“特藏寒羊”群体遗传结构分析与选择信号的对比分析 被引量：2

1

作者 王婷 张元庆 +3 位作者 闫益波 上官明军 郭宏宇 王志武 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期2913-2926,共14页

旨在了解“特藏寒羊”群体遗传结构和优势性能的遗传来源,为配种方案和杂交利用提供依据,帮助组建特定性能的家系。本研究应用SNP 50K v3芯片对50只“特藏寒羊”(公羊18只,母羊32只)、24只特克塞尔羊(公母各半)和48只欧拉羊(藏系绵羊)(... 旨在了解“特藏寒羊”群体遗传结构和优势性能的遗传来源,为配种方案和杂交利用提供依据,帮助组建特定性能的家系。本研究应用SNP 50K v3芯片对50只“特藏寒羊”(公羊18只,母羊32只)、24只特克塞尔羊(公母各半)和48只欧拉羊(藏系绵羊)(公羊20只,母羊28只)进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisim,SNPs)检测;使用Plink、GCTA和MegaX软件对“特藏寒羊”进行遗传结构分析;Tajima’D法对“特藏寒羊”、特克塞尔羊和欧拉羊(藏系绵羊)进行群体内基因组选择信号分析,将“特藏寒羊”的选择信号分别与特克赛尔羊和欧拉羊(藏系绵羊)的选择信号取交集进行GO和KEGG功能富集分析,找到可能影响“特藏寒羊”优势性能的亲本来源和相关基因。结果显示:“特藏寒羊”平均多态信息含量(PIC)为0.26±0.12,平均期望杂合度(He)为0.36±0.14,平均观测杂合度(Ho)为0.37±0.16,平均最小等位基因频率(MAF)为0.25±0.15,平均有效等位基因数(Ne)为1.59±0.07;ROHs长度主要分布在1~5 Mb,占比50.4%,长度20 Mb+的ROH占比9.52%,近交系数F_(ROH)中位数为0.085;遗传距离D值为0.1527~0.3491,平均遗传距离0.2796;NJ聚类分析共划分5个家系,家系内个体分布不均;“特藏寒羊”与欧拉羊(藏系绵羊)交集信号定位的基因与免疫相关,包括原发性免疫缺陷、造血细胞系和T细胞受体信号通路;“特藏寒羊”与特克塞尔羊交集信号定位的基因与生物代谢相关。综上所述,“特藏寒羊”存在一定程度近交,需加强管理;欧拉羊(藏系绵羊)更影响“特藏寒羊”免疫功能,特克塞尔羊更影响“特藏寒羊”生长发育和肉质性状。 展开更多

关键词 群体遗传结构 选择信号分析 欧拉羊(藏系绵羊)

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基于全基因组重测序SNP分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构

2

作者 徐扩卫 李卓辉 +5 位作者 冷堂健 熊宝 周杰珑 郭盘江 王禹 陈粉粉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期5498-5510,共13页

旨在分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构,以期更好的保护和利用宁蒗高原鸡这一种质资源。本研究利用全基因组重测序技术检测宁蒗高原鸡(n=57)、大围山微型鸡(n=20)、尼西鸡(n=11)和独龙鸡(n=10)群体的单核苷酸多态性(s... 旨在分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构,以期更好的保护和利用宁蒗高原鸡这一种质资源。本研究利用全基因组重测序技术检测宁蒗高原鸡(n=57)、大围山微型鸡(n=20)、尼西鸡(n=11)和独龙鸡(n=10)群体的单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP),以群体观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性标记比例(P_(N))、核苷酸多态性(Pi)、次等位基因频率(Maf)以及连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)衰减情况分析群体遗传多样性;使用主成分分析、系统发育树、群体结构分析探究不同品种的群体遗传结构;以群体分化指数(Fst)评估品种间的分化程度,以状态同源(identity by state,IBS)、G矩阵和群体近交系数(F ROH)分析宁蒗高原鸡保种群体的亲缘关系。结果显示,宁蒗高原鸡群体的观测杂合度(Ho)为0.212,小于其0.221的期望杂合度(He),而大围山微型鸡、独龙鸡和尼西鸡的Ho均高于He,表明宁蒗高原鸡群体遗传多样性较为丰富;LD衰减分析表明,4个品种的衰减速度由快到慢依次为宁蒗高原鸡、大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡,说明宁蒗高原鸡群体遗传多样性最高,基因组受选择程度最低;主成分分析和系统发育树结果表明,宁蒗高原鸡分为3个支系,大围山微型鸡与宁蒗高原鸡、独龙鸡和尼西鸡之间的遗传背景差异较大;群体结构分析显示,当K=2时为最优分群数,宁蒗高原鸡血统较为复杂,独龙鸡和尼西鸡血统较为相似;群体遗传分化结果发现,宁蒗高原鸡与大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡之间均出现中等程度的分化,而独龙鸡和尼西鸡之间的遗传分化指数较小;IBS矩阵和G矩阵分析发现,宁蒗高原鸡保种群体间大部分个体亲缘关系较远,少数个体亲缘关系较近。以上结果表明,宁蒗高原鸡与大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡之间均存在中等程度的分化,宁蒗高原鸡保种群体的遗传多样性较为丰富,但保种群体间存在一定的近交趋势,应建立有效的育种方案,加强保种,避免近交衰退。 展开更多

