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基于PubMLST数据库分析蜡样芽胞杆菌群的遗传学
1
作者
万经
赵炜
+2 位作者
崔颖
毛展
周帼萍
《中国酿造》
CAS
北大核心
2019年第5期164-168,共5页
以蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)PubMLST数据库为数据来源,通过Phyloviz、Mega和IQ-tree软件研究蜡样芽胞杆菌群的遗传学。结果表明,筛选后得到1 329株完整的蜡样芽胞杆菌群的菌株信息,其中蜡样芽胞杆菌(B. cereus)及变种864株、苏云...
以蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)PubMLST数据库为数据来源,通过Phyloviz、Mega和IQ-tree软件研究蜡样芽胞杆菌群的遗传学。结果表明,筛选后得到1 329株完整的蜡样芽胞杆菌群的菌株信息,其中蜡样芽胞杆菌(B. cereus)及变种864株、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis)及变种345株、炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)61株、韦氏芽胞杆菌(Bacillus weihenstephanensis)、蕈状芽胞杆菌(Bacillus mycoides)、假蕈状芽胞杆菌(Bacillus pseudomycoides)分别为33、21和5株。群内占比很高的蜡样芽胞杆菌和苏云金芽胞杆菌具有丰富而复杂的遗传多样性,相互交织地散布于群内几乎所有的进化分支上,两者无法区分;炭疽芽胞杆菌在进化树上位于相对独立而保守的一个分支;韦氏芽胞杆菌与蕈状芽胞杆菌虽然在菌落形态上差异很大,但两者在系统进化树上位于同一个分支,同源性极高。
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关键词
蜡样芽胞杆菌群
PubMLST数据库
多位点序列分型
群体遗传学分析
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职称材料
安徽地方猪TLR4基因第3外显子的SNP分析
被引量：
2
2
作者
丁月云
朱卫华
+4 位作者
薛玮纬
孟云
黄龙
张晓东
殷宗俊
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第11期1767-1774,共8页
本试验采用PCR-SSCP方法对皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪、霍寿黑猪及长白猪5个群体共354个样本TLR4基因外显子3部分片段的遗传变异进行了检测,旨在系统分析安徽地方品种猪TLR4基因的多态性,为探讨该基因在免疫和防御系统中发挥的作用提...
本试验采用PCR-SSCP方法对皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪、霍寿黑猪及长白猪5个群体共354个样本TLR4基因外显子3部分片段的遗传变异进行了检测,旨在系统分析安徽地方品种猪TLR4基因的多态性,为探讨该基因在免疫和防御系统中发挥的作用提供依据。结果检测到2个突变:G417A、C1027A,其中,G417A为非错义突变,仅在皖南黑猪、圩猪和安庆六白猪群体中检测到,且只检测到GG、GA两种基因型,在该3群体均为低度多态,且均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05);C1027A为错义突变,且引起了编码氨基酸性质的改变,在皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪、霍寿黑猪及长白猪群体中均检测到CC、CA、AA 3种基因型,在该5群体均为中度多态,且均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05);χ2独立性检验结果表明,G417A、C1027A各基因型的分布在皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪、霍寿黑猪及长白猪5个中外猪种间存在极显著差异(P<0.01)。结果提示,安徽地方猪TLR4基因外显子3区序列相对保守、多态含量较低,群体遗传变异程度较小;C1027A位点多态性在猪种间分布的差异是否与品种抗病性有关,值得进一步研究。
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关键词
安徽地方猪
TLR4基因
单核苷酸多态性
群体遗传学分析
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职称材料
题名
基于PubMLST数据库分析蜡样芽胞杆菌群的遗传学
1
作者
万经
赵炜
崔颖
毛展
周帼萍
机构
武汉轻工大学生物与制药工程学院
南通海关
出处
《中国酿造》
CAS
北大核心
2019年第5期164-168,共5页
基金
江苏出入境检验检疫局科技计划项目(2018KJ34)
文摘
以蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)PubMLST数据库为数据来源,通过Phyloviz、Mega和IQ-tree软件研究蜡样芽胞杆菌群的遗传学。结果表明,筛选后得到1 329株完整的蜡样芽胞杆菌群的菌株信息,其中蜡样芽胞杆菌(B. cereus)及变种864株、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis)及变种345株、炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)61株、韦氏芽胞杆菌(Bacillus weihenstephanensis)、蕈状芽胞杆菌(Bacillus mycoides)、假蕈状芽胞杆菌(Bacillus pseudomycoides)分别为33、21和5株。群内占比很高的蜡样芽胞杆菌和苏云金芽胞杆菌具有丰富而复杂的遗传多样性,相互交织地散布于群内几乎所有的进化分支上,两者无法区分;炭疽芽胞杆菌在进化树上位于相对独立而保守的一个分支;韦氏芽胞杆菌与蕈状芽胞杆菌虽然在菌落形态上差异很大,但两者在系统进化树上位于同一个分支,同源性极高。
关键词
蜡样芽胞杆菌群
PubMLST数据库
多位点序列分型
群体遗传学分析
Keywords
Bacillus cereus group
PubMLST database
multilocus sequence typing
group genetics analysis
分类号
R378 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
安徽地方猪TLR4基因第3外显子的SNP分析
被引量：
2
2
作者
丁月云
朱卫华
薛玮纬
孟云
黄龙
张晓东
殷宗俊
机构
安徽农业大学动物科技学院 安徽地方畜禽遗传资源保护与生物育种省级实验室
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第11期1767-1774,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31171200)
安徽省科技攻关重点项目(1301031032)
+2 种基金
国家农业科技成果转化资金项目(2012GB2C300207)
科技富民强县专项行动计划
安徽畜禽产业共性技术研究院资助
文摘
本试验采用PCR-SSCP方法对皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪、霍寿黑猪及长白猪5个群体共354个样本TLR4基因外显子3部分片段的遗传变异进行了检测,旨在系统分析安徽地方品种猪TLR4基因的多态性,为探讨该基因在免疫和防御系统中发挥的作用提供依据。结果检测到2个突变:G417A、C1027A,其中,G417A为非错义突变,仅在皖南黑猪、圩猪和安庆六白猪群体中检测到,且只检测到GG、GA两种基因型,在该3群体均为低度多态,且均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05);C1027A为错义突变,且引起了编码氨基酸性质的改变,在皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪、霍寿黑猪及长白猪群体中均检测到CC、CA、AA 3种基因型,在该5群体均为中度多态,且均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05);χ2独立性检验结果表明,G417A、C1027A各基因型的分布在皖南黑猪、圩猪、安庆六白猪、霍寿黑猪及长白猪5个中外猪种间存在极显著差异(P<0.01)。结果提示,安徽地方猪TLR4基因外显子3区序列相对保守、多态含量较低,群体遗传变异程度较小;C1027A位点多态性在猪种间分布的差异是否与品种抗病性有关,值得进一步研究。
关键词
安徽地方猪
TLR4基因
单核苷酸多态性
群体遗传学分析
Keywords
Anhui native pig breeds
TLR4 gene
SNP
population genetics analysis
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于PubMLST数据库分析蜡样芽胞杆菌群的遗传学
万经
赵炜
崔颖
毛展
周帼萍
《中国酿造》
CAS
北大核心
2019
0
在线阅读
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职称材料
2
安徽地方猪TLR4基因第3外显子的SNP分析
丁月云
朱卫华
薛玮纬
孟云
黄龙
张晓东
殷宗俊
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
2
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