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题名翅萼石斛叶绿体基因组密码子偏好性分析
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作者
颜凤霞
江荣慧
王莲辉
罗在柒
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机构
贵州省林业科学研究院/西南喀斯特山地生物多样性保护国家林业和草原局重点实验室
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出处
《贵州林业科技》
2024年第1期29-36,共8页
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基金
贵州省林业科研课题(编号:黔林科合[2019]01号、黔石科合2019001、黔林科合[2021]02号、黔林科合[2019]02号)。
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文摘
为阐明翅萼石斛(Dendrobium cariniferum)叶绿体基因组密码子使用模式及影响因素,以其52条蛋白编码序列(CDS)为对象,利用EMBOSS在线程序计算各基因及密码子的GC含量,通过CodonW软件计算各基因有效密码子数(ENC)、同义密码子相对使用度(RSCU)、最优密码子使用频率(FOP)及密码子的第3位核苷酸碱基含量等。结果表明:基因组平均GC含量为38%,GC_(1)>GC_(2)>GC_(3);ENC的值介于37.04~59.52之间,表明密码子使用偏好性较弱;基因组中RSCU>1的密码子有25个,其中11个以U结尾,11个以A结尾,3个以G结尾;中性绘图分析中所有基因均分布于中线对角线上方,GC_(12)与GC_(3)相关性不显著,密码子使用偏好性以自然选择因素影响为主;ENC-plot绘图分析结果中多数基因分布在标准曲线以下,密码子偏好性主要受自然选择影响;PR2-plot分析表明密码子碱基A和G在密码子第3位比T和C更常见,这表明基因突变会影响密码子使用偏好,但其偏好性可能主要受自然选择影响;共筛选UUU、UUA、AUU等13个以A/U结尾的最优密码子。以上研究结果可为翅萼石斛叶绿体基因组优良基因利用提供理论与基础。
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关键词
翅萼石斛
叶绿体基因组
密码子偏好性
选择影响
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Keywords
Dendrobium cariniferum
chloroplast genome
codon preference
selective influence
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分类号
Q943.2
[生物学—植物学]
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题名翅萼石斛组织培养及快繁技术研究
被引量：13
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作者
仇硕
赵志国
赵健
夏科
熊亚兰
唐凤鸾
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机构
广西植物功能物质研究与利用重点实验室/中国科学院广西植物研究所
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出处
《广东农业科学》
CAS
2018年第9期48-52,174,共6页
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基金
国家自然科学基金(31560567)
广西壮族自治区科技攻关计划项目(桂科攻1598006-3-11)
广西植物研究所基本业务费项目(桂植业15001)
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文摘
以翅萼石斛蒴果为外植体,通过对其种子无菌萌发和原球茎诱导、原球茎增殖及丛生芽诱导、生根壮苗以及移栽驯化的研究,建立翅萼石斛的组培快繁技术体系。结果表明:翅萼石斛种子萌发和原球茎诱导的最佳培养基为MS+6-BA 1.0 mg/L+NAA 0.1 mg/L+蔗糖20 g/L;原球茎增殖和丛生芽诱导的最佳培养基为MS+6-BA 1.0 mg/L+NAA 0.1 mg/L+蔗糖20g/L+活性碳1.0g/L,接种45 d后增殖系数约5.8个、生长情况良好;生根壮苗的培养基配方为MS+6-BA 1.0 mg/L+KT 0.5 mg/L+NAA 0.2 mg/L+蔗糖30 g/L+香蕉泥100 g/L+活性碳1.0 g/L,生根率达100%,根系及幼苗长势良好。桂林地区移栽驯化宜在3~4月进行,选择水苔做基质,60 d后成活率为76.7%。
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关键词
翅萼石斛
无菌萌发
原球茎增殖
移栽驯化
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Keywords
Dendrobium cariniferum
aseptic germination
protocorm proliferation
transplanting and domestication
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分类号
S682.31
[农业科学—观赏园艺]
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题名翅萼石斛花在温度胁迫下的转录组分析
被引量：1
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作者
陈宏宇
于莹
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机构
贵州中医药大学药学院
贵州中医药大学基础医学院
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出处
《安徽农学通报》
2023年第15期37-42,共6页
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基金
贵州省科技计划项目(黔科合基础-ZK[2021]一般521)
贵州中医药大学博士启动基金(贵中医博士启动[2020]19号,3043-043200019)。
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文摘
为了研究翅萼石斛花在极端温度胁迫下的基因表达差异和调控通路,对处于低温胁迫和高温胁迫下的试验材料分别进行转录组测序并比较分析。从全部样本中共获得220941个单基因(Unigene),其中94784个单基因在Nr、COG等4个数据库中获得注释。与对照相比,翅萼石斛花识别了低温诱导表达基因451个,低温抑制表达基因856个,高温诱导表达基因5411个,高温抑制表达基因5020个。试验结果表明,极端温度对翅萼石斛花的基因表达有较大的影响,这些差异表达基因可能是翅萼石斛花适应温度胁迫的重要分子机制,为深入研究胁迫应答机制提供参考和帮助。
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关键词
翅萼石斛
温度胁迫
转录组
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分类号
S682.31
[农业科学—观赏园艺]
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