第3内含子区域,无蛋白编码能力,主要分布于细胞核;lncRNA-6617在猪所检测各组织中均有表达,背部皮下脂肪中表达量最高,且在马身猪肌肉组织中的表达极显著高于大白猪(P<0.01);在猪肌内前体脂肪细胞分化过程中,lncRNA-6617表达量呈上升趋势,且在分化第5天表达量达到最高;干扰lncRNA-6617诱导分化7 d后,分化的成熟脂肪细胞明显减少,成脂关键基因CEBPα、PPARγ和aP2的表达均极显著下调(P<0.01)。m^(6)A修饰的去甲基化酶FTO在马身猪背最长肌和股二头肌中的表达极显著高于大白猪(P<0.01),在腰大肌中的表达显著高于大白猪(P<0.05),上游调节因子ZNF217在马身猪肌肉组织中的表达极显著高于大白猪(P<0.01),与lncRNA-6617表达模式一致。干扰FTO后,lncRNA-6617的表达极显著下调(P<0.01)。本研究筛选了在马身猪肌肉组织中显著高表达的lncRNA-6617,并深入研究了lncRNA-6617促进猪肌内前体脂肪细胞分化的功能及其上游调节机制,丰富了脂肪细胞生成的表观调控网络。 展开更多

关键词 马身猪 lncRNA-6617 m^(6)A 肌内脂肪细胞 成脂分化

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Wnt10b对山羊前体脂肪细胞分化相关基因表达的影响 被引量：13

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作者 林森 林亚秋 +4 位作者 朱江江 许晴 赵越 池永东 王永 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期685-692,共8页

旨在利用RNA干扰技术,明确Wnt10b基因对山羊前体脂肪细胞分化的影响。设计合成山羊Wnt10b siRNA序列,利用胶原酶消化法获得山羊皮下和肌内前体脂肪细胞。利用有效的siRNA序列干扰山羊皮下和肌内前体脂肪细胞Wnt10b基因表达后,检测其对... 旨在利用RNA干扰技术,明确Wnt10b基因对山羊前体脂肪细胞分化的影响。设计合成山羊Wnt10b siRNA序列,利用胶原酶消化法获得山羊皮下和肌内前体脂肪细胞。利用有效的siRNA序列干扰山羊皮下和肌内前体脂肪细胞Wnt10b基因表达后,检测其对细胞分化及脂肪细胞分化标志基因表达的影响。结果表明,筛选获得有效的山羊Wnt10bsiRNA序列,转染山羊皮下和肌内前体脂肪细胞后,Wnt10b被显著干扰,其mRNA表达量分别下调63%(P<0.01)和67%(P<0.01);油红O染色结果显示,干扰Wnt10b基因可明显抑制山羊皮下和肌内脂肪细胞的脂滴积聚;且干扰Wnt10b基因后,在皮下前体脂肪细胞分化过程中C/EBPβ、PPARγ、SREBP1和Pref1基因出现极显著下调(P<0.01),LPL出现显著下调(P<0.05);而在肌内前体脂肪细胞分化过程中,AP2和LPL基因出现极显著下调(P<0.01),C/EBPβ出现显著下调(P<0.05),Pref1出现极显著上调(P<0.01)。本试验发现,Wnt10b基因可能通过调控C/EBPβ、PPARγ、SREBP1和LPL的表达来促进山羊皮下前体脂肪细胞分化,通过调控AP2、LPL、C/EBPβ和Pref1的表达来促进山羊肌内前体脂肪细胞分化。 展开更多

关键词 山羊 Wnt10b基因 RNA干扰 皮下脂肪细胞 肌内脂肪细胞

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干扰Smad3促进山羊脂肪细胞分化 被引量：2

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作者 崔胜 林亚秋 +2 位作者 许晴 朱江江 王永 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期475-489,共15页

旨在克隆山羊Smad3的基础上,明确其组织和细胞表达谱,最终阐明干扰Smad3基因对山羊肌内和皮下脂肪细胞分化的影响。本研究选用5只体况良好的1周龄简州大耳羊,空腹24 h后屠宰并采集相应组织和细胞进行试验。利用RT-PCR技术克隆山羊Smad3... 旨在克隆山羊Smad3的基础上,明确其组织和细胞表达谱,最终阐明干扰Smad3基因对山羊肌内和皮下脂肪细胞分化的影响。本研究选用5只体况良好的1周龄简州大耳羊,空腹24 h后屠宰并采集相应组织和细胞进行试验。利用RT-PCR技术克隆山羊Smad3基因cDNA区序列并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR, qPCR)技术检测Smad3基因的组织和细胞时序表达水平;并且合成靶向Smad3的siRNA,采用油红O染色从形态学上明确干扰Smad3对山羊前体脂肪细胞成脂分化的影响,利用qPCR检测干扰Smad3对脂肪细胞分化标志基因C/EBPα、C/EBPβ、LPL、SREBP1、AP2、PPARγ、Pref-1、KLF3、KLF4、KLF6、KLF7、KLF8、KLF9、KLF10和KLF15以及Smads相关基因Smad2、Smad4、Smad7和TGF-β1基因mRNA表达水平的影响,探讨可能的作用机制。结果,获得山羊Smad3基因1 449 bp,其中CDS区序列为1 278 bp,编码425个氨基酸;Smad3在山羊各组织中具有广泛表达特性,且在肾脏中的表达水平最高(P<0.01);Smad3均在山羊肌内和皮下两种脂肪细胞诱导分化的36 h表达量最低,极显著低于在未分化前体脂肪细胞中的表达丰度(P<0.01);干扰Smad3后发现显著促进了山羊肌内和皮下脂肪细胞中脂滴的聚集,且脂肪细胞分化标志基因、KLF3、KLF4、KLF8、KLF9、KLF10和KLF15的表达水平显著上升(P<0.05),Pref-1的相对表达水平极显著下降(P<0.01),同时干扰Smad3基因下调了Smad2、Smad4和Smad7基因的相对表达水平(P<0.05)。研究结果指出,干扰Smad3促进山羊脂肪细胞分化,且可能通过调控脂肪细胞分化标志基因C/EBPα、C/EBPβ、LPL、SREBP1、AP2、Pref-1、KLF3、KLF4、KLF8、KLF9、KLF10和KLF15等及协同Smad2、Smad4和Smad7的表达来实现的。 展开更多

关键词 山羊 SMAD3 基因克隆 RNA干扰 肌内脂肪细胞 皮下脂肪细胞

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