关键词 全基因组 宁蒗高原鸡 群体遗传多样性 群体遗传结构

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5个乌鳢群体的SLAF测序及群体遗传结构和遗传多样性分析

3

作者 张晋 刘海洋 +5 位作者 崔同心 欧密 罗青 费树站 陈昆慈 赵建 《大连海洋大学学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期968-976,共9页

为探究地方乌鳢(Channa argus)群体的遗传结构和遗传多样性,基于SLAF-seq测序技术开发的SNP分子标记对5个乌鳢群体的群体遗传结构及遗传多样性进行了分析。结果表明:共检出1987293个群体SNP标记,平均测序深度为16.33 x,平均Q20含量和平... 为探究地方乌鳢(Channa argus)群体的遗传结构和遗传多样性,基于SLAF-seq测序技术开发的SNP分子标记对5个乌鳢群体的群体遗传结构及遗传多样性进行了分析。结果表明:共检出1987293个群体SNP标记,平均测序深度为16.33 x,平均Q20含量和平均GC含量分别为99.17%和41.19%;5个群体的遗传多样性结果显示,观测杂合度(H o)为0.078~0.134,期望杂合度(H e)为0.094~0.183,多态信息含量(PIC)为0.156~0.250,近交系数(F IS)为0.288~0.579,核苷酸多态性(π)为2.96×10^(-6)~5.73×10^(-6);遗传分化及遗传结构分析结果表明,各群体之间基因流(N m)为0.503~0.856,均小于1;各群体之间的群体遗传分化系数(F st)为0.042~0.247;系统发育树中黑龙江抚远、山东省微山湖和浙江湖州群体各聚成一支,而四川内江的普通乌鳢和白乌鳢则聚成一支;5个乌鳢群体可分为4个亚群,除浙江湖州群体外,其他地区群体中存在来自祖先亚群基因交流;试验结果表明,通过SLAF-seq技术可以以较低的成本实现对乌鳢群体遗传多样性的鉴定与基因分型;乌鳢各群体的H o均低于H e,群体存在一定程度的近亲繁殖;5个乌鳢群体的杂合度、多态信息含量和核苷酸多态性均较低,表明遗传多样性水平较低;群体间核苷酸多态性差异较小;5个乌鳢群体遗传分化水平不一,四川内江群体之间处于低度遗传分化水平,其余群体之间处于中、高度遗传分化水平,形成了较为明显的遗传分化。该研究为乌鳢遗传资源保护及新品种开发提供了科学参考。 展开更多

关键词 乌鳢 SLAF测序 群体遗传结构 遗传多样性 SNP标记

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用RAPD标记分析6个品种猪的群体遗传结构 被引量：17

4

作者 刘德武 杨关福 +1 位作者 李加琪 陈文广 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期18-22,共5页

用 140个 10碱基随机引物对引入品种杜洛克猪、长白猪、大白猪、斯格猪及广东地方猪种蓝塘猪、大花白猪的基因组池DNA进行了RAPD分析 ,并从扩增产物表现为多态的引物中筛选出 9个特异性强的引物进行个体DNA的RAPD分析。结果表明 :(1)斯... 用 140个 10碱基随机引物对引入品种杜洛克猪、长白猪、大白猪、斯格猪及广东地方猪种蓝塘猪、大花白猪的基因组池DNA进行了RAPD分析 ,并从扩增产物表现为多态的引物中筛选出 9个特异性强的引物进行个体DNA的RAPD分析。结果表明 :(1)斯格猪与长白猪、蓝塘猪与大花白猪的相似系数较高 ,聚类关系较近 ;而 2个地方猪种与 4个引入猪种之间则相应地较低、较远。在 4个引入猪种中 ,除杜洛克猪外 ,另 3个表现出与华南地方猪种相对较近的亲缘关系。 (2 )引物L 15、J 13可作为地方猪种与引入猪种区别的标记 ,I 0 9可作为猪性别区别的标记。 (3) 4个引入品种的群体内遗传变异程度普遍低于广东两地方猪种 ,尤以杜洛克猪群体内遗传变异最小 ;两地方猪种中 ,蓝塘猪的群体内遗传变异要小于大花白猪。 展开更多

