为鉴定鱼源鲁氏耶尔森氏菌(Yersinia ruckeri)SC09菌株水生环境中不同温度的转录组水平上的差异,研究采用链特异性转录组测序(Strand-specific RNA-seq)技术对菌体生理温度(28℃)和实验培养温度(37℃)下进行链特异性测序,原始数据质控后...为鉴定鱼源鲁氏耶尔森氏菌(Yersinia ruckeri)SC09菌株水生环境中不同温度的转录组水平上的差异,研究采用链特异性转录组测序(Strand-specific RNA-seq)技术对菌体生理温度(28℃)和实验培养温度(37℃)下进行链特异性测序,原始数据质控后,筛选得到差异表达基因,通过KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库对差异表达基因进行富集分析,并利用Rockhopper软件筛选出的重要原核生物基因簇进行验证。结果显示,共筛选获得173个显著差异表达基因(P<0.05),其中包括58个上调基因,主要富集到一些特殊的碳水化合物代谢相关的通路中;以及115个下调基因,主要富集到双组份信号系统中与三羧酸循环相关的代谢通路上,同时部分基因富集到编码鞭毛素相关的基因簇中。结果表明,相对于37℃的实验室培养温度,在水生环境的生理温度条件下(28℃)SC09菌株拥有较高的运动性和较强的葡萄糖代谢,但相对的SC09菌株代谢一些特殊糖类的能力减弱。展开更多
文摘为鉴定鱼源鲁氏耶尔森氏菌(Yersinia ruckeri)SC09菌株水生环境中不同温度的转录组水平上的差异,研究采用链特异性转录组测序(Strand-specific RNA-seq)技术对菌体生理温度(28℃)和实验培养温度(37℃)下进行链特异性测序,原始数据质控后,筛选得到差异表达基因,通过KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库对差异表达基因进行富集分析,并利用Rockhopper软件筛选出的重要原核生物基因簇进行验证。结果显示,共筛选获得173个显著差异表达基因(P<0.05),其中包括58个上调基因,主要富集到一些特殊的碳水化合物代谢相关的通路中;以及115个下调基因,主要富集到双组份信号系统中与三羧酸循环相关的代谢通路上,同时部分基因富集到编码鞭毛素相关的基因簇中。结果表明,相对于37℃的实验室培养温度,在水生环境的生理温度条件下(28℃)SC09菌株拥有较高的运动性和较强的葡萄糖代谢,但相对的SC09菌株代谢一些特殊糖类的能力减弱。