关键词 RAPD 猪 相似系数 群体遗传结构 品种

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海南省油茶及其他寄主植物果生刺盘孢菌群体遗传结构分析 被引量：12

5

作者 李河 李杨 +1 位作者 徐建平 周国英 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第10期80-88,共9页

【目的】研究海南省油茶树及其他寄主植物炭疽病菌果生刺盘孢菌群体遗传结构、群体遗传多样性及单倍型地理分布,探索海南地区不同寄主植物炭疽病菌的分子遗传变异规律。【方法】利用单孢分离法对采集自海南省南圣镇、通什镇、枫木林场... 【目的】研究海南省油茶树及其他寄主植物炭疽病菌果生刺盘孢菌群体遗传结构、群体遗传多样性及单倍型地理分布,探索海南地区不同寄主植物炭疽病菌的分子遗传变异规律。【方法】利用单孢分离法对采集自海南省南圣镇、通什镇、枫木林场和澄迈林场4个地区9种不同寄主植物的炭疽病病叶进行炭疽菌分离,并对每个菌株ITS,CAL和GAPDH 3个基因进行PCR扩增和测序,按顺序对3个基因的序列进行拼接,然后采用Gen ALEx6,Dna SP 5.0,TCS1.21和MEGA6.0软件分别对数据进行分析。【结果】分离、鉴定共获得12个病菌种群的108个果生刺盘孢菌病菌样品,可推导出18种单倍体型(haplotype),其中单倍型Haplotype11共70个菌株,为优势单倍型,在每个病菌种群中均有分布;单倍型网络结构分析表明,病原菌以单倍型Haplotype11为辐射中心,呈现出1个比较典型星状发散图,推测Haplotype11为原始单倍型;108株病菌表现出丰富的遗传多样性;AMOVA分析显示,种群间和种群内的遗传变异分别占总变异的3%和97%,变异主要存在种群内,而种群间的差异小,说明不同的寄主植物未对病菌交流造成隔离障碍;遗传分化和基因流分析发现,12个病菌种群间遗传分化小,种群间基因交流频繁;另外,油茶种群之间以及油茶与鲫鱼胆、葛根和山矾等植物种群之间的果生刺盘孢菌存在遗传重组现象;系统发育分析表明,来自同一个果生刺盘孢菌种群的单倍型未能聚在一起,而是散乱的分布在系统树中,没有显示出明显的寄主植物分布族群;核苷酸不配对分析表明病菌种群历史上并没有发生显著的种群扩张。【结论】海南省果生刺盘孢菌遗传多样性丰富,不同地区和不同寄主植物病菌种群之间存在有效基因流,揭示该病菌可以在油茶树及其他寄主植物之间迁移,这为整体考虑海南省油茶及其他寄主植物制定可持续控制油茶炭疽病策略提供重要的理论依据。 展开更多

关键词 油茶 寄主植物 果生刺盘孢菌 群体遗传结构

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银鲫与普通鲫群体遗传结构的比较分析 被引量：9

6

作者 孙效文 杨彦豪 +2 位作者 鲁翠云 曹顶臣 雷清泉 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2009年第4期34-39,共6页

利用15个微卫星多态性分子标记,对黑龙江省方正县双龙水库和双凤水库两个水体的雌核发育银鲫(Car-assius auratus gibelio)和二倍体普通鲫(Carassius auratus(L))的群体遗传多样性进行比较分析。结果显示:平均每个多态性位点获得银鲫10... 利用15个微卫星多态性分子标记,对黑龙江省方正县双龙水库和双凤水库两个水体的雌核发育银鲫(Car-assius auratus gibelio)和二倍体普通鲫(Carassius auratus(L))的群体遗传多样性进行比较分析。结果显示:平均每个多态性位点获得银鲫10.39个有效等位基因,普通鲫11.82个有效等位基因;双龙水库三倍体银鲫和二倍体普通鲫的平均观测杂合度分别为0.6035和0.6300,双凤水库中的三倍体银鲫和二倍体普通鲫的平均观测杂合度为0.5311和0.5885;相似性与遗传距离分析结果显示:相似性最大的是双凤水体内的银鲫和普通鲫(0.8127),远大于两个水体间的银鲫群体间的相似性。结果表明,银鲫与普通鲫存在着明显的遗传物质交流,较高的遗传相似性不仅与传统的银鲫起源于普通鲫的观点一致,也暗示银鲫与普通鲫存在经常性地遗传物质交流。 展开更多

关键词 银鲫(Carassius auratus gibelio) 普通鲫(Carassius auratus(L)) 群体遗传结构

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棘头梅童鱼线粒体控制区的序列变异与群体遗传结构 被引量：12

7

作者 郑德锋 赵金良 周文玉 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2011年第2期34-40,共7页

采用PCR扩增测序法获得了棘头梅童鱼Collichtysiucidus南通、启东、芦潮港、温州、瑞安、福州、番禺7个地理群体53尾鱼的mtDNA控制区全序列。棘头梅童鱼控制区序列长度为778～782bp,序列长度变异主要是由位点的插入或缺失造成,识别了终... 采用PCR扩增测序法获得了棘头梅童鱼Collichtysiucidus南通、启东、芦潮港、温州、瑞安、福州、番禺7个地理群体53尾鱼的mtDNA控制区全序列。棘头梅童鱼控制区序列长度为778～782bp,序列长度变异主要是由位点的插入或缺失造成,识别了终止序列区TAS和保守序列区CSB1、CSB2、CSB3序列。共检测到多态位点66个,占全部序列的8.44%,检测到单倍型33种,平均单倍型多样性(Hd)为0.9347±0.0175,平均核苷酸多样性(π)为0.0175±0.0023。棘头梅童鱼群体内的遗传距离(K2-P)为0.0017～0.0228,群体间的遗传距离为0.0023～0.0433,群体间的分化指数FST为-0.0584～0.8458,基因流为0.05～19.62。AMOVA分析结果显示,群体间的变异为74.21%,群体内的变异为25.79%(P<0.05),表明群体间发生了显著的遗传分化。以NJ法构建的亲缘关系树显示,棘头梅童鱼7个群体分为两个大支,一支以北方类群(南通、启东、芦潮港、温州群体)个体为主,另一支以南方类群(福州和番禹群体)个体为主,而位于南、北方类群中间位置的瑞安群体则与两大类群均有交叉。 展开更多

关键词 棘头梅童鱼 群体遗传结构 线粒体控制区 序列

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欧洲野生甘蓝的核质遗传多样性和群体遗传结构分析 被引量：6

8

作者 许鲲 陆光远 +3 位作者 伍晓明 高桂珍 陈碧云 吕培军 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期111-117,共7页

为了解欧洲野生甘蓝遗传背景,以栽培甘蓝、甘蓝型油菜和白菜型油菜作对比,对引进的7个生态地理群体共80份野生甘蓝材料进行了核质遗传多样性和群体遗传结构分析。利用10对特异性SSR引物分析叶绿体基因组多样性,获得8个差异性标记,将参... 为了解欧洲野生甘蓝遗传背景,以栽培甘蓝、甘蓝型油菜和白菜型油菜作对比,对引进的7个生态地理群体共80份野生甘蓝材料进行了核质遗传多样性和群体遗传结构分析。利用10对特异性SSR引物分析叶绿体基因组多样性,获得8个差异性标记,将参试94份材料划分为3类,即甘蓝(含栽培和野生甘蓝)、甘蓝型油菜和白菜型油菜;包括6种单倍型,其中野生甘蓝2个,甘蓝型油菜3个,白菜型油菜1个。利用6对SRAP引物对核基因组多样性进行分析,获得75个多态性标记;聚类及遗传结构分析表明7个野生甘蓝群体中,F、D、G三个群体聚为独立的亚类,E群体大部分单株归于G亚类。其它3个群体A、B、C则相互混杂在一起。野生甘蓝群体Nei's基因多样性指数(H)和Shannon’s指数(I)分别为0.301 3和0.461 1。分子方差分析(AMOVA)表明野生甘蓝以群体内变异为主,占80%;群体间变异仅占20%。结果显示引进的野生甘蓝群体核质遗传多样性丰富。 展开更多

关键词 野生甘蓝 遗传多样性 群体遗传结构

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海南橡胶树白粉菌的群体遗传结构研究 被引量：8

9

作者 曹学仁 车海彦 罗大全 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期121-124,共4页

白粉病是海南橡胶树上发生最严重的叶部病害,为了明确海南橡胶树白粉菌群体的遗传结构,本研究对海南7个市(县)的橡胶树白粉菌的ITS序列进行分析。结果表明,95个病菌样品可推导出5种单倍型,其中单倍型H1包含样品数为88个,且在7个市(县)... 白粉病是海南橡胶树上发生最严重的叶部病害,为了明确海南橡胶树白粉菌群体的遗传结构,本研究对海南7个市(县)的橡胶树白粉菌的ITS序列进行分析。结果表明,95个病菌样品可推导出5种单倍型,其中单倍型H1包含样品数为88个,且在7个市(县)均有分布;三亚种群的单倍型多样性和核苷酸多样性最高。总体和各地理群体的中性检验结果显示,群体扩张遵循中性进化,群体大小保持相对稳定。遗传分化指数(Fst)表明三亚种群与白沙、儋州、海口和琼中等四市(县)种群的遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,占总变异的89.66%。因此海南橡胶树白粉菌菌株间虽存在一定的遗传分化,但整体遗传多样性偏低。 展开更多

关键词 橡胶树白粉病 橡胶树粉孢 ITS序列 群体遗传结构

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油茶暹罗刺盘孢菌群体遗传结构分析 被引量：5

10

作者 李杨 李河 +3 位作者 周国英 蒋越西 蒋仕强 刘君昂 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期49-54,共6页

暹罗刺盘孢菌是油茶炭疽病病原之一,在我国多个油茶产区均有分布。研究油茶暹罗刺盘孢菌群体遗传结构可为全面、有效防治油茶炭疽病害提供理论依据。本研究对分离自海南、江西、湖南、广西4省(自治区)6个地区暹罗刺盘孢菌菌株的ITS、CAL... 暹罗刺盘孢菌是油茶炭疽病病原之一,在我国多个油茶产区均有分布。研究油茶暹罗刺盘孢菌群体遗传结构可为全面、有效防治油茶炭疽病害提供理论依据。本研究对分离自海南、江西、湖南、广西4省(自治区)6个地区暹罗刺盘孢菌菌株的ITS、CAL和GAPDH 3个基因的序列进行群体遗传结构分析。根据拼接的上述3个基因的序列,57个暹罗刺盘孢菌菌株可定义为13个单倍型,其中单倍型H7为主要单倍型,分布于本研究所涉及的所有地区。病菌不同地理种群间的遗传分化较大,AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,病菌未经历过大规模的种群扩张。研究结果表明油茶炭疽病原暹罗刺盘孢菌种群具有丰富的遗传多样性。 展开更多

关键词 暹罗刺盘孢菌 地理种群 多基因序列 群体遗传结构

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小麦条锈菌滇黔群体遗传结构分析 被引量：3

11

作者 刘秀峰 袁文娅 +2 位作者 梁丹 时晓伟 马占鸿 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2016年第5期779-784,共6页

为探明小麦条锈菌滇黔群体菌源关系,利用扩增片段长度多态性标记对云南、贵州具有不同AFLP基因型的71个小麦条锈菌分离物(云南39个,贵州32个)进行了遗传结构分析。结果表明:小麦条锈菌云南和贵州群体共享AFLP基因型达32.3%;AMOVA分析显... 为探明小麦条锈菌滇黔群体菌源关系,利用扩增片段长度多态性标记对云南、贵州具有不同AFLP基因型的71个小麦条锈菌分离物(云南39个,贵州32个)进行了遗传结构分析。结果表明:小麦条锈菌云南和贵州群体共享AFLP基因型达32.3%;AMOVA分析显示:小麦条锈菌云南和贵州群体间的遗传变异仅占总变异的7%;最大简约树枝长评估揭示小麦条锈菌滇黔群体自由重组的可能性较低。因此,小麦条锈菌滇黔群体间重组几率较低而菌源交流较顺畅。 展开更多

关键词 群体遗传结构 小麦条锈菌 分子流行学

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海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体遗传结构分析 被引量：4

12

作者 曹学仁 车海彦 罗大全 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期70-73,86,共5页

暹罗刺盘孢菌Colletotrichum siamense是引起海南橡胶树炭疽病的重要病原之一,为了明确海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体的遗传结构,本研究对海南5个市(县)的橡胶树暹罗刺盘孢菌的ITS序列进行分析。结果表明,58个病菌样品可推导出11种单倍型... 暹罗刺盘孢菌Colletotrichum siamense是引起海南橡胶树炭疽病的重要病原之一,为了明确海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体的遗传结构,本研究对海南5个市(县)的橡胶树暹罗刺盘孢菌的ITS序列进行分析。结果表明,58个病菌样品可推导出11种单倍型,其中单倍型H11包含样品数最多且在5个市(县)均有分布,其次为单倍型H4,在4个市(县)有分布。遗传分化指数(Fst)表明保亭种群与其他种群的遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,占总变异的93.9%。对所有地理种群病原菌ITS序列的核苷酸不配对进行分析,表明病菌未经历过大规模的种群扩张。系统发育分析表明,来自相同地区的病菌单倍型并没有聚在一起。研究结果表明海南橡胶树暹罗刺盘孢菌种群具有丰富的遗传多样性。 展开更多

关键词 橡胶树炭疽病 暹罗刺盘孢菌 ITS序列 群体遗传结构

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安徽长江水系黄鳝的群体遗传结构分析 被引量：1

13

作者 胡玉婷 江河 +3 位作者 胡王 潘庭双 段国庆 凌俊 《广东农业科学》 CAS 2015年第1期113-118,123,共7页

为研究安徽长江水系黄鳝（Monopterus albus）的遗传多样性和群体遗传结构,测定了其6个地理群体（当涂、无为、繁昌、贵池、怀宁和望江）共178尾个体的线粒体DNA控制区部分序列。对其长度为556~558 bp的控制区同源序列进行分析,共检测... 为研究安徽长江水系黄鳝（Monopterus albus）的遗传多样性和群体遗传结构,测定了其6个地理群体（当涂、无为、繁昌、贵池、怀宁和望江）共178尾个体的线粒体DNA控制区部分序列。对其长度为556~558 bp的控制区同源序列进行分析,共检测到变异位点41个（变异率7.35%）,单倍型56种。平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.694~0.954、0.00237~0.01382。群体分化指数（Fst）和基因流（Nm）分别为0.01974~0.87529、0.07124~24.82928,分子变异分析（AMOVA）中,群体间遗传变异占61.72%,表明黄鳝群体间具有明显的遗传分化。基于单倍型或群体间遗传距离的分子系统进化树均显示,6个地理群体分为两支：当涂与繁昌群体聚为一支,其余4群体聚为另一支。 展开更多

关键词 黄鳝 控制区 长江 群体遗传结构

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群体遗传结构的理解 被引量：9

14

作者 胡新生 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第2期119-128,共10页

一个植物种群体的空间分布大致可划分为两类 :离散分布与连续分布。然而隐藏在这种表观物理分布内部的遗传变异是十分复杂的。这种变异是如何分布的呢 ?这种分布又是如何维持的呢 ?因此 ,认识一个种的群体遗传结构有助于我们理解该种的... 一个植物种群体的空间分布大致可划分为两类 :离散分布与连续分布。然而隐藏在这种表观物理分布内部的遗传变异是十分复杂的。这种变异是如何分布的呢 ?这种分布又是如何维持的呢 ?因此 ,认识一个种的群体遗传结构有助于我们理解该种的进化过程 ,并提供为遗传资源保护做出决策的重要信息。本文对三大经典遗传结构模型 (岛屿模型、步石模型及距离隔离模型 )与渐变群理论及它们的异体和发展进行了详细的分析和评述。目前获得的许多不同类型的遗传标记使这些理论的应用得到不同程度的实现 ,但由于这些理论结论涉及到许多假设 ,在实际应用时应十分慎重。作者认为许多已建立的适合于动物群体遗传结构理论不能简单地直接应用于植物群体上 。 展开更多

关键词 群体遗传结构 岛屿模型 步石模型 距离隔离模型 渐变群理论 植物

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贵州小麦条锈菌群体遗传结构分析 被引量：2

15

作者 袁文娅 孙振宇 +5 位作者 梁丹 时晓伟 陈静 张梅茹 马占鸿 刘秀峰 《山东农业科学》 2017年第6期95-100,共6页

为了解贵州省小麦条锈菌群体的遗传多样性,本研究采用扩增片段长度多态性标记(AFLP)对其进行研究。结果显示:贵州省6个县市分离到的128个小麦条锈菌单孢子堆分离物中共获得32个AFLP基因型,没有检测到频率占绝对优势的AFLP基因型,其中1个... 为了解贵州省小麦条锈菌群体的遗传多样性,本研究采用扩增片段长度多态性标记(AFLP)对其进行研究。结果显示:贵州省6个县市分离到的128个小麦条锈菌单孢子堆分离物中共获得32个AFLP基因型,没有检测到频率占绝对优势的AFLP基因型,其中1个AFLP基因型(zy6)频率(0.195)较高,AFLP基因型频率介于0.050~0.100的有3个,其余28个AFLP基因型的频率均低于0.050。香农系数及Φpt方法均显示亚群体间遗传差异不明显;Mantel test显示小麦条锈菌贵州群体遗传差异程度与地理距离无关;最大简约树步长评估结果显示小麦条锈菌贵州群体自由重组的可能性较低。表明,贵州省小麦条锈菌群体具有丰富的遗传多样性。 展开更多

关键词 小麦条锈菌 群体遗传结构 AFLP标记

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肃南牦牛群体遗传结构、选择信号分析和ROH检测 被引量：8

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作者 鲍麒 包鹏甲 +8 位作者 马晓明 吴晓云 孟光耀 褚敏 曹红梅 郎建英 安玉峰 梁春年 阎萍 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第8期2992-3005,共14页

【目的】试验旨在对肃南牦牛进行群体遗传结构、选择信号分析和连续纯合片段(ROH)检测,挖掘肃南牦牛的种质特性相关基因。【方法】选择肃南牦牛、巴州牦牛、斯布牦牛、九龙牦牛和天祝白牦牛5个牦牛品种共计48头牦牛进行全基因组重测序,... 【目的】试验旨在对肃南牦牛进行群体遗传结构、选择信号分析和连续纯合片段(ROH)检测,挖掘肃南牦牛的种质特性相关基因。【方法】选择肃南牦牛、巴州牦牛、斯布牦牛、九龙牦牛和天祝白牦牛5个牦牛品种共计48头牦牛进行全基因组重测序,采用基因组变异检测流程(GATK)获得高质量的单核苷酸多态性(SNP)标记进行下游分析;对5个牦牛品种的基因型数据进行主成分分析、祖先成分分析和系统进化树分析以确定其群体结构;对5个牦牛群体进行ROH检测以及近交系数计算;采用综合单倍型评分(iHS)方法筛选共有高频ROH区域内受选择位点。【结果】5个牦牛品种共鉴定出15092883个SNPs,主要分布于内含子区域。亲缘关系计算结果显示,所有个体均不存在三代以内亲缘关系,满足后续分析要求。主成分分析表明,5个牦牛品种可以显著地分为5个类群,其中肃南牦牛群体内遗传变异较小。群体结构分析显示,肃南牦牛包含其他4种牦牛祖先成分,其中天祝白牦牛祖先成分所占的比例最大。ROH分析显示,5个牦牛品种共检测到8426个ROHs片段,其中高频ROH区域421个。相比于其他4个牦牛品种,肃南牦牛的ROH片段总长度和数目最多,具有较高的连锁程度,其近交系数远大于其他牦牛群体。在肃南牦牛高频ROH区域上注释得到465个候选基因,主要富集到与机体发育、大脑形态形成、脂肪氧化相关的通路,包括胚胎骨骼系统形态发生、前后模式规范、甲状腺发育通路和Hippo通路,其中与胚胎发育及组织分化过程相关的基因有同源框A3(HOXA3)、HOXA5、HOXD3,与肉品质相关的基因有花生四烯酸12B(ALOX12B)、ALOX15B、ALOXE3,与中脑发育相关的基因为成纤维细胞生长因子8(FGF8)。在7号染色体1个高频ROH区域中(Chr7:12661870-13045935)鉴定到3个共享基因(核内不均一性核糖核蛋白K(HNRNPK)、驱动蛋白27(KIF27)、G激酶锚定蛋白1(GKAP1))与牦牛共有的高原适应性有关。对共有高频ROH区域内的位点进行iHS分析,鉴定到的受选择基因主要与抗病性、内质网分泌蛋白加工及细胞周期调节相关,包括N-α乙酰转移酶25(NAA25)、内质网分子伴侣29(ERP29)、跨膜蛋白16(TMEM116)、TRAF型锌指结构域蛋白1(TRAFD1)、HECT结构域E3泛素连接酶4(HECTD4)基因。【结论】本研究从全基因组水平系统评估肃南牦牛的遗传多样性和遗传背景,鉴定了肃南牦牛ROH区域内与表型相关的基因,并重点挖掘了与其他牦牛品种共享高频ROH区域内的受选择基因,为肃南牦牛种质资源开发、利用提供了重要理论依据。 展开更多

关键词 肃南牦牛 群体遗传结构 连续纯合片段 选择信号

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几个中国地方猪群体遗传结构和产仔数性状选择信号分析 被引量：7

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作者 路玉洁 莫家远 +6 位作者 綦文晶 朱思燃 杨丽丽 刘巧玲 卜亚歌 兰干球 梁晶 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期360-369,共10页

旨在对几个中国地方猪品种进行群体遗传结构分析,并筛选与中国地方猪产仔数相关的基因组选择信号及候选基因。本研究下载了6个中国地方品种猪共计102头个体的Illumina PorcineSNP60芯片数据,构建了包括19头迪庆藏猪、16头明光小耳猪、1... 旨在对几个中国地方猪品种进行群体遗传结构分析,并筛选与中国地方猪产仔数相关的基因组选择信号及候选基因。本研究下载了6个中国地方品种猪共计102头个体的Illumina PorcineSNP60芯片数据,构建了包括19头迪庆藏猪、16头明光小耳猪、16头五指山猪在内的低产仔数组和包括11头姜曲海猪、20头蓝塘猪、20头梅山猪在内的高产仔数组,经质控和基因型填充后,使用软件进行亲缘关系分析、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结构分析、进化树构建和选择信号分析,并对受选择位点进行基因定位和功能富集分析。对数据进行质控和基因型填充后共获得33285个SNPs位点,6个中国地方猪品种间个体的亲缘关系较远,品种内个体亲缘关系较近;6个群体的LD衰减速度都非常快,依次为梅山猪<蓝塘猪<姜曲海猪<明光小耳猪<五指山猪或迪庆藏猪;梅山猪群体内存在3个亲缘关系较高的小群体,明光小耳猪有部分个体与迪庆藏猪聚集在一起,各个猪种在进化树的距离与其地理距离较为一致。选择信号分析共筛选到176个受选择的SNPs位点,在其上、下游12.68 kb范围内共检测到66个候选基因,富集到6条信号通路。通过文献查阅发现5个可能与繁殖性状相关的基因,其中CHD7与生长发育迟缓和生殖器异常相关,FBXO43与繁殖力相关并且影响呈圆周运动的精子数量,RUNX1控制雌激素、雄激素和前列腺素的分泌,STRBP与卵巢发育有关,TEDDM1在附睾中特异性表达。CHD7、FBXO43、RUNX1、STRBP和TEDDM1基因可能作为中国地方猪产仔数性状的候选基因。 展开更多

关键词 群体遗传结构 产仔数 选择信号 SNP位点 候选基因

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北京市及河北省小麦赤霉病菌群体遗传结构及生物学特性 被引量：3

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作者 董杰 张金良 +2 位作者 杨建国 张昊 冯洁 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期116-121,共6页

本文分析了北京市与河北省小麦赤霉病菌群体遗传结构以及基础生物学特性。结果表明所有菌株均为禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum),属于一个大的单一群体,群体内具有较高的遗传多样性。毒素化学型测定表明,北京与河北地区小麦真菌毒素... 本文分析了北京市与河北省小麦赤霉病菌群体遗传结构以及基础生物学特性。结果表明所有菌株均为禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum),属于一个大的单一群体,群体内具有较高的遗传多样性。毒素化学型测定表明,北京与河北地区小麦真菌毒素污染的主要风险为DON与15ADON毒素。表型测定显示,与F.asiaticum群体相比,F.graminearum具有较高的产孢能力,而生长速率和产毒能力较低。该群体对主要杀菌剂多菌灵、戊唑醇和氰烯菌酯均无抗药性。 展开更多

关键词 小麦赤霉病 禾谷镰刀菌 群体遗传结构 杀菌剂抗性

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稻瘟病菌群体遗传结构及致病型的研究进展 被引量：1

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作者 杨璨 王玉翠 +2 位作者 吴伟怀 李伟 郭建夫 《安徽农业科学》 CAS 2015年第13期111-114,共4页

综述了稻瘟病菌群体遗传学研究的重要性及针对稻瘟病菌群体结构特征的研究方法,分析了稻瘟病菌群体遗传宗谱与致病型的相互关系,并探讨了在稻瘟病菌群体结构研究过程中需要加强的方面。

关键词 稻瘟病菌 群体遗传结构 遗传宗谱 致病型

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广灵驴分子系谱的建立及群体遗传结构分析 被引量：4

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作者 牛晓艳 曹亮 +5 位作者 明世清 李燕平 詹海杰 姜志广 卫顺生 张元庆 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期391-401,共11页

旨在对广灵县优种驴场保种群体进行调查的基础上构建分子系谱,并对其种群的遗传结构进行分析。本研究采集保种群成年、体况良好的广灵驴(体重350~400 kg)颈静脉血10 mL(n=107),其中公驴13份,母驴94份,抗凝处理后提取全血DNA。采用12个... 旨在对广灵县优种驴场保种群体进行调查的基础上构建分子系谱,并对其种群的遗传结构进行分析。本研究采集保种群成年、体况良好的广灵驴(体重350~400 kg)颈静脉血10 mL(n=107),其中公驴13份,母驴94份,抗凝处理后提取全血DNA。采用12个微卫星标记进行荧光PCR扩增后,用ABI3730测序仪进行分型。分型结果采用Cervus 2.0和Pedigraph 2.4软件构建分子系谱,同时采用STRUCTURE2.3和Fstat软件计算群体遗传参数,采用R语言的hclust函数绘制7头公驴及其后代的系统发生NJ树(邻接树)。结果,对107头种驴进行了分子系谱构建,找到了30头子代的父亲和7头子代的母亲,系谱可靠性>90%;微卫星标记的平均观测杂合度(H_(Obs))和多态信息含量(PIC)分别为0.6765和0.5939,标记遗传多样性较高;NJ树对7个公驴家系进行了聚类;群体分化系数(F_(ST))为0.184,群体平均近交系数(F_(IT))为0.033,群体内近交系数(F_(IS))为-0.238,且群体处于哈代-温伯格平衡状态,存在很弱的近交。本研究建立了广灵驴保种群可靠性较高的分子系谱并对其遗传结构进行了分析,证明该群体遗传多态性较高,群体近交系数较低,处于较好的保种状态,具有较大的品种资源开发潜力。 展开更多

关键词 广灵驴 微卫星标记 分子系谱 群体遗传结构 多态性

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